# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.333 0.192 0.223 0.116 0.063 0.025 0.017 0.008 0.016 0.006 0.001 2 H 0.349 0.202 0.174 0.152 0.033 0.037 0.021 0.005 0.021 0.004 0.001 3 H 0.221 0.242 0.163 0.180 0.074 0.025 0.043 0.011 0.032 0.011 0.001 4 H 0.210 0.130 0.234 0.120 0.073 0.049 0.104 0.027 0.031 0.021 0.001 5 H 0.411 0.134 0.165 0.145 0.031 0.039 0.037 0.012 0.018 0.007 0.001 6 H 0.271 0.175 0.156 0.213 0.034 0.048 0.054 0.006 0.037 0.004 0.001 7 H 0.243 0.080 0.196 0.179 0.066 0.035 0.106 0.036 0.030 0.027 0.002 8 G 0.441 0.083 0.223 0.073 0.068 0.011 0.026 0.043 0.004 0.026 0.002 9 S 0.520 0.156 0.143 0.111 0.033 0.016 0.009 0.003 0.006 0.003 0.001 10 E 0.171 0.495 0.191 0.029 0.085 0.013 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 11 V 0.058 0.786 0.079 0.014 0.027 0.015 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 12 E 0.042 0.526 0.370 0.002 0.012 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 13 I 0.143 0.641 0.115 0.021 0.038 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 14 K 0.076 0.515 0.269 0.021 0.052 0.029 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 15 F 0.050 0.519 0.163 0.079 0.116 0.025 0.016 0.002 0.029 0.001 0.001 16 K 0.023 0.423 0.293 0.025 0.033 0.106 0.048 0.001 0.045 0.002 0.001 17 I 0.003 0.603 0.303 0.005 0.038 0.030 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 18 K 0.001 0.057 0.805 0.001 0.005 0.111 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 19 L 0.979 0.001 0.004 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.990 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.924 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 F 0.969 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 H 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.961 0.002 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.971 0.002 0.005 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.765 0.008 0.008 0.211 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 F 0.257 0.087 0.101 0.508 0.009 0.018 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 30 N 0.022 0.093 0.182 0.010 0.026 0.094 0.127 0.001 0.441 0.004 0.001 31 P 0.717 0.007 0.196 0.047 0.003 0.011 0.002 0.004 0.001 0.004 0.008 32 E 0.663 0.035 0.094 0.174 0.010 0.008 0.006 0.004 0.005 0.001 0.001 33 F 0.375 0.096 0.227 0.190 0.024 0.040 0.014 0.005 0.025 0.003 0.001 34 V 0.238 0.252 0.313 0.096 0.035 0.032 0.013 0.003 0.016 0.001 0.001 35 R 0.096 0.375 0.284 0.049 0.110 0.030 0.015 0.005 0.030 0.006 0.001 36 Y 0.221 0.311 0.319 0.032 0.051 0.042 0.006 0.002 0.013 0.002 0.002 37 E 0.478 0.306 0.070 0.079 0.033 0.013 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 38 E 0.110 0.461 0.230 0.051 0.079 0.033 0.009 0.002 0.023 0.001 0.001 39 Q 0.127 0.381 0.232 0.052 0.033 0.065 0.018 0.002 0.086 0.001 0.001 40 E 0.206 0.427 0.161 0.053 0.073 0.022 0.017 0.003 0.030 0.007 0.001 41 D 0.106 0.177 0.238 0.094 0.063 0.141 0.117 0.004 0.056 0.002 0.003 42 V 0.104 0.576 0.166 0.069 0.052 0.015 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 43 Y 0.072 0.628 0.141 0.027 0.049 0.040 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 44 F 0.046 0.663 0.132 0.024 0.065 0.022 0.007 0.001 0.038 0.002 0.001 45 E 0.109 0.214 0.326 0.108 0.031 0.127 0.038 0.004 0.036 0.003 0.003 46 V 0.022 0.513 0.230 0.002 0.037 0.026 0.007 0.001 0.163 0.001 0.001 47 P 0.254 0.006 0.474 0.050 0.001 0.070 0.001 0.001 0.003 0.001 0.141 48 R 0.024 0.302 0.374 0.006 0.084 0.031 0.024 0.002 0.149 0.003 0.001 49 P 0.291 0.025 0.454 0.059 0.002 0.057 0.010 0.003 0.004 0.001 0.093 50 K 0.068 0.454 0.177 0.074 0.126 0.017 0.041 0.010 0.031 0.002 0.001 51 L 0.029 0.599 0.240 0.018 0.057 0.033 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 52 L 0.012 0.727 0.170 0.010 0.045 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 53 R 0.006 0.705 0.152 0.004 0.051 0.041 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 54 I 0.019 0.653 0.232 0.005 0.013 0.050 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 55 R 0.055 0.577 0.157 0.050 0.062 0.041 0.010 0.001 0.044 0.001 0.001 56 G 0.025 0.281 0.198 0.014 0.379 0.018 0.027 0.026 0.008 0.022 0.001 57 V 0.129 0.571 0.135 0.066 0.051 0.018 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 58 H 0.171 0.191 0.159 0.139 0.103 0.034 0.094 