# TARGET T0198 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0198.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 231 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.653 0.180 0.077 0.056 0.027 0.007 0.001 2 N 0.426 0.267 0.185 0.087 0.030 0.005 0.001 3 R 0.747 0.196 0.042 0.011 0.003 0.001 0.001 4 L 0.272 0.312 0.217 0.137 0.051 0.011 0.001 5 L 0.061 0.093 0.227 0.338 0.240 0.040 0.001 6 N 0.447 0.324 0.158 0.057 0.012 0.002 0.001 7 E 0.577 0.341 0.069 0.011 0.001 0.001 0.001 8 K 0.277 0.225 0.197 0.199 0.088 0.014 0.001 9 V 0.021 0.081 0.246 0.419 0.210 0.023 0.001 10 E 0.428 0.447 0.106 0.017 0.002 0.001 0.001 11 E 0.258 0.443 0.219 0.070 0.010 0.001 0.001 12 F 0.006 0.019 0.071 0.289 0.467 0.147 0.002 13 K 0.027 0.170 0.340 0.344 0.108 0.012 0.001 14 K 0.185 0.523 0.222 0.057 0.011 0.002 0.001 15 G 0.006 0.052 0.226 0.378 0.262 0.072 0.004 16 V 0.005 0.011 0.024 0.109 0.321 0.469 0.060 17 L 0.010 0.077 0.197 0.331 0.271 0.104 0.009 18 K 0.021 0.118 0.204 0.267 0.217 0.147 0.026 19 A 0.002 0.009 0.021 0.058 0.168 0.494 0.247 20 G 0.002 0.009 0.028 0.134 0.330 0.394 0.102 21 W 0.006 0.068 0.216 0.312 0.253 0.126 0.019 22 F 0.001 0.006 0.042 0.170 0.411 0.336 0.035 23 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.351 0.623 24 E 0.001 0.005 0.034 0.224 0.418 0.300 0.019 25 K 0.002 0.044 0.265 0.405 0.235 0.044 0.006 26 M 0.001 0.003 0.011 0.056 0.228 0.581 0.121 27 F 0.001 0.001 0.001 0.012 0.152 0.628 0.206 28 R 0.003 0.080 0.345 0.370 0.162 0.037 0.003 29 N 0.003 0.051 0.248 0.445 0.223 0.028 0.001 30 S 0.001 0.002 0.004 0.024 0.150 0.688 0.131 31 I 0.002 0.014 0.083 0.310 0.427 0.157 0.008 32 S 0.039 0.298 0.364 0.212 0.072 0.014 0.001 33 S 0.011 0.033 0.116 0.353 0.372 0.109 0.007 34 L 0.006 0.024 0.054 0.175 0.381 0.324 0.035 35 V 0.104 0.287 0.302 0.202 0.086 0.018 0.001 36 E 0.409 0.399 0.137 0.043 0.010 0.002 0.001 37 R 0.130 0.303 0.278 0.197 0.073 0.018 0.002 38 N 0.377 0.254 0.143 0.123 0.078 0.024 0.001 39 E 0.360 0.328 0.207 0.077 0.023 0.004 0.001 40 S 0.613 0.302 0.063 0.016 0.004 0.001 0.001 41 L 0.045 0.136 0.230 0.332 0.208 0.047 0.001 42 A 0.021 0.042 0.125 0.376 0.356 0.077 0.002 43 R 0.182 0.463 0.268 0.078 0.009 0.001 0.001 44 E 0.121 0.411 0.351 0.102 0.013 0.001 0.001 45 V 0.010 0.014 0.048 0.248 0.516 0.162 0.002 46 I 0.023 0.118 0.342 0.388 0.123 0.008 0.001 47 A 0.503 0.401 0.082 0.012 0.001 0.001 0.001 48 D 0.479 0.358 0.129 0.030 0.003 0.001 0.001 49 E 0.408 0.312 0.182 0.079 0.017 0.002 0.001 50 E 0.747 0.202 0.038 0.010 0.003 0.001 0.001 51 V 0.201 0.325 0.272 0.156 0.040 0.006 0.001 52 V 0.044 0.075 0.150 0.342 0.308 0.079 0.002 53 D 0.250 0.395 0.229 0.096 0.025 0.005 0.001 54 Q 0.156 0.417 0.281 0.110 0.029 0.005 0.001 55 M 0.015 0.020 0.069 0.253 0.450 0.185 0.007 56 E 0.028 0.093 0.190 0.299 0.272 0.110 0.007 57 V 0.144 0.411 0.276 0.128 0.033 