# TARGET T0197 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.775 0.164 0.044 0.014 0.002 0.001 0.001 2 H 0.768 0.157 0.050 0.020 0.005 0.001 0.001 3 H 0.778 0.158 0.043 0.016 0.005 0.001 0.001 4 H 0.668 0.200 0.073 0.038 0.016 0.004 0.001 5 H 0.528 0.196 0.141 0.094 0.033 0.007 0.001 6 H 0.693 0.212 0.061 0.024 0.008 0.002 0.001 7 H 0.554 0.245 0.118 0.060 0.019 0.003 0.001 8 G 0.446 0.251 0.133 0.099 0.050 0.018 0.002 9 S 0.319 0.270 0.179 0.146 0.065 0.019 0.002 10 E 0.311 0.269 0.190 0.138 0.065 0.023 0.005 11 V 0.193 0.156 0.145 0.192 0.168 0.116 0.031 12 E 0.170 0.148 0.187 0.253 0.168 0.065 0.010 13 I 0.132 0.117 0.127 0.171 0.211 0.200 0.042 14 K 0.081 0.157 0.249 0.291 0.166 0.051 0.005 15 F 0.026 0.060 0.085 0.197 0.357 0.256 0.019 16 K 0.047 0.187 0.291 0.293 0.141 0.039 0.002 17 I 0.050 0.140 0.220 0.328 0.208 0.052 0.002 18 K 0.358 0.467 0.136 0.033 0.006 0.001 0.001 19 L 0.217 0.310 0.290 0.151 0.030 0.003 0.001 20 E 0.829 0.152 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 21 D 0.203 0.480 0.244 0.061 0.011 0.001 0.001 22 F 0.011 0.039 0.136 0.363 0.380 0.070 0.001 23 L 0.083 0.396 0.358 0.141 0.020 0.001 0.001 24 H 0.345 0.552 0.089 0.013 0.001 0.001 0.001 25 T 0.016 0.097 0.272 0.412 0.185 0.018 0.001 26 L 0.024 0.043 0.143 0.406 0.326 0.058 0.001 27 N 0.441 0.420 0.107 0.026 0.004 0.001 0.001 28 T 0.487 0.374 0.106 0.026 0.005 0.001 0.001 29 F 0.085 0.150 0.250 0.312 0.165 0.036 0.002 30 N 0.435 0.355 0.141 0.048 0.016 0.004 0.001 31 P 0.342 0.199 0.168 0.190 0.085 0.015 0.001 32 E 0.541 0.289 0.106 0.045 0.015 0.003 0.001 33 F 0.283 0.293 0.202 0.140 0.065 0.016 0.001 34 V 0.126 0.138 0.178 0.255 0.211 0.083 0.009 35 R 0.323 0.278 0.179 0.133 0.063 0.021 0.003 36 Y 0.228 0.260 0.196 0.172 0.102 0.036 0.007 37 E 0.165 0.220 0.212 0.204 0.131 0.058 0.010 38 E 0.099 0.183 0.212 0.226 0.173 0.090 0.016 39 Q 0.043 0.060 0.094 0.179 0.282 0.276 0.066 40 E 0.078 0.107 0.124 0.197 0.226 0.222 0.046 41 D 0.066 0.109 0.176 0.213 0.218 0.179 0.039 42 V 0.027 0.037 0.064 0.149 0.265 0.346 0.112 43 Y 0.047 0.057 0.084 0.156 0.246 0.317 0.094 44 F 0.083 0.069 0.090 0.165 0.244 0.273 0.076 45 E 0.198 0.245 0.210 0.167 0.112 0.059 0.008 46 V 0.168 0.154 0.174 0.219 0.174 0.094 0.018 47 P 0.385 0.233 0.139 0.121 0.074 0.040 0.008 48 R 0.309 0.277 0.188 0.130 0.069 0.023 0.003 49 P 0.399 0.305 0.152 0.089 0.039 0.013 0.002 50 K 0.332 0.313 0.191 0.106 0.041 0.014 0.003 51 L 0.115 0.107 0.159 0.246 0.246 0.114 0.013 52 L 0.204 0.290 0.227 0.162 0.080 0.031 0.005 53 R 0.249 0.293 0.199 0.145 0.075 0.033 0.005 54 I 0.078 0.111 0.172 0.236 0.238 0.146 0.019 55 R 0.069 0.097 0.145 0.234 0.246 0.181 0.029 56 G 0.154 0.190 0.166 0.178 0.166 0.120 0.026 57 V 0.154 0.193 0.200 0.205 0.152 0.083 0.013 58 H 0.204 0.218 0.177 0.186 0.127 0.076 0.013 59 N 0.240 0.188 0.167 0.182 0.148 0.066 0.009 60 L 0.304 