# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.67669 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.057 0.084 0.031 0.021 0.097 0.031 0.066 0.427 0.111 0.051 0.024 2 H 0.073 0.095 0.042 0.028 0.105 0.029 0.058 0.312 0.105 0.108 0.043 3 H 0.091 0.104 0.053 0.024 0.139 0.024 0.047 0.262 0.104 0.104 0.048 4 H 0.091 0.107 0.039 0.020 0.137 0.023 0.041 0.247 0.115 0.128 0.052 5 H 0.068 0.119 0.063 0.029 0.098 0.028 0.076 0.256 0.116 0.102 0.045 6 H 0.071 0.084 0.051 0.032 0.105 0.038 0.086 0.237 0.110 0.133 0.053 7 H 0.047 0.183 0.147 0.097 0.068 0.055 0.081 0.127 0.066 0.093 0.037 8 G 0.032 0.077 0.136 0.130 0.045 0.061 0.025 0.125 0.080 0.225 0.065 9 S 0.025 0.139 0.076 0.036 0.063 0.066 0.122 0.305 0.114 0.038 0.014 10 G 0.021 0.040 0.051 0.059 0.028 0.017 0.021 0.246 0.130 0.335 0.053 11 L 0.037 0.054 0.015 0.008 0.057 0.012 0.028 0.578 0.142 0.056 0.013 12 F 0.031 0.041 0.009 0.005 0.064 0.008 0.013 0.690 0.104 0.023 0.014 13 D 0.024 0.026 0.008 0.005 0.053 0.008 0.025 0.744 0.085 0.015 0.006 14 F 0.020 0.013 0.004 0.004 0.029 0.006 0.027 0.797 0.073 0.022 0.005 15 L 0.020 0.064 0.011 0.003 0.060 0.007 0.023 0.693 0.080 0.030 0.009 16 K 0.060 0.050 0.013 0.004 0.068 0.006 0.035 0.445 0.088 0.186 0.044 17 R 0.058 0.220 0.077 0.009 0.157 0.009 0.032 0.293 0.065 0.055 0.025 18 K 0.025 0.184 0.072 0.010 0.088 0.009 0.029 0.430 0.117 0.025 0.010 19 E 0.058 0.090 0.032 0.006 0.068 0.011 0.054 0.512 0.090 0.055 0.024 20 V 0.039 0.154 0.059 0.015 0.097 0.014 0.036 0.402 0.098 0.064 0.021 21 K 0.024 0.252 0.158 0.018 0.054 0.013 0.014 0.368 0.044 0.042 0.012 22 E 0.013 0.030 0.011 0.003 0.025 0.004 0.011 0.774 0.105 0.020 0.004 23 E 0.015 0.028 0.009 0.003 0.028 0.006 0.015 0.826 0.046 0.018 0.006 24 E 0.022 0.027 0.006 0.003 0.043 0.003 0.010 0.790 0.056 0.034 0.006 25 K 0.026 0.012 0.004 0.002 0.033 0.004 0.009 0.842 0.043 0.019 0.006 26 I 0.043 0.053 0.007 0.003 0.108 0.005 0.016 0.659 0.065 0.032 0.009 27 E 0.054 0.040 0.011 0.002 0.124 0.007 0.031 0.625 0.058 0.032 0.015 28 I 0.071 0.055 0.016 0.006 0.109 0.011 0.079 0.520 0.069 0.043 0.020 29 L 0.057 0.047 0.027 0.038 0.071 0.044 0.082 0.309 0.116 0.179 0.032 30 S 0.036 0.237 0.128 0.085 0.130 0.041 0.070 0.138 0.055 0.064 0.015 31 K 0.053 0.049 0.042 0.043 0.052 0.030 0.028 0.090 0.103 0.427 0.082 32 K 0.023 0.346 0.412 0.041 0.097 0.015 0.023 0.027 0.007 0.004 0.004 33 P 0.092 0.260 0.200 0.058 0.172 0.040 0.040 0.065 0.018 0.023 0.032 34 A 0.032 0.091 0.063 0.137 0.037 0.095 0.218 0.114 0.092 0.088 0.033 35 G 0.013 0.095 0.148 0.256 0.037 0.130 0.014 0.039 0.054 0.183 0.030 36 K 0.178 0.179 0.042 0.005 0.361 0.005 0.026 0.050 0.053 0.064 0.036 37 V 0.214 0.219 0.036 0.001 0.473 0.002 0.004 0.011 0.005 0.006 0.029 38 V 0.113 0.364 0.058 0.001 0.432 0.001 0.003 0.012 0.004 0.003 0.009 39 V 0.575 0.022 