0.008 0.001 58 E 0.025 0.168 0.382 0.307 0.106 0.012 0.001 59 I 0.001 0.004 0.014 0.097 0.419 0.445 0.019 60 Q 0.010 0.073 0.165 0.344 0.298 0.104 0.005 61 E 0.076 0.464 0.319 0.112 0.025 0.003 0.001 62 K 0.006 0.037 0.218 0.497 0.222 0.020 0.001 63 A 0.005 0.011 0.013 0.034 0.157 0.623 0.158 64 M 0.001 0.010 0.036 0.196 0.437 0.288 0.032 65 E 0.005 0.068 0.228 0.373 0.228 0.082 0.017 66 V 0.001 0.004 0.022 0.129 0.361 0.420 0.062 67 L 0.002 0.003 0.003 0.008 0.051 0.424 0.509 68 G 0.012 0.027 0.075 0.202 0.313 0.283 0.087 69 L 0.029 0.097 0.154 0.229 0.239 0.172 0.080 70 F 0.020 0.039 0.059 0.158 0.281 0.316 0.126 71 S 0.013 0.047 0.108 0.203 0.254 0.262 0.113 72 P 0.040 0.055 0.071 0.111 0.184 0.332 0.207 73 I 0.098 0.115 0.110 0.133 0.164 0.213 0.167 74 G 0.072 0.100 0.115 0.187 0.211 0.208 0.108 75 K 0.192 0.256 0.215 0.159 0.089 0.054 0.034 76 P 0.089 0.154 0.159 0.180 0.170 0.170 0.078 77 L 0.020 0.038 0.065 0.145 0.263 0.328 0.142 78 L 0.034 0.099 0.169 0.214 0.223 0.194 0.066 79 T 0.027 0.065 0.125 0.212 0.246 0.232 0.093 80 V 0.020 0.028 0.035 0.076 0.179 0.383 0.279 81 T 0.009 0.034 0.084 0.190 0.295 0.290 0.098 82 A 0.010 0.023 0.064 0.158 0.260 0.331 0.154 83 G 0.006 0.013 0.018 0.037 0.101 0.380 0.445 84 I 0.003 0.007 0.015 0.054 0.184 0.409 0.328 85 R 0.003 0.017 0.069 0.214 0.317 0.257 0.123 86 V 0.002 0.003 0.009 0.032 0.127 0.434 0.392 87 A 0.006 0.011 0.010 0.024 0.083 0.409 0.455 88 E 0.005 0.029 0.091 0.216 0.279 0.266 0.115 89 L 0.003 0.011 0.044 0.151 0.284 0.337 0.170 90 I 0.003 0.006 0.008 0.020 0.081 0.445 0.437 91 E 0.003 0.013 0.037 0.123 0.285 0.430 0.109 92 N 0.004 0.031 0.109 0.225 0.307 0.242 0.081 93 I 0.001 0.005 0.012 0.041 0.174 0.516 0.251 94 A 0.001 0.017 0.049 0.170 0.299 0.382 0.081 95 D 0.003 0.050 0.173 0.270 0.305 0.172 0.027 96 K 0.001 0.003 0.027 0.141 0.410 0.368 0.050 97 C 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.623 0.327 98 H 0.001 0.014 0.106 0.396 0.347 0.131 0.005 99 D 0.001 0.029 0.232 0.439 0.261 0.036 0.002 100 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.115 0.703 0.168 101 A 0.001 0.001 0.006 0.072 0.379 0.510 0.033 102 K 0.005 0.174 0.437 0.274 0.092 0.017 0.001 103 N 0.002 0.021 0.159 0.508 0.278 0.033 0.001 104 V 0.001 0.001 0.004 0.037 0.276 0.616 0.066 105 L 0.005 0.068 0.258 0.405 0.234 0.031 0.001 106 E 0.124 0.523 0.260 0.074 0.016 0.002 0.001 107 L 0.026 0.132 0.306 0.378 0.138 0.020 0.001 108 M 0.197 0.256 0.244 0.211 0.081 0.011 0.001 109 E 0.767 0.183 0.039 0.009 0.002 0.001 0.001 110 E 0.667 0.210 0.086 0.030 0.006 0.001 0.001 111 P 0.599 0.285 0.080 0.028 0.007 0.001 0.001 112 P 0.254 0.296 0.243 0.147 0.051 0.008 0.001 113 L 0.133 0.186 0.270 0.264 0.125 0.022 0.001 114 K 0.415 0.336 0.147 0.072 0.025 0.005 0.001 115 P 0.270 0.268 0.206 0.166 0.076 0.014 0.001 116 L 0.075 0.198 0.304 0.290 0.114 0.019 0.001 117 E 0.408 