# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.67669 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.513 0.097 0.190 0.095 0.038 0.017 0.022 0.011 0.009 0.008 0.002 2 H 0.417 0.150 0.125 0.171 0.037 0.027 0.040 0.008 0.019 0.005 0.001 3 H 0.290 0.177 0.144 0.201 0.047 0.039 0.055 0.009 0.031 0.006 0.001 4 H 0.264 0.206 0.173 0.165 0.041 0.055 0.048 0.008 0.033 0.005 0.001 5 H 0.301 0.164 0.173 0.184 0.035 0.050 0.052 0.010 0.023 0.006 0.001 6 H 0.277 0.145 0.116 0.227 0.028 0.075 0.068 0.010 0.049 0.005 0.001 7 H 0.201 0.091 0.184 0.274 0.049 0.022 0.119 0.015 0.021 0.022 0.001 8 G 0.194 0.019 0.083 0.068 0.069 0.008 0.080 0.230 0.003 0.246 0.001 9 S 0.459 0.077 0.221 0.153 0.050 0.011 0.009 0.006 0.005 0.008 0.001 10 G 0.433 0.016 0.078 0.049 0.075 0.009 0.038 0.149 0.005 0.147 0.001 11 L 0.853 0.019 0.019 0.086 0.003 0.014 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 12 F 0.838 0.046 0.033 0.058 0.005 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 13 D 0.906 0.017 0.018 0.031 0.005 0.009 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 14 F 0.899 0.018 0.012 0.058 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 15 L 0.730 0.078 0.042 0.130 0.008 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 16 K 0.729 0.081 0.110 0.032 0.011 0.012 0.015 0.002 0.006 0.002 0.001 17 R 0.568 0.076 0.167 0.138 0.009 0.020 0.009 0.002 0.010 0.001 0.001 18 K 0.516 0.108 0.220 0.067 0.017 0.017 0.033 0.005 0.015 0.003 0.001 19 E 0.574 0.092 0.181 0.063 0.008 0.040 0.020 0.004 0.014 0.002 0.001 20 V 0.467 0.172 0.196 0.094 0.031 0.019 0.008 0.002 0.008 0.003 0.001 21 K 0.492 0.099 0.172 0.061 0.058 0.029 0.039 0.012 0.024 0.014 0.001 22 E 0.820 0.043 0.062 0.040 0.012 0.010 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 23 E 0.867 0.028 0.036 0.050 0.006 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 24 E 0.655 0.099 0.095 0.099 0.029 0.006 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 25 K 0.654 0.100 0.114 0.048 0.024 0.018 0.020 0.006 0.013 0.003 0.001 26 I 0.523 0.246 0.141 0.028 0.021 0.021 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 27 E 0.620 0.150 0.135 0.022 0.018 0.034 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 28 I 0.699 0.141 0.080 0.045 0.009 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 29 L 0.569 0.155 0.085 0.121 0.011 0.025 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 30 S 0.334 0.167 0.136 0.223 0.068 0.017 0.028 0.005 0.012 0.010 0.001 31 K 0.160 0.047 0.121 0.303 0.031 0.048 0.189 0.059 0.029 0.014 0.001 32 K 0.017 0.321 0.515 0.003 0.019 0.015 0.007 0.001 0.103 0.001 0.001 33 P 0.129 0.008 0.754 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 34 A 0.125 0.142 0.412 0.196 0.046 0.022 0.028 0.010 0.015 0.003 0.002 35 G 0.008 0.007 0.018 0.007 0.155 0.001 0.024 0.248 0.001 0.531 0.001 36 K 0.030 0.352 0.480 0.039 0.052 0.033 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 37 V 0.003 0.770 0.161 0.001 0.027 0.013 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 38 V 0.004 0.569 0.380 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 39 V 0.012 0.439 0.427 0.001 0.007 0.098 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 40 E 0.832 0.032 0.011 0.117 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.020 0.510 0.036 0.007 0.415 0.003 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 42 V 0.022 0.863 0.066 0.003 0.013 0.010 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 43 V 0.053 0.759 0.081 0.012 0.033 0.020 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 44 N 0.055 0.376 0.345 0.013 0.029 0.135 0.011 0.001 0.033 0.001 0.001 45 I 0.210 0.429 0.109 0.130 0.016 0.046 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 46 M 0.081 0.104 0.158 0.175 0.093 0.019 0.285 0.014 0.025 0.045 0.001 47 G 0.040 0.016 0.109 0.031 0.111 0.005 0.080 0.467 0.002 0.138 0.002 48 K 0.235 0.305 0.308 0.052 0.065 0.011 0.005 0.002 0.010 0.007 0.001 49 D 0.172 0.124 0.449 0.118 0.025 0.055 0.028 0.004 0.015 0.004 0.007 50 V 0.014 0.747 0.167 0.006 0.028 0.014 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 51 I 0.015 0.656 0.260 0.002 0.008 0.039 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 52 I 0.027 0.713 0.143 0.015 0.015 0.041 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 53 G 0.029 0.311 0.174 0.010 0.415 0.019 0.012 0.009 0.012 0.009 0.001 54 T 0.031 0.620 0.194 0.017 0.064 0.047 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 55 V 0.044 0.530 0.304 0.009 0.040 0.049 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 56 E 0.493 0.221 0.116 0.097 0.021 0.032 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 57 S 0.048 0.382 0.159 0.096 0.269 0.006 0.024 0.003 0.010 0.002 0.001 58 G 0.011 0.017 