PFRMAT RR TARGET T0198 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The number of predictions is limited to .5*sequence_length REMARK or to a limited set of high scoring pairs. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MNRLLNEKVEEFKKGVLKAGWFIEKMFRNSISSLVERNESLAREVIADEE VVDQMEVEIQEKAMEVLGLFSPIGKPLLTVTAGIRVAELIENIADKCHDI AKNVLELMEEPPLKPLEDIPAMANQTSEMLKFALRMFADVNVEKSFEVCR MDSKVDDLYEKVREELLLYMMESPKYVKRALLLLEIAGNIEIIADYATNI VEVSVYMVQGEAYKCYHDELLLFKKSGGVLFESSD 152 191 0 8 0.7004 12 63 0 8 0.69615 20 134 0 8 0.69445 156 195 0 8 0.63325 63 185 0 8 0.62985 5 63 0 8 0.6222 166 183 0 8 0.61965 2 73 0 8 0.6137 152 206 0 8 0.60775 5 166 0 8 0.6035 63 191 0 8 0.59245 2 76 0 8 0.59075 155 195 0 8 0.58395 145 201 0 8 0.57545 19 86 0 8 0.5661 2 74 0 8 0.56185 191 206 0 8 0.5457 19 94 0 8 0.5457 2 71 0 8 0.5457 129 191 0 8 0.53805 66 191 0 8 0.53805 60 69 0 8 0.53805 49 95 0 8 0.5338 77 191 0 8 0.53125 12 166 0 8 0.53125 2 77 0 8 0.5236 129 194 0 8 0.5117 77 189 0 8 0.50915 2 156 0 8 0.50915 155 194 0 8 0.50235 8 182 0 8 0.49725 78 206 0 8 0.49215 26 45 0 8 0.49215 19 133 0 8 0.49215 77 206 0 8 0.48705 1 73 0 8 0.48705 8 70 0 8 0.4845 101 194 0 8 0.4794 60 77 0 8 0.4794 63 203 0 8 0.4743 8 71 0 8 0.4743 170 180 0 8 0.4692 8 166 0 8 0.46665 12 77 0 8 0.46155 152 195 0 8 0.459 60 72 0 8 0.4437 71 89 0 8 0.44115 2 152 0 8 0.44115 82 206 0 8 0.43945 1 70 0 8 0.43945 56 85 0 8 0.4369 2 72 0 8 0.4369 156 194 0 8 0.4318 82 191 0 8 0.4318 71 159 0 8 0.4318 2 206 0 8 0.42925 63 170 0 8 0.4233 63 166 0 8 0.4233 5 77 0 8 0.42075 2 70 0 8 0.42075 166 190 0 8 0.41565 2 155 0 8 0.40885 188 206 0 8 0.40375 122 194 0 8 0.4012 63 77 0 8 0.4012 60 73 0 8 0.4012 72 206 0 8 0.39355 5 72 0 8 0.391 123 155 0 8 0.38845 63 90 0 8 0.38845 77 92 0 8 0.38335 1 152 0 8 0.3808 49 91 0 8 0.37825 63 83 0 8 0.3757 69 78 0 8 0.37315 129 206 0 8 0.3706 77 183 0 8 0.3706 72 185 0 8 0.3706 63 206 0 8 0.3706 53 95 0 8 0.3706 189 206 0 8 0.36805 60 71 0 8 0.36805 30 97 0 8 0.36805 183 197 0 8 0.3655 15 115 0 8 0.3655 1 156 0 8 0.3655 166 180 0 8 0.36295 129 166 0 8 0.36295 19 145 0 8 0.36295 2 60 0 8 0.36295 137 170 0 8 0.3604 71 92 0 8 0.3604 5 62 0 8 0.3604 5 206 0 8 0.35785 192 205 0 8 0.3553 63 97 0 8 0.3553 62 185 0 8 0.3553 180 202 0 8 0.35275 63 137 0 8 0.35275 63 205 0 8 0.3502 