# TARGET T0197 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0197.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 147 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.581 0.205 0.098 0.064 0.035 0.015 0.003 2 H 0.442 0.233 0.146 0.103 0.052 0.021 0.004 3 H 0.550 0.224 0.105 0.070 0.033 0.014 0.003 4 H 0.392 0.246 0.161 0.110 0.059 0.026 0.006 5 H 0.215 0.192 0.187 0.179 0.131 0.075 0.020 6 H 0.109 0.162 0.195 0.217 0.189 0.098 0.030 7 H 0.106 0.160 0.181 0.214 0.183 0.116 0.039 8 G 0.141 0.161 0.178 0.195 0.171 0.114 0.040 9 S 0.055 0.161 0.239 0.244 0.161 0.105 0.035 10 E 0.011 0.037 0.098 0.226 0.347 0.220 0.061 11 V 0.002 0.010 0.022 0.072 0.190 0.456 0.247 12 E 0.003 0.017 0.043 0.151 0.276 0.332 0.178 13 I 0.004 0.042 0.098 0.144 0.182 0.360 0.171 14 K 0.001 0.019 0.105 0.293 0.310 0.219 0.053 15 F 0.001 0.003 0.009 0.054 0.253 0.545 0.135 16 K 0.005 0.088 0.263 0.366 0.221 0.054 0.004 17 I 0.007 0.024 0.072 0.215 0.421 0.248 0.013 18 K 0.076 0.435 0.361 0.106 0.019 0.003 0.001 19 L 0.100 0.351 0.340 0.169 0.035 0.004 0.001 20 E 0.766 0.180 0.039 0.011 0.003 0.001 0.001 21 D 0.349 0.411 0.171 0.056 0.012 0.002 0.001 22 F 0.027 0.032 0.088 0.331 0.404 0.115 0.004 23 L 0.086 0.314 0.369 0.190 0.037 0.004 0.001 24 H 0.258 0.521 0.175 0.038 0.007 0.001 0.001 25 T 0.032 0.080 0.206 0.378 0.248 0.053 0.002 26 L 0.020 0.034 0.114 0.309 0.397 0.122 0.003 27 N 0.307 0.412 0.203 0.065 0.011 0.001 0.001 28 T 0.451 0.357 0.131 0.048 0.011 0.002 0.001 29 F 0.075 0.123 0.219 0.305 0.214 0.061 0.002 30 N 0.387 0.315 0.176 0.086 0.028 0.007 0.001 31 P 0.427 0.234 0.151 0.117 0.056 0.014 0.001 32 E 0.499 0.270 0.126 0.064 0.029 0.010 0.001 33 F 0.234 0.240 0.213 0.183 0.094 0.033 0.003 34 V 0.180 0.199 0.200 0.210 0.141 0.062 0.008 35 R 0.321 0.325 0.187 0.103 0.045 0.016 0.003 36 Y 0.172 0.203 0.219 0.226 0.129 0.046 0.006 37 E 0.353 0.293 0.168 0.108 0.052 0.023 0.004 38 E 0.154 0.285 0.250 0.177 0.089 0.039 0.007 39 Q 0.050 0.055 0.100 0.244 0.325 0.199 0.027 40 E 0.128 0.246 0.262 0.207 0.104 0.045 0.007 41 D 0.168 0.287 0.260 0.170 0.077 0.031 0.007 42 V 0.048 0.099 0.156 0.216 0.248 0.201 0.033 43 Y 0.035 0.070 0.126 0.201 0.278 0.239 0.052 44 F 0.029 0.041 0.066 0.151 0.277 0.343 0.093 45 E 0.101 0.229 0.233 0.214 0.136 0.072 0.014 46 V 0.034 0.087 0.166 0.305 0.278 0.115 0.014 47 P 0.309 0.324 0.202 0.107 0.041 0.013 0.003 48 R 0.345 0.343 0.192 0.090 0.025 0.004 0.001 49 P 0.313 0.299 0.211 0.118 0.046 0.011 0.001 50 K 0.136 0.249 0.262 0.204 0.109 0.035 0.004 51 L 0.016 0.059 0.157 0.256 0.272 0.209 0.030 52 L 0.007 0.021 0.043 0.116 0.291 0.431 0.091 53 R 0.006 0.031 0.095 0.225 0.308 0.278 0.057 54 I 0.003 0.011 0.027 0.084 0.239 0.521 0.115 55 R 0.008 0.033 0.084 0.217 0.369 0.257 0.032 56 G 0.056 0.170 0.266 0.280 0.169 0.054 0.005 57 V 0.177 0.317 0.264 0.163 0.062 0.014 0.001 58 H 0.554 0.263 0.108 0.053 0.018 0.004 0.001 59 N 0.592 0.251 