# TARGET T0196 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 545 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.013 0.577 0.003 0.070 0.079 0.001 0.001 0.003 0.109 0.128 0.005 0.012 2 H 0.001 0.025 0.472 0.003 0.080 0.103 0.001 0.001 0.005 0.142 0.152 0.007 0.009 3 H 0.002 0.020 0.314 0.002 0.071 0.137 0.001 0.001 0.004 0.279 0.146 0.009 0.015 4 H 0.004 0.012 0.256 0.002 0.090 0.241 0.001 0.001 0.006 0.142 0.221 0.006 0.019 5 H 0.007 0.017 0.141 0.001 0.128 0.503 0.001 0.001 0.007 0.057 0.113 0.007 0.016 6 H 0.006 0.010 0.159 0.001 0.068 0.569 0.001 0.001 0.007 0.076 0.077 0.014 0.010 7 H 0.002 0.013 0.132 0.001 0.024 0.634 0.001 0.001 0.004 0.097 0.067 0.003 0.023 8 G 0.001 0.001 0.019 0.001 0.007 0.940 0.001 0.001 0.001 0.016 0.014 0.001 0.001 9 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 10 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 13 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 16 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 0.858 0.001 0.001 0.001 0.003 0.116 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.024 0.001 0.023 0.557 0.001 0.001 0.001 0.032 0.359 0.001 0.003 18 K 0.001 0.011 0.286 0.001 0.025 0.296 0.001 0.001 0.002 0.207 0.149 0.008 0.013 19 E 0.001 0.020 0.482 0.001 0.015 0.139 0.001 0.001 0.006 0.226 0.051 0.016 0.044 20 V 0.001 0.008 0.657 0.005 0.014 0.092 0.001 0.001 0.004 0.148 0.040 0.011 0.020 21 K 0.001 0.027 0.703 0.003 0.026 0.084 0.001 0.001 0.005 0.084 0.036 0.009 0.022 22 E 0.001 0.025 0.740 0.002 0.026 0.067 0.001 0.001 0.007 0.044 0.063 0.006 0.019 23 E 0.001 0.017 0.661 0.002 0.060 0.098 0.001 0.001 0.010 0.060 0.067 0.005 0.019 24 E 0.001 0.006 0.457 0.003 0.085 0.173 0.001 0.001 0.009 0.180 0.049 0.026 0.011 25 K 0.001 0.010 0.373 0.002 0.113 0.206 0.001 0.001 0.007 0.070 0.148 0.003 0.067 26 I 0.005 0.019 0.289 0.008 0.101 0.275 0.001 0.001 0.004 0.148 0.104 0.023 0.022 27 E 0.003 0.007 0.391 0.003 0.053 0.223 0.001 0.001 0.005 0.146 0.072 0.053 0.043 28 I 0.001 0.019 0.337 0.010 0.065 0.217 0.001 0.001 0.003 0.137 0.137 0.004 0.070 29 L 0.001 0.014 0.386 0.002 0.044 0.204 0.001 0.001 0.003 0.162 0.092 0.082 0.010 30 S 0.001 0.016 0.814 0.001 0.021 0.033 0.001 0.001 0.002 0.029 0.029 0.003 0.050 31 K 0.001 0.043 0.616 0.006 0.044 0.044 0.001 0.001 0.003 0.082 0.130 0.009 0.021 32 K 0.001 0.015 0.384 0.006 0.031 0.020 0.001 0.001 0.003 0.399 0.113 0.013 0.014 33 P 0.001 0.009 0.479 0.004 0.024 0.020 0.001 0.001 0.006 0.373 0.048 0.018 0.018 34 A 0.003 0.016 0.579 0.017 0.044 0.026 0.002 0.001 0.008 0.109 0.108 0.010 0.079 35 G 0.015 0.028 0.488 0.004 0.035 0.040 0.006 0.002 0.042 0.099 0.108 0.085 0.049 36 K 0.020 0.069 0.398 0.011 0.029 0.042 0.012 0.003 0.047 0.148 0.041 0.020 0.162 37 V 0.004 0.014 0.474 0.007 0.008 0.025 0.004 0.003 0.025 0.221 0.011 0.187 0.016 38 V 0.001 0.026 0.620 0.009 0.019 0.019 0.003 0.002 0.029 0.063 0.031 0.003 0.176 39 V 0.005 0.010 0.119 0.009 0.527 0.071 0.003 0.001 0.008 0.049 0.158 0.020 0.019 40 E 0.011 0.007 0.072 0.022 0.611 0.051 0.003 0.002 0.009 0.078 0.092 0.015 0.027 41 E 0.012 0.012 0.129 0.012 0.470 0.029 0.004 0.001 0.057 0.057 0.106 0.044 0.066 42 V 0.033 0.013 0.251 0.065 0.074 0.023 