0.031 0.010 0.198 0.001 0.067 0.388 0.003 0.275 0.001 59 M 0.054 0.496 0.264 0.027 0.090 0.041 0.004 0.001 0.016 0.002 0.004 60 I 0.022 0.632 0.166 0.066 0.052 0.026 0.006 0.001 0.027 0.002 0.001 61 G 0.018 0.277 0.294 0.015 0.312 0.020 0.014 0.018 0.008 0.024 0.001 62 V 0.027 0.735 0.076 0.033 0.101 0.010 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 63 G 0.024 0.213 0.105 0.054 0.418 0.014 0.055 0.044 0.019 0.053 0.001 64 F 0.007 0.563 0.231 0.008 0.170 0.007 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 65 K 0.008 0.499 0.412 0.003 0.017 0.036 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 66 V 0.017 0.496 0.383 0.006 0.016 0.057 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 67 K 0.065 0.415 0.292 0.110 0.024 0.057 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 68 G 0.007 0.063 0.157 0.002 0.457 0.002 0.022 0.026 0.012 0.251 0.001 69 P 0.281 0.033 0.395 0.063 0.010 0.037 0.003 0.004 0.004 0.005 0.165 70 S 0.119 0.186 0.216 0.313 0.066 0.013 0.047 0.011 0.020 0.008 0.001 71 G 0.026 0.025 0.081 0.029 0.195 0.004 0.075 0.334 0.003 0.226 0.001 72 I 0.089 0.469 0.275 0.068 0.052 0.021 0.003 0.001 0.020 0.002 0.001 73 G 0.060 0.201 0.227 0.104 0.245 0.011 0.043 0.034 0.011 0.064 0.001 74 G 0.023 0.129 0.184 0.017 0.533 0.004 0.013 0.029 0.004 0.063 0.001 75 I 0.022 0.637 0.252 0.006 0.051 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 76 V 0.025 0.717 0.170 0.006 0.019 0.031 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 77 R 0.031 0.583 0.276 0.006 0.035 0.044 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 78 I 0.090 0.600 0.199 0.010 0.036 0.035 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 79 E 0.162 0.442 0.201 0.046 0.062 0.045 0.008 0.002 0.029 0.003 0.001 80 R 0.290 0.237 0.305 0.046 0.065 0.018 0.013 0.002 0.017 0.007 0.001 81 N 0.190 0.088 0.179 0.162 0.052 0.103 0.145 0.026 0.043 0.009 0.002 82 R 0.285 0.217 0.253 0.083 0.035 0.046 0.048 0.007 0.023 0.003 0.001 83 E 0.299 0.252 0.222 0.121 0.044 0.018 0.024 0.005 0.013 0.002 0.001 84 K 0.127 0.388 0.295 0.056 0.071 0.029 0.015 0.003 0.015 0.002 0.001 85 V 0.031 0.713 0.164 0.008 0.035 0.021 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 86 E 0.115 0.600 0.187 0.015 0.017 0.040 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 87 F 0.053 0.662 0.164 0.015 0.031 0.043 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 88 A 0.063 0.555 0.209 0.019 0.074 0.036 0.006 0.002 0.031 0.003 0.001 89 I 0.027 0.594 0.208 0.008 0.049 0.022 0.005 0.001 0.086 0.001 0.001 90 A 0.076 0.022 0.844 0.017 0.003 0.022 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 91 G 0.033 0.004 0.024 0.017 0.044 0.002 0.035 0.591 0.001 0.248 0.001 92 D 0.104 0.145 0.367 0.148 0.046 0.094 0.052 0.003 0.033 0.002 0.004 93 R 0.064 0.470 0.281 0.036 0.069 0.037 0.020 0.004 0.015 0.002 0.002 94 I 0.058 0.665 0.137 0.068 0.035 0.015 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 95 G 0.036 0.238 0.107 0.018 0.495 0.008 0.012 0.028 0.009 0.049 0.001 96 I 0.021 0.744 0.117 0.009 0.082 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 97 S 0.041 0.556 0.214 0.014 0.063 0.063 0.004 0.001 0.043 0.002 0.001 98 I 0.091 0.608 0.133 0.043 0.040 0.040 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 99 E 0.085 0.319 0.400 0.051 0.024 0.056 0.022 0.002 0.036 0.002 0.002 100 G 0.075 0.042 0.075 0.022 0.210 0.004 0.160 0.209 0.004 0.201 0.001 101 K 0.217 0.181 0.258 0.111 0.063 0.076 0.053 0.004 0.028 0.004 0.004 102 I 0.181 0.267 0.258 0.236 0.020 0.014 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 103 G 0.063 0.014 0.054 0.024 0.112 0.002 0.036 0.178 0.002 0.514 0.001 104 K 0.151 0.158 0.307 0.226 0.045 0.055 0.030 0.004 0.019 0.002 0.004 105 V 0.053 0.483 0.364 0.018 0.041 0.019 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 106 K 0.036 0.349 0.535 0.013 0.010 0.036 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 107 K 0.163 0.174 0.526 0.050 0.027 0.018 0.018 0.003 0.017 0.004 0.001 108 G 0.034 0.004 0.021 0.013 0.054 0.001 0.041 0.558 0.001 0.275 0.001 109 D 0.036 0.130 0.559 0.072 0.034 0.124 0.013 0.001 0.029 0.001 0.002 110 V 0.084 0.620 0.216 0.023 0.025 0.022 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 111 L 0.167 0.543 0.179 0.049 0.021 0.019 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 112 E 0.020 0.712 0.170 0.003 0.071 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 113 I 0.090 0.672 0.148 0.014 0.015 0.037 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 114 Y 0.048 0.674 0.136 0.020 0.066 0.024 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 115 Q 0.074 0.422 0.274 0.048 0.049 0.072 0.017 0.002 0.041 0.002 0.001 116 T 0.145 0.385 0.240 0.079 0.084 0.028 0.008 0.003 0.023 0.006 0.001