# TARGET T0198 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0198.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 190 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.984 2 N 0.020 0.020 0.021 0.606 0.003 0.044 0.286 3 R 0.029 0.004 0.038 0.452 0.103 0.103 0.270 4 L 0.023 0.006 0.106 0.507 0.063 0.125 0.170 5 L 0.019 0.007 0.049 0.399 0.219 0.075 0.231 6 N 0.014 0.005 0.051 0.409 0.102 0.107 0.314 7 E 0.008 0.008 0.089 0.586 0.076 0.152 0.083 8 K 0.004 0.002 0.053 0.683 0.044 0.122 0.092 9 V 0.002 0.002 0.035 0.822 0.034 0.039 0.066 10 E 0.002 0.001 0.011 0.914 0.019 0.024 0.028 11 E 0.001 0.001 0.007 0.942 0.006 0.024 0.020 12 F 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.010 0.006 13 K 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 14 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 15 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 18 K 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.028 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.026 0.002 20 G 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.010 0.001 21 W 0.001 0.001 0.001 0.986 0.005 0.007 0.002 22 F 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.008 0.002 23 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 25 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 27 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 29 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 30 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 31 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.001 33 S 0.001 0.001 0.002 0.967 0.002 0.026 0.003 34 L 0.001 0.001 0.005 0.947 0.005 0.033 0.008 35 V 0.001 0.001 0.011 0.914 0.009 0.057 0.007 36 E 0.001 0.001 0.012 0.758 0.018 0.197 0.014 37 R 0.001 0.003 0.011 0.550 0.120 0.201 0.113 38 N 0.002 0.005 0.012 0.325 0.119 0.082 0.455 39 E 0.001 0.001 0.042 0.891 0.016 0.040 0.010 40 S 0.001 0.001 0.027 0.919 0.011 0.034 0.008 41 L 0.001 0.001 0.016 0.943 0.006 0.025 0.009 42 A 0.001 0.001 0.003 0.968 0.006 0.015 0.007 43 R 0.001 0.001 0.004 0.953 0.007 0.026 0.008 44 E 0.001 0.001 0.005 0.952 0.005 0.029 0.007 45 V 0.002 0.002 0.005 0.941 0.010 0.022 0.018 46 I 0.003 0.003 0.006 0.920 0.017 0.036 0.016 47 A 0.002 0.001 0.006 0.859 0.016 0.093 0.022 48 D 0.001 0.001 0.006 0.808 0.021 0.108 0.054 49 E 0.001 0.001 0.012 0.842 0.026 0.075 0.043 50 E 0.002 0.001 0.021 0.827 0.036 0.076 0.036 51 V 0.002 0.001 0.014 0.886 0.024 0.043 0.030 52 V 0.001 0.001 0.004 0.936 0.016 0.017 0.025 53 D 0.001 0.001 0.002 0.949 0.009 0.025 0.013 54 Q 0.001 0.001 0.002 0.960 0.006 0.021 0.010 55 M 0.001 0.001 0.002 0.969 0.004 0.017 0.007 56 E 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.011 0.003 57 V 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.010 0.004 58 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.009 0.004 59 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.004 60 Q 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.007 0.002 61 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.002 62 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.002 63 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 64 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.003 0.003 65 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 66 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 67 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.002 0.012 0.002 68 G 0.001 0.001 0.007 0.900 0.002 0.089 0.002 69 L 0.001 0.001 0.010 0.647 0.009 0.328 0.005 70 F 0.001 0.002 0.018 0.525 0.125 0.262 0.068 71 S 0.002 0.007 0.018 0.124 0.364 0.069 0.417 72 P 0.004 0.016 0.070 0.070 0.145 0.133 0.562 73 I 0.004 0.007 0.153 0.132 0.085 0.117 0.502 74 G 0.003 0.004 0.239 0.237 0.088 0.164 0.264 75 K 0.003 0.003 0.145 0.359 0.146 0.187 0.157 76 P 0.004 0.005 0.035 0.569 0.109 0.096 0.183 77 L 0.001 0.001 0.007 0.918 0.024 0.022 0.027 78 L 0.001 0.001 0.002 0.969 0.006 0.009 0.012 79 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 80 