0.010 0.002 0.081 0.092 0.066 0.034 0.257 43 V 0.069 0.018 0.141 0.016 0.017 0.008 0.015 0.002 0.076 0.041 0.023 0.486 0.087 44 N 0.086 0.060 0.119 0.006 0.019 0.010 0.023 0.007 0.051 0.053 0.039 0.039 0.487 45 I 0.043 0.051 0.309 0.016 0.014 0.014 0.008 0.005 0.045 0.072 0.095 0.215 0.113 46 M 0.004 0.006 0.183 0.031 0.012 0.004 0.001 0.001 0.003 0.199 0.488 0.033 0.036 47 G 0.001 0.003 0.106 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.273 0.558 0.003 0.013 48 K 0.021 0.013 0.191 0.004 0.014 0.002 0.008 0.001 0.014 0.189 0.114 0.369 0.061 49 D 0.058 0.019 0.222 0.007 0.006 0.003 0.024 0.003 0.030 0.041 0.020 0.022 0.546 50 V 0.127 0.016 0.058 0.003 0.001 0.001 0.056 0.003 0.022 0.015 0.004 0.646 0.049 51 I 0.130 0.013 0.088 0.011 0.001 0.001 0.034 0.005 0.044 0.009 0.005 0.042 0.618 52 I 0.099 0.002 0.094 0.506 0.002 0.003 0.009 0.003 0.016 0.054 0.016 0.135 0.061 53 G 0.285 0.006 0.099 0.009 0.004 0.005 0.014 0.005 0.031 0.044 0.009 0.192 0.299 54 T 0.234 0.016 0.063 0.008 0.006 0.004 0.039 0.023 0.098 0.015 0.004 0.128 0.362 55 V 0.215 0.012 0.091 0.024 0.005 0.006 0.042 0.019 0.045 0.014 0.006 0.155 0.366 56 E 0.152 0.017 0.074 0.231 0.003 0.002 0.030 0.012 0.064 0.049 0.019 0.211 0.135 57 S 0.068 0.004 0.168 0.075 0.010 0.003 0.015 0.004 0.028 0.226 0.170 0.059 0.169 58 G 0.072 0.004 0.382 0.009 0.009 0.002 0.012 0.004 0.085 0.178 0.107 0.050 0.085 59 M 0.037 0.077 0.343 0.001 0.005 0.001 0.021 0.013 0.184 0.038 0.008 0.114 0.159 60 I 0.050 0.126 0.271 0.001 0.002 0.001 0.041 0.019 0.134 0.022 0.006 0.140 0.187 61 G 0.004 0.016 0.746 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 0.040 0.018 0.009 0.115 62 V 0.002 0.003 0.031 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.071 0.860 0.020 0.006 63 G 0.001 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.866 0.001 0.003 64 F 0.011 0.007 0.689 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.189 0.037 0.023 0.034 65 K 0.091 0.016 0.182 0.001 0.001 0.001 0.057 0.006 0.031 0.019 0.001 0.040 0.555 66 V 0.338 0.010 0.024 0.007 0.001 0.001 0.121 0.015 0.020 0.003 0.001 0.239 0.223 67 K 0.429 0.002 0.014 0.005 0.001 0.001 0.140 0.013 0.022 0.001 0.001 0.211 0.163 68 G 0.340 0.006 0.066 0.003 0.001 0.001 0.078 0.007 0.015 0.003 0.001 0.081 0.399 69 P 0.145 0.014 0.236 0.059 0.001 0.001 0.013 0.001 0.037 0.035 0.007 0.227 0.224 70 S 0.012 0.006 0.394 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.214 0.139 0.054 0.153 71 G 0.005 0.007 0.228 0.087 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.474 0.148 0.016 0.025 72 I 0.011 0.014 0.212 0.034 0.008 0.002 0.002 0.001 0.009 0.285 0.125 0.194 0.104 73 G 0.035 0.009 0.398 0.004 0.004 0.005 0.012 0.010 0.011 0.130 0.039 0.068 0.275 74 G 0.140 0.047 0.183 0.002 0.002 0.006 0.061 0.017 0.028 0.037 0.011 0.304 0.162 75 I 0.173 0.018 0.077 0.003 0.002 0.012 0.097 0.017 0.034 0.010 0.006 0.063 0.487 76 V 0.174 0.007 0.102 0.373 0.003 0.032 0.047 0.010 0.017 0.030 0.020 0.136 0.050 77 R 0.275 0.008 0.129 0.012 0.007 0.033 0.043 0.003 0.013 0.038 0.023 0.187 0.228 78 I 0.267 0.011 0.091 0.014 0.028 0.074 0.083 0.007 0.018 0.040 0.026 0.048 0.293 79 E 0.218 0.012 0.140 0.011 0.028 0.100 0.058 0.005 