# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.2813 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.218 0.092 0.059 0.104 0.082 0.083 0.100 0.081 0.079 0.062 0.042 2 H 0.205 0.184 0.096 0.181 0.120 0.076 0.064 0.033 0.022 0.012 0.006 3 H 0.189 0.148 0.098 0.151 0.123 0.096 0.087 0.051 0.033 0.016 0.007 4 H 0.100 0.087 0.045 0.114 0.115 0.118 0.153 0.107 0.079 0.052 0.030 5 H 0.104 0.078 0.064 0.101 0.112 0.105 0.143 0.102 0.092 0.061 0.038 6 H 0.267 0.170 0.109 0.196 0.107 0.058 0.044 0.021 0.015 0.008 0.004 7 H 0.134 0.138 0.071 0.151 0.133 0.117 0.115 0.062 0.044 0.025 0.011 8 G 0.152 0.091 0.068 0.110 0.107 0.110 0.140 0.092 0.068 0.040 0.022 9 S 0.095 0.096 0.083 0.180 0.143 0.128 0.139 0.062 0.040 0.023 0.011 10 E 0.017 0.035 0.061 0.086 0.088 0.111 0.178 0.148 0.131 0.093 0.052 11 V 0.037 0.022 0.038 0.065 0.056 0.070 0.152 0.157 0.165 0.145 0.092 12 E 0.009 0.014 0.038 0.071 0.090 0.123 0.193 0.158 0.143 0.102 0.058 13 I 0.011 0.024 0.088 0.088 0.073 0.079 0.142 0.146 0.162 0.123 0.064 14 K 0.008 0.015 0.024 0.070 0.124 0.135 0.204 0.165 0.133 0.080 0.042 15 F 0.015 0.022 0.046 0.059 0.065 0.081 0.180 0.158 0.169 0.138 0.067 16 K 0.044 0.073 0.109 0.250 0.200 0.127 0.123 0.042 0.021 0.007 0.002 17 I 0.011 0.014 0.016 0.029 0.043 0.067 0.197 0.201 0.201 0.149 0.072 18 K 0.130 0.601 0.122 0.105 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.027 0.054 0.025 0.096 0.168 0.213 0.237 0.095 0.054 0.022 0.008 20 E 0.860 0.090 0.024 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.065 0.116 0.115 0.429 0.189 0.061 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 22 F 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.017 0.089 0.158 0.260 0.268 0.190 23 L 0.001 0.003 0.022 0.109 0.222 0.323 0.195 0.070 0.035 0.014 0.005 24 H 0.014 0.034 0.819 0.091 0.027 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.001 0.002 0.012 0.039 0.079 0.213 0.388 0.152 0.068 0.034 0.013 26 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.005 0.039 0.107 0.247 0.338 0.255 27 N 0.009 0.025 0.215 0.264 0.249 0.144 0.065 0.019 0.008 0.003 0.001 28 T 0.026 0.061 0.670 0.131 0.059 0.031 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 29 F 0.007 0.006 0.006 0.020 0.038 0.098 0.270 0.203 0.155 0.130 0.066 30 N 0.212 0.396 0.058 0.123 0.067 0.048 0.049 0.021 0.016 0.007 0.003 31 P 0.063 0.028 0.037 0.047 0.050 0.057 0.096 0.115 0.192 0.169 0.145 32 E 0.373 0.240 0.094 0.164 0.069 0.031 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 33 F 0.055 0.098 0.055 0.152 0.133 0.133 0.174 0.093 0.066 0.027 0.013 34 V 0.039 0.026 0.026 0.050 0.063 0.113 0.159 0.151 0.154 0.121 0.098 35 R 0.095 0.249 0.152 0.211 0.126 0.076 0.052 0.020 0.010 0.005 0.003 36 Y 0.069 0.087 0.119 0.157 0.147 0.133 0.141 0.072 0.047 0.020 0.008 37 E 0.241 0.107 0.089 0.170 0.125 0.085 0.095 0.042 0.025 0.013 0.008 38 E 0.144 0.130 0.203 0.228 0.122 0.075 0.059 0.020 0.011 0.004 0.003 39 Q 0.007 0.014 0.063 0.082 0.098 0.130 0.221 0.160 0.120 0.074 0.031 40 E 0.129 0.114 0.173 0.219 0.146 0.105 0.073 0.024 0.011 0.005 0.002 41 D 0.004 0.020 0.052 0.082 0.104 0.129 0.212 0.162 0.126 0.077 0.031 42 V 0.049 0.080 0.046 0.123 0.139 0.136 0.171 0.105 0.071 0.052 0.028 43 Y 0.010 0.015 0.013 0.040 0.063 0.094 0.225 0.182 0.181 0.116 0.062 44 F 0.007 0.013 0.019 0.049 0.075 0.101 0.213 0.179 0.168 0.119 0.059 45 E 0.089 0.150 0.097 0.261 0.163 