# TARGET T0196 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0196.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2.67669 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.455 0.220 0.124 0.096 0.060 0.036 0.009 2 H 0.258 0.208 0.189 0.168 0.113 0.054 0.010 3 H 0.330 0.232 0.162 0.136 0.085 0.045 0.010 4 H 0.257 0.218 0.189 0.165 0.106 0.054 0.011 5 H 0.386 0.237 0.161 0.115 0.066 0.030 0.005 6 H 0.367 0.221 0.159 0.132 0.082 0.034 0.005 7 H 0.323 0.226 0.174 0.147 0.084 0.038 0.007 8 G 0.321 0.207 0.167 0.143 0.097 0.054 0.012 9 S 0.311 0.286 0.191 0.125 0.060 0.022 0.005 10 G 0.151 0.178 0.211 0.218 0.150 0.075 0.018 11 L 0.044 0.061 0.102 0.181 0.279 0.277 0.055 12 F 0.085 0.101 0.151 0.210 0.236 0.191 0.027 13 D 0.125 0.294 0.274 0.188 0.086 0.030 0.003 14 F 0.045 0.040 0.092 0.258 0.356 0.190 0.019 15 L 0.026 0.059 0.113 0.257 0.345 0.185 0.015 16 K 0.185 0.313 0.247 0.165 0.068 0.020 0.002 17 R 0.148 0.321 0.308 0.170 0.047 0.006 0.001 18 K 0.281 0.324 0.244 0.115 0.032 0.004 0.001 19 E 0.846 0.121 0.023 0.008 0.002 0.001 0.001 20 V 0.721 0.191 0.068 0.016 0.003 0.001 0.001 21 K 0.871 0.111 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 22 E 0.688 0.208 0.072 0.027 0.005 0.001 0.001 23 E 0.675 0.238 0.065 0.018 0.004 0.001 0.001 24 E 0.443 0.278 0.165 0.089 0.023 0.003 0.001 25 K 0.193 0.253 0.249 0.201 0.085 0.018 0.001 26 I 0.232 0.244 0.234 0.200 0.078 0.012 0.001 27 E 0.385 0.417 0.153 0.038 0.006 0.001 0.001 28 I 0.240 0.167 0.190 0.239 0.133 0.029 0.002 29 L 0.239 0.179 0.196 0.212 0.129 0.042 0.003 30 S 0.674 0.196 0.072 0.038 0.015 0.004 0.001 31 K 0.630 0.244 0.087 0.031 0.007 0.001 0.001 32 K 0.375 0.298 0.182 0.095 0.038 0.010 0.001 33 P 0.286 0.287 0.207 0.133 0.063 0.019 0.003 34 A 0.214 0.276 0.238 0.157 0.086 0.026 0.005 35 G 0.161 0.234 0.200 0.197 0.134 0.064 0.010 36 K 0.053 0.195 0.267 0.293 0.148 0.040 0.005 37 V 0.019 0.040 0.095 0.253 0.340 0.224 0.029 38 V 0.026 0.127 0.277 0.331 0.166 0.063 0.010 39 V 0.013 0.026 0.046 0.126 0.300 0.417 0.073 40 E 0.042 0.145 0.293 0.319 0.153 0.044 0.005 41 E 0.139 0.348 0.273 0.159 0.058 0.021 0.003 42 V 0.035 0.068 0.133 0.238 0.276 0.222 0.029 43 V 0.028 0.053 0.085 0.199 0.338 0.269 0.029 44 N 0.080 0.267 0.302 0.224 0.091 0.032 0.004 45 I 0.046 0.078 0.136 0.253 0.305 0.167 0.016 46 M 0.033 0.079 0.151 0.222 0.279 0.205 0.030 47 G 0.142 0.174 0.190 0.220 0.176 0.085 0.013 48 K 0.103 0.207 0.265 0.235 0.136 0.047 0.007 49 D 0.069 0.134 0.214 0.268 0.200 0.102 0.014 50 V 0.017 0.035 0.064 0.129 0.258 0.396 0.102 51 I 0.006 0.016 0.034 0.102 0.256 0.455 0.131 52 I 0.010 0.022 0.041 0.097 0.220 0.413 0.196 53 G 0.017 0.037 0.054 0.142 0.264 0.372 0.115 54 T 0.034 0.178 0.302 0.291 0.140 0.047 0.007 55 V 0.017 0.032 0.066 0.188 0.358 0.289 0.050 56 E 0.140 0.259 0.246 0.195 0.106 0.047 0.008 57 