# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31.052 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.615 0.051 0.169 0.102 0.015 0.012 0.021 0.006 0.004 0.005 0.001 2 H 0.281 0.061 0.096 0.288 0.018 0.049 0.155 0.019 0.029 0.002 0.001 3 H 0.297 0.183 0.198 0.235 0.023 0.021 0.018 0.003 0.020 0.002 0.001 4 H 0.234 0.122 0.288 0.125 0.042 0.073 0.066 0.016 0.022 0.013 0.001 5 H 0.394 0.213 0.135 0.178 0.031 0.021 0.010 0.004 0.013 0.003 0.001 6 H 0.332 0.146 0.160 0.211 0.041 0.035 0.040 0.008 0.021 0.005 0.001 7 H 0.197 0.149 0.252 0.184 0.091 0.022 0.046 0.017 0.020 0.022 0.001 8 G 0.367 0.037 0.187 0.042 0.103 0.014 0.022 0.052 0.008 0.166 0.001 9 S 0.837 0.013 0.060 0.065 0.008 0.010 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 10 G 0.922 0.005 0.019 0.021 0.008 0.004 0.003 0.007 0.003 0.007 0.001 11 L 0.978 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 F 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 D 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.976 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.889 0.006 0.007 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 K 0.953 0.003 0.014 0.022 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.595 0.014 0.022 0.344 0.005 0.004 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 18 K 0.270 0.129 0.372 0.127 0.011 0.026 0.029 0.002 0.034 0.001 0.001 19 E 0.356 0.107 0.364 0.049 0.006 0.066 0.020 0.002 0.027 0.001 0.002 20 V 0.260 0.198 0.404 0.050 0.012 0.049 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 21 K 0.393 0.116 0.356 0.037 0.019 0.035 0.011 0.003 0.024 0.004 0.002 22 E 0.511 0.068 0.319 0.045 0.014 0.023 0.004 0.004 0.006 0.004 0.002 23 E 0.701 0.074 0.102 0.065 0.016 0.015 0.008 0.005 0.011 0.003 0.001 24 E 0.691 0.067 0.105 0.068 0.020 0.016 0.014 0.004 0.009 0.005 0.001 25 K 0.613 0.066 0.130 0.099 0.020 0.024 0.023 0.005 0.015 0.003 0.001 26 I 0.589 0.088 0.150 0.101 0.019 0.020 0.013 0.004 0.012 0.002 0.001 27 E 0.640 0.091 0.140 0.044 0.017 0.021 0.025 0.004 0.015 0.003 0.001 28 I 0.694 0.071 0.138 0.049 0.010 0.016 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 29 L 0.590 0.095 0.151 0.090 0.019 0.020 0.012 0.002 0.018 0.002 0.001 30 S 0.555 0.086 0.172 0.099 0.023 0.028 0.018 0.006 0.007 0.003 0.002 31 K 0.341 0.207 0.153 0.216 0.017 0.033 0.009 0.002 0.019 0.001 0.001 32 K 0.046 0.197 0.446 0.004 0.026 0.016 0.015 0.001 0.245 0.004 0.001 33 P 0.258 0.004 0.539 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.161 34 A 0.256 0.043 0.517 0.140 0.007 0.018 0.006 0.004 0.004 0.001 0.005 35 G 0.045 0.021 0.058 0.036 0.154 0.002 0.060 0.359 0.003 0.261 0.001 36 K 0.110 0.287 0.353 0.095 0.042 0.066 0.019 0.001 0.020 0.002 0.004 37 V 0.008 0.716 0.181 0.004 0.039 0.017 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 38 V 0.012 0.282 0.602 0.002 0.005 0.084 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 39 V 0.080 0.447 0.320 0.006 0.015 0.103 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 