# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment all-align-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 300 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.050 0.012 0.022 0.025 0.230 0.661 2 H 0.080 0.024 0.032 0.036 0.253 0.575 3 H 0.078 0.025 0.042 0.031 0.295 0.529 4 H 0.079 0.023 0.056 0.036 0.328 0.477 5 H 0.099 0.020 0.052 0.033 0.344 0.452 6 H 0.107 0.016 0.038 0.034 0.365 0.441 7 H 0.097 0.015 0.021 0.040 0.362 0.466 8 G 0.124 0.010 0.019 0.032 0.330 0.486 9 S 0.304 0.012 0.026 0.053 0.245 0.360 10 E 0.561 0.010 0.023 0.085 0.113 0.208 11 V 0.739 0.008 0.014 0.068 0.061 0.110 12 E 0.820 0.004 0.006 0.051 0.036 0.082 13 I 0.757 0.006 0.009 0.091 0.036 0.101 14 K 0.654 0.006 0.016 0.100 0.082 0.142 15 F 0.570 0.007 0.031 0.083 0.124 0.184 16 K 0.407 0.009 0.042 0.064 0.166 0.312 17 I 0.250 0.030 0.025 0.063 0.174 0.459 18 K 0.084 0.012 0.009 0.039 0.127 0.729 19 L 0.005 0.001 0.087 0.814 0.044 0.050 20 E 0.004 0.001 0.070 0.886 0.027 0.012 21 D 0.003 0.001 0.055 0.915 0.022 0.005 22 F 0.005 0.001 0.014 0.958 0.010 0.010 23 L 0.007 0.001 0.013 0.958 0.011 0.010 24 H 0.009 0.001 0.016 0.939 0.019 0.017 25 T 0.007 0.002 0.012 0.940 0.018 0.022 26 L 0.006 0.002 0.023 0.922 0.023 0.024 27 N 0.007 0.001 0.041 0.868 0.045 0.037 28 T 0.007 0.002 0.035 0.793 0.077 0.086 29 F 0.012 0.011 0.019 0.475 0.154 0.329 30 N 0.009 0.005 0.007 0.047 0.294 0.638 31 P 0.004 0.001 0.281 0.329 0.287 0.098 32 E 0.024 0.003 0.329 0.299 0.281 0.063 33 F 0.102 0.011 0.333 0.301 0.201 0.052 34 V 0.230 0.021 0.051 0.317 0.145 0.236 35 R 0.332 0.018 0.035 0.244 0.125 0.245 36 Y 0.264 0.011 0.055 0.332 0.139 0.198 37 E 0.284 0.012 0.071 0.219 0.182 0.232 38 E 0.212 0.014 0.133 0.200 0.247 0.195 39 Q 0.206 0.015 0.128 0.136 0.314 0.201 40 E 0.232 0.010 0.099 0.127 0.311 0.221 41 D 0.320 0.007 0.072 0.099 0.265 0.238 42 V 0.565 0.010 0.038 0.091 0.136 0.160 43 Y 0.735 0.017 0.018 0.068 0.061 0.101 44 F 0.709 0.020 0.019 0.056 0.076 0.120 45 E 0.471 0.019 0.015 0.038 0.153 0.302 46 V 0.181 0.014 0.008 0.014 0.192 0.591 47 P 0.061 0.011 0.006 0.010 0.225 0.687 48 R 0.027 0.010 0.020 0.027 0.381 0.534 49 P 0.031 0.007 0.091 0.103 0.547 0.222 50 K 0.047 0.006 0.140 0.116 0.532 0.160 51 L 0.230 0.018 0.095 0.167 0.314 0.177 52 L 0.495 0.016 0.034 0.148 0.125 0.183 53 R 0.666 0.009 0.018 0.115 0.068 0.125 54 I 0.629 0.009 0.014 0.155 0.060 0.133 55 R 0.531 0.011 0.014 0.131 0.098 0.214 56 G 0.426 0.012 0.022 0.089 0.157 0.295 57 V 0.332 0.017 0.058 0.105 0.263 0.226 58 H 0.232 0.018 0.070 0.118 0.316 0.246 59 N 