0.088 0.070 0.037 0.025 0.013 0.007 46 V 0.027 0.029 0.015 0.056 0.081 0.105 0.206 0.194 0.161 0.093 0.033 47 P 0.265 0.289 0.066 0.149 0.087 0.056 0.041 0.023 0.014 0.007 0.003 48 R 0.082 0.161 0.037 0.163 0.167 0.136 0.129 0.061 0.037 0.018 0.008 49 P 0.391 0.165 0.054 0.137 0.091 0.060 0.047 0.026 0.018 0.009 0.004 50 K 0.309 0.203 0.083 0.208 0.105 0.052 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 51 L 0.023 0.019 0.018 0.039 0.037 0.059 0.139 0.181 0.217 0.166 0.101 52 L 0.026 0.028 0.053 0.125 0.125 0.156 0.188 0.131 0.090 0.052 0.026 53 R 0.022 0.055 0.286 0.195 0.132 0.109 0.098 0.047 0.031 0.016 0.009 54 I 0.011 0.024 0.083 0.094 0.102 0.137 0.192 0.136 0.113 0.072 0.036 55 R 0.036 0.034 0.039 0.077 0.083 0.105 0.180 0.149 0.139 0.105 0.054 56 G 0.093 0.105 0.104 0.138 0.109 0.102 0.124 0.075 0.070 0.051 0.029 57 V 0.045 0.061 0.087 0.125 0.108 0.117 0.143 0.099 0.099 0.071 0.044 58 H 0.136 0.095 0.075 0.122 0.106 0.107 0.130 0.081 0.074 0.048 0.026 59 N 0.190 0.143 0.077 0.127 0.091 0.086 0.107 0.063 0.056 0.036 0.023 60 L 0.115 0.081 0.052 0.099 0.092 0.101 0.136 0.099 0.102 0.077 0.045 61 K 0.204 0.114 0.082 0.190 0.136 0.102 0.083 0.041 0.027 0.014 0.007 62 K 0.076 0.104 0.136 0.235 0.160 0.113 0.087 0.042 0.025 0.013 0.007 63 Y 0.010 0.014 0.019 0.051 0.064 0.104 0.207 0.192 0.165 0.116 0.056 64 Y 0.012 0.040 0.049 0.205 0.212 0.185 0.149 0.074 0.043 0.022 0.009 65 L 0.001 0.003 0.007 0.009 0.014 0.025 0.085 0.143 0.255 0.250 0.207 66 T 0.011 0.039 0.051 0.178 0.193 0.144 0.169 0.094 0.065 0.035 0.022 67 F 0.004 0.009 0.006 0.021 0.035 0.055 0.174 0.191 0.230 0.171 0.105 68 K 0.046 0.070 0.063 0.244 0.226 0.156 0.112 0.045 0.024 0.010 0.004 69 E 0.275 0.185 0.095 0.174 0.111 0.063 0.054 0.022 0.013 0.006 0.002 70 I 0.037 0.046 0.029 0.083 0.088 0.097 0.192 0.153 0.133 0.100 0.043 71 L 0.094 0.130 0.049 0.125 0.114 0.113 0.135 0.089 0.069 0.052 0.030 72 D 0.205 0.234 0.089 0.159 0.111 0.076 0.065 0.030 0.019 0.009 0.004 73 E 0.688 0.134 0.058 0.060 0.027 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 74 N 0.620 0.198 0.042 0.069 0.032 0.016 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 75 N 0.242 0.168 0.050 0.103 0.089 0.088 0.098 0.064 0.053 0.031 0.014 76 E 0.230 0.142 0.133 0.189 0.126 0.085 0.060 0.020 0.010 0.004 0.002 77 E 0.150 0.135 0.249 0.212 0.109 0.069 0.048 0.015 0.008 0.003 0.001 78 F 0.039 0.051 0.114 0.181 0.150 0.143 0.144 0.086 0.054 0.028 0.010 79 Y 0.109 0.063 0.130 0.141 0.123 0.121 0.140 0.077 0.056 0.028 0.013 80 E 0.014 0.032 0.174 0.130 0.126 0.129 0.157 0.101 0.074 0.042 0.021 81 V 0.019 0.038 0.141 0.127 0.133 0.150 0.184 0.096 0.060 0.037 0.016 82 E 0.020 0.033 0.078 0.123 0.142 0.145 0.197 0.110 0.079 0.047 0.026 83 F 0.017 0.023 0.044 0.053 0.083 0.099 0.204 0.162 0.160 0.104 0.051 84 E 0.152 0.244 0.189 0.225 0.112 0.045 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 85 I 0.022 0.018 0.021 0.035 0.042 0.059 0.179 0.161 0.202 0.155 0.107 86 G 0.313 0.235 0.104 0.145 0.099 0.049 0.032 0.012 0.006 0.003 0.002 87 D 0.071 0.598 0.099 0.138 0.044 0.025 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 88 F 0.021 0.021 0.014 0.061 0.144 0.229 0.242 0.117 0.087 0.042 0.023 89 E 0.854 0.081 0.030 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.001 0.022 0.050 0.323 0.265 0.177 0.117 0.032 0.010 0.003 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.046 