# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.67669 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.012 0.028 0.349 0.009 0.079 0.155 0.002 0.001 0.004 0.111 0.170 0.026 0.055 2 H 0.010 0.032 0.312 0.006 0.094 0.169 0.002 0.002 0.005 0.110 0.194 0.027 0.038 3 H 0.007 0.035 0.240 0.006 0.100 0.168 0.001 0.001 0.004 0.182 0.204 0.021 0.031 4 H 0.005 0.026 0.225 0.004 0.088 0.168 0.001 0.002 0.005 0.145 0.294 0.013 0.024 5 H 0.004 0.024 0.243 0.004 0.072 0.120 0.001 0.003 0.005 0.188 0.302 0.014 0.019 6 H 0.005 0.036 0.258 0.002 0.066 0.090 0.001 0.002 0.006 0.214 0.288 0.012 0.019 7 H 0.003 0.026 0.206 0.002 0.057 0.086 0.001 0.002 0.004 0.236 0.353 0.011 0.014 8 G 0.002 0.015 0.306 0.003 0.050 0.096 0.001 0.001 0.003 0.254 0.252 0.008 0.009 9 S 0.002 0.013 0.253 0.004 0.116 0.151 0.001 0.001 0.003 0.147 0.289 0.007 0.014 10 G 0.012 0.052 0.190 0.002 0.116 0.252 0.002 0.001 0.005 0.095 0.224 0.019 0.029 11 L 0.018 0.022 0.099 0.005 0.122 0.525 0.003 0.002 0.006 0.035 0.124 0.011 0.027 12 F 0.019 0.007 0.072 0.004 0.106 0.658 0.002 0.001 0.003 0.028 0.059 0.019 0.021 13 D 0.021 0.003 0.039 0.003 0.080 0.719 0.002 0.001 0.002 0.017 0.072 0.017 0.023 14 F 0.024 0.004 0.037 0.001 0.084 0.713 0.002 0.001 0.003 0.015 0.066 0.008 0.041 15 L 0.024 0.008 0.091 0.008 0.054 0.644 0.004 0.001 0.004 0.032 0.078 0.018 0.033 16 K 0.016 0.011 0.156 0.012 0.059 0.447 0.003 0.001 0.005 0.048 0.142 0.052 0.048 17 R 0.014 0.007 0.172 0.009 0.071 0.442 0.002 0.001 0.006 0.070 0.108 0.012 0.086 18 K 0.004 0.007 0.307 0.007 0.040 0.256 0.001 0.001 0.008 0.194 0.101 0.057 0.018 19 E 0.002 0.015 0.429 0.003 0.026 0.164 0.002 0.001 0.016 0.128 0.112 0.015 0.087 20 V 0.003 0.034 0.502 0.005 0.010 0.155 0.002 0.001 0.017 0.133 0.064 0.038 0.037 21 K 0.001 0.019 0.636 0.003 0.009 0.165 0.001 0.001 0.005 0.084 0.034 0.013 0.029 22 E 0.001 0.002 0.090 0.001 0.047 0.718 0.001 0.001 0.002 0.028 0.100 0.003 0.008 23 E 0.004 0.003 0.058 0.003 0.070 0.705 0.002 0.001 0.004 0.036 0.092 0.008 0.013 24 E 0.013 0.006 0.093 0.006 0.055 0.656 0.003 0.001 0.005 0.052 0.053 0.030 0.025 25 K 0.019 0.009 0.076 0.006 0.025 0.721 0.004 0.003 0.012 0.012 0.028 0.023 0.063 26 I 0.058 0.007 0.064 0.018 0.021 0.636 0.006 0.004 0.010 0.022 0.016 0.066 0.072 27 E 0.077 0.007 0.051 0.010 0.032 0.599 0.009 0.004 0.009 0.034 0.032 0.062 0.075 28 I 0.093 0.009 0.043 0.004 0.041 0.562 0.011 0.011 0.010 0.012 0.055 0.031 0.118 29 L 0.068 0.019 