0.130 0.016 0.064 0.134 0.391 0.266 60 L 0.083 0.010 0.065 0.256 0.346 0.241 61 K 0.119 0.007 0.046 0.371 0.239 0.219 62 K 0.164 0.007 0.040 0.531 0.156 0.103 63 Y 0.289 0.009 0.029 0.507 0.083 0.083 64 Y 0.363 0.006 0.025 0.511 0.044 0.052 65 L 0.379 0.003 0.029 0.489 0.046 0.055 66 T 0.371 0.005 0.024 0.486 0.045 0.069 67 F 0.343 0.006 0.029 0.483 0.051 0.088 68 K 0.279 0.004 0.055 0.482 0.079 0.101 69 E 0.266 0.005 0.071 0.449 0.105 0.103 70 I 0.237 0.014 0.054 0.430 0.126 0.139 71 L 0.154 0.017 0.038 0.351 0.173 0.267 72 D 0.074 0.009 0.040 0.243 0.289 0.345 73 E 0.058 0.008 0.052 0.303 0.326 0.252 74 N 0.068 0.009 0.042 0.208 0.366 0.307 75 N 0.094 0.009 0.056 0.164 0.368 0.309 76 E 0.259 0.011 0.063 0.141 0.235 0.291 77 E 0.539 0.012 0.052 0.127 0.120 0.151 78 F 0.690 0.006 0.034 0.120 0.065 0.086 79 Y 0.765 0.003 0.017 0.091 0.047 0.077 80 E 0.821 0.003 0.011 0.075 0.033 0.057 81 V 0.800 0.005 0.008 0.079 0.034 0.074 82 E 0.746 0.004 0.008 0.077 0.047 0.118 83 F 0.650 0.012 0.014 0.057 0.063 0.202 84 E 0.476 0.016 0.014 0.046 0.160 0.288 85 I 0.249 0.020 0.020 0.065 0.238 0.408 86 G 0.067 0.011 0.007 0.033 0.293 0.588 87 D 0.022 0.007 0.004 0.089 0.179 0.700 88 F 0.004 0.001 0.004 0.899 0.027 0.065 89 E 0.002 0.001 0.002 0.980 0.008 0.008 90 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 91 A 0.002 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 92 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 95 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 96 K 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 97 R 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.002 98 L 0.001 0.001 0.004 0.968 0.006 0.022 99 G 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.964 100 F 0.039 0.005 0.002 0.008 0.064 0.882 101 K 0.464 0.008 0.004 0.011 0.073 0.440 102 I 0.773 0.009 0.009 0.022 0.041 0.147 103 Q 0.801 0.005 0.009 0.034 0.037 0.114 104 A 0.745 0.003 0.017 0.056 0.062 0.118 105 T 0.695 0.005 0.015 0.069 0.096 0.120 106 I 0.657 0.009 0.027 0.066 0.124 0.117 107 K 0.580 0.009 0.026 0.079 0.176 0.130 108 K 0.507 0.006 0.035 0.079 0.189 0.185 109 K 0.529 0.005 0.020 0.057 0.168 0.221 110 R 0.615 0.004 0.010 0.053 0.125 0.193 111 W 0.729 0.005 0.006 0.046 0.065 0.149 112 V 0.867 0.003 0.003 0.031 0.029 0.068 113 Y 0.895 0.007 0.002 0.019 0.015 0.061 114 K 0.854 0.012 0.002 0.012 0.073 0.046 115 L 0.552 0.009 0.006 0.014 0.368 0.050 116 N 0.152 0.003 0.006 0.006 0.766 0.067 117 G 0.200 0.004 0.006 0.003 0.723 0.065 118 V 0.711 0.010 0.003 0.002 0.145 0.129 119 T 0.916 0.008 0.001 