# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 35.2813 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.588 0.077 0.161 0.077 0.026 0.024 0.021 0.009 0.008 0.006 0.002 2 H 0.560 0.155 0.078 0.131 0.039 0.011 0.010 0.005 0.007 0.004 0.001 3 H 0.336 0.205 0.127 0.149 0.068 0.026 0.042 0.009 0.032 0.005 0.001 4 H 0.237 0.197 0.189 0.205 0.036 0.044 0.050 0.006 0.030 0.005 0.001 5 H 0.324 0.122 0.135 0.164 0.046 0.046 0.103 0.023 0.025 0.012 0.001 6 H 0.362 0.152 0.097 0.259 0.028 0.023 0.046 0.006 0.020 0.005 0.001 7 H 0.054 0.027 0.080 0.266 0.028 0.012 0.454 0.053 0.013 0.014 0.001 8 G 0.016 0.027 0.128 0.021 0.148 0.001 0.085 0.429 0.001 0.144 0.001 9 S 0.015 0.493 0.393 0.011 0.060 0.014 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 10 E 0.005 0.479 0.484 0.001 0.014 0.011 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 11 V 0.002 0.883 0.060 0.003 0.027 0.010 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 12 E 0.001 0.525 0.442 0.001 0.007 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 13 I 0.004 0.847 0.062 0.003 0.034 0.024 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 14 K 0.004 0.599 0.315 0.002 0.032 0.025 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 15 F 0.004 0.748 0.114 0.005 0.079 0.021 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 16 K 0.006 0.534 0.361 0.004 0.012 0.061 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 17 I 0.009 0.618 0.208 0.016 0.094 0.031 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 18 K 0.001 0.120 0.643 0.001 0.037 0.153 0.001 0.001 0.040 0.002 0.001 19 L 0.965 0.002 0.004 0.019 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 20 E 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.962 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.892 0.003 0.003 0.100 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.396 0.027 0.033 0.526 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 30 N 0.039 0.070 0.147 0.013 0.024 0.073 0.149 0.002 0.478 0.005 0.001 31 P 0.775 0.005 0.150 0.043 0.002 0.009 0.002 0.003 0.001 0.003 0.006 32 E 0.718 0.040 0.068 0.140 0.013 0.006 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 33 F 0.450 0.106 0.197 0.139 0.018 0.048 0.009 0.003 0.027 0.001 0.001 34 V 0.251 0.334 0.224 0.090 0.037 0.032 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 35 R 0.134 0.395 0.244 0.066 0.081 0.040 0.013 0.003 0.020 0.003 0.001 36 Y 0.109 0.579 0.182 0.024 0.061 0.026 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 37 E 0.422 0.341 0.088 0.074 0.036 0.014 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 38 E 0.086 0.466 0.218 0.049 0.098 0.036 0.016 0.003 0.026 0.001 0.001 39 Q 0.094 0.420 0.222 0.038 0.034 0.076 0.020 0.002 0.092 0.001 0.001 40 E 0.188 0.476 0.191 0.050 0.030 0.028 0.006 0.001 0.027 0.002 0.001 41 D 0.112 0.217 0.238 0.070 0.086 0.134 0.077 0.003 0.059 0.002 0.001 42 V 0.273 0.397 0.145 0.111 0.036 0.020 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 43 Y 0.203 0.458 0.130 0.075 0.054 0.036 0.011 0.003 0.027 0.003 0.001 44 F 0.126 0.478 0.154 0.059 0.085 0.025 0.023 0.003 0.043 0.005 0.001 45 E 0.150 0.102 0.305 0.160 0.017 0.135 0.076 0.009 0.038 0.004 0.004 46 V 0.021 0.465 0.292 0.003 0.047 0.021 0.017 0.001 0.132 0.001 0.001 47 P 0.094 0.008 0.684 0.020 0.001 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 48 R 0.033 0.150 0.527 0.006 0.046 0.068 0.005 0.001 0.162 0.002 0.001 49 P 0.975 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 K 0.825 0.003 0.010 0.148 0.001 0.004 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 51 L 0.809 0.012 0.055 0.108 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 52 L 0.946 0.005 0.018 0.024 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.877 0.019 0.027 0.055 0.009 0.003 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 54 I 0.766 0.043 0.057 0.113 0.004 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 55 R 0.506 0.077 0.069 0.230 0.027 0.015 0.040 0.007 0.026 0.003 0.001 56 G 0.422 0.076 0.111 0.072 0.112 0.010 0.046 0.087 0.007 0.056 0.001 57 V 0.543 0.207 