# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.014 0.002 0.008 0.028 0.018 0.024 0.906 2 H 0.051 0.023 0.028 0.093 0.032 0.074 0.699 3 H 0.076 0.022 0.062 0.136 0.158 0.174 0.372 4 H 0.061 0.004 0.091 0.080 0.144 0.194 0.426 5 H 0.073 0.016 0.117 0.134 0.146 0.144 0.370 6 H 0.083 0.027 0.055 0.173 0.107 0.113 0.443 7 H 0.056 0.008 0.027 0.170 0.066 0.073 0.601 8 G 0.061 0.011 0.030 0.384 0.067 0.094 0.352 9 S 0.219 0.006 0.037 0.250 0.128 0.130 0.229 10 E 0.525 0.007 0.016 0.221 0.057 0.037 0.137 11 V 0.810 0.008 0.002 0.098 0.014 0.006 0.061 12 E 0.870 0.003 0.001 0.073 0.009 0.006 0.038 13 I 0.860 0.002 0.001 0.074 0.010 0.012 0.042 14 K 0.843 0.005 0.002 0.054 0.018 0.015 0.063 15 F 0.847 0.004 0.003 0.021 0.026 0.028 0.071 16 K 0.768 0.016 0.003 0.008 0.037 0.035 0.133 17 I 0.346 0.045 0.001 0.006 0.085 0.006 0.510 18 K 0.041 0.012 0.001 0.002 0.026 0.003 0.916 19 L 0.001 0.001 0.231 0.714 0.002 0.040 0.011 20 E 0.001 0.001 0.150 0.825 0.001 0.022 0.001 21 D 0.001 0.001 0.150 0.832 0.001 0.013 0.004 22 F 0.001 0.001 0.014 0.974 0.001 0.008 0.003 23 L 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.005 0.001 24 H 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.006 0.001 25 T 0.001 0.001 0.009 0.975 0.001 0.011 0.003 26 L 0.001 0.002 0.034 0.924 0.004 0.031 0.004 27 N 0.001 0.001 0.055 0.738 0.007 0.191 0.007 28 T 0.002 0.001 0.054 0.516 0.027 0.358 0.041 29 F 0.011 0.025 0.011 0.147 0.326 0.164 0.315 30 N 0.006 0.007 0.003 0.006 0.092 0.016 0.871 31 P 0.002 0.001 0.436 0.257 0.039 0.177 0.087 32 E 0.006 0.002 0.482 0.271 0.039 0.167 0.032 33 F 0.024 0.007 0.418 0.314 0.032 0.098 0.108 34 V 0.120 0.028 0.058 0.363 0.045 0.065 0.322 35 R 0.280 0.017 0.025 0.237 0.068 0.051 0.322 36 Y 0.438 0.010 0.029 0.265 0.060 0.049 0.150 37 E 0.605 0.011 0.019 0.149 0.059 0.050 0.106 38 E 0.690 0.009 0.019 0.057 0.062 0.060 0.103 39 Q 0.657 0.009 0.015 0.049 0.059 0.042 0.168 40 E 0.623 0.009 0.008 0.036 0.066 0.028 0.230 41 D 0.644 0.006 0.012 0.025 0.062 0.039 0.212 42 V 0.808 0.012 0.009 0.017 0.024 0.027 0.105 43 Y 0.856 0.023 0.008 0.014 0.014 0.015 0.071 44 F 0.741 0.019 0.006 0.009 0.030 0.028 0.167 45 E 0.365 0.018 0.008 0.006 0.154 0.108 0.340 46 V 0.132 0.019 0.001 0.001 0.453 0.019 0.376 47 P 0.064 0.019 0.004 0.001 0.260 0.106 0.546 48 R 0.031 0.013 0.006 0.001 0.376 0.058 0.516 49 P 0.038 0.005 0.075 0.010 0.246 0.388 0.238 50 K 0.198 0.007 0.094 0.008 0.222 0.299 0.170 51 L 0.803 0.029 0.011 0.002 0.011 0.006 0.137 52 L 0.953 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.035 53 R 0.989 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 54 I 0.983 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 55 R 0.941 0.002 0.001 0.002 0.008 0.002 0.044 56 G 0.896 0.003 0.002 0.003 0.012 0.010 0.074 57 V 0.632 0.010 0.022 0.012 0.090 0.057 0.177 58 H 0.315 0.008 0.057 0.011 0.183 0.216 0.211 59 N 0.115 0.006 0.104 0.006 0.223 