0.025 0.039 0.038 0.230 0.096 80 R 0.128 0.011 0.184 0.022 0.023 0.100 0.026 0.003 0.029 0.057 0.090 0.083 0.245 81 N 0.052 0.017 0.249 0.018 0.025 0.096 0.009 0.001 0.014 0.146 0.192 0.074 0.107 82 R 0.021 0.026 0.280 0.027 0.036 0.118 0.004 0.001 0.005 0.221 0.155 0.019 0.088 83 E 0.004 0.007 0.320 0.005 0.029 0.155 0.001 0.001 0.004 0.298 0.043 0.113 0.020 84 K 0.002 0.050 0.347 0.006 0.068 0.234 0.002 0.002 0.009 0.065 0.057 0.004 0.155 85 V 0.002 0.012 0.162 0.009 0.224 0.415 0.001 0.001 0.005 0.082 0.060 0.012 0.014 86 E 0.005 0.007 0.103 0.009 0.300 0.324 0.001 0.001 0.007 0.075 0.137 0.010 0.020 87 F 0.010 0.014 0.138 0.010 0.283 0.198 0.002 0.001 0.017 0.074 0.198 0.013 0.042 88 A 0.014 0.032 0.397 0.004 0.047 0.063 0.002 0.001 0.026 0.176 0.096 0.066 0.077 89 I 0.007 0.026 0.483 0.012 0.018 0.023 0.001 0.001 0.016 0.165 0.062 0.082 0.105 90 A 0.009 0.017 0.153 0.015 0.062 0.030 0.001 0.001 0.005 0.164 0.427 0.033 0.084 91 G 0.011 0.013 0.190 0.028 0.068 0.017 0.001 0.002 0.004 0.182 0.423 0.030 0.032 92 D 0.023 0.020 0.344 0.021 0.042 0.015 0.003 0.002 0.017 0.278 0.140 0.029 0.068 93 R 0.154 0.012 0.249 0.011 0.009 0.015 0.037 0.008 0.077 0.110 0.044 0.087 0.188 94 I 0.310 0.009 0.147 0.027 0.002 0.012 0.044 0.036 0.119 0.036 0.008 0.126 0.126 95 G 0.648 0.004 0.039 0.008 0.001 0.008 0.047 0.025 0.021 0.008 0.002 0.075 0.116 96 I 0.796 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.044 0.008 0.006 0.002 0.001 0.045 0.079 97 S 0.743 0.002 0.029 0.001 0.001 0.003 0.044 0.004 0.015 0.002 0.001 0.077 0.080 98 I 0.390 0.007 0.075 0.004 0.001 0.004 0.038 0.001 0.036 0.006 0.005 0.039 0.394 99 E 0.060 0.005 0.235 0.222 0.005 0.006 0.011 0.001 0.026 0.122 0.109 0.128 0.071 100 G 0.014 0.013 0.264 0.013 0.004 0.002 0.003 0.001 0.009 0.318 0.172 0.074 0.113 101 K 0.001 0.037 0.701 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.095 0.024 0.046 0.084 102 I 0.001 0.010 0.882 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.033 0.010 0.008 0.050 103 G 0.001 0.013 0.745 0.008 0.003 0.012 0.001 0.001 0.006 0.115 0.010 0.049 0.038 104 K 0.001 0.026 0.453 0.011 0.005 0.009 0.001 0.001 0.027 0.032 0.011 0.010 0.414 105 V 0.010 0.030 0.404 0.166 0.004 0.008 0.006 0.001 0.034 0.031 0.009 0.179 0.119 106 K 0.020 0.024 0.165 0.008 0.002 0.002 0.005 0.001 0.019 0.024 0.006 0.442 0.282 107 K 0.022 0.014 0.116 0.022 0.022 0.004 0.013 0.002 0.013 0.044 0.231 0.059 0.438 108 G 0.022 0.005 0.136 0.037 0.015 0.005 0.010 0.003 0.010 0.091 0.316 0.301 0.049 109 D 0.033 0.015 0.378 0.032 0.015 0.006 0.015 0.002 0.015 0.068 0.027 0.040 0.356 110 V 0.094 0.049 0.136 0.003 0.007 0.010 0.055 0.007 0.053 0.025 0.012 0.285 0.264 111 L 0.111 0.060 0.231 0.067 0.008 0.015 0.053 0.004 0.028 0.044 0.029 0.065 0.283 112 E 0.044 0.023 0.312 0.005 0.006 0.011 0.007 0.001 0.010 0.162 0.022 0.297 0.100 113 I 0.002 0.010 0.498 0.006 0.012 0.008 0.001 0.001 0.002 0.305 0.039 0.019 0.097 114 Y 0.001 0.008 0.157 0.003 0.063 0.011 0.001 0.001 0.001 0.136 0.609 0.003 0.009 115 Q 0.001 0.026 0.337 0.001 0.060 0.011 0.001 0.001 0.003 0.110 0.421 0.013 0.017 116 T 0.001 0.003 0.957 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.005 0.001 0.005