# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.078 0.152 0.068 0.033 0.147 0.026 0.043 0.260 0.081 0.079 0.033 2 H 0.114 0.103 0.038 0.024 0.139 0.028 0.045 0.255 0.106 0.094 0.052 3 H 0.060 0.146 0.080 0.053 0.109 0.042 0.060 0.248 0.101 0.071 0.031 4 H 0.082 0.122 0.056 0.040 0.131 0.036 0.051 0.244 0.092 0.095 0.051 5 H 0.092 0.081 0.027 0.025 0.106 0.038 0.074 0.291 0.132 0.086 0.048 6 H 0.062 0.063 0.034 0.031 0.072 0.043 0.086 0.244 0.118 0.190 0.056 7 H 0.047 0.140 0.102 0.054 0.077 0.023 0.034 0.213 0.122 0.160 0.029 8 G 0.066 0.100 0.061 0.027 0.095 0.030 0.038 0.304 0.148 0.088 0.043 9 S 0.048 0.134 0.036 0.012 0.123 0.009 0.029 0.408 0.135 0.049 0.016 10 E 0.221 0.070 0.013 0.004 0.273 0.009 0.047 0.244 0.057 0.029 0.032 11 V 0.133 0.178 0.021 0.010 0.358 0.010 0.019 0.192 0.042 0.022 0.016 12 E 0.328 0.058 0.006 0.005 0.380 0.012 0.026 0.125 0.017 0.011 0.032 13 I 0.128 0.162 0.019 0.012 0.467 0.015 0.027 0.120 0.018 0.013 0.018 14 K 0.242 0.073 0.007 0.004 0.353 0.009 0.034 0.122 0.041 0.052 0.063 15 F 0.086 0.330 0.041 0.004 0.432 0.005 0.012 0.044 0.012 0.012 0.021 16 K 0.272 0.050 0.007 0.001 0.195 0.002 0.006 0.018 0.013 0.218 0.219 17 I 0.019 0.618 0.191 0.005 0.153 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.004 18 K 0.030 0.639 0.189 0.001 0.137 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.644 0.347 0.004 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.062 0.001 0.001 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.046 0.014 0.001 22 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.038 0.008 0.001 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.002 0.001 24 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.963 0.029 0.002 0.001 25 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.905 0.070 0.018 0.001 26 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.787 0.182 0.018 0.001 27 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.667 0.263 0.014 0.001 28 T 0.003 0.005 0.003 0.001 0.006 0.005 0.109 0.584 0.155 0.127 0.003 29 F 0.079 0.223 0.096 0.015 0.179 0.018 0.058 0.070 0.046 0.165 0.050 30 N 0.231 0.132 0.072 0.014 0.287 0.005 0.007 0.032 0.024 0.073 0.123 31 P 0.015 0.035 0.014 0.002 0.036 0.002 0.006 0.338 0.489 0.057 0.007 32 E 0.016 0.060 0.023 0.005 0.043 0.011 0.068 0.471 0.185 0.104 0.015 33 F 0.086 0.087 0.016 0.005 0.127 0.006 0.033 0.253 0.140 0.202 0.047 34 V 0.123 0.165 0.058 0.006 0.265 0.009 0.023 0.180 0.070 0.052 0.048 35 R 0.031 0.429 0.211 0.010 0.123 0.005 0.009 0.108 0.037 0.029 0.009 36 Y 0.093 0.052 0.014 0.006 0.094 0.007 0.019 0.465 0.170 0.043 0.038 37 E 0.041 0.088 0.017 0.010 0.091 0.020 0.045 0.442 0.177 0.050 0.018 38 E 0.102 0.066 0.017 0.006 0.126 0.006 0.031 0.342 0.120 0.154 0.030 39 Q 0.216 0.086 0.037 0.014 0.239 0.016 0.028 0.207 0.056 0.053 0.048 40 E 0.046 0.116 0.042 0.056 0.080 0.075 0.104 0.246 0.112 0.095 0.029 41 D 0.207 0.101 0.042 0.011 0.278 0.010 0.028 0.101 0.062 0.095 0.065 42 V 0.142 0.147 0.032 0.008 0.327 0.012 0.028 0.123 0.086 0.057 0.038 43 Y 0.184 0.165 0.026 0.006 0.381 0.009 0.017 0.060 0.035 0.062 0.056 44 F 0.155 0.222 0.057 0.004 0.447 0.004 0.012 0.031 0.016 0.023 0.030 45 E 0.283 0.092 0.038 0.007 0.311 0.008 0.016 0.023 0.020 0.085 0.119 46 V 0.028 0.458 0.298 0.009 0.154 0.003 0.005 