0.314 0.232 60 L 0.183 0.015 0.121 0.007 0.215 0.166 0.292 61 K 0.122 0.003 0.081 0.003 0.339 0.310 0.142 62 K 0.469 0.007 0.047 0.002 0.147 0.121 0.206 63 Y 0.759 0.007 0.009 0.002 0.034 0.015 0.174 64 Y 0.970 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 65 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 66 T 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 67 F 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.042 68 K 0.690 0.003 0.002 0.003 0.063 0.008 0.230 69 E 0.510 0.007 0.003 0.004 0.130 0.011 0.334 70 I 0.234 0.017 0.009 0.009 0.092 0.025 0.614 71 L 0.170 0.031 0.023 0.022 0.102 0.056 0.598 72 D 0.126 0.015 0.046 0.038 0.165 0.157 0.454 73 E 0.069 0.006 0.091 0.060 0.178 0.433 0.162 74 N 0.095 0.012 0.080 0.033 0.203 0.356 0.220 75 N 0.108 0.019 0.084 0.023 0.201 0.157 0.410 76 E 0.126 0.015 0.099 0.037 0.206 0.231 0.286 77 E 0.344 0.027 0.071 0.036 0.130 0.126 0.266 78 F 0.527 0.019 0.029 0.039 0.095 0.052 0.238 79 Y 0.792 0.010 0.006 0.022 0.021 0.014 0.134 80 E 0.906 0.009 0.003 0.016 0.011 0.006 0.050 81 V 0.908 0.005 0.003 0.016 0.012 0.015 0.041 82 E 0.837 0.007 0.003 0.011 0.028 0.033 0.081 83 F 0.622 0.017 0.002 0.005 0.087 0.008 0.259 84 E 0.466 0.029 0.005 0.005 0.055 0.010 0.430 85 I 0.138 0.022 0.146 0.109 0.082 0.090 0.413 86 G 0.040 0.017 0.140 0.129 0.276 0.196 0.202 87 D 0.015 0.029 0.061 0.155 0.225 0.084 0.432 88 F 0.001 0.001 0.022 0.935 0.003 0.012 0.026 89 E 0.001 0.001 0.011 0.984 0.001 0.003 0.002 90 K 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.002 0.001 91 A 0.001 0.001 0.012 0.982 0.001 0.004 0.001 92 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 95 F 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.003 0.002 96 K 0.001 0.001 0.008 0.974 0.001 0.018 0.001 97 R 0.001 0.001 0.009 0.907 0.002 0.081 0.001 98 L 0.001 0.001 0.014 0.313 0.015 0.649 0.009 99 G 0.001 0.001 0.003 0.013 0.031 0.902 0.050 100 F 0.019 0.004 0.001 0.002 0.047 0.005 0.923 101 K 0.368 0.016 0.003 0.002 0.038 0.005 0.568 102 I 0.696 0.010 0.003 0.005 0.024 0.003 0.259 103 Q 0.862 0.003 0.003 0.003 0.028 0.004 0.096 104 A 0.895 0.002 0.002 0.004 0.016 0.003 0.078 105 T 0.928 0.002 0.001 0.007 0.011 0.004 0.047 106 I 0.937 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.047 107 K 0.930 0.001 0.001 0.009 0.014 0.005 0.040 108 K 0.964 0.001 0.001 0.006 0.007 0.004 0.019 109 K 0.971 0.002 0.001 0.005 0.005 0.002 0.015 110 R 0.963 0.001 0.001 0.003 0.011 0.004 0.019 111 W 0.964 0.001 0.001 0.003 0.008 0.004 0.020 112 V 0.968 0.001 0.001 0.007 0.009 0.003 0.011 113 Y 0.972 0.001 0.002 0.007 0.005 0.004 0.010 114 K 0.928 0.002 0.003 0.019 0.003 0.017 0.027 115 L 0.854 0.008 0.006 0.025 0.011 0.047 0.049 116 N 0.143 0.002 0.005 0.004 0.071 0.728 0.047 117 G 0.085 0.001 0.002 0.001 0.087 0.776 0.049 118 V 0.691 0.006 0.001 0.001 0.073 0.020 0.208 119 T 0.984 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 