# TARGET T0197 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.090 0.106 0.056 0.029 0.129 0.021 0.030 0.319 0.113 0.075 0.032 2 H 0.087 0.097 0.039 0.014 0.152 0.018 0.029 0.376 0.106 0.056 0.026 3 H 0.118 0.059 0.023 0.021 0.124 0.027 0.054 0.378 0.101 0.062 0.033 4 H 0.123 0.083 0.043 0.040 0.142 0.037 0.051 0.295 0.069 0.072 0.045 5 H 0.157 0.066 0.037 0.037 0.163 0.044 0.042 0.215 0.075 0.105 0.059 6 H 0.075 0.180 0.099 0.094 0.129 0.058 0.082 0.134 0.047 0.072 0.029 7 H 0.129 0.122 0.093 0.065 0.163 0.025 0.024 0.062 0.034 0.175 0.109 8 G 0.201 0.192 0.044 0.024 0.312 0.026 0.036 0.048 0.028 0.047 0.042 9 S 0.217 0.162 0.022 0.004 0.534 0.005 0.009 0.010 0.004 0.011 0.022 10 E 0.287 0.100 0.010 0.005 0.555 0.005 0.004 0.004 0.001 0.005 0.024 11 V 0.219 0.105 0.007 0.002 0.646 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 12 E 0.354 0.056 0.004 0.002 0.530 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 13 I 0.182 0.111 0.011 0.002 0.664 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.022 14 K 0.394 0.063 0.008 0.003 0.436 0.006 0.007 0.008 0.006 0.010 0.060 15 F 0.112 0.238 0.057 0.009 0.532 0.003 0.004 0.009 0.004 0.006 0.024 16 K 0.280 0.122 0.027 0.003 0.365 0.005 0.013 0.026 0.022 0.042 0.097 17 I 0.043 0.304 0.202 0.058 0.167 0.057 0.049 0.039 0.024 0.031 0.024 18 K 0.176 0.300 0.133 0.012 0.254 0.003 0.003 0.011 0.007 0.033 0.068 19 L 0.010 0.021 0.007 0.004 0.029 0.005 0.006 0.433 0.443 0.036 0.007 20 E 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.007 0.021 0.813 0.137 0.009 0.001 21 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.850 0.085 0.043 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.074 0.020 0.001 23 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.937 0.051 0.002 0.001 24 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.944 0.044 0.002 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.931 0.055 0.004 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.862 0.115 0.015 0.001 27 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.792 0.171 0.010 0.001 28 T 0.002 0.008 0.002 0.002 0.006 0.003 0.075 0.779 0.082 0.038 0.002 29 F 0.015 0.226 0.180 0.023 0.079 0.044 0.089 0.152 0.081 0.103 0.009 30 N 0.237 0.084 0.032 0.013 0.109 0.005 0.011 0.053 0.035 0.183 0.237 31 P 0.058 0.091 0.026 0.009 0.124 0.012 0.013 0.260 0.263 0.110 0.035 32 E 0.016 0.059 0.031 0.017 0.052 0.033 0.104 0.489 0.150 0.041 0.007 33 F 0.121 0.077 0.035 0.007 0.148 0.007 0.022 0.218 0.105 0.203 0.057 34 V 0.161 0.156 0.029 0.012 0.230 0.012 0.022 0.205 0.069 0.058 0.044 35 R 0.081 0.188 0.074 0.026 0.231 0.025 0.035 0.221 0.053 0.048 0.018 36 Y 0.314 0.055 0.011 0.006 0.318 0.005 0.012 0.136 0.041 0.034 0.067 37 E 0.147 0.110 0.028 0.043 0.254 0.067 0.064 0.188 0.048 0.026 0.026 38 E 0.212 0.123 0.034 0.010 0.339 0.009 0.018 0.089 0.032 0.056 0.078 39 Q 0.151 0.169 0.046 0.032 0.277 0.039 0.043 0.121 0.046 0.037 0.039 40 E 0.180 0.100 0.021 0.027 0.236 0.045 0.064 0.090 0.058 0.087 0.092 41 D 0.238 0.080 0.021 0.013 0.397 0.013 0.019 0.052 0.044 0.054 0.067 42 V 0.222 0.076 0.019 0.014 0.325 0.010 0.023 0.080 0.085 0.076 0.070 43 Y 0.184 0.147 0.041 0.020 0.351 0.020 0.031 0.057 0.044 0.051 0.054 44 F 0.140 0.192 0.037 0.011 0.322 0.011 0.021 0.065 0.067 0.071 0.062 45 E 0.142 