# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.052 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.376 0.140 0.077 0.108 0.071 0.061 0.057 0.038 0.033 0.023 0.015 2 H 0.279 0.171 0.075 0.144 0.101 0.070 0.069 0.038 0.027 0.017 0.010 3 H 0.183 0.127 0.055 0.125 0.119 0.101 0.115 0.075 0.054 0.032 0.015 4 H 0.248 0.194 0.070 0.127 0.101 0.076 0.075 0.044 0.032 0.021 0.012 5 H 0.115 0.087 0.074 0.189 0.147 0.115 0.117 0.064 0.046 0.028 0.018 6 H 0.116 0.086 0.059 0.119 0.119 0.108 0.140 0.094 0.076 0.049 0.033 7 H 0.042 0.210 0.118 0.200 0.140 0.107 0.092 0.043 0.027 0.014 0.006 8 G 0.054 0.025 0.014 0.038 0.064 0.105 0.185 0.154 0.151 0.120 0.090 9 S 0.217 0.204 0.134 0.199 0.121 0.061 0.038 0.013 0.007 0.003 0.002 10 G 0.017 0.074 0.064 0.252 0.214 0.170 0.129 0.043 0.022 0.010 0.005 11 L 0.001 0.002 0.004 0.006 0.007 0.011 0.048 0.104 0.214 0.285 0.320 12 F 0.003 0.003 0.011 0.041 0.101 0.201 0.314 0.154 0.100 0.050 0.023 13 D 0.012 0.048 0.517 0.244 0.097 0.043 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 14 F 0.001 0.003 0.011 0.025 0.047 0.125 0.331 0.201 0.131 0.084 0.041 15 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.007 0.046 0.111 0.243 0.316 0.267 16 K 0.014 0.053 0.209 0.252 0.220 0.131 0.081 0.023 0.011 0.004 0.002 17 R 0.042 0.075 0.319 0.204 0.145 0.107 0.070 0.021 0.011 0.005 0.001 18 K 0.084 0.067 0.042 0.084 0.101 0.125 0.252 0.127 0.068 0.036 0.014 19 E 0.385 0.215 0.075 0.118 0.067 0.050 0.049 0.020 0.012 0.006 0.003 20 V 0.043 0.059 0.046 0.061 0.070 0.086 0.154 0.134 0.144 0.123 0.081 21 K 0.335 0.255 0.132 0.137 0.068 0.035 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 22 E 0.632 0.134 0.067 0.073 0.040 0.023 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 23 E 0.233 0.174 0.089 0.151 0.107 0.080 0.078 0.041 0.026 0.014 0.006 24 E 0.168 0.069 0.056 0.073 0.089 0.133 0.145 0.092 0.081 0.059 0.034 25 K 0.091 0.222 0.188 0.243 0.118 0.061 0.043 0.018 0.010 0.005 0.002 26 I 0.121 0.056 0.152 0.124 0.118 0.115 0.133 0.076 0.062 0.032 0.012 27 E 0.286 0.152 0.324 0.148 0.049 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 28 I 0.032 0.045 0.120 0.104 0.088 0.131 0.209 0.120 0.082 0.048 0.022 29 L 0.032 0.046 0.093 0.087 0.104 0.137 0.177 0.122 0.103 0.065 0.035 30 S 0.205 0.186 0.384 0.105 0.048 0.029 0.023 0.009 0.006 0.003 0.002 31 K 0.337 0.170 0.134 0.145 0.093 0.057 0.038 0.013 0.007 0.004 0.002 32 K 0.229 0.219 0.062 0.140 0.109 0.078 0.065 0.039 0.030 0.019 0.010 33 P 0.262 0.140 0.057 0.140 0.127 0.109 0.081 0.037 0.026 0.012 0.008 34 A 0.120 0.063 0.037 0.090 0.103 0.109 0.164 0.113 0.100 0.063 0.037 35 G 0.153 0.066 0.032 0.101 0.093 0.100 0.149 0.119 0.094 0.062 0.031 36 K 0.038 0.063 0.044 0.171 0.166 0.161 0.158 0.089 0.058 0.033 0.019 37 V 0.016 0.021 0.023 0.039 0.045 0.074 0.144 0.161 0.181 0.160 0.136 38 V 0.049 0.099 0.064 0.181 0.169 0.139 0.141 0.072 