# TARGET T0200 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0200.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 230 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.042 0.091 0.217 0.326 0.256 0.045 2 R 0.059 0.098 0.151 0.212 0.223 0.183 0.074 3 V 0.012 0.016 0.022 0.049 0.123 0.421 0.356 4 L 0.009 0.014 0.019 0.046 0.124 0.332 0.456 5 F 0.005 0.010 0.021 0.048 0.098 0.283 0.536 6 I 0.005 0.010 0.016 0.037 0.092 0.278 0.563 7 G 0.007 0.017 0.030 0.061 0.127 0.313 0.446 8 D 0.012 0.027 0.052 0.099 0.189 0.320 0.302 9 V 0.018 0.025 0.033 0.068 0.165 0.373 0.318 10 F 0.023 0.035 0.056 0.120 0.219 0.346 0.203 11 G 0.034 0.054 0.085 0.160 0.244 0.304 0.119 12 Q 0.167 0.235 0.229 0.201 0.106 0.047 0.014 13 P 0.240 0.267 0.202 0.158 0.086 0.036 0.010 14 G 0.267 0.218 0.168 0.147 0.111 0.071 0.018 15 R 0.116 0.156 0.200 0.231 0.185 0.096 0.016 16 R 0.165 0.268 0.247 0.178 0.097 0.039 0.006 17 V 0.061 0.160 0.240 0.255 0.183 0.087 0.015 18 L 0.012 0.024 0.053 0.160 0.351 0.359 0.041 19 Q 0.067 0.177 0.291 0.290 0.135 0.037 0.003 20 N 0.217 0.437 0.223 0.088 0.027 0.007 0.001 21 H 0.019 0.115 0.276 0.337 0.196 0.054 0.003 22 L 0.006 0.013 0.053 0.229 0.453 0.235 0.010 23 P 0.145 0.416 0.297 0.113 0.025 0.004 0.001 24 T 0.334 0.453 0.151 0.049 0.011 0.002 0.001 25 I 0.011 0.057 0.168 0.365 0.300 0.095 0.002 26 R 0.073 0.246 0.346 0.242 0.083 0.010 0.001 27 P 0.507 0.328 0.111 0.041 0.011 0.002 0.001 28 Q 0.339 0.402 0.179 0.063 0.015 0.002 0.001 29 F 0.009 0.074 0.214 0.376 0.262 0.063 0.002 30 D 0.016 0.093 0.208 0.329 0.255 0.090 0.010 31 F 0.001 0.002 0.009 0.045 0.215 0.560 0.170 32 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.079 0.448 0.460 33 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.198 0.769 34 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.114 0.872 35 N 0.001 0.001 0.001 0.008 0.046 0.250 0.694 36 M 0.001 0.001 0.002 0.007 0.036 0.220 0.734 37 E 0.001 0.006 0.016 0.054 0.123 0.323 0.478 38 N 0.005 0.021 0.053 0.109 0.187 0.339 0.286 39 S 0.009 0.019 0.033 0.071 0.159 0.382 0.329 40 A 0.018 0.030 0.048 0.101 0.209 0.377 0.217 41 G 0.035 0.054 0.076 0.136 0.225 0.313 0.161 42 G 0.061 0.106 0.156 0.219 0.227 0.182 0.049 43 F 0.064 0.176 0.246 0.245 0.173 0.078 0.018 44 G 0.092 0.149 0.168 0.194 0.190 0.151 0.057 45 M 0.041 0.085 0.133 0.215 0.261 0.205 0.059 46 H 0.054 0.122 0.184 0.244 0.223 0.136 0.039 47 R 0.116 0.259 0.262 0.191 0.106 0.054 0.011 48 D 0.062 0.313 0.314 0.186 0.091 0.029 0.005 49 A 0.002 0.014 0.042 0.124 0.292 0.417 0.108 50 A 0.003 