# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.072 0.015 0.020 0.025 0.229 0.638 2 H 0.104 0.020 0.026 0.042 0.248 0.560 3 H 0.099 0.028 0.027 0.043 0.276 0.527 4 H 0.078 0.013 0.035 0.071 0.333 0.471 5 H 0.074 0.020 0.057 0.167 0.277 0.404 6 H 0.078 0.017 0.049 0.222 0.235 0.399 7 H 0.065 0.015 0.056 0.335 0.175 0.354 8 G 0.131 0.009 0.028 0.167 0.152 0.514 9 S 0.425 0.011 0.024 0.190 0.134 0.216 10 E 0.733 0.004 0.010 0.105 0.070 0.079 11 V 0.859 0.003 0.005 0.076 0.034 0.023 12 E 0.878 0.001 0.003 0.083 0.022 0.013 13 I 0.836 0.001 0.003 0.109 0.020 0.031 14 K 0.681 0.003 0.006 0.159 0.043 0.110 15 F 0.625 0.007 0.006 0.077 0.043 0.241 16 K 0.304 0.012 0.005 0.019 0.083 0.577 17 I 0.154 0.041 0.002 0.006 0.094 0.703 18 K 0.034 0.005 0.001 0.003 0.083 0.874 19 L 0.002 0.001 0.112 0.798 0.049 0.038 20 E 0.001 0.001 0.127 0.846 0.021 0.005 21 D 0.001 0.001 0.157 0.821 0.018 0.002 22 F 0.002 0.001 0.017 0.968 0.007 0.005 23 L 0.002 0.001 0.011 0.977 0.005 0.004 24 H 0.002 0.001 0.010 0.973 0.009 0.006 25 T 0.001 0.001 0.008 0.969 0.011 0.009 26 L 0.001 0.002 0.013 0.953 0.019 0.012 27 N 0.001 0.001 0.027 0.903 0.042 0.026 28 T 0.002 0.002 0.029 0.744 0.092 0.132 29 F 0.005 0.011 0.015 0.260 0.167 0.541 30 N 0.004 0.003 0.004 0.011 0.164 0.815 31 P 0.003 0.001 0.466 0.173 0.261 0.096 32 E 0.013 0.001 0.493 0.146 0.289 0.058 33 F 0.062 0.008 0.469 0.206 0.208 0.047 34 V 0.245 0.032 0.054 0.191 0.190 0.288 35 R 0.370 0.019 0.031 0.158 0.111 0.310 36 Y 0.365 0.010 0.049 0.305 0.089 0.183 37 E 0.496 0.009 0.054 0.158 0.102 0.181 38 E 0.480 0.013 0.079 0.131 0.134 0.163 39 Q 0.326 0.013 0.157 0.140 0.236 0.127 40 E 0.361 0.009 0.077 0.102 0.280 0.172 41 D 0.399 0.005 0.056 0.056 0.269 0.215 42 V 0.646 0.013 0.026 0.050 0.105 0.160 43 Y 0.779 0.020 0.013 0.040 0.047 0.100 44 F 0.831 0.019 0.013 0.019 0.046 0.073 45 E 0.651 0.019 0.009 0.018 0.128 0.175 46 V 0.354 0.019 0.008 0.005 0.339 0.275 47 P 0.104 0.011 0.009 0.004 0.634 0.238 48 R 0.032 0.009 0.020 0.004 0.745 0.190 49 P 0.041 0.007 0.028 0.004 0.762 0.158 50 K 0.213 0.008 0.030 0.003 0.479 0.267 51 L 0.823 0.010 0.006 0.002 0.068 0.091 52 L 0.966 0.002 0.001 0.001 0.009 0.021 53 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 54 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 55 R 0.919 0.002 0.001 0.002 0.016 0.060 56 G 0.771 0.004 0.002 0.002 0.067 0.155 57 V 0.497 0.023 0.024 0.008 0.303 0.145 58 H 0.237 0.026 0.036 0.009 0.507 0.184 59 N 0.076 0.013 0.042 0.005 0.769 0.096 60 L 0.037 0.005 0.048 0.005 0.807 0.098 61 K 0.080 0.007 0.037 0.007 0.608 0.261 62 K 0.321 0.014 0.011 0.003 0.400 0.251 63 Y 0.694 0.004 0.002 0.001 0.076 0.223 64 Y 0.973 0.005 0.001 0.001 0.005 0.017 65 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 66 T 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.028 67 F 0.789 0.002 0.002 0.002 0.030 0.176 68 K 0.516 0.004 0.009 0.007 0.135 0.329 69 E 0.397 0.010 0.024 0.017 0.224 0.329 70 I 0.338 0.026 0.055 0.041 0.258 0.283 71 L 0.294 0.050 0.048 0.050 0.229 0.329 72 D 0.152 0.013 0.049 0.044 0.452 0.290 73 E 0.047 0.007 0.104 0.138 0.519 0.183 74 N 0.044 0.008 0.064 0.064 0.574 0.247 75 N 0.077 0.015 0.071 0.050 0.507 0.279 76 E 0.195 0.014 0.078 0.057 0.290 0.366 77 E 0.412 0.019 0.056 0.054 0.195 0.264 78 F 0.614 0.008 0.047 0.045 0.119 0.166 79 Y 0.787 0.004 0.012 0.028 0.054 0.115 80 E 0.867 0.002 0.008 0.029 0.036 0.058 81 V 0.870 0.005 0.004 0.030 0.026 0.065 82 E 0.791 0.004 0.003 0.026 0.037 0.139 83 F 0.570 0.019 0.002 0.014 0.045 0.350 84 E 0.279 0.013 0.003 0.014 0.156 0.534 85 I 0.067 0.008 0.167 0.211 0.299 0.249 86 G 0.030 0.004 0.158 0.181 0.445 0.182 87 D 0.017 0.005 0.145 0.306 0.360 0.167 88 F 0.003 0.001 0.033 0.891 0.038 0.035 89 E 0.005 0.003 0.023 0.916 0.032 0.022 90 K 0.002 0.001 0.016 0.958 0.016 0.008 91 A 0.004 0.001 0.011 0.960 0.009 0.015 92 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 93 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 