0.045 0.028 0.014 39 V 0.014 0.014 0.010 0.028 0.031 0.038 0.111 0.140 0.203 0.213 0.198 40 E 0.079 0.126 0.117 0.269 0.202 0.103 0.057 0.023 0.014 0.006 0.003 41 E 0.098 0.126 0.094 0.252 0.171 0.113 0.088 0.033 0.016 0.007 0.003 42 V 0.008 0.018 0.028 0.081 0.096 0.117 0.172 0.149 0.142 0.113 0.076 43 V 0.011 0.017 0.023 0.054 0.077 0.117 0.226 0.165 0.153 0.098 0.059 44 N 0.094 0.205 0.147 0.317 0.143 0.054 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 45 I 0.011 0.012 0.013 0.026 0.031 0.051 0.117 0.141 0.210 0.212 0.175 46 M 0.222 0.279 0.087 0.221 0.110 0.044 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 47 G 0.311 0.164 0.039 0.125 0.100 0.075 0.083 0.044 0.030 0.018 0.011 48 K 0.154 0.173 0.071 0.187 0.146 0.107 0.080 0.040 0.024 0.013 0.006 49 D 0.098 0.202 0.074 0.231 0.164 0.116 0.068 0.024 0.013 0.007 0.004 50 V 0.014 0.010 0.006 0.029 0.036 0.045 0.100 0.152 0.206 0.219 0.184 51 I 0.023 0.039 0.021 0.103 0.140 0.155 0.202 0.130 0.098 0.054 0.035 52 I 0.024 0.069 0.056 0.157 0.117 0.100 0.131 0.108 0.101 0.071 0.065 53 G 0.047 0.029 0.016 0.073 0.090 0.126 0.173 0.143 0.132 0.103 0.068 54 T 0.063 0.148 0.058 0.255 0.211 0.118 0.080 0.034 0.018 0.009 0.006 55 V 0.006 0.004 0.003 0.010 0.010 0.013 0.037 0.077 0.188 0.288 0.364 56 E 0.026 0.072 0.066 0.231 0.227 0.165 0.121 0.045 0.027 0.011 0.009 57 S 0.101 0.155 0.082 0.207 0.130 0.092 0.099 0.058 0.038 0.023 0.015 58 G 0.133 0.069 0.034 0.123 0.127 0.135 0.134 0.085 0.070 0.053 0.038 59 M 0.127 0.224 0.091 0.225 0.143 0.079 0.062 0.022 0.015 0.008 0.005 60 I 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.008 0.031 0.063 0.159 0.236 0.489 61 G 0.078 0.213 0.096 0.263 0.166 0.095 0.055 0.017 0.009 0.004 0.003 62 V 0.112 0.121 0.044 0.172 0.141 0.115 0.125 0.070 0.050 0.031 0.018 63 G 0.406 0.195 0.077 0.158 0.078 0.041 0.022 0.009 0.006 0.004 0.004 64 F 0.014 0.032 0.020 0.088 0.128 0.170 0.219 0.139 0.102 0.057 0.032 65 K 0.099 0.251 0.128 0.296 0.145 0.050 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 66 V 0.007 0.003 0.002 0.006 0.009 0.015 0.058 0.102 0.224 0.274 0.302 67 K 0.023 0.126 0.092 0.337 0.239 0.101 0.055 0.016 0.007 0.002 0.002 68 G 0.044 0.060 0.020 0.065 0.064 0.081 0.146 0.140 0.169 0.126 0.085 69 P 0.287 0.124 0.047 0.147 0.114 0.091 0.081 0.042 0.031 0.021 0.016 70 S 0.284 0.128 0.025 0.095 0.086 0.073 0.102 0.074 0.066 0.046 0.023 71 G 0.322 0.141 0.031 0.126 0.097 0.076 0.068 0.050 0.041 0.029 0.020 72 I 0.209 0.223 0.076 0.195 0.117 0.080 0.054 0.023 0.013 0.007 0.005 73 G 0.129 0.076 0.038 0.095 0.091 0.113 0.148 0.112 0.095 0.068 0.035 74 G 0.212 0.206 0.097 0.243 0.137 0.059 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 75 I 0.017 0.009 0.012 0.018 0.018 0.025 0.085 0.133 0.225 0.230 0.230 76 V 0.023 0.096 0.148 0.319 0.210 0.112 0.065 0.018 0.007 0.002 0.001 77 R 0.074 0.187 0.095 0.263 0.169 0.097 0.069 0.027 0.013 