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 81 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 83 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 84 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 85 R 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.011 0.001 86 V 0.001 0.001 0.002 0.964 0.001 0.032 0.001 87 A 0.001 0.001 0.003 0.969 0.003 0.023 0.002 88 E 0.001 0.001 0.006 0.929 0.006 0.055 0.003 89 L 0.001 0.001 0.009 0.922 0.011 0.040 0.017 90 I 0.001 0.001 0.007 0.977 0.002 0.010 0.003 91 E 0.001 0.001 0.008 0.970 0.004 0.016 0.002 92 N 0.001 0.001 0.007 0.949 0.004 0.035 0.004 93 I 0.001 0.001 0.003 0.970 0.004 0.020 0.003 94 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.005 0.008 0.005 95 D 0.001 0.001 0.001 0.982 0.005 0.008 0.004 96 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 97 C 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 98 H 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 99 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 102 K 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.001 103 N 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.016 0.003 104 V 0.001 0.001 0.002 0.972 0.003 0.016 0.006 105 L 0.001 0.001 0.006 0.943 0.007 0.034 0.008 106 E 0.002 0.001 0.014 0.836 0.013 0.117 0.017 107 L 0.002 0.002 0.019 0.711 0.033 0.185 0.047 108 M 0.004 0.005 0.030 0.460 0.107 0.235 0.158 109 E 0.005 0.003 0.050 0.249 0.178 0.293 0.222 110 E 0.007 0.006 0.056 0.158 0.195 0.240 0.337 111 P 0.005 0.009 0.035 0.106 0.139 0.058 0.648 112 P 0.007 0.008 0.029 0.149 0.084 0.062 0.662 113 L 0.004 0.004 0.090 0.522 0.074 0.136 0.170 114 K 0.003 0.005 0.108 0.573 0.047 0.123 0.141 115 P 0.002 0.002 0.073 0.697 0.032 0.067 0.127 116 L 0.002 0.001 0.024 0.873 0.019 0.037 0.044 117 E 0.002 0.001 0.021 0.904 0.012 0.040 0.019 118 D 0.001 0.001 0.013 0.936 0.008 0.029 0.013 119 I 0.001 0.001 0.002 0.982 0.005 0.006 0.004 120 P 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 122 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 123 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 124 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 125 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 126 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 127 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 128 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 129 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 130 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 131 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 132 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.010 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.002 134 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.002 135 R 0.001 0.001 0.004 0.960 0.003 0.030 0.003 136 M 0.001 0.001 0.011 0.917 0.005 0.059 0.007 137 F 0.001 0.004 0.025 0.833 0.023 0.089 0.024 138 A 0.004 0.002 0.040 0.687 0.034 0.197 0.036 139 D 0.004 0.002 0.031 0.409 0.065 0.413 0.077 140 V 0.003 0.006 0.011 0.177 0.298 0.142 0.363 141 N 0.003 0.006 0.004 0.087 0.149 0.026 0.726 142 V 0.001 0.001 0.020 0.916 0.021 0.025 0.017 143 E 0.001 0.001 0.014 0.943 0.009 0.024 0.011 144 K 0.001 0.001 0.008 0.964 0.004 0.015 0.008 145 S 0.001 0.001 0.001 0.984 0.005 0.006 0.004 146 F 0.001 0.001 0.001 0.976 0.005 0.010 0.006 147 E 0.001 0.001 0.002 0.975 0.002 0.015 0.004 148 V 0.001 0.001 0.002 0.967 0.004 0.016 0.009 149 C 0.001 0.001 0.004 0.954 0.009 0.025 0.006 150 R 0.001 0.001 0.004 0.905 0.011 0.068 0.011 151 M 0.001 0.001 0.003 0.875 0.013 0.075 0.033 152 D 0.001 0.001 0.004 0.874 0.021 0.053 0.047 153 S 0.001 0.001 0.009 0.883 0.022 0.067 0.017 154 K 0.001 0.001 0.006 0.918 0.017 0.040 0.017 155 V 0.001 0.001 0.002 0.959 0.011 0.012 0.015 156 D 0.001 0.001 0.001 0.977 0.007 0.008 0.007 157 D 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.009 0.005 158 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.004 159 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 160 