0.085 0.029 0.019 0.180 0.021 0.045 0.039 0.067 0.256 0.117 46 V 0.061 0.303 0.269 0.051 0.164 0.011 0.013 0.034 0.038 0.036 0.020 47 P 0.039 0.179 0.123 0.035 0.080 0.038 0.057 0.139 0.128 0.140 0.041 48 R 0.088 0.164 0.066 0.026 0.226 0.022 0.034 0.132 0.126 0.087 0.029 49 P 0.029 0.082 0.059 0.024 0.062 0.021 0.036 0.276 0.192 0.179 0.040 50 K 0.052 0.202 0.055 0.005 0.108 0.006 0.022 0.279 0.130 0.116 0.024 51 L 0.063 0.025 0.006 0.002 0.067 0.003 0.005 0.453 0.242 0.104 0.031 52 L 0.008 0.034 0.014 0.006 0.019 0.008 0.030 0.730 0.133 0.015 0.004 53 R 0.032 0.020 0.009 0.005 0.042 0.006 0.021 0.648 0.118 0.085 0.014 54 I 0.039 0.072 0.023 0.011 0.082 0.016 0.032 0.551 0.121 0.040 0.012 55 R 0.105 0.077 0.023 0.008 0.157 0.008 0.017 0.385 0.111 0.068 0.042 56 G 0.081 0.054 0.014 0.005 0.136 0.011 0.025 0.457 0.119 0.066 0.032 57 V 0.077 0.083 0.014 0.009 0.163 0.016 0.068 0.411 0.081 0.056 0.022 58 H 0.102 0.076 0.029 0.022 0.134 0.031 0.077 0.280 0.099 0.104 0.047 59 N 0.086 0.092 0.091 0.090 0.123 0.044 0.049 0.167 0.080 0.123 0.055 60 L 0.031 0.173 0.101 0.122 0.080 0.060 0.084 0.180 0.089 0.063 0.018 61 K 0.043 0.084 0.052 0.058 0.062 0.049 0.082 0.150 0.125 0.239 0.057 62 K 0.107 0.209 0.074 0.038 0.239 0.020 0.030 0.055 0.063 0.108 0.057 63 Y 0.271 0.136 0.020 0.005 0.483 0.002 0.005 0.011 0.008 0.015 0.044 64 Y 0.118 0.272 0.041 0.003 0.538 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.013 65 L 0.401 0.083 0.013 0.001 0.440 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.051 66 T 0.173 0.194 0.068 0.029 0.330 0.045 0.040 0.025 0.018 0.030 0.048 67 F 0.188 0.229 0.111 0.024 0.304 0.005 0.005 0.019 0.018 0.036 0.063 68 K 0.074 0.109 0.080 0.079 0.123 0.079 0.112 0.131 0.093 0.085 0.034 69 E 0.039 0.237 0.248 0.099 0.129 0.034 0.034 0.056 0.042 0.055 0.027 70 I 0.113 0.199 0.093 0.027 0.191 0.019 0.039 0.130 0.091 0.052 0.046 71 L 0.117 0.133 0.080 0.023 0.159 0.023 0.042 0.084 0.098 0.171 0.071 72 D 0.076 0.131 0.061 0.040 0.154 0.053 0.087 0.162 0.106 0.090 0.040 73 E 0.059 0.094 0.074 0.091 0.085 0.068 0.069 0.092 0.072 0.236 0.061 74 N 0.057 0.169 0.209 0.160 0.110 0.042 0.024 0.057 0.043 0.083 0.047 75 N 0.153 0.218 0.073 0.011 0.228 0.008 0.018 0.111 0.069 0.066 0.046 76 E 0.114 0.209 0.080 0.016 0.197 0.012 0.038 0.136 0.069 0.086 0.042 77 E 0.179 0.182 0.041 0.014 0.229 0.017 0.028 0.137 0.056 0.060 0.057 78 F 0.125 0.168 0.058 0.027 0.250 0.032 0.039 0.160 0.057 0.052 0.032 79 Y 0.144 0.126 0.039 0.013 0.286 0.015 0.039 0.191 0.064 0.049 0.034 80 E 0.414 0.053 0.007 0.007 0.324 0.011 0.009 0.052 0.023 0.020 0.079 81 V 0.062 0.264 0.026 0.019 0.418 0.036 0.029 0.083 0.030 0.020 0.013 82 E 0.511 0.017 0.003 0.001 0.280 0.001 0.005 0.012 0.010 0.041 0.119 83 F 0.041 0.489 0.073 0.015 0.344 0.010 0.006 0.009 0.006 0.003 0.005 84 E 0.251 0.113 0.020 0.002 0.429 0.001 0.004 0.015 0.010 0.028 0.128 85 I 0.214 0.093 0.029 0.007 0.326 0.009 0.025 0.077 0.073 0.068 0.080 86 G 0.011 0.153 0.080 0.086 0.055 0.133 0.120 0.142 0.100 0.106 0.015 87 D 0.333 0.115 0.054 0.002 0.391 0.001 0.001 0.007 0.005 0.025 0.066 88 F 0.005 0.012 0.002 0.001 0.015 0.004 0.005 0.480 0.420 0.050 0.006 89 E 0.001 0.006 0.002 0.002 0.004 0.005 0.022 0.827 0.111 0.016 0.002 90 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.855 0.098 