0.067 0.009 0.047 0.476 0.008 0.004 0.006 0.027 0.162 0.054 0.052 30 S 0.019 0.008 0.113 0.011 0.030 0.234 0.002 0.002 0.003 0.108 0.401 0.035 0.035 31 K 0.013 0.023 0.199 0.012 0.022 0.070 0.001 0.001 0.003 0.353 0.229 0.024 0.051 32 K 0.001 0.010 0.601 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.003 0.299 0.033 0.017 0.014 33 P 0.001 0.020 0.356 0.016 0.041 0.018 0.001 0.001 0.004 0.126 0.377 0.007 0.033 34 A 0.008 0.022 0.200 0.026 0.088 0.019 0.003 0.001 0.006 0.149 0.422 0.022 0.034 35 G 0.020 0.012 0.233 0.035 0.067 0.017 0.003 0.001 0.013 0.302 0.176 0.058 0.063 36 K 0.044 0.010 0.314 0.039 0.024 0.023 0.017 0.001 0.035 0.095 0.050 0.081 0.266 37 V 0.116 0.019 0.204 0.006 0.002 0.007 0.037 0.004 0.036 0.023 0.003 0.168 0.375 38 V 0.094 0.014 0.117 0.006 0.001 0.004 0.022 0.003 0.034 0.006 0.001 0.566 0.132 39 V 0.043 0.008 0.066 0.008 0.005 0.049 0.023 0.004 0.046 0.002 0.002 0.016 0.727 40 E 0.027 0.001 0.025 0.788 0.010 0.038 0.011 0.003 0.012 0.005 0.009 0.059 0.013 41 E 0.199 0.003 0.031 0.034 0.038 0.064 0.047 0.008 0.040 0.049 0.020 0.214 0.252 42 V 0.140 0.006 0.027 0.011 0.017 0.104 0.053 0.020 0.057 0.008 0.007 0.047 0.503 43 V 0.126 0.008 0.035 0.168 0.010 0.149 0.043 0.043 0.079 0.008 0.007 0.275 0.049 44 N 0.198 0.004 0.037 0.035 0.018 0.139 0.043 0.058 0.063 0.018 0.024 0.045 0.318 45 I 0.250 0.005 0.065 0.023 0.018 0.097 0.040 0.044 0.033 0.032 0.054 0.223 0.114 46 M 0.170 0.021 0.141 0.034 0.020 0.070 0.033 0.036 0.032 0.097 0.149 0.075 0.122 47 G 0.042 0.013 0.269 0.038 0.027 0.042 0.009 0.005 0.019 0.155 0.237 0.040 0.103 48 K 0.014 0.005 0.291 0.105 0.028 0.043 0.004 0.003 0.013 0.296 0.115 0.053 0.029 49 D 0.034 0.005 0.226 0.163 0.021 0.016 0.016 0.016 0.039 0.310 0.066 0.034 0.056 50 V 0.145 0.009 0.113 0.008 0.008 0.010 0.145 0.212 0.159 0.020 0.006 0.047 0.118 51 I 0.151 0.007 0.020 0.005 0.002 0.010 0.168 0.378 0.166 0.002 0.002 0.048 0.041 52 I 0.136 0.001 0.032 0.066 0.003 0.016 0.154 0.352 0.163 0.004 0.004 0.025 0.044 53 G 0.181 0.002 0.088 0.047 0.003 0.011 0.095 0.186 0.180 0.017 0.013 0.115 0.065 54 T 0.136 0.010 0.209 0.015 0.006 0.010 0.048 0.050 0.151 0.023 0.013 0.102 0.225 55 V 0.080 0.017 0.220 0.052 0.022 0.028 0.026 0.014 0.105 0.018 0.010 0.063 0.347 56 E 0.067 0.007 0.167 0.215 0.066 0.033 0.009 0.005 0.034 0.059 0.035 0.196 0.108 57 S 0.047 0.005 0.091 0.137 0.112 0.045 0.006 0.003 0.017 0.160 0.147 0.055 0.176 58 G 0.065 0.008 0.119 0.034 