# TARGET T0198 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0198.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 190 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.541 0.204 0.134 0.088 0.027 0.005 0.001 2 N 0.687 0.202 0.070 0.030 0.010 0.001 0.001 3 R 0.692 0.213 0.064 0.023 0.007 0.001 0.001 4 L 0.564 0.269 0.112 0.042 0.011 0.002 0.001 5 L 0.337 0.196 0.155 0.187 0.102 0.022 0.001 6 N 0.594 0.268 0.096 0.035 0.007 0.001 0.001 7 E 0.722 0.217 0.048 0.010 0.002 0.001 0.001 8 K 0.346 0.264 0.175 0.143 0.060 0.011 0.001 9 V 0.149 0.221 0.286 0.257 0.076 0.011 0.001 10 E 0.671 0.279 0.044 0.006 0.001 0.001 0.001 11 E 0.391 0.429 0.144 0.033 0.003 0.001 0.001 12 F 0.032 0.057 0.124 0.334 0.375 0.077 0.001 13 K 0.030 0.210 0.367 0.300 0.087 0.006 0.001 14 K 0.325 0.536 0.112 0.024 0.003 0.001 0.001 15 G 0.009 0.057 0.285 0.450 0.171 0.027 0.001 16 V 0.002 0.005 0.011 0.070 0.346 0.526 0.040 17 L 0.015 0.152 0.322 0.335 0.146 0.028 0.002 18 K 0.062 0.215 0.293 0.286 0.116 0.027 0.001 19 A 0.008 0.020 0.026 0.076 0.248 0.537 0.086 20 G 0.002 0.017 0.068 0.222 0.413 0.260 0.019 21 W 0.021 0.206 0.368 0.299 0.091 0.015 0.001 22 F 0.002 0.014 0.069 0.296 0.443 0.162 0.014 23 I 0.001 0.001 0.002 0.014 0.114 0.613 0.255 24 E 0.002 0.039 0.171 0.393 0.298 0.090 0.007 25 K 0.007 0.128 0.329 0.385 0.130 0.021 0.001 26 M 0.001 0.002 0.006 0.046 0.282 0.573 0.091 27 F 0.001 0.001 0.004 0.029 0.195 0.621 0.151 28 R 0.002 0.085 0.326 0.403 0.152 0.030 0.002 29 N 0.003 0.035 0.160 0.438 0.299 0.062 0.004 30 S 0.001 0.001 0.002 0.011 0.103 0.650 0.232 31 I 0.001 0.008 0.039 0.209 0.428 0.295 0.021 32 S 0.009 0.199 0.390 0.301 0.085 0.015 0.001 33 S 0.004 0.027 0.114 0.368 0.385 0.097 0.005 34 L 0.003 0.012 0.025 0.086 0.333 0.500 0.042 35 V 0.020 0.128 0.234 0.378 0.195 0.043 0.002 36 E 0.130 0.455 0.244 0.122 0.039 0.009 0.001 37 R 0.048 0.190 0.356 0.304 0.091 0.011 0.001 38 N 0.072 0.289 0.256 0.218 0.132 0.031 0.002 39 E 0.118 0.388 0.332 0.133 0.028 0.002 0.001 40 S 0.340 0.542 0.104 0.013 0.001 0.001 0.001 41 L 0.004 0.027 0.151 0.362 0.380 0.073 0.002 42 A 0.005 0.030 0.087 0.269 0.439 0.164 0.006 43 R 0.095 0.482 0.296 0.102 0.022 0.003 0.001 44 E 0.065 0.246 0.395 0.246 0.042 0.005 0.001 45 V 0.016 0.028 0.032 0.101 0.367 0.426 0.029 46 I 0.033 0.068 0.220 0.370 0.250 0.056 0.003 47 A 0.265 0.454 0.210 0.060 0.010 0.001 0.001 48 D 0.200 0.258 0.246 0.208 0.075 0.012 0.001 49 E 0.150 0.187 0.199 0.222 0.167 0.069 0.007 50 E 0.503 0.323 0.116 0.042 0.014 0.003 0.001 51 V 0.263 0.346 0.218 0.128 0.038 0.006 0.001 52 V 0.112 0.117 0.169 0.273 0.225 0.096 0.007 53 D 0.388 0.332 0.166 0.077 0.029 0.007 0.001 54 Q 0.386 0.328 0.173 0.079 0.027 0.006 0.001 55 M 0.083 0.102 0.150 0.291 0.270 0.098 0.006 56 E 0.118 0.203 0.254 0.247 0.132 0.043 0.003 57 V 0.240 0.372 0.218 0.112 0.046 0.011 0.001 