# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.285 0.118 0.059 0.094 0.067 0.066 0.077 0.067 0.070 0.056 0.041 2 H 0.217 0.180 0.073 0.144 0.110 0.080 0.081 0.046 0.035 0.022 0.013 3 H 0.226 0.147 0.074 0.135 0.113 0.093 0.085 0.055 0.040 0.022 0.009 4 H 0.325 0.157 0.055 0.134 0.103 0.071 0.069 0.039 0.027 0.014 0.007 5 H 0.183 0.091 0.062 0.118 0.105 0.095 0.110 0.079 0.073 0.050 0.034 6 H 0.093 0.139 0.058 0.144 0.131 0.112 0.123 0.081 0.061 0.038 0.021 7 H 0.098 0.080 0.048 0.107 0.113 0.123 0.141 0.107 0.091 0.059 0.032 8 G 0.245 0.095 0.063 0.098 0.102 0.100 0.130 0.071 0.051 0.030 0.016 9 S 0.098 0.108 0.097 0.238 0.143 0.102 0.097 0.049 0.036 0.020 0.012 10 E 0.034 0.031 0.052 0.060 0.056 0.074 0.148 0.142 0.160 0.141 0.102 11 V 0.023 0.017 0.058 0.080 0.066 0.082 0.164 0.144 0.148 0.126 0.090 12 E 0.006 0.011 0.060 0.062 0.075 0.118 0.212 0.169 0.140 0.098 0.048 13 I 0.006 0.015 0.075 0.111 0.100 0.108 0.165 0.139 0.128 0.099 0.052 14 K 0.004 0.008 0.022 0.044 0.082 0.109 0.203 0.184 0.174 0.109 0.061 15 F 0.009 0.012 0.041 0.052 0.059 0.084 0.188 0.161 0.175 0.146 0.074 16 K 0.019 0.043 0.069 0.172 0.199 0.163 0.208 0.071 0.038 0.013 0.004 17 I 0.001 0.002 0.004 0.008 0.013 0.023 0.097 0.175 0.258 0.254 0.166 18 K 0.065 0.650 0.138 0.112 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.018 0.044 0.019 0.107 0.205 0.243 0.224 0.081 0.041 0.014 0.005 20 E 0.924 0.055 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.036 0.110 0.069 0.382 0.231 0.109 0.049 0.009 0.004 0.001 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.063 0.138 0.261 0.294 0.224 23 L 0.003 0.005 0.030 0.165 0.253 0.314 0.149 0.044 0.023 0.010 0.004 24 H 0.013 0.037 0.792 0.102 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.005 0.017 0.035 0.129 0.364 0.211 0.129 0.075 0.033 26 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.016 0.088 0.175 0.275 0.285 0.147 27 N 0.013 0.047 0.390 0.261 0.165 0.076 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 28 T 0.057 0.095 0.442 0.183 0.102 0.066 0.038 0.010 0.005 0.002 0.001 29 F 0.010 0.006 0.004 0.016 0.028 0.067 0.192 0.198 0.190 0.183 0.107 30 N 0.222 0.409 0.055 0.125 0.068 0.047 0.041 0.016 0.011 0.004 0.002 31 P 0.151 0.049 0.055 0.071 0.076 0.078 0.112 0.107 0.138 0.103 0.061 32 E 0.400 0.281 0.064 0.137 0.059 0.027 0.020 0.006 0.004 0.002 0.001 33 F 0.083 0.096 0.051 0.138 0.114 0.120 0.156 0.098 0.081 0.041 0.021 34 V 0.109 0.059 0.041 0.095 0.103 0.143 0.153 0.111 0.089 0.058 0.037 35 R 0.132 0.283 0.125 0.174 0.100 0.069 0.059 0.028 0.017 0.009 0.004 36 Y 0.051 0.049 0.046 0.114 0.125 0.141 0.179 0.124 0.096 0.053 0.022 37 E 0.209 