0.109 0.093 0.017 0.018 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 58 H 0.294 0.241 0.129 0.184 0.039 0.048 0.020 0.002 0.041 0.003 0.001 59 N 0.155 0.094 0.083 0.163 0.032 0.145 0.146 0.005 0.170 0.004 0.001 60 L 0.364 0.046 0.124 0.308 0.017 0.034 0.073 0.009 0.018 0.006 0.002 61 K 0.346 0.037 0.068 0.268 0.025 0.017 0.165 0.059 0.006 0.008 0.001 62 K 0.156 0.408 0.143 0.139 0.086 0.018 0.027 0.006 0.014 0.003 0.001 63 Y 0.041 0.604 0.223 0.029 0.051 0.019 0.010 0.002 0.020 0.002 0.001 64 Y 0.015 0.722 0.140 0.004 0.028 0.029 0.004 0.001 0.058 0.001 0.001 65 L 0.030 0.256 0.625 0.006 0.008 0.064 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 66 T 0.030 0.780 0.051 0.026 0.088 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 67 F 0.025 0.605 0.133 0.014 0.162 0.024 0.010 0.002 0.022 0.003 0.001 68 K 0.069 0.524 0.282 0.026 0.042 0.025 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 69 E 0.105 0.263 0.223 0.020 0.109 0.058 0.130 0.012 0.069 0.009 0.001 70 I 0.280 0.201 0.400 0.040 0.009 0.046 0.002 0.001 0.017 0.001 0.004 71 L 0.355 0.219 0.181 0.140 0.029 0.044 0.008 0.002 0.018 0.002 0.001 72 D 0.294 0.196 0.200 0.160 0.057 0.034 0.024 0.006 0.020 0.007 0.001 73 E 0.369 0.150 0.103 0.240 0.039 0.017 0.038 0.014 0.023 0.006 0.001 74 N 0.201 0.147 0.190 0.165 0.075 0.026 0.125 0.017 0.032 0.023 0.001 75 N 0.160 0.095 0.307 0.165 0.045 0.085 0.087 0.020 0.027 0.004 0.005 76 E 0.206 0.355 0.251 0.062 0.044 0.026 0.018 0.002 0.034 0.002 0.001 77 E 0.171 0.179 0.550 0.031 0.011 0.042 0.004 0.001 0.007 0.002 0.002 78 F 0.119 0.507 0.093 0.096 0.156 0.007 0.007 0.003 0.010 0.002 0.001 79 Y 0.028 0.591 0.178 0.026 0.134 0.018 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 80 E 0.015 0.649 0.269 0.003 0.032 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 81 V 0.030 0.781 0.053 0.038 0.071 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 82 E 0.006 0.700 0.197 0.004 0.062 0.015 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 83 F 0.006 0.753 0.129 0.002 0.049 0.015 0.003 0.001 0.044 0.001 0.001 84 E 0.016 0.220 0.598 0.003 0.002 0.136 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 85 I 0.163 0.466 0.185 0.060 0.037 0.040 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 86 G 0.261 0.027 0.075 0.059 0.259 0.008 0.016 0.053 0.002 0.239 0.001 87 D 0.062 0.065 0.161 0.114 0.069 0.259 0.009 0.001 0.247 0.009 0.004 88 F 0.980 0.001 0.003 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 R 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.535 0.001 0.003 0.461 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 G 0.154 0.001 0.011 0.054 0.004 0.004 0.342 0.402 0.006 0.023 0.001 100 F 0.108 0.132 0.511 0.133 0.040 0.040 0.018 0.005 0.006 0.007 0.001 101 K 0.112 0.360 0.326 0.045 0.059 0.050 0.015 0.002 0.029 0.001 0.001 102 I 0.096 0.363 0.427 0.008 0.008 0.076 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 103 Q 0.154 0.509 0.079 0.132 0.025 0.033 0.010 0.001 0.057 0.001 0.001 104 A 0.050 0.179 0.393 0.016 0.301 0.010 0.020 0.016 0.003 0.011 0.001 105 T 0.025 0.733 0.149 0.012 0.047 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 106 I 0.025 0.524 0.377 0.003 0.014 0.036 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 107 K 0.137 0.613 0.140 0.044 0.024 0.019 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 108 K 0.030 0.458 0.409 0.004 0.045 0.029 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 109 K 0.049 0.670 0.186 0.011 0.034 0.025 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 110 R 0.065 0.632 0.175 0.012 0.070 0.016 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 111 W 0.063 0.621 0.201 0.013 0.067 0.020 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 112 V 0.072 0.692 0.120 0.019 0.047 0.023 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 113 Y 0.049 0.681 0.123 0.015 0.081 0.024 0.003 0.001 0.022 0.002 0.001 114 K 0.083 0.561 0.210 0.013 0.040 0.052 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 115 L 0.134 0.406 0.221 0.092 0.030 0.051 0.011 0.001 0.051 0.002 0.001 116 N 0.046 