# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.67669 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.079 0.009 0.076 0.241 0.078 0.171 0.348 2 H 0.113 0.032 0.076 0.234 0.060 0.194 0.290 3 H 0.106 0.027 0.084 0.199 0.130 0.184 0.270 4 H 0.101 0.019 0.096 0.140 0.122 0.220 0.300 5 H 0.093 0.028 0.090 0.112 0.148 0.267 0.263 6 H 0.050 0.038 0.079 0.079 0.161 0.327 0.265 7 H 0.029 0.016 0.061 0.078 0.201 0.421 0.195 8 G 0.023 0.011 0.053 0.096 0.315 0.248 0.254 9 S 0.022 0.015 0.090 0.211 0.219 0.296 0.146 10 G 0.047 0.041 0.096 0.232 0.152 0.235 0.196 11 L 0.035 0.011 0.071 0.711 0.021 0.045 0.106 12 F 0.060 0.012 0.095 0.696 0.023 0.029 0.085 13 D 0.048 0.004 0.117 0.727 0.027 0.032 0.045 14 F 0.056 0.004 0.127 0.720 0.018 0.054 0.021 15 L 0.083 0.008 0.069 0.725 0.021 0.070 0.024 16 K 0.117 0.005 0.040 0.668 0.033 0.090 0.047 17 R 0.070 0.004 0.038 0.633 0.067 0.078 0.110 18 K 0.056 0.006 0.020 0.416 0.094 0.061 0.347 19 E 0.052 0.012 0.027 0.368 0.057 0.107 0.377 20 V 0.068 0.018 0.018 0.335 0.138 0.081 0.342 21 K 0.073 0.008 0.016 0.293 0.133 0.096 0.381 22 E 0.065 0.006 0.012 0.706 0.033 0.033 0.145 23 E 0.060 0.005 0.019 0.782 0.022 0.025 0.087 24 E 0.118 0.006 0.027 0.722 0.032 0.020 0.075 25 K 0.058 0.003 0.029 0.844 0.010 0.018 0.037 26 I 0.052 0.003 0.042 0.855 0.013 0.015 0.020 27 E 0.038 0.002 0.034 0.889 0.009 0.017 0.011 28 I 0.034 0.002 0.034 0.851 0.010 0.056 0.013 29 L 0.089 0.029 0.040 0.546 0.045 0.168 0.083 30 S 0.046 0.009 0.017 0.169 0.092 0.542 0.126 31 K 0.032 0.005 0.015 0.047 0.380 0.367 0.154 32 K 0.046 0.009 0.002 0.006 0.438 0.012 0.486 33 P 0.069 0.017 0.013 0.010 0.070 0.069 0.753 34 A 0.133 0.042 0.044 0.016 0.260 0.230 0.275 35 G 0.210 0.004 0.026 0.010 0.349 0.233 0.168 36 K 0.724 0.009 0.005 0.010 0.039 0.013 0.201 37 V 0.908 0.009 0.001 0.005 0.006 0.001 0.071 38 V 0.956 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.032 39 V 0.952 0.002 0.001 0.006 0.004 0.002 0.033 40 E 0.868 0.001 0.004 0.012 0.035 0.004 0.076 41 E 0.860 0.001 0.010 0.015 0.045 0.005 0.064 42 V 0.833 0.006 0.022 0.042 0.019 0.007 0.071 43 V 0.883 0.005 0.013 0.037 0.017 0.011 0.032 44 N 0.873 0.006 0.010 0.039 0.013 0.022 0.038 45 I 0.761 0.012 0.010 0.031 0.019 0.047 0.120 46 M 0.398 0.009 0.014 0.013 0.124 0.232 0.210 47 G 0.250 0.008 0.020 0.007 0.219 0.300 0.196 48 K 0.336 0.006 0.016 0.006 0.275 0.125 0.236 49 D 0.688 0.006 0.009 0.004 0.087 0.039 0.168 50 V 0.905 0.003 0.001 0.002 0.008 0.003 0.079 51 I 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 52 I 0.960 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.030 53 G 0.863 0.001 0.001 0.004 0.024 0.009 0.097 54 T 0.878 0.003 0.002 0.005 0.032 0.012 0.069 55 V 0.873 0.010 0.003 0.008 0.014 0.012 0.079 56 E 0.803 0.008 0.006 0.011 0.030 0.028 0.114 57 S 0.369 0.006 0.022 0.016 0.098 0.422 0.067 58 G 0.238 0.002 0.016 0.008 