0.106 0.078 0.179 0.128 0.090 0.094 0.050 0.037 0.020 0.011 38 E 0.059 0.090 0.153 0.243 0.157 0.115 0.103 0.042 0.024 0.009 0.005 39 Q 0.007 0.008 0.022 0.044 0.053 0.089 0.192 0.196 0.186 0.137 0.067 40 E 0.033 0.050 0.072 0.186 0.188 0.172 0.159 0.075 0.040 0.017 0.006 41 D 0.011 0.039 0.088 0.129 0.129 0.136 0.170 0.127 0.094 0.052 0.024 42 V 0.011 0.024 0.019 0.076 0.103 0.132 0.219 0.169 0.127 0.085 0.036 43 Y 0.008 0.015 0.009 0.042 0.063 0.098 0.227 0.199 0.173 0.110 0.056 44 F 0.003 0.004 0.005 0.021 0.033 0.049 0.125 0.173 0.238 0.211 0.139 45 E 0.047 0.103 0.059 0.214 0.178 0.135 0.122 0.067 0.045 0.020 0.010 46 V 0.018 0.028 0.012 0.060 0.074 0.099 0.195 0.190 0.171 0.100 0.053 47 P 0.307 0.187 0.052 0.143 0.101 0.076 0.062 0.035 0.021 0.011 0.005 48 R 0.236 0.278 0.057 0.196 0.112 0.058 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 49 P 0.196 0.133 0.047 0.164 0.134 0.095 0.089 0.059 0.041 0.027 0.015 50 K 0.055 0.100 0.039 0.185 0.188 0.178 0.149 0.059 0.029 0.012 0.005 51 L 0.006 0.017 0.015 0.079 0.111 0.162 0.226 0.163 0.116 0.069 0.037 52 L 0.002 0.002 0.002 0.008 0.012 0.023 0.083 0.165 0.247 0.264 0.192 53 R 0.003 0.011 0.018 0.091 0.129 0.149 0.207 0.155 0.121 0.074 0.041 54 I 0.002 0.005 0.009 0.018 0.018 0.026 0.080 0.136 0.232 0.261 0.212 55 R 0.003 0.006 0.007 0.041 0.082 0.127 0.244 0.194 0.150 0.095 0.050 56 G 0.026 0.078 0.052 0.145 0.118 0.107 0.172 0.118 0.091 0.064 0.030 57 V 0.033 0.051 0.054 0.152 0.146 0.136 0.155 0.101 0.087 0.058 0.028 58 H 0.260 0.116 0.066 0.123 0.093 0.089 0.099 0.061 0.048 0.029 0.016 59 N 0.296 0.240 0.069 0.143 0.087 0.056 0.052 0.025 0.017 0.010 0.005 60 L 0.130 0.098 0.041 0.094 0.086 0.101 0.140 0.106 0.095 0.069 0.041 61 K 0.418 0.205 0.069 0.169 0.080 0.034 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 62 K 0.231 0.140 0.118 0.198 0.116 0.077 0.057 0.028 0.019 0.010 0.006 63 Y 0.013 0.020 0.015 0.069 0.082 0.126 0.226 0.179 0.142 0.090 0.038 64 Y 0.012 0.043 0.056 0.198 0.218 0.204 0.152 0.065 0.032 0.014 0.006 65 L 0.001 0.003 0.008 0.011 0.019 0.034 0.109 0.166 0.254 0.226 0.169 66 T 0.011 0.045 0.055 0.232 0.253 0.170 0.130 0.055 0.028 0.014 0.007 67 F 0.002 0.004 0.002 0.009 0.014 0.022 0.082 0.145 0.249 0.271 0.201 68 K 0.015 0.037 0.033 0.162 0.222 0.193 0.172 0.082 0.050 0.022 0.011 69 E 0.182 0.198 0.121 0.205 0.123 0.070 0.056 0.023 0.013 0.007 0.003 70 I 0.031 0.053 0.042 0.136 0.126 0.120 0.188 0.120 0.087 0.066 0.032 71 L 0.067 0.066 0.041 0.091 0.091 0.099 0.156 0.118 0.117 0.093 0.062 72 D 0.331 0.240 0.094 0.144 0.073 0.043 0.038 0.017 0.011 0.006 0.003 73 E 0.545 0.162 0.082 0.088 0.044 0.029 0.025 0.011 0.007 