58 E 0.089 0.247 0.327 0.241 0.082 0.013 0.001 59 I 0.011 0.020 0.041 0.143 0.402 0.356 0.027 60 Q 0.027 0.113 0.203 0.315 0.249 0.088 0.006 61 E 0.110 0.415 0.276 0.142 0.048 0.009 0.001 62 K 0.015 0.054 0.202 0.378 0.266 0.080 0.005 63 A 0.011 0.013 0.015 0.049 0.216 0.586 0.111 64 M 0.040 0.094 0.187 0.315 0.241 0.111 0.013 65 E 0.080 0.235 0.285 0.255 0.109 0.034 0.002 66 V 0.019 0.029 0.059 0.173 0.355 0.322 0.042 67 L 0.018 0.020 0.030 0.078 0.202 0.467 0.184 68 G 0.090 0.138 0.179 0.244 0.199 0.123 0.028 69 L 0.106 0.181 0.187 0.230 0.179 0.091 0.026 70 F 0.059 0.073 0.103 0.190 0.249 0.250 0.075 71 S 0.079 0.124 0.163 0.201 0.206 0.178 0.050 72 P 0.162 0.195 0.172 0.196 0.158 0.089 0.028 73 I 0.120 0.153 0.159 0.211 0.212 0.120 0.025 74 G 0.125 0.180 0.199 0.222 0.174 0.086 0.014 75 K 0.248 0.310 0.204 0.139 0.067 0.025 0.006 76 P 0.114 0.128 0.158 0.212 0.208 0.147 0.033 77 L 0.026 0.043 0.070 0.154 0.309 0.335 0.063 78 L 0.065 0.150 0.211 0.278 0.201 0.084 0.011 79 T 0.053 0.089 0.146 0.223 0.248 0.201 0.039 80 V 0.016 0.016 0.018 0.050 0.183 0.518 0.198 81 T 0.010 0.028 0.078 0.214 0.305 0.281 0.083 82 A 0.020 0.061 0.120 0.221 0.234 0.231 0.113 83 G 0.008 0.010 0.011 0.036 0.123 0.413 0.398 84 I 0.003 0.006 0.016 0.062 0.168 0.437 0.308 85 R 0.011 0.046 0.111 0.221 0.274 0.237 0.101 86 V 0.010 0.016 0.031 0.090 0.245 0.437 0.172 87 A 0.006 0.011 0.018 0.058 0.184 0.480 0.243 88 E 0.029 0.098 0.170 0.270 0.251 0.150 0.032 89 L 0.027 0.092 0.169 0.263 0.249 0.161 0.040 90 I 0.008 0.015 0.025 0.081 0.225 0.460 0.186 91 E 0.015 0.060 0.123 0.239 0.285 0.220 0.057 92 N 0.025 0.076 0.138 0.244 0.292 0.185 0.040 93 I 0.007 0.017 0.027 0.079 0.215 0.472 0.183 94 A 0.003 0.019 0.054 0.172 0.326 0.347 0.079 95 D 0.009 0.082 0.217 0.361 0.235 0.086 0.010 96 K 0.001 0.005 0.026 0.126 0.357 0.401 0.084 97 C 0.001 0.001 0.001 0.004 0.048 0.463 0.484 98 H 0.001 0.020 0.118 0.356 0.349 0.143 0.014 99 D 0.002 0.038 0.189 0.414 0.256 0.094 0.008 100 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.079 0.578 0.335 101 A 0.001 0.001 0.007 0.059 0.269 0.569 0.095 102 K 0.003 0.115 0.329 0.339 0.158 0.051 0.004 103 N 0.002 0.015 0.074 0.308 0.418 0.171 0.013 104 V 0.001 0.003 0.007 0.040 0.238 0.627 0.085 105 L 0.015 0.093 0.233 0.348 0.238 0.071 0.003 106 E 0.083 0.318 0.293 0.213 0.076 0.016 0.001 107 L 0.036 0.123 0.242 0.337 0.215 0.045 0.002 108 M 0.209 0.294 0.254 0.166 0.063 0.013 0.001 109 E 0.493 0.308 0.117 0.060 0.019 0.004 0.001 110 E 0.447 0.316 0.146 0.066 0.021 0.004 0.001 111 P 0.297 0.236 0.224 0.171 0.063 0.010 0.001 112 P 0.434 0.290 0.151 0.084 0.032 0.008 0.001 113 L 0.510 0.237 0.123 0.084 0.036 0.009 0.001 114 K 0.466 0.333 0.131 0.051 0.015 0.003 0.001 115 P 0.077 0.163 0.231 0.289 0.190 0.046 0.003 116 L 0.030 0.175 0.326 0.304 0.141 0.022 0.001 117 E 0.260 0.477 0.181 0.066 