0.012 0.041 0.188 0.384 0.327 0.045 51 R 0.018 0.188 0.386 0.291 0.093 0.022 0.002 52 G 0.003 0.018 0.089 0.250 0.360 0.256 0.024 53 A 0.001 0.001 0.001 0.010 0.113 0.571 0.305 54 L 0.003 0.047 0.189 0.387 0.274 0.090 0.009 55 E 0.016 0.193 0.270 0.263 0.179 0.070 0.009 56 A 0.001 0.011 0.053 0.162 0.322 0.355 0.096 57 G 0.003 0.044 0.154 0.307 0.280 0.168 0.045 58 A 0.001 0.003 0.010 0.050 0.212 0.499 0.226 59 G 0.001 0.002 0.009 0.045 0.185 0.387 0.370 60 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.192 0.786 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.079 0.914 62 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.085 0.904 63 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.133 0.850 64 G 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 0.198 0.757 65 N 0.001 0.001 0.004 0.015 0.063 0.309 0.609 66 H 0.001 0.001 0.003 0.012 0.065 0.378 0.540 67 A 0.002 0.006 0.018 0.069 0.205 0.420 0.280 68 W 0.002 0.008 0.017 0.047 0.173 0.469 0.284 69 H 0.007 0.060 0.146 0.286 0.279 0.183 0.038 70 H 0.007 0.077 0.220 0.340 0.252 0.092 0.012 71 K 0.252 0.364 0.203 0.108 0.052 0.018 0.004 72 D 0.176 0.333 0.279 0.150 0.048 0.013 0.002 73 I 0.007 0.016 0.059 0.225 0.407 0.264 0.022 74 Y 0.028 0.130 0.289 0.324 0.179 0.047 0.004 75 P 0.204 0.446 0.218 0.091 0.030 0.009 0.001 76 M 0.042 0.146 0.274 0.315 0.174 0.048 0.002 77 L 0.013 0.039 0.142 0.352 0.359 0.092 0.003 78 S 0.363 0.453 0.149 0.030 0.004 0.001 0.001 79 E 0.410 0.367 0.157 0.055 0.010 0.001 0.001 80 D 0.120 0.210 0.273 0.244 0.129 0.023 0.001 81 T 0.283 0.497 0.165 0.046 0.008 0.001 0.001 82 Y 0.009 0.050 0.152 0.352 0.331 0.100 0.005 83 P 0.004 0.036 0.118 0.270 0.345 0.205 0.021 84 I 0.001 0.002 0.009 0.049 0.205 0.546 0.189 85 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.326 0.626 86 R 0.001 0.001 0.002 0.012 0.059 0.286 0.639 87 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.184 0.791 88 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.043 0.281 0.667 89 N 0.001 0.002 0.007 0.031 0.130 0.435 0.395 90 Y 0.001 0.004 0.015 0.062 0.234 0.494 0.189 91 A 0.012 0.045 0.117 0.273 0.327 0.205 0.021 92 D 0.085 0.242 0.290 0.243 0.111 0.027 0.002 93 P 0.431 0.322 0.147 0.072 0.023 0.005 0.001 94 G 0.523 0.276 0.123 0.055 0.018 0.004 0.001 95 T 0.387 0.265 0.184 0.117 0.039 0.008 0.001 96 P 0.619 0.236 0.092 0.039 0.012 0.002 0.001 97 G 0.497 0.267 0.148 0.066 0.020 0.003 0.001 98 V 0.270 0.284 0.244 0.147 0.045 0.009 0.001 99 G 0.189 0.345 0.249 0.143 0.057 0.015 0.001 100 W 0.026 0.069 0.184 0.306 