0.103 0.041 0.011 0.002 0.001 60 L 0.435 0.262 0.163 0.096 0.037 0.007 0.001 61 K 0.388 0.316 0.174 0.085 0.029 0.007 0.001 62 K 0.230 0.344 0.228 0.128 0.053 0.015 0.002 63 Y 0.025 0.080 0.163 0.276 0.287 0.153 0.016 64 Y 0.015 0.102 0.246 0.328 0.217 0.082 0.010 65 L 0.007 0.018 0.049 0.145 0.316 0.386 0.080 66 T 0.010 0.055 0.164 0.326 0.283 0.143 0.020 67 F 0.006 0.016 0.038 0.129 0.324 0.430 0.057 68 K 0.030 0.085 0.186 0.296 0.270 0.121 0.012 69 E 0.170 0.292 0.253 0.172 0.084 0.026 0.003 70 I 0.188 0.274 0.261 0.182 0.074 0.018 0.002 71 L 0.209 0.242 0.243 0.195 0.090 0.020 0.001 72 D 0.624 0.241 0.087 0.035 0.011 0.002 0.001 73 E 0.787 0.152 0.040 0.016 0.005 0.001 0.001 74 N 0.862 0.105 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 75 N 0.704 0.190 0.070 0.028 0.007 0.001 0.001 76 E 0.615 0.248 0.095 0.032 0.008 0.001 0.001 77 E 0.611 0.261 0.088 0.031 0.008 0.001 0.001 78 F 0.208 0.242 0.246 0.198 0.088 0.017 0.001 79 Y 0.133 0.192 0.230 0.229 0.143 0.064 0.010 80 E 0.071 0.163 0.217 0.253 0.180 0.097 0.018 81 V 0.026 0.049 0.109 0.230 0.310 0.237 0.038 82 E 0.074 0.191 0.241 0.233 0.157 0.089 0.015 83 F 0.042 0.080 0.158 0.259 0.289 0.152 0.019 84 E 0.152 0.358 0.269 0.140 0.059 0.020 0.002 85 I 0.038 0.084 0.188 0.328 0.272 0.085 0.004 86 G 0.500 0.331 0.112 0.039 0.013 0.004 0.001 87 D 0.419 0.369 0.140 0.055 0.014 0.003 0.001 88 F 0.066 0.113 0.191 0.344 0.225 0.059 0.003 89 E 0.333 0.398 0.188 0.061 0.016 0.003 0.001 90 K 0.159 0.424 0.285 0.104 0.023 0.004 0.001 91 A 0.015 0.022 0.056 0.208 0.415 0.265 0.018 92 V 0.018 0.080 0.222 0.364 0.246 0.067 0.004 93 E 0.187 0.519 0.217 0.062 0.012 0.003 0.001 94 V 0.030 0.101 0.230 0.358 0.223 0.056 0.002 95 F 0.011 0.021 0.068 0.215 0.424 0.246 0.015 96 K 0.271 0.396 0.231 0.083 0.017 0.003 0.001 97 R 0.557 0.322 0.088 0.026 0.006 0.001 0.001 98 L 0.112 0.170 0.245 0.274 0.160 0.037 0.002 99 G 0.380 0.291 0.171 0.099 0.042 0.016 0.002 100 F 0.234 0.146 0.158 0.220 0.174 0.062 0.006 101 K 0.347 0.321 0.186 0.093 0.037 0.013 0.002 102 I 0.206 0.223 0.204 0.197 0.116 0.047 0.007 103 Q 0.207 0.222 0.204 0.178 0.120 0.057 0.011 104 A 0.116 0.159 0.189 0.207 0.184 0.115 0.029 105 T 0.151 0.214 0.228 0.208 0.121 0.065 0.014 106 I 0.060 0.054 0.087 0.197 0.309 0.249 0.043 107 K 0.233 0.294 0.239 0.152 0.059 0.019 0.004 108 K 0.189 0.298 0.220 0.150 0.084 0.050 0.010 109 K 0.149 0.204 0.222 0.212 0.139 0.064 0.010 110 R 0.091 0.144 0.196 0.253 0.207 0.096 0.011 111 W 0.186 0.181 0.188 0.208 0.152 0.074 0.012 112 V 0.230 0.312 0.224 0.138 0.062 0.028 0.006 113 Y 0.144 0.178 0.201 0.233 0.168 0.068 0.008 114 K 0.266 0.343 0.220 0.118 0.042 0.011 0.001 115 L 0.181 0.162 0.210 0.238 0.169 0.038 0.002 116 N 0.651 0.242 0.078 0.023 0.005 0.001 0.001 117 G 0.531 0.317 0.107 0.036 0.008 0.001 0.001 118 V 0.095 0.174 0.264 0.285 0.147 0.033 0.002 119 T 0.089 0.249 0.293 0.247 0.099 0.021 0.002 120 L 0.005 0.015 