120 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 121 E 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 122 V 0.972 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.021 123 N 0.758 0.002 0.004 0.005 0.052 0.011 0.168 124 R 0.723 0.003 0.024 0.019 0.060 0.045 0.126 125 V 0.623 0.034 0.060 0.039 0.090 0.035 0.119 126 E 0.302 0.011 0.153 0.067 0.097 0.197 0.173 127 G 0.120 0.005 0.096 0.025 0.226 0.380 0.148 128 I 0.121 0.020 0.057 0.009 0.308 0.192 0.292 129 G 0.090 0.006 0.036 0.002 0.409 0.253 0.205 130 D 0.132 0.004 0.017 0.001 0.397 0.084 0.366 131 F 0.657 0.012 0.012 0.001 0.053 0.010 0.256 132 V 0.928 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.059 133 D 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 134 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 135 E 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 136 V 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.041 137 I 0.895 0.008 0.001 0.002 0.016 0.011 0.067 138 S 0.593 0.013 0.002 0.003 0.051 0.036 0.302 139 D 0.073 0.009 0.002 0.002 0.496 0.097 0.321 140 S 0.017 0.012 0.001 0.003 0.553 0.007 0.408 141 P 0.001 0.001 0.023 0.921 0.005 0.040 0.010 142 E 0.001 0.001 0.016 0.970 0.001 0.012 0.001 143 E 0.001 0.001 0.026 0.964 0.001 0.006 0.003 144 A 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.006 0.005 145 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 147 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.001 148 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.002 149 W 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 152 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 154 M 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.025 0.001 155 L 0.001 0.001 0.002 0.572 0.004 0.418 0.004 156 G 0.001 0.002 0.002 0.034 0.019 0.841 0.102 157 L 0.006 0.012 0.001 0.003 0.036 0.003 0.939 158 K 0.036 0.016 0.009 0.006 0.041 0.006 0.886 159 E 0.049 0.038 0.238 0.114 0.095 0.101 0.365 160 E 0.031 0.006 0.263 0.084 0.152 0.285 0.179 161 D 0.027 0.012 0.120 0.089 0.222 0.262 0.269 162 V 0.034 0.037 0.023 0.120 0.220 0.057 0.509 163 E 0.024 0.014 0.011 0.115 0.123 0.018 0.696 164 P 0.018 0.007 0.036 0.676 0.035 0.061 0.167 165 R 0.008 0.003 0.032 0.871 0.010 0.035 0.040 166 L 0.008 0.005 0.026 0.886 0.008 0.028 0.040 167 Y 0.003 0.001 0.011 0.944 0.003 0.019 0.018 168 L 0.002 0.001 0.010 0.969 0.004 0.007 0.008 169 E 0.002 0.001 0.014 0.970 0.002 0.008 0.004 170 L 0.002 0.001 0.023 0.953 0.002 0.014 0.006 171 I 0.002 0.001 0.023 0.933 0.004 0.032 0.005 172 N 0.002 0.001 0.022 0.894 0.006 0.069 0.007 173 E 0.002 0.001 0.038 0.747 0.028 0.146 0.039 174 L 0.003 0.004 0.066 0.455 0.077 0.189 0.206 175 S 0.005 0.008 0.094 0.267 0.061 0.443 0.123 176 G 0.007 0.007 0.096 0.136 0.134 0.378 0.241 177 R 0.011 0.008 0.061 0.098 0.206 0.238 0.378 178 S 0.011 0.015 0.024 0.060 0.132 0.145 0.614 179 S 0.005 0.003 0.013 0.013 0.041 0.035 0.891