0.014 0.002 0.001 118 D 0.013 0.089 0.265 0.377 0.208 0.046 0.002 119 I 0.001 0.007 0.019 0.098 0.397 0.447 0.031 120 P 0.006 0.116 0.323 0.373 0.154 0.027 0.001 121 A 0.015 0.136 0.317 0.368 0.135 0.027 0.001 122 M 0.001 0.003 0.004 0.024 0.182 0.672 0.114 123 A 0.001 0.002 0.016 0.119 0.428 0.405 0.031 124 N 0.003 0.134 0.404 0.352 0.093 0.013 0.001 125 Q 0.001 0.005 0.055 0.325 0.465 0.143 0.006 126 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.638 0.299 127 S 0.001 0.014 0.114 0.384 0.372 0.110 0.005 128 E 0.003 0.095 0.319 0.432 0.132 0.019 0.001 129 M 0.001 0.001 0.005 0.044 0.296 0.591 0.063 130 L 0.001 0.001 0.003 0.029 0.250 0.639 0.078 131 K 0.002 0.070 0.331 0.429 0.144 0.024 0.001 132 F 0.001 0.021 0.121 0.415 0.347 0.089 0.005 133 A 0.001 0.001 0.001 0.008 0.097 0.662 0.231 134 L 0.001 0.009 0.057 0.283 0.442 0.199 0.009 135 R 0.011 0.197 0.377 0.305 0.091 0.018 0.001 136 M 0.005 0.028 0.085 0.272 0.410 0.188 0.012 137 F 0.002 0.011 0.029 0.124 0.396 0.409 0.029 138 A 0.037 0.213 0.311 0.311 0.108 0.019 0.001 139 D 0.253 0.458 0.184 0.078 0.021 0.005 0.001 140 V 0.165 0.336 0.299 0.148 0.043 0.008 0.001 141 N 0.139 0.369 0.266 0.158 0.059 0.009 0.001 142 V 0.069 0.249 0.362 0.237 0.075 0.007 0.001 143 E 0.478 0.432 0.077 0.012 0.002 0.001 0.001 144 K 0.050 0.192 0.362 0.274 0.106 0.016 0.001 145 S 0.015 0.045 0.101 0.281 0.419 0.135 0.004 146 F 0.087 0.354 0.353 0.163 0.038 0.005 0.001 147 E 0.250 0.408 0.241 0.084 0.013 0.002 0.001 148 V 0.057 0.094 0.105 0.193 0.340 0.201 0.010 149 C 0.040 0.067 0.207 0.370 0.250 0.063 0.003 150 R 0.295 0.436 0.202 0.055 0.010 0.002 0.001 151 M 0.228 0.302 0.236 0.167 0.058 0.008 0.001 152 D 0.101 0.183 0.242 0.258 0.157 0.055 0.005 153 S 0.519 0.332 0.104 0.034 0.009 0.002 0.001 154 K 0.276 0.397 0.213 0.088 0.022 0.003 0.001 155 V 0.044 0.079 0.157 0.321 0.303 0.092 0.004 156 D 0.202 0.350 0.256 0.138 0.045 0.008 0.001 157 D 0.483 0.371 0.104 0.032 0.008 0.002 0.001 158 L 0.058 0.136 0.245 0.322 0.193 0.042 0.002 159 Y 0.035 0.086 0.168 0.294 0.292 0.119 0.007 160 E 0.177 0.395 0.256 0.125 0.039 0.007 0.001 161 K 0.157 0.401 0.301 0.111 0.025 0.005 0.001 162 V 0.005 0.020 0.062 0.219 0.426 0.254 0.013 163 R 0.005 0.033 0.093 0.242 0.381 0.228 0.018 164 E 0.072 0.378 0.347 0.158 0.037 0.007 0.001 165 E 0.028 0.181 0.373 0.303 0.098 0.016 0.001 166 L 0.003 0.007 0.014 0.067 0.309 0.545 0.056 167 L 0.004 0.017 0.077 0.297 0.418 0.178 0.009 168 L 0.068 0.439 0.311 0.135 0.038 0.009 0.001 169 Y 0.014 0.091 0.271 0.394 0.192 0.036 0.001 170 M 0.007 0.026 0.057 0.203 0.438 0.258 0.011 171 M 0.099 0.217 0.267 0.257 0.128 0.032 0.002 172 E 0.444 0.385 0.114 0.045 0.010 0.002 0.001 173 S 0.296 0.370 0.229 0.086 0.017 0.002 0.001 174 P 0.398 0.325 0.169 0.079 0.025 0.004 0.001 175 K 0.382 0.303 0.173 0.096 0.038 0.007 0.001 176 Y 0.134 0.216 0.239 0.244 