# TARGET T0195 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 45 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.007 0.016 0.172 0.118 0.603 2 K 0.206 0.010 0.026 0.289 0.091 0.376 3 V 0.359 0.023 0.028 0.227 0.081 0.283 4 V 0.400 0.012 0.030 0.203 0.091 0.264 5 K 0.460 0.006 0.030 0.172 0.109 0.223 6 E 0.539 0.006 0.034 0.132 0.136 0.153 7 F 0.539 0.007 0.042 0.091 0.183 0.138 8 S 0.664 0.011 0.032 0.038 0.160 0.095 9 V 0.723 0.017 0.021 0.027 0.157 0.056 10 C 0.446 0.015 0.021 0.028 0.422 0.069 11 G 0.130 0.005 0.022 0.017 0.735 0.091 12 G 0.102 0.003 0.021 0.012 0.773 0.088 13 R 0.463 0.012 0.013 0.010 0.363 0.140 14 L 0.779 0.010 0.002 0.005 0.072 0.133 15 I 0.910 0.005 0.001 0.003 0.028 0.054 16 K 0.946 0.003 0.001 0.002 0.014 0.035 17 L 0.952 0.002 0.001 0.003 0.014 0.028 18 S 0.954 0.002 0.001 0.002 0.014 0.028 19 H 0.858 0.005 0.002 0.008 0.052 0.075 20 N 0.685 0.020 0.007 0.017 0.127 0.144 21 S 0.346 0.019 0.046 0.052 0.394 0.141 22 N 0.157 0.007 0.206 0.142 0.405 0.083 23 S 0.179 0.011 0.220 0.187 0.342 0.062 24 T 0.091 0.008 0.204 0.177 0.432 0.088 25 K 0.097 0.005 0.025 0.029 0.459 0.386 26 T 0.208 0.034 0.013 0.012 0.304 0.428 27 S 0.224 0.005 0.003 0.003 0.187 0.578 28 M 0.621 0.016 0.003 0.002 0.104 0.255 29 N 0.749 0.009 0.001 0.001 0.053 0.187 30 V 0.912 0.002 0.001 0.001 0.015 0.069 31 N 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 32 I 0.963 0.002 0.001 0.001 0.006 0.027 33 Y 0.924 0.005 0.001 0.002 0.013 0.056 34 L 0.635 0.016 0.002 0.003 0.072 0.271 35 P 0.211 0.017 0.018 0.012 0.339 0.404 36 K 0.035 0.009 0.323 0.033 0.390 0.210 37 H 0.025 0.006 0.529 0.034 0.305 0.101 38 Y 0.024 0.018 0.455 0.052 0.348 0.104 39 Y 0.038 0.046 0.174 0.089 0.346 0.308 40 A 0.022 0.015 0.154 0.174 0.450 0.186 41 Q 0.011 0.004 0.165 0.165 0.497 0.158 42 D 0.016 0.008 0.137 0.123 0.569 0.147 43 F 0.012 0.013 0.106 0.078 0.564 0.228 44 P 0.021 0.017 0.173 0.062 0.491 0.235 45 R 0.023 0.018 0.150 0.054 0.494 0.262 46 N 0.025 0.020 0.122 0.033 0.543 0.257 47 K 0.031 0.015 0.018 0.017 0.560 0.358 48 R 0.047 0.013 0.009 0.010 0.353 0.569 49 I 0.155 0.014 0.002 0.005 0.310 0.515 50 P 0.293 0.007 0.003 0.004 0.136 0.557 51 T 0.885 0.008 0.002 0.003 0.019 0.082 52 V 0.970 0.002 0.001 0.003 0.006 0.017 53 F 0.969 0.002 0.002 0.004 0.006 0.017 54 Y 0.952 0.002 0.003 0.007 0.013 0.022 55 L 0.877 0.006 0.005 0.016 0.033 0.063 56 S 0.517 0.010 0.007 0.030 0.147 0.289 57 G 0.127 0.023 0.009 0.007 0.379 0.456 58 L 0.126 0.032 0.012 0.005 0.508 0.318 59 T 0.044 0.054 0.016 0.007 0.532 0.347 60 