# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.67669 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.229 0.101 0.060 0.098 0.072 0.073 0.093 0.080 0.083 0.065 0.046 2 H 0.138 0.135 0.060 0.146 0.124 0.104 0.112 0.071 0.054 0.035 0.020 3 H 0.120 0.103 0.051 0.118 0.118 0.110 0.127 0.097 0.078 0.050 0.028 4 H 0.125 0.108 0.048 0.119 0.122 0.108 0.126 0.093 0.074 0.049 0.029 5 H 0.115 0.086 0.060 0.148 0.132 0.108 0.120 0.083 0.070 0.047 0.031 6 H 0.121 0.091 0.048 0.130 0.125 0.110 0.127 0.087 0.076 0.051 0.035 7 H 0.086 0.123 0.078 0.156 0.134 0.125 0.130 0.074 0.052 0.029 0.013 8 G 0.308 0.108 0.056 0.110 0.086 0.080 0.092 0.059 0.046 0.032 0.022 9 S 0.156 0.201 0.085 0.177 0.132 0.086 0.078 0.038 0.026 0.014 0.008 10 G 0.123 0.149 0.065 0.162 0.125 0.124 0.122 0.059 0.038 0.022 0.011 11 L 0.023 0.023 0.022 0.068 0.078 0.091 0.155 0.138 0.151 0.139 0.111 12 F 0.026 0.023 0.040 0.058 0.067 0.101 0.228 0.171 0.149 0.090 0.046 13 D 0.022 0.078 0.142 0.369 0.200 0.097 0.053 0.022 0.011 0.005 0.002 14 F 0.028 0.035 0.062 0.062 0.058 0.090 0.192 0.157 0.143 0.108 0.064 15 L 0.020 0.023 0.086 0.115 0.124 0.112 0.181 0.126 0.116 0.068 0.030 16 K 0.065 0.112 0.220 0.179 0.132 0.100 0.125 0.040 0.018 0.006 0.002 17 R 0.017 0.043 0.135 0.235 0.195 0.148 0.119 0.056 0.031 0.017 0.005 18 K 0.076 0.074 0.124 0.083 0.113 0.131 0.211 0.101 0.054 0.024 0.008 19 E 0.125 0.161 0.287 0.274 0.094 0.032 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 20 V 0.170 0.177 0.193 0.118 0.103 0.079 0.093 0.037 0.018 0.009 0.003 21 K 0.472 0.226 0.201 0.073 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.147 0.107 0.182 0.125 0.107 0.103 0.150 0.047 0.020 0.009 0.003 23 E 0.261 0.161 0.238 0.142 0.082 0.049 0.040 0.014 0.008 0.003 0.001 24 E 0.146 0.103 0.273 0.193 0.121 0.079 0.051 0.017 0.009 0.005 0.002 25 K 0.046 0.099 0.171 0.187 0.159 0.129 0.109 0.049 0.028 0.015 0.006 26 I 0.029 0.032 0.156 0.104 0.123 0.137 0.172 0.106 0.084 0.043 0.016 27 E 0.116 0.157 0.441 0.179 0.066 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 28 I 0.015 0.040 0.126 0.100 0.108 0.131 0.193 0.124 0.085 0.052 0.025 29 L 0.033 0.043 0.094 0.067 0.080 0.085 0.154 0.125 0.137 0.100 0.084 30 S 0.151 0.171 0.227 0.140 0.087 0.071 0.084 0.032 0.022 0.011 0.006 31 K 0.539 0.180 0.104 0.106 0.046 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 32 K 0.112 0.187 0.057 0.142 0.134 0.111 0.112 0.067 0.042 0.025 0.012 33 P 0.234 0.108 0.049 0.138 0.124 0.110 0.103 0.051 0.042 0.024 0.018 34 A 0.098 0.051 0.022 0.061 0.079 0.097 0.180 0.128 0.126 0.091 0.067 35 G 0.168 0.146 0.054 0.157 0.106 0.093 0.105 0.072 0.049 0.034 0.016 36 K 0.113 0.114 0.065 0.203 0.174 0.143 0.095 0.042 0.027 0.015 0.010 37 V 0.030 0.020 0.019 0.037 0.041 0.068 0.161 0.162 0.190 0.154 0.116 38 V 0.029 0.124 0.090 0.282 0.220 0.120 0.084 