0.115 0.231 0.293 0.305 92 V 0.001 0.002 0.032 0.172 0.264 0.312 0.157 0.039 0.014 0.006 0.002 93 E 0.002 0.025 0.593 0.212 0.099 0.044 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.031 0.183 0.210 0.221 0.195 0.142 95 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.063 0.154 0.265 0.308 0.199 96 K 0.001 0.005 0.343 0.305 0.224 0.086 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 97 R 0.004 0.024 0.324 0.153 0.162 0.200 0.107 0.018 0.006 0.002 0.001 98 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.009 0.022 0.123 0.202 0.261 0.238 0.132 99 G 0.227 0.275 0.090 0.124 0.079 0.064 0.074 0.031 0.020 0.010 0.006 100 F 0.097 0.062 0.135 0.095 0.066 0.060 0.095 0.088 0.116 0.096 0.090 101 K 0.173 0.303 0.152 0.193 0.104 0.043 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 102 I 0.171 0.074 0.056 0.091 0.066 0.090 0.170 0.116 0.087 0.051 0.028 103 Q 0.076 0.087 0.103 0.231 0.198 0.159 0.092 0.028 0.016 0.008 0.004 104 A 0.080 0.060 0.130 0.101 0.070 0.104 0.184 0.118 0.084 0.046 0.022 105 T 0.042 0.078 0.149 0.342 0.198 0.102 0.056 0.019 0.008 0.004 0.001 106 I 0.015 0.011 0.037 0.020 0.020 0.035 0.136 0.168 0.220 0.200 0.137 107 K 0.011 0.051 0.155 0.433 0.233 0.076 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 108 K 0.018 0.025 0.085 0.061 0.075 0.095 0.229 0.158 0.139 0.080 0.035 109 K 0.025 0.073 0.159 0.402 0.205 0.086 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 110 R 0.005 0.010 0.023 0.027 0.034 0.057 0.189 0.184 0.227 0.174 0.071 111 W 0.022 0.074 0.143 0.384 0.204 0.091 0.049 0.019 0.010 0.004 0.001 112 V 0.015 0.052 0.090 0.134 0.132 0.129 0.188 0.118 0.086 0.042 0.016 113 Y 0.008 0.020 0.052 0.100 0.109 0.119 0.169 0.152 0.149 0.085 0.037 114 K 0.012 0.069 0.069 0.254 0.238 0.166 0.119 0.043 0.020 0.006 0.002 115 L 0.014 0.020 0.041 0.071 0.086 0.077 0.129 0.165 0.196 0.122 0.077 116 N 0.234 0.195 0.084 0.277 0.127 0.053 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 117 G 0.347 0.277 0.077 0.193 0.070 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 118 V 0.001 0.003 0.001 0.010 0.013 0.021 0.072 0.154 0.258 0.266 0.202 119 T 0.009 0.114 0.061 0.363 0.275 0.137 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 0.090 0.272 0.315 0.289 121 E 0.019 0.050 0.024 0.259 0.270 0.194 0.130 0.034 0.013 0.004 0.003 122 V 0.001 0.003 0.001 0.006 0.008 0.010 0.039 0.094 0.242 0.281 0.314 123 N 0.016 0.034 0.019 0.184 0.233 0.216 0.161 0.068 0.041 0.017 0.011 124 R 0.053 0.136 0.065 0.198 0.155 0.133 0.135 0.064 0.037 0.018 0.007 125 V 0.021 0.015 0.011 0.044 0.047 0.051 0.110 0.147 0.185 0.184 0.185 126 E 0.232 0.265 0.084 0.209 0.110 0.053 0.029 0.010 0.005 0.002 0.002 127 G 0.154 0.167 0.057 0.158 0.135 0.111 0.110 0.053 0.031 0.017 0.008 128 I 0.023 0.032 0.011 0.052 0.057 0.065 0.113 0.131 0.171 0.166 0.178 129 G 0.070 0.065 0.025 0.088 0.130 0.137 0.184 0.116 0.095 0.052 0.039 130 D 0.096 0.138 0.059 0.214 0.161 0.111 0.101 0.055 0.035 0.019 0.011 131 F 0.005 0.006 0.004 0.017 0.027 0.058 0.143 0.169 0.201 0.196 0.174 132 V 0.008 0.005 0.005 0.016 0.019 0.032 0.102 0.154 0.233 0.225 0.201 133 D 0.002 0.006 0.008 0.038 0.050 0.091 0.182 0.170 0.175 0.154 0.124 134 I 0.002 0.003 0.009 0.012 0.010 0.017 0.065 0.127 0.224 0.284 0.247 135 E 0.003 0.003 0.007 0.021 0.040 0.078 0.196 0.210 0.201 0.140 0.100 136 V 0.004 0.010 0.022 0.049 0.069 0.078 0.168 