0.004 0.002 74 N 0.570 0.173 0.039 0.063 0.040 0.032 0.031 0.017 0.015 0.011 0.007 75 N 0.214 0.235 0.063 0.154 0.107 0.072 0.067 0.036 0.028 0.016 0.007 76 E 0.261 0.132 0.109 0.180 0.131 0.086 0.057 0.022 0.013 0.006 0.002 77 E 0.178 0.133 0.165 0.230 0.132 0.076 0.050 0.019 0.011 0.005 0.002 78 F 0.029 0.033 0.044 0.098 0.106 0.129 0.184 0.158 0.122 0.070 0.028 79 Y 0.081 0.057 0.072 0.122 0.126 0.138 0.156 0.106 0.081 0.042 0.019 80 E 0.028 0.043 0.129 0.097 0.096 0.107 0.153 0.119 0.105 0.072 0.050 81 V 0.019 0.024 0.058 0.079 0.097 0.119 0.201 0.141 0.119 0.092 0.051 82 E 0.061 0.063 0.072 0.149 0.136 0.123 0.153 0.093 0.071 0.048 0.032 83 F 0.018 0.024 0.029 0.052 0.085 0.111 0.201 0.161 0.154 0.109 0.057 84 E 0.235 0.247 0.185 0.176 0.083 0.038 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 85 I 0.021 0.020 0.018 0.048 0.061 0.081 0.221 0.160 0.167 0.122 0.081 86 G 0.354 0.171 0.085 0.112 0.090 0.060 0.057 0.031 0.020 0.012 0.008 87 D 0.089 0.521 0.109 0.156 0.062 0.033 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 88 F 0.008 0.010 0.006 0.026 0.068 0.140 0.216 0.158 0.169 0.119 0.080 89 E 0.716 0.129 0.059 0.052 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 90 K 0.036 0.112 0.161 0.405 0.188 0.064 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 0.057 0.120 0.233 0.283 0.288 92 V 0.001 0.001 0.006 0.045 0.134 0.316 0.292 0.106 0.060 0.027 0.012 93 E 0.020 0.037 0.861 0.061 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.001 0.001 0.004 0.021 0.051 0.182 0.394 0.187 0.092 0.047 0.021 95 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.059 0.183 0.343 0.399 96 K 0.008 0.028 0.311 0.303 0.209 0.099 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 97 R 0.017 0.041 0.662 0.155 0.073 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 98 L 0.002 0.003 0.001 0.009 0.023 0.083 0.283 0.220 0.172 0.131 0.074 99 G 0.473 0.226 0.041 0.080 0.043 0.040 0.047 0.021 0.017 0.008 0.004 100 F 0.020 0.017 0.020 0.034 0.034 0.044 0.083 0.107 0.173 0.201 0.266 101 K 0.140 0.290 0.100 0.214 0.124 0.068 0.041 0.013 0.007 0.003 0.001 102 I 0.092 0.054 0.024 0.091 0.087 0.109 0.160 0.130 0.115 0.081 0.057 103 Q 0.096 0.119 0.051 0.180 0.178 0.153 0.120 0.048 0.030 0.016 0.008 104 A 0.050 0.029 0.023 0.057 0.057 0.081 0.170 0.165 0.170 0.122 0.076 105 T 0.044 0.114 0.076 0.288 0.203 0.131 0.088 0.029 0.015 0.007 0.003 106 I 0.005 0.005 0.006 0.011 0.012 0.022 0.090 0.156 0.239 0.252 0.204 107 K 0.042 0.096 0.090 0.393 0.228 0.092 0.039 0.012 0.005 0.002 0.001 108 K 0.018 0.033 0.044 0.096 0.105 0.124 0.213 0.144 0.127 0.068 0.027 109 K 0.052 0.100 0.099 0.340 0.195 0.110 