0.001 0.018 0.056 120 L 0.932 0.004 0.001 0.001 0.015 0.046 121 E 0.906 0.003 0.002 0.002 0.021 0.066 122 V 0.830 0.005 0.007 0.005 0.042 0.110 123 N 0.681 0.009 0.016 0.009 0.110 0.176 124 R 0.604 0.015 0.028 0.010 0.146 0.197 125 V 0.416 0.024 0.042 0.013 0.266 0.239 126 E 0.323 0.022 0.042 0.012 0.351 0.250 127 G 0.170 0.009 0.048 0.010 0.493 0.270 128 I 0.145 0.017 0.033 0.015 0.448 0.342 129 G 0.149 0.013 0.016 0.004 0.393 0.426 130 D 0.225 0.010 0.014 0.006 0.311 0.434 131 F 0.542 0.019 0.010 0.006 0.143 0.279 132 V 0.769 0.009 0.005 0.004 0.068 0.145 133 D 0.877 0.004 0.003 0.004 0.027 0.086 134 I 0.917 0.003 0.004 0.008 0.015 0.053 135 E 0.931 0.002 0.003 0.013 0.014 0.038 136 V 0.930 0.003 0.003 0.011 0.018 0.035 137 I 0.815 0.010 0.005 0.013 0.083 0.074 138 S 0.455 0.015 0.009 0.018 0.276 0.227 139 D 0.075 0.008 0.007 0.012 0.413 0.484 140 S 0.014 0.007 0.002 0.008 0.268 0.702 141 P 0.008 0.006 0.011 0.231 0.231 0.514 142 E 0.001 0.001 0.015 0.928 0.035 0.021 143 E 0.001 0.001 0.010 0.968 0.016 0.005 144 A 0.001 0.001 0.005 0.982 0.007 0.005 145 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 146 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 147 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 148 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 149 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 152 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 153 K 0.001 0.001 0.004 0.986 0.003 0.007 154 M 0.001 0.001 0.006 0.974 0.007 0.012 155 L 0.001 0.001 0.006 0.921 0.016 0.056 156 G 0.001 0.001 0.002 0.013 0.057 0.926 157 L 0.013 0.012 0.004 0.006 0.126 0.838 158 K 0.050 0.017 0.012 0.008 0.185 0.728 159 E 0.062 0.016 0.090 0.025 0.410 0.397 160 E 0.082 0.015 0.093 0.038 0.391 0.381 161 D 0.078 0.012 0.068 0.077 0.337 0.429 162 V 0.067 0.021 0.047 0.236 0.271 0.358 163 E 0.075 0.018 0.018 0.207 0.231 0.452 164 P 0.046 0.008 0.018 0.462 0.148 0.319 165 R 0.051 0.004 0.013 0.788 0.051 0.093 166 L 0.059 0.003 0.007 0.887 0.021 0.022 167 Y 0.080 0.002 0.006 0.874 0.017 0.022 168 L 0.070 0.002 0.006 0.890 0.015 0.017 169 E 0.057 0.001 0.009 0.900 0.018 0.016 170 L 0.019 0.001 0.014 0.934 0.015 0.017 171 I 0.013 0.001 0.018 0.931 0.016 0.021 172 N 0.016 0.002 0.030 0.877 0.035 0.041 173 E 0.024 0.005 0.038 0.713 0.080 0.140 174 L 0.023 0.014 0.032 0.599 0.129 0.203 175 S 0.017 0.009 0.037 0.325 0.294 0.319 176 G 0.014 0.005 0.031 0.100 0.386 0.463 177 R 0.019 0.015 0.034 0.082 0.309 0.541 178 S 0.023 0.026 0.009 0.050 0.176 0.716 179 S 0.006 0.003 0.001 0.012 0.055 0.923