0.037 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.064 0.016 0.001 92 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.943 0.050 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.961 0.032 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.047 0.002 0.001 95 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.918 0.073 0.007 0.001 96 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.834 0.152 0.002 0.001 97 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.865 0.072 0.006 0.001 98 L 0.003 0.481 0.403 0.012 0.034 0.004 0.006 0.024 0.012 0.019 0.001 99 G 0.065 0.038 0.019 0.028 0.026 0.015 0.020 0.066 0.036 0.477 0.209 100 F 0.091 0.184 0.048 0.014 0.181 0.015 0.015 0.123 0.110 0.152 0.066 101 K 0.041 0.265 0.099 0.034 0.207 0.025 0.041 0.159 0.069 0.038 0.021 102 I 0.266 0.086 0.029 0.006 0.285 0.010 0.026 0.134 0.054 0.057 0.047 103 Q 0.093 0.135 0.043 0.035 0.217 0.039 0.091 0.184 0.065 0.064 0.035 104 A 0.127 0.222 0.123 0.029 0.287 0.012 0.012 0.073 0.023 0.043 0.049 105 T 0.113 0.239 0.053 0.005 0.397 0.008 0.026 0.098 0.022 0.025 0.014 106 I 0.457 0.046 0.006 0.002 0.370 0.002 0.004 0.034 0.010 0.012 0.058 107 K 0.087 0.246 0.061 0.048 0.323 0.067 0.039 0.083 0.016 0.014 0.016 108 K 0.222 0.174 0.035 0.005 0.445 0.005 0.011 0.041 0.008 0.018 0.035 109 K 0.357 0.078 0.013 0.009 0.351 0.016 0.021 0.045 0.014 0.025 0.070 110 R 0.237 0.138 0.019 0.018 0.438 0.036 0.020 0.038 0.012 0.010 0.035 111 W 0.331 0.064 0.007 0.004 0.482 0.011 0.009 0.028 0.009 0.012 0.043 112 V 0.423 0.040 0.003 0.004 0.378 0.010 0.014 0.027 0.013 0.025 0.063 113 Y 0.250 0.144 0.015 0.005 0.496 0.005 0.004 0.012 0.006 0.013 0.050 114 K 0.464 0.049 0.023 0.013 0.220 0.013 0.011 0.021 0.013 0.025 0.147 115 L 0.016 0.058 0.084 0.454 0.031 0.177 0.076 0.046 0.030 0.020 0.009 116 N 0.001 0.018 0.032 0.435 0.003 0.208 0.224 0.044 0.025 0.009 0.001 117 G 0.057 0.032 0.013 0.025 0.059 0.033 0.051 0.093 0.217 0.311 0.110 118 V 0.121 0.132 0.011 0.002 0.704 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.018 119 T 0.294 0.023 0.002 0.001 0.637 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.033 120 L 0.259 0.071 0.004 0.001 0.621 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.038 121 E 0.223 0.126 0.015 0.003 0.575 0.008 0.009 0.007 0.002 0.005 0.027 122 V 0.320 0.081 0.008 0.003 0.432 0.004 0.005 0.019 0.013 0.026 0.090 123 N 0.183 0.096 0.028 0.049 0.194 0.086 0.117 0.103 0.036 0.024 0.083 124 R 0.117 0.127 0.042 0.008 0.175 0.008 0.016 0.176 0.103 0.151 0.076 125 V 0.146 0.087 0.026 0.022 0.153 0.035 0.038 0.196 0.117 0.107 0.072 126 E 0.019 0.086 0.070 0.134 0.032 0.124 0.155 0.198 0.106 0.059 0.015 127 G 0.047 0.042 0.062 0.063 0.043 0.045 0.084 0.207 0.096 0.239 0.072 128 I 0.073 0.151 0.099 0.079 0.099 0.047 0.046 0.149 0.106 0.110 0.040 129 G 0.026 0.129 0.104 0.096 0.070 0.096 0.082 0.196 0.107 0.076 0.019 130 D 0.056 0.086 0.068 0.021 0.088 0.018 0.064 0.316 0.124 0.139 0.020 131 F 0.137 0.152 0.066 0.010 0.213 0.010 0.040 0.190 0.059 0.080 0.043 132 V 0.178 0.190 0.025 0.006 0.437 0.008 0.012 0.066 0.016 0.019 0.043 133 D 0.194 0.133 0.018 0.006 0.556 0.011 0.010 0.038 0.005 0.011 0.018 134 I 0.292 0.053 0.003 0.002 0.612 0.004 0.003 0.016 0.002 0.002 0.013 135 E 0.284 0.065 0.005 0.004 0.594 0.006 0.003 0.014 