40 E 0.820 0.065 0.025 0.070 0.010 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 41 E 0.156 0.331 0.128 0.052 0.270 0.017 0.030 0.002 0.013 0.001 0.001 42 V 0.154 0.603 0.124 0.046 0.028 0.021 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 43 V 0.095 0.581 0.113 0.084 0.063 0.028 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 44 N 0.028 0.447 0.316 0.024 0.059 0.059 0.011 0.001 0.052 0.001 0.001 45 I 0.245 0.383 0.178 0.100 0.014 0.038 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 46 M 0.098 0.148 0.181 0.291 0.049 0.024 0.132 0.006 0.053 0.017 0.001 47 G 0.016 0.007 0.035 0.020 0.081 0.002 0.075 0.567 0.001 0.195 0.001 48 K 0.043 0.316 0.390 0.053 0.120 0.016 0.016 0.007 0.020 0.019 0.001 49 D 0.016 0.188 0.696 0.016 0.036 0.018 0.008 0.003 0.006 0.005 0.007 50 V 0.003 0.752 0.182 0.002 0.017 0.015 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 51 I 0.004 0.181 0.718 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 52 I 0.036 0.662 0.047 0.118 0.040 0.032 0.004 0.001 0.061 0.001 0.001 53 G 0.002 0.095 0.079 0.003 0.767 0.003 0.021 0.014 0.003 0.013 0.001 54 T 0.003 0.657 0.241 0.005 0.069 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 55 V 0.004 0.747 0.190 0.002 0.026 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 56 E 0.079 0.600 0.144 0.045 0.066 0.041 0.002 0.001 0.021 0.002 0.001 57 S 0.009 0.551 0.169 0.048 0.178 0.011 0.014 0.001 0.019 0.001 0.001 58 G 0.002 0.016 0.034 0.004 0.333 0.001 0.047 0.266 0.002 0.295 0.001 59 M 0.015 0.597 0.266 0.012 0.076 0.022 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 60 I 0.015 0.644 0.210 0.026 0.044 0.030 0.003 0.001 0.027 0.002 0.001 61 G 0.010 0.316 0.443 0.007 0.171 0.015 0.005 0.005 0.012 0.016 0.001 62 V 0.089 0.164 0.645 0.039 0.015 0.021 0.010 0.001 0.013 0.001 0.002 63 G 0.014 0.003 0.017 0.019 0.030 0.002 0.071 0.700 0.002 0.142 0.001 64 F 0.028 0.185 0.629 0.054 0.037 0.036 0.012 0.002 0.016 0.001 0.001 65 K 0.010 0.630 0.305 0.011 0.021 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 66 V 0.006 0.610 0.307 0.003 0.016 0.040 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 67 K 0.027 0.764 0.091 0.023 0.028 0.032 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 68 G 0.009 0.386 0.266 0.008 0.167 0.036 0.014 0.001 0.109 0.003 0.001 69 P 0.050 0.064 0.762 0.014 0.014 0.041 0.003 0.002 0.014 0.003 0.033 70 S 0.128 0.099 0.557 0.083 0.046 0.029 0.013 0.010 0.012 0.017 0.006 71 G 0.093 0.067 0.168 0.063 0.183 0.010 0.035 0.128 0.006 0.245 0.002 72 I 0.154 0.249 0.324 0.137 0.050 0.034 0.018 0.011 0.016 0.005 0.002 73 G 0.085 0.147 0.181 0.043 0.331 0.005 0.048 0.084 0.007 0.069 0.001 74 G 0.099 0.268 0.273 0.061 0.196 0.025 0.038 0.015 0.010 0.010 0.004 75 I 0.023 0.378 0.511 0.001 0.017 0.056 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 76 V 0.748 0.020 0.012 0.214 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 R 0.012 0.602 0.035 0.004 0.336 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 