8 152 0 8 0.3502 153 192 0 8 0.34765 162 183 0 8 0.34595 152 205 0 8 0.34595 12 206 0 8 0.34595 5 195 0 8 0.34595 130 197 0 8 0.3434 60 76 0 8 0.3434 5 68 0 8 0.3434 63 129 0 8 0.34085 27 162 0 8 0.34085 77 97 0 8 0.3383 5 101 0 8 0.3383 5 15 0 8 0.3383 152 188 0 8 0.33575 129 151 0 8 0.33575 159 189 0 8 0.3332 19 204 0 8 0.3332 101 129 0 8 0.33065 1 206 0 8 0.33065 92 152 0 8 0.3281 193 205 0 8 0.32385 72 170 0 8 0.32385 12 62 0 8 0.32385 8 171 0 8 0.32385 66 190 0 8 0.3213 156 191 0 8 0.31875 145 204 0 8 0.31875 129 207 0 8 0.31875 2 189 0 8 0.31875 72 166 0 8 0.3162 68 85 0 8 0.3162 63 72 0 8 0.3162 49 94 0 8 0.3162 12 72 0 8 0.3162 8 183 0 8 0.3162 84 206 0 8 0.3145 63 183 0 8 0.31195 100 194 0 8 0.3094 85 152 0 8 0.3094 62 73 0 8 0.3094 27 126 0 8 0.3094 72 169 0 8 0.3043 130 191 0 8 0.3026 97 201 0 8 0.3026 89 199 0 8 0.3026 72 89 0 8 0.3026 166 182 0 8 0.30005 77 203 0 8 0.30005 67 87 0 8 0.2975 2 92 0 8 0.2975 123 166 0 8 0.29495 33 97 0 8 0.29495 26 63 0 8 0.29495 8 170 0 8 0.29495 18 55 0 8 0.29325 5 185 0 8 0.2907 5 205 0 8 0.28815 99 198 0 8 0.28645 76 152 0 8 0.28645 68 191 0 8 0.28645 30 101 0 8 0.28645 5 73 0 8 0.28645 189 205 0 8 0.2839 145 205 0 8 0.2839 82 205 0 8 0.2839 152 190 0 8 0.28135 72 188 0 8 0.28135 169 180 0 8 0.27965 152 192 0 8 0.27965 100 200 0 8 0.27965 96 196 0 8 0.27965 93 193 0 8 0.27965 63 180 0 8 0.27965 33 42 0 8 0.27965 12 185 0 8 0.27965 12 86 0 8 0.27965 76 206 0 8 0.2771 71 206 0 8 0.2771 62 152 0 8 0.27455 42 101 0 8 0.27455 12 71 0 8 0.27455 122 187 0 8 0.2703 73 206 0 8 0.2703 70 189 0 8 0.2703 63 80 0 8 0.2703 60 78 0 8 0.2703 19 55 0 8 0.2703 2 205 0 8 0.2703 152 189 0 8 0.2686 31 71 0 8 0.2686 24 166 0 8 0.26605 8 72 0 8 0.26605 101 202 0 8 0.2635 30 42 0 8 0.2635 21 135 0 8 0.2635 8 185 0 8 0.2635 16 86 0 8 0.2618 74 206 0 8 0.25925 12 183 0 8 0.25925 2 123 0 8 0.25925 63 159 0 8 0.25755 72 92 0 8 0.255 66 195 0 8 0.255 12 59 0 8 0.255 85 206 0 8 0.2533 73 185 0 8 0.2533 68 195 0 8 0.2533 9 71 0 8 0.2533 68 194 0 8 0.25075 9 20 0 8 0.24905 156 206 0 8 0.2465 77 166 0 8 0.2465 152 198 0 8 0.2448 137 205 0 8 0.24225 77 182 0 8 0.24225 74 152 0 8 0.24225 60 206 0 8 0.24225 60 152 0 8 0.24225 33 101 0 8 0.24225 74 92 0 8 0.24055 15 185 0 8 0.238 2 159 0 8 0.238 123 205 0 8 0.2363 129 195 0 8 0.2346 