# TARGET T0197 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.019 0.003 0.006 0.028 0.163 0.781 2 H 0.049 0.019 0.036 0.071 0.274 0.551 3 H 0.096 0.033 0.087 0.075 0.356 0.352 4 H 0.102 0.021 0.133 0.118 0.387 0.239 5 H 0.106 0.030 0.051 0.054 0.647 0.111 6 H 0.099 0.011 0.023 0.025 0.725 0.117 7 H 0.100 0.013 0.013 0.006 0.745 0.123 8 G 0.325 0.009 0.005 0.002 0.482 0.177 9 S 0.830 0.015 0.001 0.001 0.045 0.109 10 E 0.926 0.003 0.001 0.001 0.010 0.061 11 V 0.964 0.002 0.001 0.001 0.005 0.029 12 E 0.978 0.003 0.001 0.001 0.003 0.015 13 I 0.955 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 14 K 0.916 0.002 0.002 0.002 0.017 0.063 15 F 0.871 0.005 0.003 0.002 0.029 0.089 16 K 0.670 0.016 0.006 0.004 0.081 0.223 17 I 0.209 0.038 0.005 0.005 0.157 0.586 18 K 0.031 0.007 0.004 0.009 0.167 0.782 19 L 0.001 0.001 0.052 0.836 0.076 0.034 20 E 0.001 0.001 0.024 0.932 0.036 0.008 21 D 0.001 0.001 0.017 0.966 0.015 0.002 22 F 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 23 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 24 H 0.001 0.001 0.003 0.988 0.007 0.002 25 T 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.002 26 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.009 0.002 27 N 0.001 0.001 0.011 0.973 0.012 0.004 28 T 0.001 0.001 0.009 0.908 0.046 0.036 29 F 0.002 0.001 0.009 0.765 0.071 0.152 30 N 0.003 0.001 0.004 0.076 0.128 0.788 31 P 0.016 0.004 0.028 0.188 0.261 0.503 32 E 0.082 0.013 0.047 0.302 0.260 0.296 33 F 0.155 0.013 0.046 0.339 0.206 0.241 34 V 0.176 0.009 0.036 0.374 0.150 0.254 35 R 0.181 0.011 0.036 0.389 0.115 0.268 36 Y 0.203 0.009 0.056 0.543 0.078 0.111 37 E 0.223 0.007 0.062 0.488 0.083 0.138 38 E 0.361 0.023 0.059 0.335 0.088 0.135 39 Q 0.388 0.017 0.055 0.272 0.140 0.127 40 E 0.361 0.011 0.038 0.237 0.203 0.150 41 D 0.342 0.014 0.035 0.192 0.242 0.175 42 V 0.361 0.018 0.043 0.177 0.273 0.128 43 Y 0.352 0.036 0.047 0.153 0.267 0.145 44 F 0.263 0.021 0.047 0.152 0.334 0.183 45 E 0.149 0.029 0.029 0.087 0.374 0.333 46 V 0.038 0.024 0.012 0.039 0.417 0.469 47 P 0.015 0.008 0.020 0.043 0.475 0.438 48 R 0.006 0.007 0.049 0.084 0.571 0.283 49 P 0.006 0.007 0.075 0.158 0.561 0.194 50 K 0.012 0.008 0.102 0.308 0.376 0.194 51 L 0.034 0.011 0.111 0.426 0.261 0.157 52 L 0.094 0.015 0.116 0.412 0.225 0.138 53 R 0.175 0.014 0.126 0.421 0.161 0.103 54 I 0.275 0.009 0.069 0.380 0.148 0.120 55 R 0.322 0.013 0.061 0.347 0.128 0.129 56 G 0.362 0.015 0.046 0.365 0.107 0.105 57 V 0.414 0.009 0.050 0.319 0.120 0.087 58 H 0.418 0.009 0.046 0.222 0.184 0.121 59 N 