C 0.021 0.060 0.015 0.025 0.474 0.405 61 T 0.017 0.019 0.009 0.034 0.341 0.581 62 P 0.004 0.002 0.024 0.807 0.109 0.053 63 D 0.002 0.001 0.018 0.884 0.084 0.011 64 N 0.010 0.005 0.018 0.845 0.107 0.015 65 A 0.015 0.004 0.013 0.892 0.063 0.014 66 S 0.015 0.002 0.011 0.890 0.055 0.026 67 E 0.016 0.004 0.009 0.863 0.079 0.028 68 K 0.005 0.001 0.003 0.888 0.056 0.046 69 A 0.003 0.002 0.002 0.814 0.063 0.116 70 F 0.002 0.001 0.001 0.867 0.040 0.089 71 W 0.003 0.001 0.002 0.951 0.020 0.023 72 Q 0.005 0.002 0.007 0.945 0.029 0.011 73 F 0.005 0.001 0.008 0.963 0.017 0.006 74 Q 0.009 0.001 0.012 0.960 0.015 0.004 75 A 0.008 0.001 0.019 0.953 0.016 0.003 76 D 0.009 0.001 0.020 0.934 0.027 0.010 77 K 0.017 0.002 0.027 0.879 0.047 0.027 78 Y 0.038 0.002 0.017 0.450 0.166 0.327 79 G 0.030 0.001 0.001 0.006 0.099 0.864 80 F 0.796 0.003 0.001 0.001 0.024 0.176 81 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 82 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 83 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 84 F 0.945 0.002 0.001 0.001 0.009 0.044 85 P 0.751 0.007 0.001 0.001 0.041 0.200 86 D 0.404 0.014 0.003 0.001 0.200 0.378 87 T 0.224 0.089 0.005 0.002 0.244 0.436 88 S 0.041 0.020 0.004 0.002 0.834 0.099 89 P 0.021 0.006 0.020 0.005 0.892 0.057 90 R 0.017 0.011 0.017 0.004 0.854 0.096 91 G 0.040 0.025 0.027 0.006 0.819 0.083 92 D 0.139 0.042 0.023 0.014 0.316 0.465 93 E 0.211 0.163 0.049 0.019 0.264 0.293 94 V 0.264 0.079 0.065 0.022 0.359 0.211 95 A 0.150 0.014 0.053 0.034 0.425 0.325 96 N 0.082 0.024 0.070 0.052 0.479 0.294 97 D 0.089 0.038 0.048 0.051 0.530 0.244 98 P 0.062 0.018 0.051 0.068 0.427 0.374 99 E 0.061 0.021 0.106 0.109 0.438 0.266 100 G 0.065 0.023 0.145 0.162 0.408 0.197 101 S 0.061 0.015 0.161 0.220 0.356 0.187 102 W 0.119 0.024 0.172 0.203 0.360 0.122 103 D 0.149 0.032 0.120 0.173 0.361 0.164 104 F 0.092 0.020 0.141 0.177 0.425 0.146 105 G 0.070 0.010 0.078 0.045 0.596 0.201 106 Q 0.094 0.016 0.052 0.023 0.510 0.304 107 G 0.143 0.023 0.026 0.010 0.374 0.424 108 A 0.213 0.015 0.013 0.013 0.261 0.485 109 G 0.392 0.016 0.013 0.025 0.180 0.374 110 F 0.559 0.038 0.012 0.048 0.115 0.228 111 Y 0.556 0.034 0.013 0.085 0.120 0.192 112 L 0.374 0.011 0.021 0.135 0.119 0.339 113 N 0.286 0.011 0.059 0.258 0.194 0.192 114 A 0.101 0.009 0.155 0.345 0.235 0.155 115 T 0.074 0.008 0.108 0.410 0.198 0.202 116 Q 0.047 0.007 0.088 0.557 0.184 0.118 117 E 0.029 0.004 0.037 0.531 0.249 0.150 118 P 0.018 0.008 0.047 0.510 0.244 0.174 119 Y 0.029 0.012 0.052 0.386 0.334 0.187 120 A 0.044 0.014 