114 173 0 8 0.23205 12 203 0 8 0.23205 1 77 0 8 0.23205 8 60 0 8 0.23035 20 187 0 8 0.2278 12 101 0 8 0.2278 5 76 0 8 0.2278 72 191 0 8 0.2261 63 202 0 8 0.2261 62 74 0 8 0.2261 59 104 0 8 0.2261 134 197 0 8 0.2244 94 145 0 8 0.2244 89 189 0 8 0.2244 71 185 0 8 0.2244 68 205 0 8 0.2244 133 158 0 8 0.22185 76 182 0 8 0.22185 54 96 0 8 0.22185 8 115 0 8 0.22185 183 194 0 8 0.22015 181 194 0 8 0.22015 115 169 0 8 0.22015 63 189 0 8 0.22015 60 70 0 8 0.22015 12 195 0 8 0.22015 8 118 0 8 0.22015 6 15 0 8 0.22015 62 206 0 8 0.21845 152 165 0 8 0.21675 96 195 0 8 0.21675 8 20 0 8 0.21675 5 170 0 8 0.21675 72 205 0 8 0.2142 72 183 0 8 0.2142 73 152 0 8 0.2125 191 203 0 8 0.2108 85 156 0 8 0.2108 68 152 0 8 0.2108 60 145 0 8 0.2108 31 123 0 8 0.2108 74 169 0 8 0.2091 152 169 0 8 0.20655 70 152 0 8 0.20655 62 72 0 8 0.20655 12 92 0 8 0.20655 30 72 0 8 0.20485 82 170 0 8 0.20315 97 203 0 8 0.20145 78 152 0 8 0.20145 64 159 0 8 0.20145 42 205 0 8 0.20145 8 76 0 8 0.20145 82 195 0 8 0.19975 80 177 0 8 0.19975 71 152 0 8 0.19975 63 82 0 8 0.19975 63 84 0 8 0.1972 62 203 0 8 0.1972 136 199 0 8 0.1955 5 169 0 8 0.1955 2 96 0 8 0.1955 96 189 0 8 0.1938 22 207 0 8 0.1938 70 206 0 8 0.1921 69 152 0 8 0.1921 27 94 0 8 0.1921 105 129 0 8 0.1904 95 202 0 8 0.1904 77 158 0 8 0.1904 13 202 0 8 0.1904 5 60 0 8 0.1904 1 205 0 8 0.1904 166 181 0 8 0.1887 123 159 0 8 0.1887 69 188 0 8 0.1887 68 206 0 8 0.1887 122 206 0 8 0.187 96 188 0 8 0.187 72 152 0 8 0.187 63 73 0 8 0.187 196 205 0 8 0.1853 136 204 0 8 0.1853 46 194 0 8 0.1853 5 97 0 8 0.1853 152 180 0 8 0.1836 23 205 0 8 0.1836 152 194 0 8 0.1819 149 205 0 8 0.1819 71 107 0 8 0.1819 63 194 0 8 0.1819 52 130 0 8 0.1819 42 86 0 8 0.1819 12 60 0 8 0.1819 192 204 0 8 0.1802 115 171 0 8 0.1802 77 159 0 8 0.1802 159 180 0 8 0.1785 129 152 0 8 0.1785 73 166 0 8 0.1785 19 194 0 8 0.1785 15 180 0 8 0.1785 9 182 0 8 0.1785 170 205 0 8 0.1768 74 188 0 8 0.1768 74 170 0 8 0.1768 56 202 0 8 0.1768 42 105 0 8 0.1768 5 129 0 8 0.1768 192 201 0 8 0.1751 85 169 0 8 0.1751 74 185 0 8 0.1751 72 189 0 8 0.1751 68 181 0 8 0.1751 63 134 0 8 0.1751 35 68 0 8 0.1751 21 99 0 8 0.1751 159 187 0 8 0.1734 123 183 0 8 0.1734 92 189 0 8 0.1734 78 191 0 8 0.1734 41 105 0 8 0.1734 2 203 0 8 0.1734 3 152 0 8 0.1717 159 206 0 8 0.17 63 92 0 8 0.17 END