# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.67669 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.169 0.015 0.091 0.079 0.327 0.318 2 H 0.194 0.028 0.087 0.087 0.317 0.287 3 H 0.218 0.032 0.076 0.079 0.314 0.280 4 H 0.203 0.042 0.058 0.076 0.341 0.280 5 H 0.172 0.033 0.058 0.081 0.411 0.245 6 H 0.122 0.037 0.050 0.090 0.445 0.256 7 H 0.066 0.026 0.032 0.116 0.449 0.311 8 G 0.041 0.013 0.024 0.186 0.400 0.337 9 S 0.041 0.016 0.022 0.467 0.239 0.216 10 G 0.036 0.014 0.021 0.718 0.093 0.118 11 L 0.014 0.004 0.010 0.943 0.016 0.014 12 F 0.017 0.002 0.011 0.932 0.020 0.018 13 D 0.021 0.002 0.016 0.918 0.025 0.018 14 F 0.022 0.002 0.024 0.905 0.030 0.017 15 L 0.024 0.003 0.037 0.852 0.058 0.026 16 K 0.021 0.002 0.032 0.815 0.087 0.043 17 R 0.019 0.003 0.023 0.719 0.120 0.115 18 K 0.017 0.005 0.015 0.589 0.128 0.246 19 E 0.020 0.006 0.012 0.228 0.197 0.538 20 V 0.023 0.007 0.016 0.454 0.184 0.316 21 K 0.060 0.011 0.023 0.339 0.207 0.360 22 E 0.097 0.007 0.048 0.584 0.124 0.140 23 E 0.140 0.005 0.082 0.508 0.127 0.139 24 E 0.228 0.006 0.087 0.445 0.127 0.107 25 K 0.376 0.009 0.049 0.327 0.099 0.140 26 I 0.414 0.009 0.039 0.341 0.078 0.120 27 E 0.436 0.007 0.038 0.305 0.087 0.127 28 I 0.425 0.018 0.043 0.270 0.107 0.137 29 L 0.268 0.025 0.035 0.190 0.243 0.239 30 S 0.150 0.011 0.028 0.094 0.331 0.385 31 K 0.096 0.010 0.011 0.014 0.276 0.593 32 K 0.144 0.016 0.011 0.006 0.219 0.605 33 P 0.209 0.025 0.012 0.004 0.237 0.512 34 A 0.222 0.015 0.019 0.006 0.323 0.415 35 G 0.299 0.004 0.010 0.003 0.254 0.430 36 K 0.880 0.005 0.003 0.003 0.037 0.073 37 V 0.970 0.002 0.001 0.002 0.005 0.020 38 V 0.979 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 39 V 0.967 0.001 0.001 0.004 0.006 0.021 40 E 0.897 0.001 0.004 0.012 0.030 0.057 41 E 0.887 0.001 0.008 0.016 0.049 0.040 42 V 0.922 0.002 0.005 0.021 0.027 0.022 43 V 0.943 0.002 0.004 0.024 0.012 0.015 44 N 0.920 0.002 0.004 0.033 0.021 0.020 45 I 0.778 0.008 0.010 0.053 0.093 0.058 46 M 0.398 0.013 0.011 0.074 0.312 0.191 47 G 0.231 0.013 0.011 0.021 0.583 0.142 48 K 0.269 0.007 0.010 0.027 0.537 0.150 49 D 0.371 0.005 0.012 0.044 0.337 0.230 50 V 0.917 0.006 0.003 0.009 0.039 0.026 51 I 0.966 0.002 0.001 0.010 0.006 0.015 52 I 0.972 0.001 0.001 0.017 0.004 0.006 53 G 0.943 0.001 0.001 0.029 0.010 0.016 54 T 0.869 0.001 0.003 0.036 0.034 0.056 55 V 0.663 0.008 0.016 0.055 0.145 0.113 56 E 0.527 0.009 0.034 0.063 0.277 0.092 57 S 0.402 0.004 0.050 0.112 