0.421 0.132 0.032 0.006 0.001 0.001 118 D 0.066 0.268 0.355 0.230 0.067 0.012 0.001 119 I 0.007 0.013 0.041 0.213 0.467 0.248 0.011 120 P 0.065 0.299 0.371 0.199 0.055 0.010 0.001 121 A 0.096 0.385 0.307 0.152 0.048 0.012 0.001 122 M 0.003 0.015 0.050 0.164 0.381 0.354 0.032 123 A 0.006 0.031 0.089 0.296 0.383 0.183 0.014 124 N 0.027 0.317 0.404 0.189 0.052 0.011 0.001 125 Q 0.002 0.019 0.129 0.381 0.382 0.085 0.003 126 T 0.001 0.001 0.001 0.006 0.072 0.648 0.272 127 S 0.001 0.013 0.089 0.357 0.390 0.147 0.004 128 E 0.002 0.064 0.313 0.401 0.192 0.027 0.001 129 M 0.001 0.002 0.010 0.060 0.272 0.583 0.073 130 L 0.001 0.001 0.001 0.014 0.154 0.638 0.192 131 K 0.003 0.083 0.322 0.362 0.187 0.041 0.003 132 F 0.001 0.015 0.124 0.422 0.364 0.070 0.004 133 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.553 0.386 134 L 0.001 0.008 0.041 0.194 0.425 0.305 0.025 135 R 0.010 0.109 0.317 0.354 0.170 0.036 0.004 136 M 0.002 0.009 0.033 0.166 0.400 0.352 0.037 137 F 0.002 0.008 0.019 0.089 0.326 0.490 0.065 138 A 0.039 0.195 0.294 0.275 0.155 0.040 0.003 139 D 0.194 0.415 0.256 0.103 0.027 0.005 0.001 140 V 0.095 0.250 0.274 0.227 0.112 0.038 0.005 141 N 0.234 0.332 0.191 0.135 0.077 0.028 0.002 142 V 0.066 0.156 0.267 0.300 0.172 0.036 0.002 143 E 0.504 0.350 0.103 0.029 0.009 0.003 0.001 144 K 0.057 0.272 0.341 0.239 0.076 0.015 0.001 145 S 0.010 0.015 0.042 0.235 0.473 0.217 0.008 146 F 0.025 0.184 0.380 0.302 0.094 0.014 0.001 147 E 0.099 0.418 0.336 0.123 0.021 0.002 0.001 148 V 0.008 0.017 0.055 0.243 0.457 0.213 0.006 149 C 0.008 0.056 0.217 0.414 0.270 0.034 0.001 150 R 0.220 0.461 0.229 0.071 0.016 0.002 0.001 151 M 0.241 0.441 0.247 0.064 0.007 0.001 0.001 152 D 0.292 0.320 0.222 0.126 0.035 0.004 0.001 153 S 0.673 0.248 0.058 0.016 0.004 0.001 0.001 154 K 0.272 0.400 0.228 0.083 0.015 0.002 0.001 155 V 0.022 0.039 0.106 0.371 0.376 0.085 0.002 156 D 0.089 0.356 0.359 0.153 0.037 0.005 0.001 157 D 0.384 0.457 0.123 0.029 0.006 0.001 0.001 158 L 0.031 0.075 0.199 0.373 0.264 0.055 0.002 159 Y 0.018 0.051 0.124 0.318 0.359 0.126 0.005 160 E 0.153 0.442 0.279 0.103 0.020 0.003 0.001 161 K 0.062 0.241 0.379 0.245 0.065 0.008 0.001 162 V 0.003 0.006 0.016 0.069 0.323 0.541 0.041 163 R 0.005 0.028 0.095 0.305 0.371 0.185 0.011 164 E 0.065 0.391 0.356 0.148 0.034 0.005 0.001 165 E 0.024 0.090 0.292 0.413 0.163 0.018 0.001 166 L 0.013 0.012 0.018 0.071 0.272 0.572 0.042 167 L 0.019 0.061 0.173 0.350 0.314 0.080 0.003 168 L 0.163 0.434 0.250 0.115 0.032 0.006 0.001 169 Y 0.027 0.089 0.207 0.367 0.234 0.070 0.006 170 M 0.021 0.048 0.106 0.235 0.341 0.223 0.025 171 M 0.246 0.354 0.213 0.117 0.052 0.015 0.002 172 E 0.497 0.297 0.124 0.057 0.020 0.004 0.001 173 S 0.373 0.306 0.181 0.095 0.035 0.009 0.001 174 P 0.508 0.292 0.124 0.056 0.016 0.003 0.001 175 K 0.384 0.316 0.175 0.083 0.033 0.008 0.001 176 Y 0.115 0.249 