0.006 0.002 78 I 0.020 0.018 0.041 0.049 0.051 0.070 0.145 0.130 0.178 0.167 0.130 79 E 0.047 0.090 0.238 0.210 0.144 0.095 0.112 0.034 0.020 0.007 0.003 80 R 0.055 0.097 0.141 0.216 0.172 0.109 0.110 0.053 0.027 0.014 0.005 81 N 0.035 0.124 0.156 0.175 0.144 0.126 0.119 0.054 0.034 0.022 0.012 82 R 0.132 0.094 0.243 0.171 0.138 0.090 0.083 0.026 0.016 0.005 0.002 83 E 0.358 0.145 0.249 0.148 0.061 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 84 K 0.049 0.180 0.210 0.214 0.140 0.099 0.067 0.023 0.011 0.005 0.002 85 V 0.023 0.027 0.075 0.070 0.107 0.144 0.217 0.132 0.113 0.060 0.032 86 E 0.373 0.152 0.333 0.093 0.032 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.025 0.079 0.174 0.244 0.198 0.137 0.093 0.029 0.013 0.005 0.002 88 A 0.018 0.009 0.012 0.016 0.020 0.037 0.090 0.119 0.188 0.216 0.275 89 I 0.116 0.150 0.169 0.182 0.141 0.116 0.077 0.022 0.014 0.007 0.005 90 A 0.031 0.055 0.151 0.100 0.077 0.077 0.139 0.106 0.111 0.094 0.057 91 G 0.186 0.123 0.077 0.131 0.121 0.098 0.101 0.060 0.043 0.032 0.029 92 D 0.038 0.064 0.063 0.126 0.120 0.125 0.187 0.106 0.079 0.051 0.039 93 R 0.027 0.064 0.108 0.181 0.189 0.187 0.122 0.051 0.035 0.022 0.014 94 I 0.006 0.003 0.005 0.008 0.007 0.010 0.048 0.095 0.198 0.281 0.340 95 G 0.016 0.032 0.044 0.138 0.146 0.151 0.186 0.112 0.080 0.052 0.042 96 I 0.003 0.007 0.015 0.016 0.020 0.043 0.119 0.136 0.241 0.217 0.183 97 S 0.015 0.040 0.051 0.172 0.204 0.166 0.173 0.083 0.049 0.028 0.020 98 I 0.003 0.003 0.004 0.006 0.009 0.012 0.051 0.080 0.193 0.265 0.373 99 E 0.053 0.082 0.067 0.233 0.249 0.136 0.121 0.034 0.017 0.005 0.002 100 G 0.652 0.157 0.039 0.081 0.033 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 101 K 0.063 0.146 0.054 0.183 0.163 0.137 0.128 0.062 0.033 0.021 0.010 102 I 0.104 0.089 0.030 0.121 0.136 0.138 0.146 0.094 0.070 0.042 0.030 103 G 0.432 0.187 0.055 0.100 0.075 0.063 0.047 0.019 0.011 0.006 0.003 104 K 0.282 0.274 0.082 0.223 0.086 0.031 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 105 V 0.005 0.003 0.002 0.007 0.014 0.023 0.067 0.115 0.208 0.229 0.327 106 K 0.113 0.323 0.123 0.266 0.114 0.040 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 107 K 0.075 0.079 0.055 0.179 0.171 0.134 0.146 0.074 0.046 0.028 0.013 108 G 0.223 0.105 0.052 0.147 0.113 0.097 0.105 0.061 0.045 0.031 0.021 109 D 0.012 0.070 0.052 0.207 0.209 0.182 0.144 0.058 0.037 0.019 0.009 110 V 0.009 0.022 0.014 0.043 0.046 0.057 0.126 0.153 0.192 0.188 0.152 111 L 0.011 0.010 0.011 0.032 0.046 0.065 0.153 0.164 0.196 0.162 0.150 112 E 0.027 0.074 0.079 0.190 0.157 0.109 0.145 0.088 0.067 0.040 0.025 113 I 0.092 0.154 0.058 0.238 0.174 0.109 0.082 0.043 0.028 0.014 0.007 114 Y 0.066 0.052 0.033 0.096 0.097 0.117 0.161 0.128 0.116 0.084 0.050 115 Q 0.423 0.231 0.061 0.130 0.075 0.036 0.025 0.010 0.006 0.003 0.001 116 T 0.293 0.160 0.034 0.101 0.075 0.064 0.084 0.063 0.057 0.041 0.028