0.063 0.307 0.402 0.170 121 Q 0.023 0.007 0.043 0.234 0.460 0.233 122 H 0.015 0.005 0.018 0.099 0.520 0.344 123 Y 0.045 0.016 0.047 0.281 0.395 0.216 124 Q 0.101 0.023 0.042 0.326 0.289 0.219 125 M 0.108 0.013 0.068 0.523 0.184 0.105 126 Y 0.138 0.007 0.036 0.650 0.093 0.075 127 D 0.157 0.006 0.019 0.684 0.059 0.074 128 Y 0.139 0.010 0.015 0.729 0.044 0.062 129 I 0.122 0.006 0.022 0.756 0.032 0.061 130 H 0.097 0.004 0.041 0.730 0.049 0.078 131 K 0.029 0.002 0.045 0.816 0.042 0.066 132 E 0.020 0.005 0.040 0.840 0.031 0.064 133 L 0.009 0.002 0.014 0.937 0.015 0.022 134 P 0.005 0.001 0.012 0.942 0.021 0.019 135 Q 0.003 0.001 0.011 0.943 0.026 0.017 136 T 0.003 0.001 0.011 0.942 0.028 0.014 137 L 0.004 0.001 0.010 0.935 0.034 0.016 138 D 0.004 0.001 0.018 0.885 0.059 0.032 139 S 0.005 0.001 0.016 0.818 0.086 0.075 140 H 0.009 0.004 0.017 0.582 0.148 0.241 141 F 0.014 0.014 0.018 0.244 0.223 0.487 142 N 0.015 0.010 0.041 0.194 0.334 0.406 143 K 0.015 0.008 0.079 0.238 0.356 0.303 144 N 0.012 0.005 0.064 0.181 0.367 0.372 145 G 0.010 0.004 0.068 0.287 0.296 0.335 146 D 0.009 0.003 0.065 0.456 0.225 0.241 147 V 0.012 0.005 0.084 0.614 0.176 0.110 148 K 0.018 0.005 0.081 0.654 0.148 0.094 149 L 0.027 0.005 0.170 0.593 0.155 0.051 150 D 0.050 0.005 0.197 0.421 0.239 0.088 151 F 0.080 0.017 0.234 0.271 0.249 0.147 152 L 0.114 0.022 0.277 0.136 0.282 0.168 153 D 0.105 0.004 0.217 0.072 0.285 0.317 154 N 0.182 0.004 0.210 0.110 0.220 0.274 155 V 0.423 0.006 0.042 0.073 0.181 0.275 156 A 0.600 0.005 0.014 0.047 0.105 0.230 157 I 0.842 0.009 0.003 0.020 0.042 0.084 158 T 0.799 0.007 0.004 0.022 0.059 0.108 159 G 0.497 0.008 0.012 0.044 0.154 0.285 160 H 0.404 0.021 0.020 0.053 0.194 0.307 161 S 0.232 0.078 0.014 0.071 0.163 0.442 162 M 0.023 0.006 0.016 0.699 0.112 0.143 163 G 0.003 0.001 0.014 0.821 0.080 0.081 164 G 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 165 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 166 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 C 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 171 Y 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.002 172 L 0.001 0.001 0.004 0.977 0.010 0.007 173 K 0.002 0.002 0.007 0.927 0.030 0.033 174 G 0.006 0.007 0.010 0.421 0.239 0.317 175 Y 0.004 0.003 0.009 0.047 0.334 0.603 176 S 0.009 0.012 0.008 0.056 0.417 0.498 177 G 0.020 0.010 0.020 0.081 0.419 0.450 178 K 0.054 0.009 0.051 0.121 0.353 0.411 179 R 0.353 0.017 0.105 0.112 0.218 0.196 180 Y 0.723 0.008 0.046 0.052 0.089 0.082 181 K 0.767 0.009 0.020 0.044 0.058 0.102 