0.299 0.108 0.008 101 R 0.022 0.102 0.202 0.280 0.249 0.130 0.014 102 T 0.007 0.023 0.063 0.177 0.332 0.348 0.051 103 F 0.007 0.041 0.104 0.264 0.346 0.219 0.019 104 D 0.037 0.228 0.344 0.250 0.105 0.033 0.003 105 V 0.038 0.133 0.257 0.339 0.195 0.037 0.002 106 N 0.648 0.266 0.065 0.017 0.004 0.001 0.001 107 G 0.314 0.332 0.222 0.106 0.024 0.003 0.001 108 E 0.054 0.259 0.346 0.241 0.083 0.016 0.001 109 K 0.005 0.043 0.148 0.331 0.345 0.121 0.008 110 L 0.001 0.002 0.011 0.053 0.238 0.573 0.121 111 T 0.001 0.001 0.004 0.021 0.127 0.580 0.266 112 V 0.001 0.001 0.003 0.011 0.061 0.374 0.549 113 V 0.001 0.001 0.003 0.014 0.084 0.406 0.492 114 N 0.002 0.022 0.079 0.209 0.301 0.307 0.080 115 L 0.003 0.016 0.061 0.201 0.386 0.282 0.052 116 L 0.111 0.300 0.287 0.185 0.081 0.031 0.005 117 G 0.232 0.294 0.217 0.156 0.078 0.022 0.002 118 R 0.112 0.195 0.281 0.240 0.123 0.044 0.004 119 V 0.137 0.247 0.248 0.201 0.120 0.043 0.004 120 F 0.033 0.051 0.111 0.249 0.322 0.208 0.025 121 M 0.067 0.167 0.249 0.269 0.177 0.066 0.006 122 E 0.280 0.346 0.207 0.105 0.044 0.016 0.003 123 A 0.170 0.256 0.232 0.205 0.102 0.031 0.003 124 V 0.052 0.104 0.201 0.292 0.245 0.099 0.007 125 D 0.384 0.326 0.159 0.078 0.035 0.015 0.003 126 N 0.206 0.307 0.238 0.154 0.068 0.024 0.003 127 P 0.085 0.107 0.155 0.263 0.255 0.124 0.010 128 F 0.137 0.255 0.277 0.201 0.094 0.033 0.003 129 R 0.279 0.402 0.214 0.079 0.022 0.005 0.001 130 T 0.072 0.165 0.230 0.287 0.187 0.057 0.003 131 M 0.016 0.038 0.116 0.302 0.377 0.146 0.005 132 D 0.233 0.450 0.236 0.067 0.013 0.002 0.001 133 A 0.213 0.452 0.243 0.077 0.013 0.002 0.001 134 L 0.004 0.029 0.106 0.335 0.404 0.119 0.001 135 L 0.038 0.199 0.368 0.294 0.095 0.008 0.001 136 E 0.367 0.485 0.125 0.020 0.002 0.001 0.001 137 R 0.422 0.306 0.191 0.069 0.011 0.001 0.001 138 D 0.341 0.442 0.168 0.043 0.005 0.001 0.001 139 D 0.313 0.504 0.152 0.029 0.002 0.001 0.001 140 L 0.001 0.006 0.082 0.426 0.441 0.044 0.001 141 G 0.004 0.079 0.225 0.381 0.251 0.057 0.003 142 T 0.001 0.001 0.002 0.019 0.170 0.674 0.135 143 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.380 0.600 144 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.113 0.878 145 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.951 146 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.177 0.807 147 F 0.001 0.001 0.001 0.009 0.056 0.327 0.607 148 H 0.001 0.001 0.004 0.021 0.110 0.442 0.421 149 A 0.002 0.007 0.020 0.076 0.232 0.497 0.166 150 E 0.011 0.045 0.098 0.197 0.269 0.282 0.098 151 A 0.023 0.062 0.121 0.234 0.288 0.233 0.039 152 