78 I 0.030 0.863 0.044 0.004 0.014 0.012 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 79 E 0.105 0.634 0.141 0.017 0.038 0.028 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 80 R 0.132 0.437 0.163 0.076 0.090 0.039 0.015 0.002 0.041 0.006 0.001 81 N 0.089 0.108 0.180 0.148 0.052 0.112 0.218 0.018 0.056 0.019 0.001 82 R 0.348 0.069 0.088 0.123 0.037 0.041 0.250 0.023 0.010 0.009 0.001 83 E 0.413 0.222 0.221 0.049 0.047 0.016 0.013 0.002 0.015 0.001 0.001 84 K 0.455 0.075 0.303 0.062 0.008 0.065 0.010 0.003 0.014 0.002 0.003 85 V 0.372 0.261 0.228 0.045 0.029 0.036 0.006 0.001 0.021 0.001 0.001 86 E 0.878 0.018 0.035 0.057 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 87 F 0.357 0.290 0.058 0.188 0.075 0.010 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 88 A 0.161 0.411 0.262 0.041 0.061 0.026 0.006 0.003 0.022 0.005 0.001 89 I 0.058 0.514 0.214 0.015 0.045 0.022 0.009 0.001 0.120 0.001 0.001 90 A 0.178 0.023 0.715 0.035 0.007 0.018 0.007 0.002 0.003 0.004 0.008 91 G 0.041 0.003 0.023 0.016 0.030 0.001 0.017 0.540 0.001 0.327 0.001 92 D 0.134 0.131 0.396 0.189 0.044 0.052 0.030 0.003 0.014 0.003 0.004 93 R 0.053 0.359 0.253 0.095 0.109 0.040 0.054 0.011 0.022 0.003 0.002 94 I 0.010 0.802 0.100 0.014 0.056 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 95 G 0.010 0.675 0.099 0.008 0.178 0.010 0.002 0.001 0.014 0.003 0.001 96 I 0.003 0.854 0.062 0.001 0.064 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 97 S 0.010 0.619 0.217 0.004 0.018 0.073 0.002 0.001 0.056 0.001 0.001 98 I 0.035 0.646 0.185 0.021 0.027 0.040 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 99 E 0.059 0.294 0.427 0.050 0.033 0.047 0.042 0.002 0.039 0.006 0.001 100 G 0.021 0.011 0.050 0.025 0.071 0.006 0.359 0.374 0.004 0.079 0.001 101 K 0.124 0.417 0.293 0.075 0.040 0.026 0.007 0.002 0.012 0.002 0.001 102 I 0.069 0.269 0.489 0.057 0.022 0.052 0.011 0.003 0.021 0.005 0.001 103 G 0.220 0.167 0.162 0.087 0.175 0.011 0.075 0.041 0.015 0.048 0.001 104 K 0.116 0.160 0.256 0.206 0.041 0.105 0.071 0.005 0.036 0.001 0.003 105 V 0.026 0.431 0.444 0.019 0.027 0.033 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 106 K 0.064 0.549 0.240 0.023 0.046 0.041 0.003 0.001 0.031 0.002 0.001 107 K 0.048 0.379 0.443 0.042 0.036 0.023 0.005 0.001 0.019 0.001 0.002 108 G 0.032 0.030 0.068 0.008 0.249 0.001 0.011 0.211 0.002 0.389 0.001 109 D 0.079 0.314 0.415 0.022 0.074 0.055 0.010 0.002 0.022 0.002 0.004 110 V 0.089 0.505 0.300 0.017 0.014 0.051 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 111 L 0.207 0.416 0.160 0.086 0.041 0.053 0.004 0.001 0.029 0.002 0.001 112 E 0.076 0.543 0.168 0.018 0.139 0.024 0.010 0.002 0.017 0.002 0.001 113 I 0.141 0.371 0.250 0.044 0.042 0.056 0.011 0.001 0.080 0.001 0.002 114 Y 0.192 0.167 0.347 0.177 0.037 0.039 0.013 0.004 0.018 0.005 0.001 115 Q 0.075 0.063 0.079 0.158 0.065 0.054 0.379 0.070 0.035 0.022 0.001 116 T 0.128 0.183 0.308 0.129 0.161 0.017 0.013 0.016 0.011 0.032 0.001