0.047 0.131 0.144 0.105 0.006 0.421 0.061 0.009 0.031 0.001 117 G 0.007 0.005 0.031 0.038 0.053 0.003 0.164 0.633 0.001 0.066 0.001 118 V 0.001 0.571 0.370 0.002 0.040 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 119 T 0.004 0.849 0.097 0.004 0.012 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 120 L 0.001 0.839 0.128 0.001 0.017 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 121 E 0.001 0.752 0.152 0.001 0.005 0.042 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 122 V 0.018 0.495 0.271 0.002 0.005 0.147 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 123 N 0.121 0.286 0.207 0.061 0.049 0.169 0.017 0.001 0.087 0.001 0.002 124 R 0.087 0.295 0.247 0.076 0.098 0.092 0.050 0.007 0.038 0.003 0.005 125 V 0.111 0.353 0.351 0.034 0.033 0.076 0.011 0.002 0.024 0.002 0.002 126 E 0.331 0.200 0.187 0.184 0.024 0.026 0.016 0.003 0.026 0.002 0.001 127 G 0.060 0.025 0.056 0.022 0.295 0.004 0.064 0.212 0.004 0.256 0.001 128 I 0.224 0.158 0.180 0.338 0.026 0.031 0.012 0.002 0.026 0.001 0.003 129 G 0.070 0.026 0.080 0.017 0.200 0.003 0.037 0.156 0.003 0.408 0.001 130 D 0.362 0.051 0.115 0.359 0.022 0.045 0.019 0.003 0.012 0.002 0.009 131 F 0.040 0.579 0.158 0.063 0.117 0.013 0.011 0.003 0.014 0.002 0.001 132 V 0.014 0.692 0.211 0.007 0.023 0.021 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 133 D 0.009 0.551 0.352 0.002 0.029 0.040 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 134 I 0.011 0.819 0.084 0.008 0.038 0.020 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 135 E 0.007 0.743 0.146 0.002 0.054 0.021 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 136 V 0.012 0.709 0.190 0.003 0.020 0.037 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 137 I 0.034 0.390 0.379 0.018 0.012 0.126 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 138 S 0.137 0.399 0.165 0.087 0.134 0.038 0.006 0.002 0.023 0.007 0.001 139 D 0.218 0.110 0.086 0.409 0.097 0.036 0.018 0.003 0.016 0.006 0.001 140 S 0.021 0.253 0.360 0.020 0.138 0.043 0.010 0.001 0.147 0.007 0.001 141 P 0.604 0.012 0.305 0.018 0.002 0.028 0.002 0.001 0.007 0.005 0.015 142 E 0.969 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 143 E 0.971 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 144 A 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 K 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 M 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 L 0.110 0.001 0.001 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.744 0.251 0.001 0.002 0.001 157 L 0.001 0.169 0.777 0.005 0.012 0.033 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 158 K 0.001 0.079 0.817 0.001 0.025 0.070 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 159 E 0.953 0.005 0.010 0.023 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 E 0.875 0.002 0.007 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 D 0.414 0.005 0.035 0.500 0.003 0.018 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 162 V 0.523 0.046 0.224 0.163 0.004 0.016 0.017 0.002 0.004 0.001 0.001 163 E 0.327 0.121 0.427 0.006 0.010 0.015 0.007 0.001 0.082 0.004 0.001 164 P 0.543 0.005 0.404 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 165 R 0.846 0.034 0.058 0.022 0.018 0.004 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 166 L 0.893 0.018 0.065 0.008 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 Y 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 I 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 N 0.935 0.002 0.004 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 E 0.904 0.009 0.034 0.041 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 174 L 0.825 0.007 0.027 0.131 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 175 S 0.385 0.023 0.080 0.484 0.009 0.006 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 176 G 0.133 0.019 0.162 0.056 0.093 0.010 0.062 0.230 0.011 0.223 0.001 177 R 0.271 0.116 0.416 0.126 0.023 0.024 0.005 0.002 0.012 0.004 0.002 178 S 0.196 0.106 0.448 0.128 0.033 0.036 0.020 0.011 0.013 0.007 0.002 179 S 0.318 0.116 0.202 0.130 0.108 0.018 0.027 0.033 0.012 0.034 0.001