0.042 0.131 0.335 0.395 0.076 121 E 0.004 0.034 0.110 0.272 0.333 0.212 0.036 122 V 0.002 0.006 0.017 0.068 0.225 0.499 0.183 123 N 0.011 0.074 0.160 0.265 0.249 0.197 0.043 124 R 0.010 0.071 0.183 0.280 0.253 0.171 0.032 125 V 0.009 0.019 0.042 0.127 0.301 0.393 0.110 126 E 0.047 0.112 0.162 0.234 0.249 0.162 0.033 127 G 0.093 0.205 0.208 0.195 0.158 0.113 0.027 128 I 0.025 0.095 0.178 0.290 0.263 0.131 0.019 129 G 0.032 0.093 0.162 0.232 0.259 0.172 0.051 130 D 0.021 0.080 0.161 0.259 0.237 0.182 0.059 131 F 0.004 0.008 0.027 0.087 0.248 0.450 0.177 132 V 0.001 0.004 0.010 0.033 0.114 0.411 0.426 133 D 0.002 0.004 0.013 0.047 0.154 0.417 0.364 134 I 0.001 0.002 0.004 0.014 0.073 0.392 0.514 135 E 0.001 0.005 0.018 0.082 0.245 0.413 0.235 136 V 0.001 0.010 0.035 0.097 0.252 0.490 0.115 137 I 0.007 0.057 0.168 0.340 0.299 0.120 0.009 138 S 0.099 0.204 0.248 0.256 0.152 0.039 0.002 139 D 0.408 0.369 0.152 0.053 0.015 0.003 0.001 140 S 0.548 0.288 0.113 0.042 0.008 0.001 0.001 141 P 0.426 0.381 0.154 0.034 0.005 0.001 0.001 142 E 0.808 0.150 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 143 E 0.555 0.311 0.096 0.030 0.006 0.001 0.001 144 A 0.054 0.110 0.255 0.392 0.173 0.016 0.001 145 K 0.141 0.358 0.301 0.162 0.034 0.004 0.001 146 E 0.382 0.468 0.126 0.021 0.003 0.001 0.001 147 K 0.047 0.146 0.328 0.336 0.127 0.015 0.001 148 I 0.013 0.011 0.021 0.113 0.374 0.443 0.024 149 W 0.015 0.108 0.307 0.384 0.157 0.029 0.001 150 E 0.082 0.330 0.352 0.186 0.043 0.007 0.001 151 V 0.011 0.020 0.041 0.141 0.351 0.401 0.034 152 A 0.020 0.048 0.131 0.273 0.343 0.175 0.010 153 K 0.182 0.348 0.245 0.142 0.061 0.020 0.002 154 M 0.089 0.193 0.287 0.267 0.129 0.032 0.003 155 L 0.027 0.057 0.132 0.261 0.324 0.182 0.016 156 G 0.304 0.360 0.176 0.095 0.044 0.019 0.003 157 L 0.164 0.202 0.240 0.236 0.125 0.030 0.003 158 K 0.570 0.272 0.099 0.041 0.014 0.003 0.001 159 E 0.454 0.304 0.155 0.069 0.016 0.002 0.001 160 E 0.691 0.210 0.068 0.023 0.006 0.001 0.001 161 D 0.704 0.222 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 162 V 0.200 0.201 0.239 0.250 0.093 0.016 0.001 163 E 0.357 0.326 0.175 0.096 0.034 0.011 0.001 164 P 0.191 0.227 0.223 0.201 0.117 0.037 0.005 165 R 0.104 0.209 0.252 0.220 0.141 0.064 0.010 166 L 0.052 0.125 0.182 0.242 0.230 0.146 0.023 167 Y 0.023 0.053 0.098 0.183 0.260 0.303 0.081 168 L 0.031 0.082 0.157 0.247 0.259 0.195 0.028 169 E 0.040 0.147 0.263 0.296 0.178 0.067 0.008 170 L 0.012 0.016 0.041 0.143 0.332 0.395 0.061 171 I 0.032 0.056 0.110 0.232 0.343 0.207 0.020 172 N 0.214 0.291 0.244 0.168 0.067 0.016 0.001 173 E 0.329 0.342 0.202 0.094 0.027 0.004 0.001 174 L 0.267 0.245 0.225 0.173 0.073 0.017 0.001 175 S 0.504 0.264 0.131 0.071 0.025 0.005 0.001 176 G 0.733 0.177 0.059 0.023 0.006 0.001 0.001 177 R 0.823 0.124 0.035 0.013 0.004 0.001 0.001 178 S 0.777 0.148 0.049 0.020 0.005 0.001 0.001 179 S 0.801 0.141 0.040 0.014 0.003 0.001 0.001