0.026 0.011 0.004 0.004 47 P 0.046 0.109 0.096 0.025 0.071 0.047 0.109 0.230 0.145 0.096 0.026 48 R 0.086 0.254 0.218 0.025 0.251 0.010 0.046 0.034 0.026 0.021 0.027 49 P 0.066 0.058 0.019 0.011 0.080 0.019 0.030 0.227 0.217 0.172 0.102 50 K 0.068 0.091 0.014 0.006 0.147 0.011 0.043 0.138 0.143 0.304 0.034 51 L 0.216 0.144 0.015 0.003 0.580 0.003 0.006 0.010 0.005 0.009 0.009 52 L 0.177 0.107 0.008 0.002 0.684 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.011 53 R 0.279 0.075 0.007 0.001 0.582 0.001 0.002 0.005 0.001 0.004 0.043 54 I 0.404 0.068 0.020 0.005 0.327 0.005 0.006 0.008 0.003 0.022 0.131 55 R 0.107 0.283 0.081 0.034 0.299 0.041 0.059 0.031 0.014 0.021 0.031 56 G 0.245 0.171 0.132 0.016 0.244 0.008 0.010 0.027 0.016 0.046 0.087 57 V 0.123 0.096 0.038 0.072 0.143 0.104 0.073 0.110 0.095 0.087 0.058 58 H 0.031 0.149 0.101 0.210 0.068 0.166 0.087 0.071 0.058 0.041 0.017 59 N 0.148 0.047 0.035 0.029 0.094 0.016 0.023 0.063 0.074 0.280 0.191 60 L 0.097 0.138 0.036 0.023 0.171 0.020 0.033 0.118 0.161 0.155 0.047 61 K 0.066 0.093 0.044 0.046 0.111 0.069 0.130 0.149 0.131 0.122 0.039 62 K 0.213 0.104 0.046 0.026 0.240 0.020 0.035 0.040 0.045 0.146 0.084 63 Y 0.197 0.192 0.028 0.005 0.521 0.003 0.004 0.008 0.004 0.011 0.028 64 Y 0.204 0.127 0.011 0.002 0.607 0.003 0.005 0.006 0.003 0.006 0.025 65 L 0.259 0.125 0.013 0.001 0.577 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 66 T 0.236 0.144 0.023 0.004 0.508 0.003 0.006 0.008 0.003 0.012 0.052 67 F 0.246 0.187 0.088 0.014 0.355 0.006 0.007 0.017 0.009 0.019 0.053 68 K 0.056 0.118 0.069 0.061 0.099 0.066 0.131 0.170 0.105 0.089 0.036 69 E 0.048 0.302 0.266 0.051 0.144 0.019 0.019 0.056 0.033 0.042 0.021 70 I 0.139 0.188 0.083 0.021 0.212 0.022 0.035 0.115 0.059 0.069 0.057 71 L 0.059 0.229 0.119 0.060 0.128 0.056 0.071 0.135 0.064 0.053 0.027 72 D 0.063 0.180 0.159 0.066 0.110 0.041 0.037 0.148 0.082 0.077 0.038 73 E 0.025 0.073 0.047 0.049 0.049 0.067 0.095 0.368 0.139 0.071 0.017 74 N 0.041 0.099 0.072 0.075 0.062 0.061 0.076 0.156 0.091 0.208 0.058 75 N 0.150 0.092 0.042 0.030 0.144 0.018 0.031 0.107 0.076 0.206 0.104 76 E 0.115 0.130 0.032 0.008 0.195 0.011 0.021 0.172 0.139 0.125 0.051 77 E 0.111 0.189 0.044 0.011 0.274 0.014 0.061 0.159 0.067 0.049 0.021 78 F 0.326 0.093 0.017 0.008 0.356 0.013 0.029 0.048 0.023 0.034 0.053 79 Y 0.155 0.210 0.044 0.016 0.487 0.008 0.009 0.026 0.009 0.015 0.021 80 E 0.436 0.053 0.005 0.002 0.404 0.005 0.009 0.015 0.005 0.012 0.053 81 V 0.128 0.205 0.019 0.006 0.595 0.006 0.006 0.014 0.004 0.005 0.013 82 E 0.423 0.038 0.004 0.002 0.353 0.003 0.009 0.014 0.009 0.031 0.115 83 F 0.069 0.415 0.132 0.008 0.322 0.004 0.006 0.018 0.008 0.007 0.011 84 E 0.301 0.151 0.025 0.002 0.361 0.002 0.008 0.029 0.011 0.024 0.086 85 I 0.075 0.172 0.050 0.019 0.143 0.021 0.028 0.181 0.171 0.090 0.051 86 G 0.006 0.026 0.032 0.042 0.012 0.157 0.153 0.293 0.165 0.102 0.012 87 D 0.198 0.157 0.086 0.005 0.250 0.001 0.006 0.069 0.034 0.113 0.080 88 F 0.006 0.024 0.008 0.001 0.011 0.001 0.002 0.598 0.277 0.066 0.006 89 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.891 0.091 0.002 0.001 90 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.060 0.011 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.070 0.021 0.001 92 