0.073 0.045 0.008 0.003 0.019 0.095 0.219 0.188 0.124 59 M 0.162 0.018 0.115 0.012 0.015 0.033 0.029 0.015 0.040 0.043 0.051 0.075 0.392 60 I 0.354 0.012 0.053 0.021 0.004 0.009 0.030 0.008 0.021 0.029 0.021 0.306 0.134 61 G 0.348 0.004 0.059 0.019 0.006 0.010 0.025 0.005 0.019 0.043 0.054 0.140 0.268 62 V 0.288 0.006 0.101 0.039 0.012 0.016 0.029 0.005 0.024 0.060 0.091 0.110 0.220 63 G 0.396 0.006 0.056 0.052 0.007 0.006 0.028 0.003 0.014 0.048 0.047 0.185 0.149 64 F 0.468 0.005 0.054 0.007 0.003 0.002 0.029 0.003 0.011 0.016 0.011 0.103 0.289 65 K 0.428 0.007 0.041 0.007 0.004 0.003 0.038 0.004 0.013 0.007 0.007 0.287 0.153 66 V 0.259 0.015 0.089 0.016 0.003 0.003 0.039 0.004 0.015 0.013 0.009 0.082 0.453 67 K 0.121 0.035 0.218 0.043 0.008 0.007 0.023 0.004 0.019 0.075 0.041 0.203 0.202 68 G 0.017 0.020 0.372 0.015 0.013 0.006 0.003 0.001 0.006 0.220 0.090 0.093 0.145 69 P 0.002 0.008 0.302 0.025 0.034 0.009 0.001 0.001 0.002 0.188 0.379 0.010 0.040 70 S 0.005 0.007 0.189 0.010 0.034 0.005 0.001 0.001 0.002 0.282 0.414 0.033 0.018 71 G 0.039 0.023 0.226 0.008 0.029 0.005 0.004 0.001 0.005 0.273 0.227 0.056 0.103 72 I 0.088 0.019 0.342 0.010 0.018 0.006 0.018 0.002 0.016 0.110 0.034 0.117 0.218 73 G 0.259 0.008 0.107 0.195 0.006 0.002 0.033 0.003 0.007 0.059 0.016 0.105 0.200 74 G 0.481 0.005 0.036 0.010 0.002 0.002 0.056 0.005 0.011 0.011 0.005 0.239 0.137 75 I 0.603 0.003 0.020 0.008 0.002 0.006 0.055 0.011 0.012 0.005 0.004 0.066 0.206 76 V 0.720 0.001 0.019 0.015 0.001 0.003 0.055 0.007 0.007 0.003 0.002 0.109 0.059 77 R 0.663 0.002 0.019 0.003 0.001 0.005 0.041 0.007 0.008 0.003 0.002 0.096 0.151 78 I 0.537 0.003 0.040 0.017 0.003 0.007 0.036 0.001 0.007 0.008 0.007 0.090 0.244 79 E 0.303 0.004 0.153 0.043 0.017 0.019 0.020 0.001 0.009 0.041 0.057 0.114 0.221 80 R 0.118 0.015 0.098 0.012 0.033 0.027 0.011 0.001 0.007 0.095 0.192 0.184 0.208 81 N 0.011 0.005 0.112 0.032 0.028 0.030 0.002 0.001 0.002 0.118 0.577 0.036 0.047 82 R 0.010 0.003 0.236 0.023 0.018 0.017 0.001 0.001 0.001 0.275 0.355 0.019 0.043 83 E 0.063 0.011 0.324 0.013 0.009 0.013 0.009 0.001 0.007 0.173 0.053 0.232 0.092 84 K 0.122 0.014 0.074 0.002 0.002 0.005 0.044 0.004 0.029 0.021 0.004 0.062 0.616 85 V 0.287 0.006 0.123 0.072 0.004 0.012 0.089 0.011 0.048 0.010 0.003 0.226 0.109 86 E 0.354 0.005 0.037 0.033 0.003 0.010 0.121 0.019 0.054 0.014 0.002 0.144 0.204 87 F 0.305 0.003 0.042 0.059 0.004 0.012 0.136 0.037 0.084 0.012 