94 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 95 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 96 K 0.001 0.001 0.008 0.983 0.005 0.003 97 R 0.001 0.001 0.016 0.967 0.009 0.007 98 L 0.001 0.001 0.027 0.831 0.044 0.096 99 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.042 0.953 100 F 0.043 0.005 0.004 0.001 0.078 0.869 101 K 0.485 0.008 0.006 0.001 0.080 0.421 102 I 0.811 0.007 0.006 0.001 0.038 0.138 103 Q 0.876 0.003 0.004 0.001 0.023 0.094 104 A 0.899 0.001 0.003 0.001 0.019 0.078 105 T 0.929 0.001 0.001 0.001 0.017 0.051 106 I 0.939 0.002 0.001 0.001 0.015 0.043 107 K 0.928 0.002 0.001 0.001 0.026 0.042 108 K 0.938 0.001 0.001 0.001 0.022 0.037 109 K 0.943 0.001 0.001 0.001 0.021 0.033 110 R 0.944 0.001 0.001 0.003 0.024 0.026 111 W 0.951 0.001 0.001 0.005 0.018 0.024 112 V 0.971 0.001 0.001 0.005 0.009 0.015 113 Y 0.979 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 114 K 0.954 0.005 0.001 0.003 0.030 0.008 115 L 0.403 0.006 0.003 0.005 0.575 0.008 116 N 0.037 0.001 0.002 0.001 0.950 0.009 117 G 0.033 0.001 0.002 0.001 0.955 0.009 118 V 0.741 0.007 0.001 0.001 0.199 0.052 119 T 0.986 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 120 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 121 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 122 V 0.969 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 123 N 0.798 0.002 0.004 0.003 0.064 0.130 124 R 0.581 0.010 0.017 0.007 0.158 0.227 125 V 0.324 0.036 0.055 0.012 0.367 0.207 126 E 0.261 0.029 0.082 0.012 0.445 0.170 127 G 0.118 0.009 0.101 0.013 0.613 0.145 128 I 0.085 0.010 0.084 0.022 0.598 0.201 129 G 0.107 0.008 0.027 0.003 0.534 0.321 130 D 0.207 0.007 0.021 0.002 0.412 0.352 131 F 0.694 0.008 0.006 0.001 0.091 0.198 132 V 0.955 0.003 0.001 0.001 0.013 0.027 133 D 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 134 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 135 E 0.980 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 136 V 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 137 I 0.860 0.004 0.001 0.002 0.049 0.084 138 S 0.355 0.011 0.002 0.004 0.210 0.417 139 D 0.042 0.006 0.002 0.004 0.386 0.560 140 S 0.009 0.005 0.002 0.010 0.238 0.737 141 P 0.001 0.001 0.042 0.915 0.029 0.013 142 E 0.001 0.001 0.048 0.929 0.018 0.004 143 E 0.001 0.001 0.036 0.948 0.013 0.003 144 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.003 0.004 145 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 146 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 147 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 148 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 149 W 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 152 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 153 K 0.001 0.001 0.005 0.990 0.002 0.002 154 M 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.005 155 L 0.001 0.001 0.004 0.959 0.006 0.031 156 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.976 157 L 0.006 0.004 0.001 0.001 0.032 0.955 158 K 0.056 0.014 0.008 0.003 0.116 0.804 159 E 0.052 0.013 0.344 0.024 0.376 0.190 160 E 0.062 0.009 0.297 0.034 0.425 0.173 161 D 0.039 0.005 0.281 0.103 0.418 0.153 162 V 0.053 0.025 0.045 0.238 0.330 0.309 163 E 0.049 0.022 0.020 0.227 0.204 0.478 164 P 0.023 0.007 0.052 0.564 0.168 0.187 165 R 0.025 0.005 0.070 0.766 0.070 0.063 166 L 0.029 0.005 0.063 0.817 0.052 0.034 167 Y 0.034 0.003 0.033 0.848 0.041 0.041 168 L 0.027 0.002 0.023 0.898 0.027 0.023 169 E 0.029 0.002 0.022 0.904 0.025 0.017 170 L 0.013 0.001 0.024 0.915 0.027 0.020 171 I 0.009 0.002 0.021 0.920 0.022 0.027 172 N 0.006 0.002 0.026 0.873 0.039 0.054 173 E 0.008 0.003 0.049 0.648 0.114 0.178 174 L 0.006 0.005 0.068 0.568 0.150 0.202 175 S 0.009 0.009 0.089 0.294 0.319 0.280 176 G 0.009 0.006 0.077 0.156 0.377 0.374 177 R 0.011 0.010 0.052 0.122 0.294 0.511 178 S 0.015 0.019 0.013 0.079 0.186 0.688 179 S 0.007 0.003 0.001 0.014 0.058 0.918