0.237 0.014 0.030 0.096 0.459 0.164 60 L 0.071 0.005 0.032 0.037 0.728 0.126 61 K 0.060 0.003 0.036 0.020 0.735 0.146 62 K 0.415 0.014 0.018 0.007 0.384 0.162 63 Y 0.799 0.014 0.003 0.003 0.068 0.113 64 Y 0.898 0.004 0.001 0.002 0.021 0.074 65 L 0.948 0.004 0.001 0.001 0.012 0.034 66 T 0.904 0.004 0.002 0.002 0.029 0.060 67 F 0.842 0.004 0.003 0.003 0.047 0.100 68 K 0.601 0.009 0.004 0.005 0.111 0.270 69 E 0.370 0.016 0.004 0.006 0.189 0.414 70 I 0.223 0.032 0.011 0.013 0.295 0.427 71 L 0.128 0.031 0.029 0.020 0.455 0.336 72 D 0.078 0.014 0.033 0.028 0.534 0.313 73 E 0.056 0.014 0.027 0.034 0.521 0.349 74 N 0.059 0.013 0.010 0.025 0.400 0.493 75 N 0.115 0.031 0.014 0.032 0.278 0.530 76 E 0.176 0.038 0.031 0.071 0.232 0.453 77 E 0.262 0.025 0.064 0.091 0.198 0.360 78 F 0.323 0.010 0.073 0.111 0.177 0.306 79 Y 0.509 0.012 0.059 0.105 0.108 0.207 80 E 0.636 0.020 0.040 0.091 0.063 0.149 81 V 0.716 0.009 0.025 0.064 0.051 0.134 82 E 0.753 0.005 0.020 0.038 0.051 0.132 83 F 0.554 0.018 0.020 0.032 0.099 0.277 84 E 0.410 0.012 0.010 0.015 0.151 0.403 85 I 0.152 0.012 0.011 0.016 0.256 0.553 86 G 0.055 0.028 0.006 0.013 0.187 0.712 87 D 0.019 0.009 0.009 0.041 0.234 0.688 88 F 0.001 0.001 0.033 0.920 0.030 0.016 89 E 0.001 0.001 0.018 0.945 0.029 0.007 90 K 0.001 0.001 0.013 0.973 0.011 0.002 91 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 92 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 93 E 0.001 0.001 0.003 0.985 0.008 0.003 94 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 95 F 0.001 0.001 0.011 0.978 0.008 0.002 96 K 0.001 0.001 0.025 0.962 0.010 0.003 97 R 0.001 0.001 0.023 0.921 0.037 0.018 98 L 0.002 0.001 0.014 0.787 0.076 0.121 99 G 0.005 0.001 0.007 0.058 0.164 0.766 100 F 0.055 0.006 0.017 0.044 0.253 0.625 101 K 0.287 0.014 0.027 0.056 0.218 0.399 102 I 0.618 0.022 0.020 0.066 0.099 0.175 103 Q 0.710 0.006 0.013 0.063 0.057 0.150 104 A 0.629 0.007 0.015 0.121 0.059 0.170 105 T 0.626 0.009 0.016 0.196 0.048 0.105 106 I 0.601 0.004 0.009 0.242 0.039 0.105 107 K 0.680 0.004 0.005 0.220 0.027 0.063 108 K 0.731 0.005 0.006 0.141 0.035 0.081 109 K 0.696 0.005 0.011 0.153 0.049 0.086 110 R 0.654 0.002 0.021 0.156 0.071 0.096 111 W 0.698 0.005 0.022 0.164 0.057 0.054 112 V 0.704 0.006 0.024 0.171 0.056 0.039 113 Y 0.786 0.004 0.018 0.109 0.054 0.030 114 K 0.826 0.005 0.009 0.074 0.056 0.029 115 L 0.546 0.011 0.013 0.099 0.253 0.078 116 N 0.119 0.004 0.008 0.053 0.630 0.187 117 G 0.177 0.002 0.004 0.008 0.521 0.288 118 V 0.829 0.006 0.001 0.003 0.073 0.088 119 T 0.964 0.003 