0.315 0.117 58 G 0.412 0.007 0.042 0.039 0.280 0.221 59 M 0.776 0.007 0.015 0.014 0.075 0.113 60 I 0.913 0.005 0.005 0.008 0.023 0.045 61 G 0.855 0.004 0.003 0.011 0.050 0.077 62 V 0.800 0.003 0.002 0.010 0.068 0.117 63 G 0.805 0.002 0.002 0.006 0.073 0.113 64 F 0.951 0.003 0.001 0.003 0.018 0.025 65 K 0.962 0.004 0.001 0.002 0.011 0.021 66 V 0.886 0.007 0.001 0.002 0.039 0.065 67 K 0.559 0.015 0.003 0.003 0.163 0.257 68 G 0.166 0.017 0.008 0.003 0.420 0.385 69 P 0.063 0.016 0.030 0.007 0.767 0.117 70 S 0.063 0.014 0.047 0.004 0.741 0.131 71 G 0.090 0.009 0.053 0.005 0.735 0.108 72 I 0.350 0.029 0.020 0.007 0.436 0.157 73 G 0.696 0.011 0.011 0.006 0.115 0.161 74 G 0.912 0.005 0.005 0.003 0.031 0.044 75 I 0.953 0.002 0.003 0.006 0.012 0.023 76 V 0.936 0.002 0.003 0.011 0.014 0.034 77 R 0.937 0.001 0.003 0.008 0.019 0.032 78 I 0.872 0.004 0.006 0.013 0.038 0.067 79 E 0.737 0.010 0.012 0.021 0.168 0.051 80 R 0.418 0.011 0.033 0.031 0.444 0.064 81 N 0.168 0.006 0.040 0.031 0.603 0.152 82 R 0.177 0.008 0.073 0.048 0.596 0.097 83 E 0.496 0.008 0.030 0.032 0.240 0.194 84 K 0.762 0.012 0.023 0.036 0.072 0.094 85 V 0.801 0.006 0.015 0.031 0.048 0.099 86 E 0.855 0.003 0.016 0.030 0.028 0.068 87 F 0.841 0.005 0.024 0.031 0.033 0.067 88 A 0.738 0.019 0.019 0.027 0.061 0.136 89 I 0.581 0.022 0.022 0.023 0.194 0.158 90 A 0.328 0.018 0.022 0.014 0.413 0.205 91 G 0.089 0.009 0.043 0.013 0.679 0.168 92 D 0.117 0.010 0.065 0.016 0.625 0.167 93 R 0.326 0.024 0.072 0.026 0.379 0.173 94 I 0.502 0.015 0.031 0.022 0.258 0.172 95 G 0.723 0.008 0.016 0.024 0.090 0.139 96 I 0.840 0.008 0.011 0.037 0.034 0.069 97 S 0.849 0.008 0.006 0.038 0.029 0.070 98 I 0.777 0.012 0.011 0.048 0.052 0.099 99 E 0.604 0.015 0.018 0.065 0.149 0.148 100 G 0.274 0.009 0.085 0.114 0.369 0.148 101 K 0.152 0.012 0.080 0.060 0.491 0.204 102 I 0.126 0.025 0.078 0.047 0.521 0.202 103 G 0.101 0.017 0.037 0.021 0.472 0.351 104 K 0.085 0.016 0.042 0.019 0.346 0.491 105 V 0.146 0.071 0.038 0.015 0.314 0.416 106 K 0.179 0.018 0.048 0.017 0.544 0.194 107 K 0.240 0.021 0.024 0.023 0.507 0.185 108 G 0.158 0.008 0.011 0.008 0.582 0.233 109 D 0.600 0.009 0.005 0.003 0.201 0.182 110 V 0.928 0.009 0.001 0.003 0.017 0.043 111 L 0.973 0.002 0.001 0.002 0.008 0.015 112 E 0.983 0.001 0.002 0.003 0.004 0.008 113 I 0.960 0.001 0.003 0.008 0.007 0.022 114 Y 0.784 0.003 0.005 0.022 0.027 0.160 115 Q 0.516 0.008 0.002 0.018 0.043 0.412 116 T 0.108 0.006 0.001 0.006 0.045 0.834