S 0.216 0.321 0.239 0.136 0.062 0.023 0.004 58 G 0.116 0.139 0.197 0.250 0.182 0.100 0.017 59 M 0.057 0.123 0.167 0.197 0.231 0.182 0.043 60 I 0.035 0.057 0.085 0.162 0.229 0.302 0.132 61 G 0.071 0.170 0.236 0.255 0.160 0.080 0.027 62 V 0.023 0.053 0.079 0.137 0.242 0.348 0.120 63 G 0.030 0.107 0.198 0.268 0.218 0.140 0.040 64 F 0.012 0.028 0.054 0.141 0.300 0.380 0.085 65 K 0.039 0.170 0.259 0.288 0.171 0.062 0.011 66 V 0.018 0.058 0.121 0.287 0.344 0.161 0.010 67 K 0.144 0.349 0.309 0.151 0.039 0.007 0.001 68 G 0.359 0.363 0.186 0.075 0.016 0.002 0.001 69 P 0.670 0.227 0.073 0.024 0.005 0.001 0.001 70 S 0.503 0.308 0.134 0.045 0.009 0.001 0.001 71 G 0.196 0.273 0.268 0.182 0.066 0.015 0.001 72 I 0.069 0.101 0.148 0.250 0.273 0.145 0.013 73 G 0.071 0.124 0.172 0.224 0.241 0.143 0.024 74 G 0.094 0.129 0.162 0.222 0.185 0.171 0.038 75 I 0.106 0.095 0.105 0.151 0.210 0.262 0.071 76 V 0.115 0.100 0.105 0.156 0.202 0.235 0.086 77 R 0.134 0.197 0.214 0.213 0.130 0.087 0.026 78 I 0.076 0.119 0.146 0.206 0.232 0.183 0.037 79 E 0.105 0.175 0.227 0.230 0.165 0.082 0.015 80 R 0.193 0.242 0.212 0.174 0.114 0.056 0.008 81 N 0.482 0.297 0.139 0.060 0.018 0.003 0.001 82 R 0.296 0.263 0.228 0.151 0.054 0.008 0.001 83 E 0.465 0.360 0.127 0.038 0.008 0.002 0.001 84 K 0.090 0.224 0.285 0.255 0.114 0.030 0.002 85 V 0.014 0.030 0.065 0.208 0.387 0.270 0.025 86 E 0.024 0.096 0.204 0.330 0.239 0.094 0.014 87 F 0.015 0.030 0.045 0.110 0.222 0.442 0.137 88 A 0.019 0.060 0.098 0.181 0.257 0.286 0.099 89 I 0.025 0.050 0.083 0.162 0.265 0.293 0.122 90 A 0.096 0.146 0.181 0.214 0.181 0.133 0.049 91 G 0.115 0.165 0.192 0.217 0.187 0.107 0.019 92 D 0.113 0.170 0.208 0.230 0.173 0.086 0.019 93 R 0.100 0.163 0.192 0.203 0.183 0.122 0.037 94 I 0.043 0.045 0.064 0.121 0.207 0.335 0.186 95 G 0.039 0.072 0.104 0.184 0.221 0.251 0.128 96 I 0.019 0.032 0.049 0.088 0.164 0.367 0.282 97 S 0.042 0.087 0.133 0.223 0.237 0.196 0.083 98 I 0.025 0.044 0.072 0.150 0.267 0.337 0.105 99 E 0.055 0.118 0.187 0.261 0.235 0.122 0.021 100 G 0.224 0.307 0.226 0.141 0.074 0.026 0.003 101 K 0.111 0.271 0.299 0.210 0.084 0.023 0.002 102 I 0.050 0.077 0.146 0.271 0.304 0.141 0.010 103 G 0.259 0.286 0.219 0.148 0.067 0.020 0.002 104 K 0.437 0.348 0.146 0.055 0.012 0.002 0.001 105 V 0.042 0.054 0.132 0.306 0.325 0.133 0.009 106 K 0.280 0.379 0.197 0.086 0.041 0.016 0.002 107 K 0.119 0.175 0.250 0.270 0.150 0.035 0.002 108 G 0.286 0.291 0.218 0.129 0.057 0.018 0.001 109 D 0.062 0.142 0.232 0.276 0.186 0.095 0.008 110 V 0.058 0.049 0.071 0.181 0.290 0.314 0.037 111 L 0.126 0.141 0.141 0.198 0.214 0.157 0.023 112 E 0.195 0.203 0.176 0.174 0.125 0.105 0.023 113 I 0.196 0.140 0.152 0.174 0.177 0.144 0.017 114 Y 0.174 0.144 0.183 0.222 0.195 0.076 0.005 115 Q 0.479 0.257 0.134 0.078 0.036 0.014 0.002 116 T 0.630 0.206 0.102 0.043 0.015 0.003 0.001