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 161 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 162 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.003 163 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.001 164 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 165 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.002 166 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.008 0.004 167 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.003 0.012 0.003 168 L 0.001 0.001 0.003 0.963 0.003 0.026 0.003 169 Y 0.001 0.001 0.005 0.937 0.006 0.042 0.008 170 M 0.002 0.002 0.013 0.902 0.014 0.051 0.016 171 M 0.003 0.001 0.038 0.767 0.031 0.137 0.024 172 E 0.002 0.002 0.025 0.573 0.121 0.231 0.044 173 S 0.002 0.003 0.009 0.136 0.232 0.086 0.532 174 P 0.001 0.002 0.078 0.376 0.103 0.327 0.112 175 K 0.002 0.003 0.113 0.381 0.113 0.301 0.087 176 Y 0.002 0.003 0.051 0.546 0.129 0.091 0.179 177 V 0.001 0.001 0.008 0.939 0.013 0.015 0.024 178 K 0.001 0.001 0.005 0.969 0.004 0.011 0.010 179 R 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.006 0.004 180 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.002 181 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 182 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 183 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 184 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 185 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 186 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 187 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 188 G 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.022 0.001 189 N 0.001 0.001 0.002 0.962 0.002 0.031 0.003 190 I 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.010 0.004 191 E 0.001 0.001 0.008 0.976 0.003 0.012 0.002 192 I 0.001 0.001 0.007 0.956 0.004 0.029 0.003 193 I 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.019 0.002 194 A 0.001 0.001 0.002 0.973 0.007 0.010 0.008 195 D 0.001 0.001 0.005 0.954 0.009 0.027 0.005 196 Y 0.001 0.001 0.003 0.967 0.002 0.026 0.002 197 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.013 0.002 198 T 0.001 0.001 0.001 0.979 0.004 0.011 0.004 199 N 0.001 0.001 0.001 0.972 0.005 0.016 0.005 200 I 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.015 0.004 201 V 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.003 202 E 0.002 0.001 0.003 0.979 0.003 0.009 0.004 203 V 0.003 0.001 0.002 0.983 0.003 0.007 0.001 204 S 0.004 0.001 0.001 0.987 0.001 0.005 0.002 205 V 0.005 0.001 0.002 0.982 0.002 0.008 0.002 206 Y 0.012 0.001 0.004 0.963 0.003 0.014 0.004 207 M 0.017 0.001 0.010 0.923 0.004 0.040 0.006 208 V 0.018 0.001 0.008 0.862 0.011 0.089 0.010 209 Q 0.026 0.003 0.011 0.543 0.063 0.301 0.053 210 G 0.026 0.002 0.014 0.115 0.283 0.349 0.211 211 E 0.125 0.018 0.031 0.061 0.253 0.134 0.377 212 A 0.244 0.057 0.029 0.053 0.119 0.042 0.455 213 Y 0.146 0.038 0.055 0.077 0.081 0.066 0.536 214 K 0.114 0.016 0.067 0.062 0.153 0.156 0.432 215 C 0.082 0.012 0.059 0.066 0.220 0.183 0.379 216 Y 0.058 0.025 0.030 0.055 0.231 0.094 0.505 217 H 0.041 0.018 0.016 0.038 0.243 0.036 0.608 218 D 0.043 0.018 0.031 0.057 0.110 0.085 0.656 219 E 0.049 0.030 0.082 0.120 0.137 0.168 0.413 220 L 0.035 0.018 0.109 0.143 0.185 0.197 0.313 221 L 0.027 0.013 0.116 0.157 0.147 0.230 0.309 222 L 0.038 0.014 0.083 0.167 0.180 0.304 0.213 223 F 0.050 0.021 0.056 0.144 0.185 0.243 0.302 224 K 0.084 0.036 0.044 0.137 0.222 0.115 0.364 225 K 0.097 0.037 0.042 0.171 0.177 0.120 0.356 226 S 0.063 0.023 0.032 0.206 0.143 0.225 0.308 227 G 0.058 0.009 0.021 0.118 0.161 0.322 0.311 228 G 0.082 0.018 0.025 0.081 0.191 0.151 0.451 229 V 0.252 0.035 0.038 0.174 0.143 0.040 0.319 230 L 0.330 0.040 0.060 0.234 0.048 0.042 0.245 231 F 0.294 0.024 0.106 0.255 0.043 0.058 0.220 232 E 0.292 0.019 0.110 0.269 0.067 0.091 0.152 233 S 0.167 0.012 0.060 0.303 0.137 0.118 0.203 234 S 0.112 0.022 0.023 0.193 0.122 0.096 0.432 235 D 0.011 0.003 0.006 0.031 0.031 0.022 0.897