0.003 0.001 0.021 136 V 0.181 0.180 0.019 0.002 0.527 0.004 0.006 0.030 0.005 0.003 0.042 137 I 0.293 0.075 0.010 0.003 0.276 0.008 0.027 0.064 0.024 0.058 0.162 138 S 0.087 0.236 0.123 0.053 0.194 0.039 0.052 0.077 0.045 0.055 0.038 139 D 0.054 0.151 0.122 0.082 0.086 0.075 0.077 0.134 0.082 0.092 0.044 140 S 0.100 0.254 0.145 0.027 0.192 0.010 0.015 0.085 0.058 0.075 0.039 141 P 0.026 0.104 0.036 0.012 0.052 0.016 0.019 0.485 0.180 0.053 0.017 142 E 0.004 0.013 0.005 0.003 0.008 0.010 0.023 0.797 0.116 0.019 0.004 143 E 0.004 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.005 0.847 0.087 0.034 0.005 144 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.071 0.015 0.001 145 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.040 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.957 0.031 0.001 0.001 147 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.027 0.004 0.001 148 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.063 0.010 0.001 149 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.947 0.046 0.002 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.024 0.002 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.048 0.002 0.001 152 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.911 0.074 0.006 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.814 0.126 0.002 0.001 154 M 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.168 0.681 0.130 0.010 0.001 155 L 0.001 0.778 0.181 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 156 G 0.103 0.003 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.431 0.439 157 L 0.027 0.563 0.229 0.004 0.155 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.010 158 K 0.010 0.614 0.295 0.014 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 159 E 0.006 0.007 0.005 0.004 0.014 0.013 0.033 0.336 0.576 0.005 0.002 160 E 0.002 0.013 0.016 0.009 0.004 0.012 0.028 0.468 0.333 0.109 0.006 161 D 0.017 0.025 0.005 0.001 0.045 0.002 0.035 0.358 0.126 0.361 0.026 162 V 0.049 0.054 0.011 0.002 0.061 0.006 0.015 0.479 0.196 0.105 0.023 163 E 0.027 0.133 0.040 0.010 0.111 0.005 0.030 0.469 0.124 0.037 0.015 164 P 0.030 0.031 0.010 0.004 0.038 0.008 0.039 0.630 0.133 0.063 0.013 165 R 0.011 0.035 0.017 0.013 0.024 0.008 0.040 0.723 0.099 0.023 0.008 166 L 0.015 0.037 0.009 0.002 0.027 0.001 0.010 0.823 0.058 0.011 0.006 167 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.068 0.007 0.001 168 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.049 0.001 0.001 169 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.045 0.002 0.001 170 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.934 0.047 0.007 0.001 171 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.803 0.141 0.035 0.002 172 N 0.002 0.013 0.003 0.002 0.006 0.005 0.027 0.729 0.179 0.032 0.002 173 E 0.008 0.044 0.014 0.007 0.022 0.011 0.107 0.567 0.153 0.059 0.009 174 L 0.031 0.041 0.016 0.008 0.050 0.017 0.163 0.331 0.130 0.180 0.033 175 S 0.088 0.137 0.038 0.011 0.157 0.019 0.055 0.142 0.111 0.169 0.074 176 G 0.074 0.153 0.112 0.054 0.131 0.024 0.032 0.134 0.102 0.131 0.053 177 R 0.042 0.237 0.130 0.023 0.129 0.020 0.046 0.174 0.110 0.069 0.022 178 S 0.057 0.150 0.084 0.020 0.133 0.019 0.049 0.191 0.139 0.118 0.040 179 S 0.059 0.126 0.075 0.023 0.134 0.023 0.055 0.182 0.139 0.146 0.038