0.066 0.022 0.011 0.004 0.002 110 R 0.003 0.006 0.008 0.025 0.038 0.071 0.196 0.205 0.223 0.159 0.067 111 W 0.014 0.051 0.105 0.309 0.223 0.131 0.093 0.041 0.022 0.009 0.003 112 V 0.011 0.036 0.072 0.147 0.140 0.136 0.175 0.118 0.092 0.050 0.023 113 Y 0.010 0.020 0.039 0.097 0.127 0.151 0.214 0.157 0.117 0.052 0.017 114 K 0.050 0.158 0.085 0.277 0.194 0.122 0.073 0.025 0.011 0.004 0.001 115 L 0.013 0.020 0.031 0.047 0.052 0.059 0.121 0.152 0.211 0.175 0.120 116 N 0.244 0.225 0.088 0.243 0.123 0.048 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 117 G 0.533 0.222 0.051 0.114 0.047 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 118 V 0.018 0.033 0.010 0.074 0.092 0.130 0.200 0.168 0.138 0.096 0.043 119 T 0.024 0.134 0.057 0.295 0.246 0.155 0.062 0.016 0.007 0.003 0.002 120 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.040 0.107 0.261 0.306 0.274 121 E 0.014 0.060 0.036 0.276 0.246 0.172 0.126 0.040 0.019 0.008 0.005 122 V 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.011 0.042 0.099 0.233 0.291 0.308 123 N 0.016 0.031 0.023 0.186 0.222 0.211 0.155 0.078 0.047 0.019 0.012 124 R 0.016 0.054 0.042 0.136 0.131 0.141 0.203 0.125 0.089 0.046 0.017 125 V 0.011 0.011 0.012 0.043 0.044 0.056 0.122 0.152 0.194 0.181 0.173 126 E 0.106 0.155 0.065 0.231 0.169 0.118 0.088 0.035 0.020 0.008 0.004 127 G 0.241 0.180 0.087 0.161 0.104 0.079 0.068 0.035 0.023 0.015 0.007 128 I 0.052 0.092 0.031 0.122 0.113 0.098 0.134 0.112 0.102 0.082 0.061 129 G 0.146 0.130 0.033 0.113 0.134 0.111 0.117 0.082 0.066 0.039 0.028 130 D 0.090 0.130 0.034 0.166 0.163 0.133 0.125 0.071 0.048 0.025 0.014 131 F 0.010 0.010 0.005 0.030 0.059 0.109 0.205 0.182 0.168 0.128 0.095 132 V 0.005 0.003 0.002 0.010 0.013 0.023 0.081 0.144 0.239 0.255 0.225 133 D 0.002 0.004 0.004 0.028 0.042 0.082 0.157 0.163 0.181 0.171 0.166 134 I 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.010 0.049 0.119 0.224 0.307 0.275 135 E 0.002 0.002 0.004 0.016 0.037 0.077 0.197 0.221 0.199 0.144 0.100 136 V 0.001 0.003 0.007 0.017 0.028 0.034 0.100 0.132 0.216 0.254 0.209 137 I 0.003 0.008 0.009 0.065 0.124 0.156 0.268 0.165 0.114 0.063 0.026 138 S 0.008 0.011 0.011 0.038 0.061 0.098 0.288 0.198 0.177 0.079 0.031 139 D 0.393 0.156 0.084 0.147 0.092 0.057 0.040 0.019 0.007 0.005 0.002 140 S 0.064 0.617 0.052 0.106 0.052 0.039 0.031 0.015 0.010 0.009 0.004 141 P 0.175 0.176 0.061 0.173 0.180 0.122 0.064 0.027 0.015 0.005 0.002 142 E 0.944 0.044 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 E 0.163 0.173 0.251 0.271 0.092 0.031 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 144 A 0.012 0.006 0.007 0.012 0.018 0.081 0.241 0.246 