0.019 0.040 0.050 0.001 59 N 0.112 0.074 0.084 0.208 0.038 0.103 0.279 0.019 0.075 0.007 0.002 60 L 0.266 0.126 0.244 0.196 0.031 0.033 0.062 0.010 0.024 0.007 0.002 61 K 0.266 0.109 0.255 0.173 0.031 0.036 0.085 0.018 0.013 0.009 0.004 62 K 0.144 0.319 0.193 0.114 0.129 0.017 0.049 0.015 0.012 0.006 0.001 63 Y 0.044 0.564 0.150 0.052 0.142 0.014 0.011 0.003 0.016 0.003 0.001 64 Y 0.015 0.772 0.117 0.011 0.051 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 65 L 0.008 0.682 0.211 0.006 0.049 0.027 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 66 T 0.011 0.802 0.107 0.007 0.043 0.014 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 67 F 0.018 0.643 0.185 0.014 0.080 0.030 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 68 K 0.051 0.483 0.307 0.023 0.074 0.023 0.007 0.003 0.024 0.004 0.001 69 E 0.086 0.307 0.273 0.021 0.200 0.023 0.027 0.013 0.029 0.021 0.001 70 I 0.206 0.320 0.360 0.031 0.031 0.026 0.003 0.002 0.016 0.002 0.003 71 L 0.243 0.283 0.283 0.069 0.045 0.040 0.008 0.002 0.020 0.005 0.001 72 D 0.355 0.155 0.176 0.165 0.042 0.040 0.027 0.009 0.025 0.006 0.002 73 E 0.336 0.140 0.136 0.171 0.093 0.011 0.048 0.022 0.017 0.025 0.001 74 N 0.111 0.051 0.106 0.245 0.027 0.073 0.312 0.021 0.048 0.007 0.001 75 N 0.152 0.157 0.303 0.157 0.060 0.051 0.071 0.014 0.029 0.005 0.002 76 E 0.269 0.221 0.283 0.107 0.039 0.032 0.025 0.005 0.015 0.003 0.001 77 E 0.153 0.383 0.330 0.058 0.023 0.030 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 78 F 0.072 0.620 0.134 0.047 0.090 0.012 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 79 Y 0.038 0.509 0.273 0.029 0.092 0.030 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 80 E 0.028 0.642 0.219 0.012 0.062 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 81 V 0.026 0.722 0.107 0.027 0.082 0.015 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 82 E 0.016 0.570 0.298 0.011 0.048 0.031 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 83 F 0.012 0.700 0.150 0.003 0.060 0.019 0.004 0.001 0.051 0.001 0.001 84 E 0.041 0.186 0.623 0.006 0.002 0.119 0.002 0.001 0.018 0.001 0.002 85 I 0.172 0.380 0.210 0.081 0.046 0.040 0.009 0.001 0.057 0.002 0.001 86 G 0.227 0.026 0.111 0.033 0.212 0.008 0.022 0.073 0.003 0.284 0.001 87 D 0.117 0.064 0.235 0.144 0.055 0.212 0.015 0.002 0.143 0.007 0.005 88 F 0.903 0.004 0.014 0.064 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 89 E 0.979 0.001 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 F 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 R 0.962 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 L 0.155 0.002 0.005 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 G 0.009 0.001 0.004 0.008 0.003 0.002 0.511 0.413 0.004 0.046 0.001 100 F 0.018 0.218 0.541 0.068 0.077 0.039 0.016 0.005 0.008 0.010 0.001 101 K 0.014 0.473 0.377 0.013 0.046 0.039 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 102 I 0.020 0.270 0.612 0.002 0.005 0.077 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 103 Q 0.110 0.551 0.060 0.169 0.023 0.035 0.004 0.001 0.047 0.001 0.001 104 A 0.006 0.247 0.153 0.008 0.557 0.005 0.012 0.006 0.002 0.004 0.001 105 T 0.003 0.853 0.078 0.003 0.039 0.008 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 106 I 0.006 0.618 0.312 0.001 0.023 0.027 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 107 K 0.043 0.754 0.097 0.030 0.037 0.019 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 108 K 0.007 0.671 0.246 0.001 0.051 0.014 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 109 K 0.015 0.790 0.117 0.004 0.032 0.018 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 110 R 0.034 0.709 0.163 0.006 0.049 0.015 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 111 W 0.040 0.661 0.170 0.011 0.081 0.021 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 112 V 0.034 0.720 0.132 0.018 0.049 0.020 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 113 Y 0.019 0.683 0.163 0.010 0.074 0.020 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 114 K 0.041 0.333 0.452 0.010 0.012 0.106 0.007 0.001 0.037 0.001 0.001 115 L 0.114 0.462 0.188 0.083 0.027 0.051 0.009 0.002 0.060 0.002 0.001 116 N 0.029 0.039 0.119 0.081 0.044 0.011 0.596 0.025 0.018 0.037 0.001 117 G 0.007 0.003 0.018 0.015 0.037 0.001 0.090 0.758 0.001 0.069 0.001 118 V 0.021 0.501 