0.006 0.122 0.178 88 A 0.270 0.007 0.095 0.016 0.003 0.015 0.097 0.035 0.069 0.019 0.009 0.163 0.202 89 I 0.086 0.017 0.280 0.032 0.006 0.026 0.030 0.015 0.069 0.068 0.023 0.176 0.171 90 A 0.023 0.015 0.228 0.043 0.030 0.060 0.006 0.005 0.017 0.125 0.286 0.069 0.094 91 G 0.013 0.005 0.201 0.034 0.029 0.031 0.001 0.001 0.003 0.180 0.450 0.018 0.034 92 D 0.023 0.014 0.414 0.021 0.041 0.032 0.003 0.001 0.007 0.243 0.088 0.041 0.074 93 R 0.074 0.024 0.183 0.007 0.084 0.085 0.012 0.002 0.015 0.088 0.113 0.053 0.259 94 I 0.158 0.014 0.119 0.039 0.045 0.084 0.018 0.005 0.013 0.074 0.118 0.227 0.086 95 G 0.436 0.007 0.047 0.032 0.022 0.030 0.015 0.003 0.006 0.030 0.054 0.095 0.222 96 I 0.526 0.003 0.050 0.018 0.004 0.016 0.025 0.004 0.008 0.014 0.009 0.110 0.215 97 S 0.507 0.004 0.030 0.003 0.005 0.031 0.023 0.003 0.007 0.005 0.008 0.261 0.114 98 I 0.390 0.005 0.028 0.004 0.005 0.035 0.029 0.003 0.008 0.007 0.012 0.038 0.436 99 E 0.284 0.008 0.041 0.160 0.008 0.040 0.021 0.002 0.007 0.021 0.034 0.266 0.109 100 G 0.081 0.006 0.113 0.031 0.030 0.051 0.004 0.001 0.007 0.155 0.208 0.158 0.157 101 K 0.049 0.011 0.163 0.016 0.038 0.081 0.007 0.001 0.016 0.094 0.194 0.055 0.275 102 I 0.054 0.054 0.139 0.058 0.046 0.084 0.010 0.002 0.014 0.089 0.192 0.126 0.132 103 G 0.024 0.011 0.233 0.036 0.032 0.049 0.006 0.002 0.020 0.199 0.247 0.064 0.076 104 K 0.021 0.048 0.430 0.015 0.015 0.024 0.011 0.005 0.047 0.096 0.053 0.049 0.184 105 V 0.027 0.094 0.403 0.010 0.008 0.012 0.013 0.004 0.029 0.058 0.011 0.133 0.199 106 K 0.010 0.019 0.652 0.035 0.012 0.016 0.004 0.002 0.023 0.062 0.022 0.055 0.087 107 K 0.006 0.013 0.111 0.020 0.118 0.053 0.002 0.001 0.005 0.068 0.530 0.032 0.040 108 G 0.004 0.002 0.140 0.027 0.040 0.013 0.001 0.001 0.003 0.120 0.618 0.018 0.015 109 D 0.017 0.012 0.578 0.016 0.023 0.012 0.005 0.001 0.009 0.137 0.034 0.049 0.108 110 V 0.089 0.036 0.099 0.013 0.057 0.091 0.031 0.014 0.065 0.018 0.022 0.051 0.414 111 L 0.222 0.005 0.038 0.203 0.043 0.088 0.067 0.026 0.040 0.021 0.032 0.151 0.065 112 E 0.390 0.003 0.026 0.014 0.038 0.079 0.072 0.036 0.045 0.010 0.019 0.153 0.115 113 I 0.291 0.003 0.033 0.006 0.010 0.031 0.071 0.022 0.057 0.009 0.007 0.052 0.408 114 Y 0.227 0.008 0.103 0.069 0.006 0.030 0.043 0.009 0.060 0.023 0.022 0.318 0.082 115 Q 0.104 0.013 0.219 0.018 0.004 0.011 0.019 0.002 0.033 0.072 0.025 0.085 0.396 116 T 0.016 0.011 0.631 0.034 0.005 0.005 0.003 0.001 0.008 0.057 0.018 0.076 0.136