0.005 0.004 0.215 0.006 0.007 0.023 0.020 0.018 0.106 40 E 0.021 0.046 0.011 0.073 0.066 0.202 0.156 0.365 0.050 0.005 0.004 41 E 0.329 0.071 0.008 0.004 0.451 0.003 0.010 0.055 0.008 0.017 0.044 42 V 0.279 0.056 0.004 0.009 0.540 0.014 0.014 0.048 0.010 0.008 0.017 43 V 0.183 0.081 0.004 0.005 0.626 0.013 0.006 0.050 0.008 0.004 0.019 44 N 0.404 0.059 0.006 0.002 0.356 0.001 0.008 0.039 0.008 0.018 0.100 45 I 0.142 0.029 0.012 0.045 0.078 0.123 0.179 0.151 0.041 0.124 0.076 46 M 0.030 0.165 0.187 0.283 0.065 0.067 0.100 0.040 0.022 0.029 0.013 47 G 0.047 0.041 0.074 0.163 0.033 0.062 0.014 0.030 0.045 0.370 0.120 48 K 0.030 0.359 0.089 0.044 0.195 0.054 0.064 0.091 0.043 0.024 0.007 49 D 0.388 0.037 0.006 0.004 0.418 0.010 0.025 0.017 0.009 0.018 0.068 50 V 0.175 0.129 0.013 0.002 0.659 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 51 I 0.241 0.056 0.005 0.001 0.668 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 52 I 0.448 0.031 0.007 0.011 0.241 0.010 0.014 0.019 0.008 0.045 0.166 53 G 0.062 0.348 0.087 0.056 0.278 0.041 0.027 0.032 0.012 0.030 0.025 54 T 0.223 0.201 0.033 0.003 0.445 0.002 0.006 0.023 0.007 0.015 0.043 55 V 0.200 0.104 0.046 0.040 0.176 0.048 0.035 0.138 0.068 0.061 0.084 56 E 0.045 0.097 0.081 0.155 0.080 0.134 0.118 0.170 0.072 0.032 0.015 57 S 0.030 0.159 0.094 0.124 0.068 0.092 0.134 0.173 0.066 0.039 0.021 58 G 0.046 0.064 0.074 0.155 0.048 0.054 0.026 0.061 0.058 0.295 0.120 59 M 0.204 0.133 0.031 0.021 0.288 0.027 0.033 0.064 0.052 0.071 0.076 60 I 0.141 0.155 0.045 0.029 0.238 0.046 0.082 0.103 0.068 0.043 0.050 61 G 0.172 0.104 0.080 0.048 0.210 0.035 0.042 0.058 0.048 0.141 0.064 62 V 0.192 0.146 0.056 0.038 0.280 0.028 0.059 0.061 0.033 0.048 0.058 63 G 0.144 0.112 0.074 0.070 0.165 0.034 0.022 0.035 0.053 0.168 0.123 64 F 0.095 0.370 0.075 0.009 0.383 0.005 0.006 0.016 0.011 0.015 0.015 65 K 0.263 0.138 0.018 0.001 0.505 0.002 0.005 0.011 0.005 0.014 0.037 66 V 0.281 0.113 0.051 0.019 0.366 0.025 0.026 0.021 0.012 0.018 0.067 67 K 0.017 0.041 0.058 0.237 0.030 0.187 0.268 0.091 0.035 0.026 0.011 68 G 0.027 0.078 0.331 0.314 0.039 0.034 0.007 0.024 0.028 0.081 0.035 69 P 0.035 0.134 0.090 0.144 0.097 0.078 0.035 0.116 0.154 0.090 0.027 70 S 0.011 0.055 0.047 0.112 0.020 0.110 0.253 0.191 0.125 0.061 0.014 71 G 0.068 0.049 0.056 0.083 0.067 0.053 0.029 0.050 0.060 0.386 0.099 72 I 0.268 0.072 0.016 0.015 0.215 0.031 0.038 0.075 0.066 0.133 0.071 73 G 0.058 0.044 0.058 0.214 0.051 0.112 0.119 0.100 0.062 0.121 0.062 74 G 0.022 0.181 0.198 0.353 0.098 0.073 0.008 0.022 0.010 0.028 0.007 75 I 0.328 0.066 0.006 0.002 0.498 0.003 0.006 0.027 0.011 0.013 0.041 76 V 0.221 0.146 0.029 0.007 0.457 0.012 0.011 0.047 0.008 0.009 0.053 77 R 0.332 0.098 0.013 0.001 0.484 0.001 0.005 0.015 0.003 0.008 0.039 78 I 0.297 0.133 0.030 0.012 0.317 