0.359 0.030 0.061 0.016 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 119 T 0.005 0.816 0.114 0.005 0.037 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 120 L 0.003 0.842 0.102 0.001 0.039 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 121 E 0.003 0.758 0.189 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 122 V 0.023 0.709 0.164 0.001 0.013 0.058 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 123 N 0.267 0.350 0.138 0.065 0.042 0.090 0.006 0.001 0.039 0.001 0.001 124 R 0.100 0.584 0.102 0.029 0.139 0.021 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 125 V 0.172 0.528 0.136 0.060 0.033 0.036 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 126 E 0.227 0.253 0.220 0.144 0.052 0.017 0.038 0.002 0.041 0.006 0.001 127 G 0.059 0.010 0.044 0.033 0.113 0.004 0.154 0.424 0.003 0.157 0.001 128 I 0.191 0.120 0.279 0.356 0.015 0.018 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 129 G 0.021 0.009 0.047 0.011 0.104 0.001 0.043 0.341 0.001 0.421 0.001 130 D 0.151 0.150 0.366 0.185 0.041 0.065 0.014 0.002 0.018 0.002 0.006 131 F 0.014 0.679 0.199 0.020 0.063 0.010 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 132 V 0.005 0.790 0.141 0.005 0.027 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 133 D 0.003 0.657 0.278 0.001 0.032 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 134 I 0.003 0.857 0.060 0.003 0.046 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 135 E 0.003 0.757 0.163 0.001 0.028 0.027 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 136 V 0.013 0.739 0.142 0.004 0.035 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 137 I 0.024 0.433 0.347 0.021 0.020 0.113 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 138 S 0.114 0.361 0.259 0.045 0.159 0.029 0.005 0.002 0.019 0.007 0.001 139 D 0.251 0.026 0.037 0.607 0.042 0.021 0.007 0.003 0.004 0.003 0.001 140 S 0.005 0.237 0.281 0.012 0.167 0.051 0.003 0.001 0.240 0.004 0.001 141 P 0.948 0.003 0.017 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 E 0.970 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 143 E 0.922 0.001 0.003 0.065 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 144 A 0.972 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 K 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 K 0.979 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 I 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 M 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 L 0.083 0.001 0.001 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.737 0.252 0.001 0.007 0.001 157 L 0.017 0.312 0.585 0.020 0.024 0.033 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 158 K 0.017 0.151 0.696 0.009 0.026 0.083 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 159 E 0.517 0.145 0.189 0.073 0.023 0.032 0.003 0.002 0.016 0.001 0.001 160 E 0.665 0.086 0.069 0.110 0.037 0.007 0.007 0.005 0.009 0.006 0.001 161 D 0.354 0.028 0.116 0.263 0.024 0.094 0.072 0.007 0.037 0.005 0.002 162 V 0.649 0.052 0.159 0.106 0.004 0.015 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 163 E 0.581 0.041 0.325 0.003 0.004 0.008 0.003 0.001 0.027 0.005 0.001 164 P 0.834 0.002 0.113 0.010 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 165 R 0.899 0.014 0.031 0.024 0.008 0.003 0.011 0.008 0.001 0.002 0.001 166 L 0.905 0.017 0.038 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 167 Y 0.988 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 L 0.991 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 169 E 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 L 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 171 I 0.938 0.005 0.007 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 N 0.884 0.004 0.011 0.087 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 173 E 0.583 0.045 0.142 0.151 0.012 0.018 0.021 0.003 0.024 0.001 0.001 174 L 0.634 0.031 0.148 0.148 0.003 0.021 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 175 S 0.358 0.050 0.185 0.335 0.022 0.016 0.015 0.005 0.008 0.005 0.001 176 G 0.137 0.013 0.079 0.075 0.065 0.005 0.048 0.380 0.005 0.193 0.001 177 R 0.270 0.135 0.359 0.169 0.017 0.027 0.005 0.002 0.014 0.001 0.001 178 S 0.179 0.179 0.395 0.126 0.035 0.035 0.018 0.007 0.020 0.006 0.001 179 S 0.251 0.112 0.269 0.110 0.103 0.026 0.037 0.033 0.012 0.047 0.001