0.218 0.173 0.167 0.101 0.034 0.004 61 K 0.483 0.289 0.138 0.065 0.020 0.005 0.001 62 K 0.384 0.325 0.170 0.082 0.029 0.009 0.001 63 Y 0.052 0.103 0.159 0.270 0.275 0.128 0.011 64 Y 0.028 0.098 0.201 0.288 0.255 0.120 0.009 65 L 0.012 0.012 0.031 0.108 0.260 0.479 0.098 66 T 0.018 0.050 0.125 0.260 0.320 0.205 0.022 67 F 0.030 0.046 0.105 0.216 0.341 0.238 0.024 68 K 0.173 0.277 0.229 0.178 0.112 0.029 0.002 69 E 0.318 0.332 0.215 0.096 0.032 0.007 0.001 70 I 0.255 0.227 0.235 0.197 0.070 0.015 0.001 71 L 0.542 0.249 0.121 0.067 0.019 0.002 0.001 72 D 0.759 0.178 0.048 0.012 0.002 0.001 0.001 73 E 0.834 0.116 0.032 0.013 0.003 0.001 0.001 74 N 0.764 0.159 0.047 0.020 0.008 0.002 0.001 75 N 0.572 0.246 0.123 0.048 0.009 0.001 0.001 76 E 0.528 0.331 0.100 0.032 0.007 0.001 0.001 77 E 0.337 0.314 0.190 0.120 0.034 0.005 0.001 78 F 0.341 0.300 0.209 0.115 0.030 0.004 0.001 79 Y 0.344 0.331 0.182 0.108 0.031 0.004 0.001 80 E 0.255 0.231 0.210 0.195 0.091 0.018 0.001 81 V 0.179 0.212 0.213 0.221 0.127 0.044 0.004 82 E 0.255 0.267 0.205 0.162 0.083 0.027 0.002 83 F 0.111 0.137 0.173 0.246 0.233 0.094 0.007 84 E 0.200 0.320 0.244 0.160 0.060 0.015 0.001 85 I 0.098 0.119 0.162 0.271 0.253 0.093 0.004 86 G 0.409 0.340 0.161 0.067 0.018 0.004 0.001 87 D 0.307 0.433 0.177 0.066 0.014 0.002 0.001 88 F 0.067 0.185 0.339 0.288 0.107 0.014 0.001 89 E 0.550 0.371 0.068 0.010 0.001 0.001 0.001 90 K 0.057 0.297 0.388 0.206 0.046 0.005 0.001 91 A 0.003 0.013 0.046 0.197 0.491 0.242 0.008 92 V 0.010 0.173 0.380 0.325 0.099 0.013 0.001 93 E 0.078 0.504 0.297 0.098 0.020 0.003 0.001 94 V 0.005 0.025 0.092 0.294 0.409 0.169 0.006 95 F 0.006 0.011 0.033 0.170 0.419 0.339 0.023 96 K 0.098 0.447 0.298 0.124 0.027 0.005 0.001 97 R 0.161 0.386 0.287 0.127 0.033 0.006 0.001 98 L 0.019 0.062 0.128 0.282 0.329 0.168 0.012 99 G 0.106 0.233 0.244 0.220 0.144 0.049 0.003 100 F 0.233 0.237 0.197 0.201 0.105 0.025 0.002 101 K 0.258 0.373 0.218 0.109 0.035 0.007 0.001 102 I 0.180 0.275 0.233 0.196 0.092 0.022 0.002 103 Q 0.160 0.277 0.254 0.191 0.090 0.026 0.002 104 A 0.120 0.192 0.208 0.238 0.176 0.062 0.004 105 T 0.142 0.311 0.272 0.189 0.069 0.015 0.001 106 I 0.051 0.075 0.112 0.253 0.324 0.171 0.012 107 K 0.148 0.329 0.287 0.173 0.052 0.010 0.001 108 K 0.109 0.252 0.233 0.207 0.147 0.048 0.004 109 K 0.066 0.182 0.266 0.285 0.156 0.042 0.002 110 R 0.066 0.135 0.195 0.307 0.223 0.072 0.003 111 W 0.239 0.393 0.181 0.112 0.054 0.019 0.002 112 V 0.104 0.286 0.291 0.206 0.086 0.027 0.001 113 Y 0.023 0.049 0.109 0.287 0.353 0.173 0.007 114 K 0.198 0.339 0.249 0.155 0.053 0.007 0.001 115 L 0.253 0.238 0.213 0.204 0.079 0.013 0.001 116 N 0.496 0.388 0.094 0.020 0.002 0.001 0.001 117 G 0.238 0.516 0.186 0.051 0.009 0.001 0.001 118 V 0.003 0.022 0.084 0.298 0.434 0.154 0.004 119 T 0.010 0.127 0.339 0.356 0.143 0.024 0.001 120 L 0.002 0.006 0.020 0.095 0.351 