0.018 0.014 0.084 0.028 0.026 0.042 79 E 0.179 0.141 0.042 0.022 0.273 0.025 0.033 0.150 0.047 0.039 0.050 80 R 0.089 0.193 0.061 0.041 0.141 0.060 0.072 0.213 0.056 0.044 0.029 81 N 0.129 0.153 0.055 0.027 0.196 0.019 0.053 0.144 0.060 0.104 0.061 82 R 0.128 0.125 0.033 0.019 0.150 0.017 0.023 0.121 0.116 0.183 0.084 83 E 0.057 0.320 0.105 0.025 0.224 0.020 0.042 0.122 0.048 0.026 0.014 84 K 0.276 0.101 0.021 0.007 0.374 0.012 0.039 0.061 0.021 0.035 0.055 85 V 0.209 0.168 0.022 0.004 0.545 0.003 0.004 0.011 0.003 0.007 0.023 86 E 0.277 0.075 0.009 0.006 0.475 0.014 0.029 0.039 0.010 0.013 0.052 87 F 0.241 0.140 0.021 0.004 0.527 0.004 0.005 0.014 0.005 0.010 0.028 88 A 0.239 0.135 0.018 0.010 0.412 0.011 0.016 0.035 0.014 0.032 0.079 89 I 0.125 0.223 0.208 0.060 0.260 0.017 0.011 0.024 0.011 0.026 0.035 90 A 0.037 0.074 0.051 0.086 0.052 0.121 0.284 0.152 0.063 0.048 0.031 91 G 0.034 0.106 0.098 0.141 0.047 0.053 0.027 0.048 0.083 0.297 0.066 92 D 0.089 0.172 0.070 0.025 0.179 0.025 0.043 0.115 0.111 0.120 0.051 93 R 0.157 0.103 0.029 0.010 0.222 0.018 0.049 0.148 0.110 0.102 0.052 94 I 0.144 0.229 0.055 0.028 0.322 0.022 0.028 0.057 0.032 0.041 0.041 95 G 0.242 0.078 0.030 0.028 0.311 0.020 0.020 0.055 0.027 0.084 0.105 96 I 0.213 0.193 0.028 0.004 0.442 0.004 0.007 0.035 0.011 0.015 0.048 97 S 0.265 0.150 0.026 0.003 0.439 0.003 0.011 0.027 0.008 0.018 0.050 98 I 0.248 0.115 0.038 0.014 0.272 0.014 0.018 0.087 0.057 0.060 0.076 99 E 0.087 0.108 0.064 0.079 0.139 0.079 0.135 0.150 0.086 0.043 0.029 100 G 0.053 0.147 0.122 0.100 0.087 0.085 0.074 0.143 0.083 0.074 0.032 101 K 0.168 0.101 0.059 0.025 0.170 0.024 0.070 0.131 0.061 0.112 0.078 102 I 0.095 0.138 0.044 0.073 0.122 0.063 0.075 0.121 0.102 0.100 0.066 103 G 0.012 0.146 0.155 0.304 0.040 0.117 0.029 0.049 0.042 0.082 0.022 104 K 0.222 0.086 0.039 0.006 0.219 0.006 0.015 0.055 0.056 0.179 0.117 105 V 0.216 0.242 0.045 0.009 0.261 0.009 0.012 0.051 0.040 0.043 0.072 106 K 0.018 0.140 0.662 0.088 0.047 0.016 0.004 0.006 0.005 0.008 0.007 107 K 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.115 0.650 0.171 0.026 0.001 0.001 108 G 0.015 0.026 0.019 0.016 0.012 0.008 0.004 0.030 0.091 0.643 0.136 109 D 0.117 0.149 0.009 0.002 0.429 0.004 0.013 0.040 0.071 0.147 0.020 110 V 0.392 0.028 0.002 0.001 0.548 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.018 111 L 0.173 0.127 0.007 0.012 0.637 0.015 0.009 0.004 0.001 0.002 0.011 112 E 0.283 0.046 0.002 0.002 0.639 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.020 113 I 0.390 0.061 0.005 0.002 0.465 0.003 0.004 0.008 0.002 0.007 0.055 114 Y 0.179 0.184 0.020 0.006 0.518 0.007 0.010 0.015 0.005 0.012 0.045 115 Q 0.314 0.123 0.033 0.004 0.360 0.004 0.008 0.017 0.006 0.026 0.104 116 T 0.138 0.187 0.073 0.035 0.228 0.038 0.054 0.068 0.049 0.076 0.053