0.256 0.230 0.116 0.031 0.003 177 V 0.016 0.038 0.094 0.283 0.355 0.189 0.024 178 K 0.039 0.185 0.272 0.269 0.160 0.067 0.009 179 R 0.012 0.049 0.145 0.273 0.301 0.187 0.033 180 A 0.008 0.014 0.024 0.063 0.189 0.470 0.232 181 L 0.005 0.015 0.040 0.110 0.249 0.373 0.208 182 L 0.006 0.018 0.046 0.115 0.213 0.351 0.251 183 L 0.004 0.009 0.014 0.028 0.080 0.310 0.555 184 L 0.002 0.005 0.011 0.032 0.090 0.299 0.560 185 E 0.003 0.009 0.025 0.070 0.157 0.295 0.441 186 I 0.003 0.005 0.010 0.031 0.077 0.261 0.614 187 A 0.007 0.010 0.014 0.035 0.083 0.315 0.536 188 G 0.006 0.027 0.066 0.143 0.196 0.315 0.248 189 N 0.004 0.010 0.029 0.102 0.222 0.357 0.276 190 I 0.003 0.008 0.009 0.022 0.072 0.369 0.517 191 E 0.003 0.012 0.032 0.121 0.260 0.377 0.195 192 I 0.002 0.013 0.051 0.122 0.219 0.353 0.240 193 I 0.001 0.005 0.009 0.023 0.079 0.365 0.517 194 A 0.002 0.011 0.028 0.079 0.171 0.372 0.338 195 D 0.002 0.014 0.048 0.137 0.263 0.344 0.191 196 Y 0.001 0.003 0.012 0.054 0.198 0.455 0.277 197 A 0.001 0.002 0.003 0.011 0.063 0.450 0.471 198 T 0.001 0.010 0.047 0.200 0.358 0.301 0.083 199 N 0.002 0.010 0.044 0.131 0.273 0.366 0.175 200 I 0.001 0.003 0.005 0.012 0.044 0.294 0.642 201 V 0.002 0.005 0.009 0.034 0.104 0.401 0.445 202 E 0.003 0.018 0.068 0.172 0.239 0.265 0.236 203 V 0.002 0.006 0.022 0.086 0.215 0.463 0.206 204 S 0.003 0.009 0.012 0.027 0.096 0.488 0.365 205 V 0.004 0.013 0.034 0.119 0.303 0.428 0.099 206 Y 0.015 0.058 0.140 0.251 0.294 0.212 0.031 207 M 0.025 0.057 0.123 0.259 0.336 0.186 0.014 208 V 0.095 0.158 0.221 0.280 0.179 0.063 0.004 209 Q 0.383 0.354 0.164 0.070 0.023 0.005 0.001 210 G 0.460 0.261 0.163 0.084 0.027 0.004 0.001 211 E 0.532 0.297 0.108 0.046 0.014 0.003 0.001 212 A 0.221 0.251 0.233 0.178 0.089 0.025 0.002 213 Y 0.132 0.141 0.208 0.275 0.193 0.048 0.002 214 K 0.333 0.357 0.192 0.084 0.026 0.006 0.001 215 C 0.150 0.207 0.255 0.242 0.117 0.027 0.002 216 Y 0.432 0.277 0.153 0.084 0.039 0.013 0.001 217 H 0.361 0.271 0.193 0.121 0.044 0.010 0.001 218 D 0.597 0.226 0.097 0.052 0.022 0.006 0.001 219 E 0.404 0.310 0.174 0.079 0.027 0.006 0.001 220 L 0.192 0.235 0.246 0.207 0.095 0.024 0.001 221 L 0.309 0.287 0.206 0.129 0.055 0.012 0.001 222 L 0.488 0.300 0.139 0.055 0.016 0.003 0.001 223 F 0.344 0.213 0.194 0.173 0.064 0.011 0.001 224 K 0.559 0.265 0.112 0.047 0.014 0.003 0.001 225 K 0.664 0.217 0.077 0.031 0.009 0.002 0.001 226 S 0.645 0.206 0.088 0.043 0.014 0.003 0.001 227 G 0.556 0.221 0.122 0.071 0.024 0.005 0.001 228 G 0.731 0.188 0.052 0.020 0.007 0.002 0.001 229 V 0.520 0.239 0.140 0.072 0.024 0.004 0.001 230 L 0.445 0.235 0.158 0.114 0.039 0.008 0.001 231 F 0.504 0.232 0.134 0.090 0.033 0.006 0.001 232 E 0.630 0.259 0.085 0.021 0.004 0.001 0.001 233 S 0.636 0.215 0.093 0.043 0.011 0.002 0.001 234 S 0.562 0.218 0.126 0.070 0.020 0.004 0.001 235 D 0.838 0.112 0.032 0.013 0.004 0.001 0.001