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.060 0.001 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.034 0.004 0.001 94 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.957 0.027 0.006 0.001 95 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.062 0.013 0.001 96 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.844 0.135 0.003 0.001 97 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.080 0.823 0.075 0.012 0.001 98 L 0.001 0.472 0.486 0.006 0.026 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 99 G 0.042 0.007 0.006 0.061 0.004 0.020 0.012 0.033 0.016 0.418 0.381 100 F 0.121 0.429 0.059 0.003 0.260 0.002 0.005 0.013 0.018 0.054 0.037 101 K 0.006 0.667 0.152 0.004 0.143 0.004 0.002 0.010 0.007 0.004 0.001 102 I 0.669 0.017 0.002 0.001 0.244 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.058 103 Q 0.082 0.033 0.033 0.131 0.142 0.301 0.211 0.021 0.012 0.012 0.023 104 A 0.117 0.244 0.018 0.002 0.602 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 105 T 0.334 0.092 0.007 0.001 0.521 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.032 106 I 0.329 0.088 0.011 0.004 0.482 0.004 0.003 0.005 0.002 0.012 0.061 107 K 0.100 0.334 0.049 0.013 0.436 0.009 0.013 0.016 0.006 0.008 0.015 108 K 0.369 0.090 0.016 0.007 0.384 0.008 0.016 0.023 0.007 0.013 0.065 109 K 0.176 0.136 0.045 0.047 0.343 0.048 0.053 0.034 0.021 0.055 0.042 110 R 0.350 0.106 0.015 0.005 0.453 0.004 0.006 0.005 0.003 0.009 0.044 111 W 0.285 0.093 0.014 0.004 0.545 0.004 0.007 0.009 0.003 0.006 0.031 112 V 0.360 0.060 0.006 0.002 0.455 0.006 0.014 0.009 0.006 0.019 0.063 113 Y 0.105 0.280 0.020 0.003 0.568 0.003 0.002 0.006 0.002 0.002 0.008 114 K 0.477 0.066 0.025 0.002 0.281 0.002 0.005 0.015 0.006 0.021 0.101 115 L 0.080 0.033 0.037 0.332 0.054 0.248 0.051 0.053 0.030 0.035 0.046 116 N 0.001 0.016 0.036 0.511 0.002 0.179 0.190 0.050 0.013 0.002 0.001 117 G 0.018 0.010 0.024 0.034 0.009 0.010 0.004 0.010 0.028 0.707 0.145 118 V 0.059 0.398 0.034 0.002 0.456 0.001 0.004 0.009 0.012 0.015 0.010 119 T 0.382 0.043 0.005 0.001 0.491 0.004 0.009 0.004 0.004 0.008 0.050 120 L 0.201 0.116 0.008 0.002 0.659 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 121 E 0.226 0.085 0.003 0.001 0.658 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.021 122 V 0.449 0.039 0.005 0.002 0.373 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.123 123 N 0.167 0.069 0.013 0.020 0.317 0.061 0.130 0.060 0.021 0.050 0.092 124 R 0.200 0.269 0.042 0.002 0.354 0.001 0.002 0.013 0.014 0.031 0.072 125 V 0.210 0.150 0.065 0.018 0.343 0.010 0.007 0.030 0.037 0.053 0.078 126 E 0.033 0.082 0.048 0.075 0.051 0.130 0.286 0.164 0.091 0.023 0.018 127 G 0.108 0.047 0.051 0.059 0.055 0.038 0.046 0.074 0.074 0.263 0.185 128 I 0.070 0.213 0.066 0.090 0.145 0.060 0.094 0.051 0.051 0.110 0.049 129 G 0.034 0.041 0.097 0.261 0.027 0.086 0.019 0.041 0.063 0.231 0.101 130 D 0.078 0.193 0.054 0.036 0.221 0.024 0.064 0.141 0.087 0.083 0.018 131 F 0.336 0.073 0.007 0.003 0.454 0.005 0.015 0.030 0.017 0.023 0.037 132 V 0.218 0.147 0.013 0.012 0.542 0.013 0.011 0.016 0.005 0.005 0.020 133 D 0.356 0.038 0.003 0.002 0.569 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.017 134 I 0.382 0.042 0.003 0.002 0.517 0.005 0.005 0.006 0.002 0.005 0.030 135 E 0.277 0.084 0.004 0.001 0.575 0.003 