182 S 0.878 0.013 0.007 0.032 0.020 0.050 183 C 0.861 0.009 0.014 0.032 0.023 0.060 184 S 0.771 0.004 0.031 0.034 0.054 0.105 185 A 0.636 0.008 0.077 0.049 0.116 0.115 186 F 0.331 0.017 0.100 0.069 0.229 0.255 187 A 0.267 0.011 0.069 0.049 0.375 0.229 188 P 0.173 0.007 0.081 0.035 0.424 0.279 189 I 0.171 0.025 0.084 0.042 0.509 0.170 190 V 0.194 0.078 0.049 0.041 0.425 0.212 191 N 0.108 0.022 0.042 0.030 0.489 0.309 192 P 0.009 0.002 0.552 0.056 0.330 0.051 193 S 0.007 0.003 0.500 0.063 0.355 0.071 194 N 0.014 0.004 0.410 0.070 0.380 0.122 195 V 0.019 0.004 0.027 0.075 0.295 0.579 196 P 0.017 0.008 0.048 0.316 0.260 0.351 197 W 0.007 0.003 0.095 0.716 0.137 0.043 198 G 0.009 0.001 0.067 0.821 0.074 0.028 199 Q 0.010 0.002 0.129 0.750 0.079 0.030 200 K 0.011 0.001 0.092 0.745 0.070 0.081 201 A 0.009 0.005 0.101 0.795 0.056 0.034 202 F 0.007 0.005 0.108 0.763 0.077 0.041 203 K 0.005 0.001 0.168 0.674 0.112 0.040 204 G 0.002 0.001 0.136 0.638 0.147 0.075 205 Y 0.006 0.006 0.108 0.409 0.309 0.161 206 L 0.013 0.011 0.046 0.316 0.387 0.228 207 G 0.011 0.009 0.027 0.163 0.439 0.351 208 E 0.007 0.006 0.069 0.283 0.387 0.248 209 E 0.008 0.005 0.067 0.404 0.284 0.231 210 K 0.006 0.005 0.085 0.459 0.292 0.154 211 A 0.006 0.005 0.071 0.581 0.210 0.128 212 Q 0.005 0.003 0.079 0.647 0.166 0.101 213 W 0.004 0.005 0.101 0.653 0.155 0.082 214 E 0.004 0.004 0.109 0.550 0.210 0.123 215 A 0.005 0.004 0.075 0.569 0.184 0.163 216 Y 0.007 0.004 0.041 0.525 0.173 0.250 217 D 0.009 0.008 0.036 0.434 0.204 0.309 218 P 0.007 0.002 0.042 0.801 0.087 0.062 219 C 0.009 0.002 0.040 0.813 0.089 0.046 220 L 0.011 0.002 0.054 0.838 0.064 0.030 221 L 0.018 0.003 0.045 0.855 0.049 0.030 222 I 0.018 0.003 0.049 0.849 0.053 0.029 223 K 0.020 0.003 0.055 0.799 0.071 0.052 224 N 0.021 0.004 0.040 0.624 0.149 0.163 225 I 0.019 0.010 0.049 0.443 0.235 0.245 226 R 0.017 0.013 0.055 0.223 0.317 0.375 227 H 0.016 0.010 0.071 0.125 0.472 0.306 228 V 0.016 0.011 0.184 0.161 0.462 0.166 229 G 0.022 0.008 0.123 0.082 0.478 0.287 230 D 0.042 0.018 0.262 0.083 0.370 0.225 231 D 0.100 0.031 0.114 0.072 0.269 0.414 232 R 0.225 0.008 0.078 0.076 0.205 0.408 233 I 0.609 0.020 0.025 0.081 0.085 0.180 234 L 0.758 0.021 0.012 0.073 0.040 0.096 235 I 0.728 0.015 0.016 0.084 0.065 0.093 236 H 0.623 0.008 0.019 0.082 0.108 0.160 237 V 0.322 0.008 0.023 0.062 0.235 0.350 238 G 0.116 0.016 0.017 0.035 0.370 0.445 239 D 0.048 0.018 0.066 0.072 0.506 0.289 240 S 0.021 0.010 0.171 0.131 0.478 0.189 241 D 0.010 0.011 0.246 0.193 0.423 0.117 242 P 0.006 0.004 0.243 