0.029 0.013 0.006 0.003 39 V 0.012 0.017 0.013 0.034 0.037 0.042 0.110 0.139 0.204 0.209 0.182 40 E 0.059 0.067 0.114 0.217 0.222 0.161 0.096 0.033 0.020 0.008 0.004 41 E 0.061 0.094 0.151 0.285 0.163 0.105 0.095 0.028 0.012 0.005 0.002 42 V 0.006 0.015 0.036 0.066 0.062 0.075 0.148 0.159 0.169 0.160 0.104 43 V 0.009 0.013 0.042 0.052 0.056 0.077 0.167 0.159 0.179 0.145 0.101 44 N 0.032 0.100 0.250 0.289 0.163 0.084 0.050 0.018 0.009 0.004 0.002 45 I 0.005 0.013 0.039 0.037 0.042 0.070 0.164 0.152 0.191 0.165 0.123 46 M 0.070 0.087 0.069 0.176 0.149 0.112 0.144 0.080 0.060 0.033 0.019 47 G 0.211 0.169 0.065 0.144 0.119 0.091 0.101 0.043 0.030 0.016 0.010 48 K 0.062 0.084 0.089 0.178 0.158 0.125 0.125 0.078 0.057 0.030 0.013 49 D 0.081 0.134 0.067 0.231 0.185 0.146 0.098 0.032 0.015 0.007 0.004 50 V 0.002 0.004 0.004 0.016 0.022 0.039 0.109 0.173 0.222 0.230 0.179 51 I 0.006 0.011 0.009 0.040 0.058 0.083 0.183 0.193 0.188 0.139 0.089 52 I 0.004 0.011 0.015 0.042 0.040 0.057 0.124 0.157 0.201 0.176 0.172 53 G 0.005 0.007 0.010 0.031 0.042 0.069 0.156 0.166 0.205 0.176 0.133 54 T 0.043 0.118 0.044 0.281 0.230 0.121 0.091 0.040 0.019 0.008 0.004 55 V 0.005 0.006 0.004 0.014 0.017 0.022 0.064 0.112 0.222 0.262 0.271 56 E 0.055 0.127 0.094 0.287 0.221 0.118 0.063 0.019 0.010 0.003 0.002 57 S 0.174 0.169 0.062 0.198 0.126 0.100 0.089 0.041 0.023 0.012 0.006 58 G 0.200 0.131 0.056 0.161 0.127 0.106 0.086 0.052 0.040 0.026 0.015 59 M 0.066 0.077 0.037 0.086 0.083 0.087 0.137 0.114 0.126 0.101 0.085 60 I 0.018 0.021 0.013 0.043 0.049 0.062 0.120 0.135 0.179 0.171 0.189 61 G 0.047 0.090 0.046 0.165 0.165 0.152 0.140 0.077 0.059 0.036 0.024 62 V 0.041 0.036 0.020 0.069 0.067 0.069 0.124 0.136 0.160 0.156 0.123 63 G 0.094 0.076 0.037 0.129 0.131 0.124 0.134 0.091 0.082 0.058 0.044 64 F 0.014 0.022 0.015 0.055 0.070 0.104 0.166 0.147 0.164 0.144 0.099 65 K 0.058 0.120 0.052 0.186 0.180 0.123 0.127 0.068 0.043 0.026 0.018 66 V 0.010 0.006 0.004 0.015 0.020 0.029 0.078 0.107 0.195 0.228 0.309 67 K 0.116 0.189 0.066 0.227 0.163 0.096 0.074 0.031 0.020 0.011 0.008 68 G 0.206 0.187 0.041 0.163 0.119 0.094 0.085 0.045 0.032 0.017 0.010 69 P 0.430 0.127 0.051 0.107 0.072 0.058 0.055 0.034 0.025 0.021 0.020 70 S 0.306 0.266 0.083 0.177 0.088 0.040 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 71 G 0.137 0.176 0.074 0.197 0.165 0.123 0.075 0.029 0.015 0.007 0.003 72 I 0.015 0.016 0.010 0.039 0.044 0.058 0.118 0.146 0.180 0.186 0.190 73 G 0.012 0.045 0.036 0.121 0.161 0.175 0.200 0.104 0.079 0.041 0.025 74 G 0.050 0.063 0.036 0.114 0.108 0.108 0.167 0.138 0.108 0.069 0.039 75 I 0.029 0.018 0.015 0.049 0.058 0.082 0.157 0.147 0.153 0.155 0.139 76 V 0.015 0.024 0.031 0.055 0.058 0.068 0.163 0.155 0.184 0.143 0.103 77 R 0.035 0.087 0.078 0.287 0.202 0.120 0.089 0.046 0.029 0.018 0.009 78 I 0.033 0.042 