0.156 0.181 0.163 0.100 137 I 0.003 0.010 0.014 0.064 0.123 0.150 0.246 0.163 0.129 0.070 0.028 138 S 0.010 0.011 0.011 0.034 0.056 0.082 0.242 0.196 0.204 0.105 0.050 139 D 0.333 0.161 0.076 0.156 0.111 0.070 0.056 0.023 0.009 0.004 0.001 140 S 0.119 0.453 0.054 0.139 0.081 0.061 0.048 0.022 0.012 0.008 0.003 141 P 0.372 0.266 0.076 0.128 0.078 0.044 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 142 E 0.846 0.095 0.020 0.023 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 143 E 0.434 0.263 0.123 0.127 0.037 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 144 A 0.047 0.027 0.032 0.046 0.047 0.131 0.283 0.190 0.112 0.063 0.022 145 K 0.009 0.019 0.140 0.179 0.214 0.234 0.154 0.035 0.012 0.004 0.001 146 E 0.022 0.028 0.756 0.121 0.038 0.019 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 147 K 0.001 0.007 0.064 0.183 0.249 0.262 0.157 0.050 0.018 0.007 0.002 148 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.073 0.147 0.285 0.273 0.208 149 W 0.001 0.002 0.121 0.215 0.310 0.226 0.095 0.020 0.006 0.002 0.001 150 E 0.003 0.030 0.695 0.144 0.082 0.029 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.012 0.012 0.015 0.027 0.160 0.194 0.258 0.193 0.128 152 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.009 0.089 0.154 0.269 0.293 0.180 153 K 0.001 0.004 0.410 0.285 0.191 0.075 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 154 M 0.001 0.007 0.123 0.100 0.199 0.285 0.223 0.045 0.014 0.004 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.094 0.170 0.252 0.294 0.174 156 G 0.425 0.249 0.067 0.141 0.062 0.029 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 157 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.012 0.051 0.108 0.229 0.277 0.306 158 K 0.111 0.594 0.103 0.132 0.044 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 159 E 0.510 0.176 0.054 0.120 0.068 0.040 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 160 E 0.787 0.110 0.032 0.037 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 161 D 0.084 0.126 0.073 0.185 0.148 0.149 0.129 0.055 0.033 0.013 0.006 162 V 0.254 0.127 0.046 0.087 0.098 0.099 0.126 0.073 0.046 0.028 0.016 163 E 0.161 0.169 0.225 0.120 0.085 0.082 0.087 0.033 0.020 0.012 0.006 164 P 0.171 0.103 0.150 0.233 0.129 0.086 0.075 0.026 0.015 0.008 0.003 165 R 0.121 0.129 0.125 0.240 0.153 0.094 0.072 0.034 0.019 0.009 0.004 166 L 0.031 0.083 0.156 0.167 0.143 0.157 0.138 0.064 0.037 0.017 0.007 167 Y 0.003 0.006 0.035 0.033 0.049 0.091 0.252 0.199 0.173 0.112 0.046 168 L 0.015 0.019 0.112 0.099 0.124 0.189 0.257 0.099 0.054 0.024 0.008 169 E 0.010 0.042 0.362 0.323 0.149 0.060 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 170 L 0.006 0.010 0.086 0.036 0.038 0.053 0.149 0.157 0.192 0.169 0.103 171 I 0.002 0.005 0.135 0.048 0.042 0.046 0.130 0.135 0.179 0.169 0.108 172 N 0.002 0.013 0.323 0.167 0.210 0.125 0.107 0.033 0.015 0.005 0.001 173 E 0.031 0.063 0.423 0.193 0.121 0.095 0.052 0.013 0.005 0.002 0.001 174 L 0.020 0.026 0.049 0.046 0.057 0.090 0.247 0.177 0.155 0.101 0.033 175 S 0.109 0.088 0.068 0.083 0.072 0.088 0.165 0.121 0.098 0.069 0.040 176 G 0.334 0.191 0.217 0.107 0.063 0.034 0.029 0.012 0.007 0.004 0.002 177 R 0.245 0.175 0.131 0.153 0.094 0.071 0.063 0.030 0.019 0.012 0.005 178 S 0.460 0.180 0.063 0.076 0.057 0.041 0.042 0.027 0.025 0.018 0.011 179 S 0.430 0.140 0.048 0.095 0.073 0.054 0.058 0.037 0.031 0.021 0.013