0.133 0.032 0.003 177 V 0.022 0.066 0.132 0.264 0.354 0.148 0.013 178 K 0.036 0.149 0.223 0.290 0.209 0.082 0.011 179 R 0.015 0.039 0.096 0.225 0.334 0.250 0.040 180 A 0.006 0.011 0.017 0.050 0.192 0.527 0.198 181 L 0.005 0.018 0.049 0.171 0.313 0.339 0.105 182 L 0.004 0.018 0.055 0.145 0.223 0.352 0.203 183 L 0.002 0.004 0.005 0.016 0.074 0.377 0.523 184 L 0.001 0.004 0.010 0.042 0.133 0.393 0.417 185 E 0.005 0.019 0.059 0.157 0.250 0.342 0.167 186 I 0.003 0.005 0.009 0.032 0.110 0.415 0.426 187 A 0.001 0.003 0.007 0.033 0.128 0.416 0.412 188 G 0.005 0.031 0.079 0.177 0.271 0.310 0.126 189 N 0.004 0.023 0.064 0.176 0.308 0.296 0.128 190 I 0.002 0.005 0.010 0.033 0.111 0.444 0.396 191 E 0.006 0.029 0.065 0.165 0.299 0.328 0.108 192 I 0.019 0.044 0.087 0.184 0.303 0.275 0.088 193 I 0.008 0.016 0.026 0.073 0.187 0.451 0.239 194 A 0.008 0.020 0.037 0.106 0.230 0.394 0.205 195 D 0.021 0.063 0.117 0.229 0.285 0.222 0.065 196 Y 0.005 0.015 0.041 0.136 0.285 0.376 0.142 197 A 0.003 0.004 0.005 0.016 0.074 0.394 0.504 198 T 0.005 0.023 0.054 0.153 0.292 0.335 0.138 199 N 0.011 0.040 0.093 0.203 0.278 0.277 0.098 200 I 0.002 0.005 0.008 0.029 0.108 0.401 0.446 201 V 0.003 0.007 0.016 0.060 0.154 0.423 0.337 202 E 0.009 0.038 0.082 0.152 0.222 0.314 0.182 203 V 0.006 0.015 0.035 0.097 0.227 0.368 0.251 204 S 0.002 0.004 0.009 0.027 0.090 0.405 0.462 205 V 0.007 0.015 0.037 0.110 0.218 0.382 0.232 206 Y 0.018 0.035 0.058 0.112 0.194 0.363 0.219 207 M 0.016 0.036 0.067 0.137 0.259 0.369 0.116 208 V 0.030 0.059 0.106 0.232 0.299 0.239 0.034 209 Q 0.140 0.255 0.250 0.210 0.112 0.030 0.002 210 G 0.220 0.238 0.226 0.194 0.096 0.024 0.002 211 E 0.430 0.336 0.139 0.064 0.022 0.007 0.001 212 A 0.304 0.293 0.218 0.126 0.048 0.011 0.001 213 Y 0.100 0.129 0.217 0.292 0.205 0.054 0.002 214 K 0.386 0.349 0.165 0.074 0.022 0.004 0.001 215 C 0.301 0.265 0.218 0.143 0.059 0.013 0.001 216 Y 0.402 0.292 0.165 0.095 0.036 0.009 0.001 217 H 0.360 0.242 0.186 0.141 0.057 0.012 0.001 218 D 0.627 0.221 0.089 0.043 0.015 0.004 0.001 219 E 0.601 0.235 0.096 0.047 0.016 0.004 0.001 220 L 0.448 0.254 0.148 0.102 0.039 0.008 0.001 221 L 0.350 0.277 0.187 0.122 0.051 0.013 0.001 222 L 0.395 0.255 0.156 0.119 0.057 0.016 0.001 223 F 0.333 0.269 0.183 0.138 0.060 0.016 0.001 224 K 0.392 0.252 0.176 0.123 0.047 0.010 0.001 225 K 0.682 0.214 0.067 0.027 0.009 0.002 0.001 226 S 0.661 0.213 0.079 0.034 0.010 0.002 0.001 227 G 0.502 0.221 0.140 0.095 0.034 0.007 0.001 228 G 0.426 0.262 0.161 0.102 0.038 0.009 0.001 229 V 0.237 0.193 0.194 0.203 0.132 0.037 0.004 230 L 0.183 0.156 0.190 0.212 0.176 0.075 0.009 231 F 0.163 0.138 0.155 0.214 0.199 0.119 0.012 232 E 0.295 0.225 0.184 0.160 0.094 0.039 0.004 233 S 0.494 0.230 0.132 0.087 0.039 0.015 0.002 234 S 0.652 0.162 0.085 0.059 0.029 0.011 0.002 235 D 0.761 0.134 0.051 0.030 0.016 0.007 0.001