0.058 0.077 0.071 0.086 0.164 0.127 0.134 0.120 0.087 79 E 0.078 0.078 0.160 0.152 0.118 0.114 0.153 0.068 0.045 0.022 0.013 80 R 0.054 0.057 0.093 0.138 0.136 0.131 0.194 0.088 0.054 0.035 0.020 81 N 0.115 0.191 0.194 0.203 0.110 0.074 0.061 0.025 0.014 0.008 0.004 82 R 0.076 0.082 0.182 0.194 0.173 0.120 0.104 0.035 0.021 0.009 0.004 83 E 0.429 0.148 0.163 0.129 0.059 0.034 0.025 0.008 0.004 0.002 0.001 84 K 0.013 0.044 0.099 0.215 0.211 0.180 0.137 0.056 0.028 0.013 0.004 85 V 0.016 0.012 0.050 0.027 0.030 0.045 0.138 0.169 0.214 0.174 0.125 86 E 0.014 0.031 0.118 0.205 0.197 0.162 0.139 0.067 0.038 0.020 0.010 87 F 0.012 0.036 0.131 0.071 0.073 0.088 0.158 0.135 0.134 0.104 0.060 88 A 0.012 0.014 0.022 0.049 0.055 0.077 0.134 0.144 0.167 0.158 0.169 89 I 0.025 0.026 0.033 0.033 0.044 0.065 0.169 0.150 0.179 0.149 0.126 90 A 0.089 0.114 0.105 0.185 0.144 0.102 0.102 0.062 0.046 0.031 0.020 91 G 0.276 0.174 0.096 0.146 0.105 0.066 0.055 0.030 0.023 0.016 0.012 92 D 0.040 0.074 0.054 0.127 0.137 0.132 0.155 0.103 0.079 0.056 0.043 93 R 0.091 0.120 0.111 0.179 0.160 0.139 0.103 0.040 0.028 0.016 0.012 94 I 0.014 0.008 0.005 0.014 0.017 0.027 0.086 0.122 0.195 0.238 0.273 95 G 0.039 0.044 0.028 0.080 0.084 0.110 0.181 0.126 0.122 0.095 0.092 96 I 0.014 0.020 0.026 0.042 0.042 0.062 0.118 0.116 0.182 0.185 0.192 97 S 0.026 0.042 0.041 0.106 0.121 0.129 0.161 0.113 0.094 0.083 0.085 98 I 0.011 0.016 0.022 0.036 0.039 0.042 0.095 0.123 0.187 0.219 0.211 99 E 0.023 0.029 0.037 0.098 0.138 0.133 0.206 0.123 0.100 0.063 0.051 100 G 0.185 0.129 0.151 0.234 0.119 0.076 0.050 0.023 0.016 0.010 0.007 101 K 0.084 0.118 0.088 0.193 0.170 0.148 0.113 0.042 0.024 0.013 0.006 102 I 0.017 0.013 0.014 0.029 0.030 0.039 0.094 0.117 0.192 0.198 0.256 103 G 0.177 0.120 0.061 0.107 0.107 0.118 0.158 0.068 0.043 0.025 0.017 104 K 0.284 0.286 0.119 0.202 0.065 0.026 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 105 V 0.005 0.003 0.002 0.005 0.009 0.019 0.061 0.098 0.191 0.247 0.362 106 K 0.231 0.357 0.131 0.172 0.065 0.026 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 107 K 0.119 0.116 0.077 0.220 0.177 0.118 0.106 0.039 0.019 0.008 0.003 108 G 0.443 0.194 0.080 0.138 0.071 0.040 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 109 D 0.004 0.042 0.032 0.156 0.211 0.217 0.208 0.078 0.034 0.014 0.005 110 V 0.007 0.010 0.006 0.036 0.056 0.076 0.147 0.160 0.184 0.177 0.139 111 L 0.005 0.005 0.005 0.014 0.022 0.047 0.163 0.180 0.243 0.190 0.126 112 E 0.006 0.032 0.050 0.197 0.161 0.121 0.165 0.116 0.081 0.047 0.024 113 I 0.006 0.011 0.009 0.026 0.027 0.039 0.105 0.156 0.213 0.232 0.176 114 Y 0.010 0.014 0.021 0.088 0.122 0.139 0.189 0.159 0.139 0.080 0.038 115 Q 0.020 0.062 0.060 0.159 0.167 0.144 0.175 0.099 0.069 0.033 0.011 116 T 0.066 0.091 0.053 0.180 0.156 0.117 0.127 0.091 0.068 0.036 0.014