0.001 0.001 0.006 0.026 120 L 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.014 121 E 0.964 0.001 0.001 0.002 0.007 0.026 122 V 0.854 0.005 0.002 0.003 0.029 0.108 123 N 0.527 0.007 0.011 0.009 0.180 0.265 124 R 0.233 0.010 0.035 0.012 0.400 0.309 125 V 0.071 0.014 0.105 0.021 0.616 0.173 126 E 0.035 0.011 0.134 0.034 0.668 0.118 127 G 0.036 0.009 0.072 0.025 0.700 0.158 128 I 0.045 0.015 0.101 0.024 0.664 0.151 129 G 0.076 0.011 0.094 0.017 0.554 0.249 130 D 0.218 0.014 0.168 0.022 0.380 0.198 131 F 0.634 0.015 0.049 0.020 0.140 0.143 132 V 0.832 0.005 0.013 0.013 0.048 0.089 133 D 0.971 0.002 0.001 0.005 0.006 0.015 134 I 0.975 0.001 0.001 0.007 0.004 0.012 135 E 0.943 0.002 0.001 0.018 0.008 0.029 136 V 0.872 0.002 0.005 0.030 0.024 0.067 137 I 0.662 0.009 0.009 0.033 0.075 0.211 138 S 0.243 0.014 0.023 0.049 0.226 0.446 139 D 0.047 0.010 0.019 0.026 0.286 0.612 140 S 0.011 0.010 0.010 0.019 0.270 0.680 141 P 0.004 0.002 0.077 0.390 0.355 0.172 142 E 0.001 0.001 0.048 0.800 0.121 0.030 143 E 0.001 0.001 0.026 0.880 0.071 0.021 144 A 0.001 0.001 0.009 0.952 0.019 0.018 145 K 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.005 146 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 147 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 148 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 152 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 153 K 0.001 0.001 0.008 0.979 0.009 0.003 154 M 0.001 0.001 0.014 0.963 0.013 0.009 155 L 0.001 0.001 0.013 0.873 0.033 0.080 156 G 0.002 0.001 0.002 0.009 0.053 0.934 157 L 0.008 0.007 0.001 0.002 0.066 0.917 158 K 0.016 0.006 0.002 0.007 0.188 0.782 159 E 0.006 0.002 0.446 0.261 0.239 0.047 160 E 0.013 0.001 0.492 0.262 0.196 0.035 161 D 0.017 0.002 0.429 0.337 0.176 0.038 162 V 0.054 0.011 0.045 0.559 0.088 0.244 163 E 0.108 0.027 0.029 0.559 0.080 0.196 164 P 0.084 0.007 0.021 0.728 0.048 0.111 165 R 0.061 0.002 0.018 0.784 0.044 0.091 166 L 0.023 0.005 0.013 0.827 0.024 0.108 167 Y 0.006 0.001 0.011 0.967 0.005 0.011 168 L 0.003 0.001 0.016 0.962 0.009 0.009 169 E 0.002 0.001 0.015 0.964 0.011 0.007 170 L 0.001 0.001 0.011 0.973 0.010 0.005 171 I 0.001 0.001 0.009 0.949 0.023 0.018 172 N 0.001 0.001 0.028 0.894 0.054 0.023 173 E 0.001 0.001 0.035 0.750 0.132 0.082 174 L 0.002 0.002 0.037 0.525 0.255 0.179 175 S 0.006 0.007 0.037 0.267 0.330 0.354 176 G 0.008 0.008 0.041 0.120 0.362 0.462 177 R 0.009 0.008 0.039 0.091 0.252 0.602 178 S 0.005 0.005 0.013 0.048 0.144 0.785 179 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.980