T 0.121 0.327 0.271 0.171 0.073 0.030 0.007 153 S 0.107 0.208 0.210 0.205 0.158 0.087 0.025 154 E 0.092 0.210 0.207 0.195 0.161 0.113 0.023 155 K 0.037 0.083 0.156 0.263 0.287 0.148 0.025 156 E 0.061 0.241 0.332 0.226 0.092 0.041 0.006 157 A 0.041 0.142 0.234 0.256 0.214 0.102 0.011 158 M 0.007 0.012 0.029 0.096 0.260 0.471 0.125 159 G 0.010 0.022 0.049 0.156 0.310 0.390 0.064 160 W 0.040 0.199 0.247 0.226 0.159 0.111 0.019 161 H 0.016 0.070 0.171 0.315 0.301 0.118 0.010 162 L 0.004 0.011 0.040 0.141 0.388 0.371 0.045 163 A 0.101 0.309 0.265 0.200 0.091 0.030 0.004 164 G 0.027 0.187 0.293 0.293 0.164 0.032 0.003 165 R 0.021 0.131 0.274 0.340 0.175 0.051 0.008 166 V 0.001 0.001 0.003 0.023 0.171 0.620 0.183 167 A 0.001 0.001 0.002 0.020 0.143 0.443 0.391 168 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.130 0.860 169 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.940 170 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.073 0.921 171 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.104 0.883 172 T 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.249 0.704 173 H 0.001 0.003 0.009 0.039 0.143 0.389 0.417 174 T 0.001 0.007 0.021 0.062 0.180 0.415 0.313 175 H 0.006 0.018 0.043 0.109 0.228 0.391 0.205 176 V 0.012 0.048 0.101 0.196 0.267 0.279 0.098 177 P 0.050 0.116 0.171 0.217 0.214 0.169 0.063 178 T 0.121 0.197 0.207 0.202 0.151 0.094 0.028 179 A 0.315 0.237 0.186 0.142 0.076 0.036 0.009 180 D 0.353 0.269 0.171 0.113 0.059 0.029 0.007 181 T 0.188 0.238 0.231 0.187 0.108 0.044 0.004 182 R 0.154 0.265 0.231 0.187 0.112 0.045 0.005 183 I 0.084 0.181 0.230 0.258 0.175 0.067 0.005 184 L 0.048 0.098 0.203 0.312 0.266 0.070 0.002 185 K 0.457 0.323 0.147 0.057 0.013 0.002 0.001 186 G 0.554 0.304 0.101 0.032 0.007 0.001 0.001 187 G 0.124 0.233 0.247 0.225 0.132 0.037 0.003 188 T 0.015 0.046 0.151 0.326 0.311 0.134 0.016 189 A 0.004 0.009 0.016 0.038 0.137 0.507 0.289 190 Y 0.002 0.006 0.013 0.047 0.162 0.409 0.361 191 Q 0.002 0.009 0.024 0.067 0.139 0.312 0.448 192 T 0.003 0.012 0.023 0.059 0.141 0.321 0.441 193 D 0.007 0.023 0.046 0.095 0.161 0.320 0.347 194 A 0.006 0.013 0.029 0.072 0.151 0.332 0.397 195 G 0.023 0.028 0.038 0.070 0.139 0.307 0.395 196 F 0.030 0.032 0.046 0.089 0.154 0.292 0.357 197 T 0.030 0.024 0.023 0.040 0.092 0.304 0.487 198 G 0.033 0.045 0.059 0.108 0.182 0.280 0.293 199 P 0.050 0.107 0.150 0.194 0.187 0.183 0.130 200 H 0.029 0.052 0.084 0.155 0.233 0.282 0.165 201 D 0.047 0.086 0.130 0.199 0.232 0.212 0.094 202 S 0.031 0.047 0.081 0.132 0.205 0.315 0.189 