0.350 0.295 0.102 243 F 0.011 0.008 0.094 0.271 0.377 0.239 244 L 0.008 0.010 0.150 0.417 0.267 0.148 245 E 0.006 0.004 0.263 0.403 0.238 0.086 246 E 0.005 0.002 0.336 0.404 0.209 0.045 247 H 0.008 0.007 0.178 0.490 0.252 0.066 248 L 0.006 0.012 0.061 0.394 0.289 0.238 249 K 0.005 0.006 0.018 0.146 0.346 0.480 250 P 0.001 0.001 0.076 0.712 0.161 0.049 251 E 0.002 0.002 0.052 0.751 0.153 0.039 252 L 0.003 0.001 0.032 0.854 0.071 0.038 253 L 0.003 0.001 0.009 0.942 0.019 0.026 254 L 0.005 0.001 0.007 0.958 0.018 0.011 255 E 0.006 0.001 0.013 0.944 0.024 0.012 256 A 0.005 0.001 0.013 0.936 0.027 0.018 257 V 0.004 0.001 0.020 0.924 0.033 0.019 258 K 0.005 0.001 0.019 0.903 0.045 0.028 259 A 0.006 0.001 0.024 0.792 0.102 0.075 260 T 0.012 0.004 0.026 0.509 0.185 0.264 261 S 0.020 0.007 0.034 0.125 0.373 0.442 262 W 0.021 0.011 0.025 0.052 0.438 0.453 263 Q 0.016 0.002 0.009 0.006 0.288 0.679 264 D 0.194 0.027 0.012 0.005 0.254 0.508 265 Y 0.392 0.006 0.005 0.002 0.108 0.487 266 V 0.814 0.003 0.002 0.002 0.036 0.144 267 E 0.950 0.004 0.001 0.001 0.010 0.035 268 I 0.950 0.004 0.001 0.001 0.007 0.038 269 K 0.925 0.003 0.001 0.001 0.013 0.057 270 K 0.760 0.010 0.002 0.002 0.045 0.181 271 V 0.327 0.018 0.006 0.003 0.350 0.296 272 H 0.115 0.015 0.005 0.002 0.541 0.322 273 G 0.059 0.017 0.006 0.003 0.654 0.260 274 F 0.060 0.033 0.010 0.016 0.610 0.272 275 D 0.086 0.031 0.023 0.108 0.372 0.381 276 H 0.128 0.024 0.029 0.223 0.295 0.301 277 S 0.099 0.015 0.018 0.551 0.110 0.207 278 Y 0.050 0.004 0.007 0.877 0.024 0.039 279 Y 0.053 0.002 0.005 0.905 0.016 0.019 280 F 0.050 0.002 0.004 0.922 0.010 0.011 281 V 0.065 0.001 0.007 0.891 0.018 0.018 282 S 0.036 0.001 0.011 0.900 0.028 0.023 283 T 0.023 0.002 0.015 0.853 0.051 0.056 284 F 0.017 0.005 0.016 0.834 0.051 0.077 285 V 0.003 0.001 0.007 0.958 0.013 0.018 286 P 0.001 0.001 0.008 0.972 0.011 0.009 287 E 0.001 0.001 0.005 0.976 0.010 0.009 288 H 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.007 289 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 290 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 291 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 292 H 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 293 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.004 294 R 0.001 0.001 0.006 0.953 0.026 0.015 295 N 0.001 0.001 0.011 0.884 0.053 0.051 296 L 0.002 0.006 0.043 0.586 0.167 0.197 297 G 0.002 0.005 0.049 0.193 0.240 0.511 298 L 0.003 0.003 0.043 0.170 0.158 0.622 299 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.032 0.951