0.468 0.058 121 E 0.009 0.124 0.310 0.362 0.157 0.036 0.002 122 V 0.005 0.023 0.067 0.215 0.384 0.282 0.025 123 N 0.039 0.213 0.244 0.230 0.184 0.082 0.007 124 R 0.043 0.205 0.307 0.295 0.117 0.031 0.002 125 V 0.045 0.099 0.154 0.290 0.289 0.114 0.009 126 E 0.199 0.399 0.233 0.112 0.043 0.012 0.002 127 G 0.276 0.314 0.196 0.130 0.059 0.022 0.003 128 I 0.083 0.143 0.159 0.216 0.242 0.138 0.018 129 G 0.138 0.213 0.206 0.219 0.152 0.065 0.008 130 D 0.104 0.276 0.265 0.209 0.092 0.042 0.011 131 F 0.026 0.048 0.093 0.187 0.237 0.285 0.124 132 V 0.021 0.039 0.061 0.165 0.288 0.312 0.114 133 D 0.039 0.092 0.162 0.214 0.257 0.171 0.065 134 I 0.012 0.017 0.048 0.114 0.206 0.421 0.182 135 E 0.020 0.051 0.112 0.235 0.311 0.238 0.034 136 V 0.044 0.086 0.138 0.217 0.292 0.191 0.032 137 I 0.067 0.151 0.261 0.265 0.184 0.069 0.004 138 S 0.061 0.120 0.185 0.324 0.247 0.061 0.002 139 D 0.453 0.295 0.156 0.069 0.021 0.005 0.001 140 S 0.590 0.240 0.112 0.046 0.010 0.001 0.001 141 P 0.762 0.173 0.048 0.013 0.003 0.001 0.001 142 E 0.855 0.115 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 143 E 0.619 0.282 0.079 0.016 0.003 0.001 0.001 144 A 0.036 0.125 0.234 0.373 0.202 0.030 0.001 145 K 0.031 0.235 0.397 0.254 0.075 0.008 0.001 146 E 0.266 0.562 0.142 0.026 0.004 0.001 0.001 147 K 0.007 0.085 0.328 0.429 0.136 0.014 0.001 148 I 0.005 0.009 0.021 0.107 0.408 0.421 0.029 149 W 0.023 0.206 0.395 0.283 0.083 0.010 0.001 150 E 0.057 0.424 0.359 0.129 0.026 0.004 0.001 151 V 0.007 0.017 0.041 0.176 0.442 0.305 0.012 152 A 0.010 0.033 0.140 0.389 0.339 0.086 0.003 153 K 0.324 0.513 0.129 0.027 0.005 0.001 0.001 154 M 0.132 0.303 0.327 0.190 0.043 0.005 0.001 155 L 0.020 0.047 0.138 0.361 0.332 0.098 0.004 156 G 0.316 0.475 0.156 0.040 0.011 0.002 0.001 157 L 0.106 0.137 0.206 0.340 0.177 0.033 0.002 158 K 0.478 0.360 0.119 0.037 0.006 0.001 0.001 159 E 0.628 0.262 0.082 0.023 0.005 0.001 0.001 160 E 0.662 0.220 0.070 0.034 0.011 0.002 0.001 161 D 0.236 0.295 0.234 0.154 0.066 0.013 0.001 162 V 0.089 0.164 0.206 0.244 0.203 0.084 0.010 163 E 0.027 0.071 0.113 0.220 0.293 0.234 0.043 164 P 0.036 0.098 0.157 0.231 0.271 0.179 0.027 165 R 0.033 0.098 0.173 0.251 0.249 0.165 0.031 166 L 0.016 0.034 0.055 0.140 0.249 0.346 0.161 167 Y 0.008 0.015 0.025 0.070 0.181 0.434 0.267 168 L 0.021 0.056 0.110 0.208 0.248 0.277 0.081 169 E 0.054 0.142 0.190 0.232 0.204 0.143 0.034 170 L 0.026 0.041 0.084 0.183 0.304 0.309 0.054 171 I 0.036 0.055 0.102 0.227 0.340 0.219 0.020 172 N 0.145 0.277 0.274 0.207 0.080 0.016 0.001 173 E 0.401 0.333 0.179 0.069 0.016 0.002 0.001 174 L 0.342 0.310 0.207 0.104 0.032 0.004 0.001 175 S 0.368 0.287 0.205 0.110 0.027 0.003 0.001 176 G 0.694 0.224 0.060 0.018 0.004 0.001 0.001 177 R 0.687 0.192 0.075 0.035 0.009 0.001 0.001 178 S 0.799 0.140 0.042 0.015 0.004 0.001 0.001 179 S 0.801 0.140 0.039 0.015 0.004 0.001 0.001