0.005 0.007 0.003 0.006 0.035 136 V 0.266 0.135 0.013 0.001 0.508 0.002 0.005 0.012 0.004 0.011 0.042 137 I 0.315 0.057 0.012 0.007 0.264 0.011 0.017 0.018 0.016 0.129 0.156 138 S 0.090 0.249 0.093 0.052 0.319 0.030 0.024 0.043 0.035 0.035 0.029 139 D 0.009 0.016 0.027 0.058 0.016 0.144 0.199 0.157 0.161 0.193 0.020 140 S 0.177 0.207 0.153 0.004 0.356 0.001 0.004 0.014 0.008 0.023 0.055 141 P 0.004 0.018 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 0.612 0.329 0.018 0.003 142 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.845 0.136 0.006 0.001 143 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.075 0.020 0.001 144 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.065 0.019 0.001 145 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.071 0.004 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.941 0.040 0.002 0.001 147 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.926 0.044 0.021 0.001 148 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.059 0.006 0.001 149 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.001 0.001 150 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.021 0.005 0.001 151 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.039 0.006 0.001 152 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.061 0.003 0.001 153 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.823 0.135 0.008 0.001 154 M 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.195 0.711 0.066 0.011 0.001 155 L 0.002 0.820 0.123 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 G 0.083 0.005 0.009 0.015 0.009 0.010 0.004 0.010 0.013 0.412 0.430 157 L 0.040 0.570 0.155 0.003 0.193 0.001 0.004 0.011 0.005 0.007 0.010 158 K 0.025 0.524 0.212 0.008 0.175 0.005 0.005 0.021 0.009 0.008 0.009 159 E 0.097 0.060 0.018 0.005 0.091 0.007 0.027 0.280 0.326 0.048 0.041 160 E 0.012 0.061 0.044 0.023 0.039 0.056 0.088 0.375 0.225 0.059 0.018 161 D 0.058 0.054 0.016 0.006 0.090 0.004 0.026 0.169 0.121 0.396 0.061 162 V 0.086 0.169 0.087 0.006 0.122 0.006 0.020 0.188 0.137 0.133 0.047 163 E 0.028 0.342 0.199 0.014 0.105 0.007 0.016 0.194 0.056 0.023 0.015 164 P 0.031 0.132 0.027 0.004 0.065 0.008 0.027 0.503 0.156 0.031 0.016 165 R 0.025 0.049 0.014 0.006 0.049 0.013 0.042 0.554 0.146 0.077 0.026 166 L 0.022 0.072 0.031 0.005 0.034 0.005 0.014 0.681 0.075 0.052 0.008 167 Y 0.011 0.011 0.004 0.001 0.012 0.001 0.003 0.846 0.073 0.031 0.007 168 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.873 0.102 0.005 0.001 169 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.915 0.060 0.006 0.001 170 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.858 0.108 0.018 0.001 171 I 0.004 0.009 0.002 0.001 0.006 0.004 0.030 0.789 0.134 0.019 0.002 172 N 0.006 0.023 0.009 0.005 0.012 0.010 0.064 0.491 0.210 0.161 0.010 173 E 0.043 0.067 0.040 0.006 0.076 0.016 0.114 0.307 0.142 0.158 0.031 174 L 0.088 0.106 0.049 0.015 0.110 0.017 0.043 0.210 0.148 0.150 0.064 175 S 0.053 0.207 0.116 0.062 0.126 0.043 0.102 0.115 0.076 0.074 0.026 176 G 0.025 0.051 0.055 0.055 0.038 0.029 0.033 0.137 0.156 0.367 0.053 177 R 0.074 0.183 0.083 0.016 0.166 0.019 0.059 0.145 0.097 0.108 0.049 178 S 0.065 0.225 0.099 0.022 0.165 0.019 0.041 0.152 0.103 0.073 0.037 179 S 0.065 0.168 0.096 0.020 0.141 0.019 0.043 0.174 0.125 0.111 0.037