0.193 0.129 0.053 145 K 0.002 0.007 0.103 0.133 0.196 0.274 0.202 0.053 0.021 0.007 0.002 146 E 0.009 0.015 0.900 0.055 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 147 K 0.001 0.005 0.033 0.094 0.168 0.292 0.257 0.086 0.040 0.018 0.005 148 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.047 0.111 0.255 0.305 0.272 149 W 0.001 0.005 0.217 0.234 0.280 0.172 0.071 0.013 0.004 0.001 0.001 150 E 0.005 0.027 0.804 0.095 0.047 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.013 0.043 0.234 0.207 0.236 0.158 0.098 152 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.018 0.126 0.203 0.295 0.233 0.116 153 K 0.006 0.019 0.655 0.206 0.078 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 154 M 0.001 0.016 0.156 0.112 0.184 0.239 0.210 0.051 0.022 0.007 0.002 155 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.096 0.154 0.235 0.279 0.211 156 G 0.508 0.268 0.059 0.090 0.038 0.018 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 157 L 0.004 0.007 0.015 0.019 0.028 0.044 0.122 0.171 0.225 0.217 0.148 158 K 0.223 0.452 0.085 0.141 0.060 0.022 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 159 E 0.170 0.134 0.069 0.165 0.145 0.127 0.105 0.043 0.025 0.011 0.005 160 E 0.483 0.163 0.061 0.095 0.061 0.049 0.038 0.018 0.015 0.010 0.007 161 D 0.251 0.133 0.097 0.166 0.112 0.087 0.079 0.035 0.023 0.011 0.006 162 V 0.148 0.072 0.030 0.062 0.068 0.082 0.145 0.125 0.114 0.095 0.061 163 E 0.118 0.301 0.120 0.147 0.093 0.072 0.066 0.033 0.026 0.016 0.009 164 P 0.103 0.056 0.062 0.160 0.139 0.141 0.149 0.073 0.061 0.038 0.018 165 R 0.153 0.118 0.137 0.195 0.140 0.098 0.081 0.034 0.025 0.012 0.006 166 L 0.009 0.026 0.051 0.133 0.121 0.158 0.196 0.133 0.102 0.048 0.021 167 Y 0.002 0.004 0.011 0.018 0.027 0.051 0.151 0.200 0.238 0.192 0.106 168 L 0.005 0.009 0.113 0.092 0.116 0.188 0.217 0.112 0.085 0.043 0.020 169 E 0.006 0.027 0.284 0.253 0.185 0.114 0.075 0.030 0.016 0.007 0.003 170 L 0.001 0.002 0.009 0.011 0.015 0.034 0.134 0.174 0.241 0.226 0.154 171 I 0.002 0.002 0.014 0.020 0.027 0.050 0.144 0.187 0.249 0.203 0.102 172 N 0.006 0.024 0.236 0.196 0.199 0.146 0.109 0.044 0.025 0.010 0.004 173 E 0.035 0.075 0.214 0.182 0.152 0.150 0.121 0.040 0.020 0.009 0.003 174 L 0.023 0.019 0.017 0.033 0.040 0.071 0.200 0.191 0.184 0.157 0.064 175 S 0.198 0.181 0.052 0.106 0.078 0.075 0.106 0.076 0.061 0.044 0.024 176 G 0.388 0.159 0.110 0.115 0.080 0.052 0.043 0.023 0.016 0.009 0.004 177 R 0.426 0.153 0.065 0.110 0.065 0.051 0.056 0.029 0.022 0.016 0.009 178 S 0.352 0.167 0.061 0.103 0.076 0.062 0.061 0.041 0.038 0.026 0.013 179 S 0.501 0.167 0.039 0.087 0.061 0.042 0.037 0.026 0.021 0.013 0.007