0.109 0.543 0.085 59 M 0.697 0.020 0.006 0.004 0.067 0.029 0.177 60 I 0.847 0.015 0.002 0.002 0.015 0.013 0.107 61 G 0.869 0.005 0.002 0.001 0.025 0.010 0.087 62 V 0.894 0.004 0.003 0.002 0.017 0.015 0.065 63 G 0.859 0.003 0.004 0.003 0.035 0.034 0.061 64 F 0.900 0.004 0.003 0.002 0.012 0.010 0.069 65 K 0.947 0.006 0.001 0.002 0.006 0.002 0.036 66 V 0.883 0.010 0.001 0.001 0.009 0.004 0.091 67 K 0.574 0.041 0.003 0.003 0.109 0.053 0.216 68 G 0.096 0.007 0.002 0.001 0.378 0.035 0.482 69 P 0.017 0.004 0.033 0.004 0.162 0.635 0.145 70 S 0.011 0.006 0.055 0.006 0.167 0.692 0.064 71 G 0.076 0.017 0.076 0.008 0.375 0.271 0.176 72 I 0.337 0.044 0.014 0.006 0.108 0.028 0.462 73 G 0.614 0.041 0.007 0.005 0.107 0.025 0.200 74 G 0.849 0.003 0.006 0.005 0.049 0.019 0.069 75 I 0.944 0.003 0.003 0.007 0.005 0.003 0.035 76 V 0.975 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.014 77 R 0.959 0.003 0.002 0.010 0.004 0.002 0.019 78 I 0.883 0.003 0.006 0.019 0.008 0.013 0.069 79 E 0.663 0.011 0.021 0.029 0.054 0.051 0.171 80 R 0.241 0.011 0.068 0.030 0.157 0.332 0.162 81 N 0.081 0.006 0.044 0.012 0.195 0.504 0.157 82 R 0.116 0.008 0.029 0.010 0.266 0.105 0.467 83 E 0.258 0.009 0.019 0.012 0.232 0.103 0.368 84 K 0.737 0.007 0.010 0.004 0.080 0.043 0.118 85 V 0.882 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.102 86 E 0.941 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.038 87 F 0.967 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.022 88 A 0.916 0.004 0.001 0.003 0.010 0.002 0.063 89 I 0.778 0.016 0.001 0.004 0.014 0.003 0.184 90 A 0.242 0.012 0.012 0.021 0.044 0.521 0.147 91 G 0.029 0.001 0.010 0.003 0.093 0.809 0.055 92 D 0.191 0.012 0.017 0.017 0.302 0.175 0.286 93 R 0.496 0.039 0.018 0.020 0.112 0.127 0.189 94 I 0.777 0.018 0.011 0.009 0.034 0.028 0.124 95 G 0.857 0.006 0.005 0.015 0.027 0.016 0.074 96 I 0.912 0.006 0.003 0.014 0.012 0.005 0.048 97 S 0.922 0.006 0.002 0.010 0.007 0.005 0.050 98 I 0.899 0.007 0.005 0.017 0.010 0.011 0.052 99 E 0.786 0.014 0.011 0.026 0.030 0.053 0.081 100 G 0.411 0.004 0.040 0.031 0.147 0.202 0.165 101 K 0.339 0.012 0.051 0.031 0.175 0.180 0.211 102 I 0.243 0.049 0.110 0.057 0.110 0.178 0.254 103 G 0.190 0.005 0.058 0.024 0.256 0.217 0.249 104 K 0.402 0.030 0.038 0.022 0.097 0.081 0.330 105 V 0.269 0.038 0.007 0.012 0.087 0.014 0.573 106 K 0.267 0.012 0.018 0.031 0.039 0.049 0.583 107 K 0.055 0.010 0.052 0.072 0.071 0.704 0.036 108 G 0.038 0.001 0.037 0.016 0.092 0.705 0.111 109 D 0.134 0.007 0.015 0.007 0.299 0.067 0.472 110 V 0.769 0.023 0.007 0.006 0.025 0.030 0.141 111 L 0.920 0.003 0.003 0.009 0.006 0.002 0.056 112 E 0.967 0.002 0.002 0.012 0.004 0.001 0.012 113 I 0.973 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.014 114 Y 0.937 0.004 0.001 0.006 0.008 0.006 0.039 115 Q 0.707 0.006 0.001 0.010 0.021 0.010 0.246 116 T 0.139 0.003 0.001 0.006 0.035 0.013 0.803