203 I 0.027 0.044 0.078 0.159 0.241 0.317 0.134 204 I 0.030 0.048 0.082 0.145 0.233 0.313 0.148 205 G 0.084 0.154 0.179 0.215 0.187 0.140 0.042 206 S 0.150 0.207 0.195 0.187 0.144 0.094 0.023 207 A 0.142 0.206 0.204 0.207 0.148 0.078 0.016 208 I 0.098 0.143 0.204 0.251 0.197 0.093 0.014 209 E 0.290 0.291 0.200 0.126 0.061 0.026 0.005 210 G 0.192 0.279 0.251 0.168 0.078 0.028 0.005 211 P 0.068 0.149 0.212 0.248 0.198 0.111 0.014 212 L 0.021 0.025 0.058 0.182 0.354 0.318 0.041 213 Q 0.088 0.230 0.306 0.233 0.104 0.034 0.004 214 R 0.098 0.217 0.246 0.224 0.143 0.064 0.008 215 F 0.035 0.080 0.152 0.268 0.293 0.157 0.015 216 L 0.045 0.105 0.208 0.293 0.237 0.104 0.009 217 T 0.293 0.318 0.202 0.121 0.050 0.014 0.002 218 E 0.492 0.293 0.127 0.061 0.021 0.005 0.001 219 R 0.349 0.278 0.201 0.120 0.042 0.010 0.001 220 P 0.424 0.291 0.160 0.085 0.031 0.008 0.001 221 H 0.353 0.293 0.197 0.102 0.042 0.011 0.001 222 R 0.190 0.279 0.246 0.176 0.083 0.024 0.002 223 Y 0.044 0.081 0.148 0.282 0.295 0.139 0.011 224 G 0.073 0.228 0.286 0.239 0.124 0.046 0.005 225 V 0.049 0.106 0.180 0.278 0.254 0.121 0.012 226 A 0.166 0.234 0.240 0.210 0.115 0.032 0.003 227 E 0.433 0.321 0.149 0.066 0.022 0.007 0.001 228 G 0.196 0.256 0.259 0.191 0.076 0.020 0.002 229 R 0.242 0.394 0.227 0.100 0.029 0.007 0.001 230 A 0.042 0.079 0.153 0.280 0.302 0.131 0.012 231 E 0.058 0.214 0.320 0.245 0.116 0.042 0.005 232 L 0.022 0.029 0.060 0.174 0.340 0.331 0.046 233 N 0.044 0.152 0.275 0.294 0.161 0.067 0.008 234 G 0.058 0.167 0.230 0.233 0.186 0.109 0.015 235 V 0.024 0.039 0.084 0.197 0.337 0.275 0.043 236 A 0.045 0.123 0.204 0.245 0.235 0.133 0.016 237 L 0.043 0.080 0.151 0.274 0.290 0.150 0.012 238 H 0.156 0.347 0.255 0.155 0.067 0.019 0.001 239 F 0.121 0.211 0.288 0.255 0.107 0.017 0.001 240 E 0.670 0.241 0.065 0.019 0.004 0.001 0.001 241 G 0.774 0.163 0.047 0.013 0.003 0.001 0.001 242 G 0.713 0.198 0.059 0.023 0.006 0.001 0.001 243 K 0.248 0.265 0.236 0.173 0.065 0.012 0.001 244 A 0.128 0.190 0.259 0.267 0.127 0.028 0.001 245 T 0.301 0.350 0.214 0.101 0.029 0.005 0.001 246 A 0.167 0.238 0.269 0.206 0.096 0.023 0.001 247 A 0.066 0.061 0.114 0.268 0.326 0.156 0.008 248 E 0.184 0.294 0.263 0.174 0.067 0.017 0.001 249 R 0.148 0.256 0.270 0.205 0.091 0.028 0.002 250 Y 0.049 0.069 0.122 0.251 0.331 0.169 0.009 251 R 0.118 0.211 0.253 0.233 0.135 0.047 0.003 252 F 0.280 0.270 0.205 0.150 0.073 0.021 0.001 253 I 0.403 0.256 0.177 0.106 0.046 0.012 0.001 254 E 0.723 0.179 0.061 0.027 0.008 0.002 0.001 255 D 0.786 0.139 0.046 0.020 0.007 0.002 0.001