# TARGET T0195 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0195.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 45 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 K 0.480 0.023 0.003 0.062 0.003 0.010 0.419 3 V 0.648 0.027 0.009 0.043 0.044 0.021 0.209 4 V 0.714 0.008 0.011 0.038 0.030 0.025 0.175 5 K 0.593 0.006 0.025 0.060 0.081 0.030 0.204 6 E 0.638 0.006 0.028 0.073 0.089 0.036 0.130 7 F 0.603 0.010 0.028 0.070 0.070 0.039 0.181 8 S 0.669 0.014 0.016 0.054 0.076 0.044 0.128 9 V 0.547 0.022 0.017 0.060 0.063 0.105 0.185 10 C 0.385 0.021 0.025 0.038 0.121 0.170 0.240 11 G 0.124 0.004 0.025 0.018 0.228 0.478 0.122 12 G 0.189 0.008 0.022 0.009 0.273 0.336 0.163 13 R 0.586 0.014 0.017 0.010 0.083 0.044 0.246 14 L 0.873 0.007 0.004 0.004 0.019 0.007 0.087 15 I 0.922 0.005 0.004 0.005 0.016 0.003 0.045 16 K 0.961 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.023 17 L 0.948 0.002 0.002 0.006 0.006 0.004 0.032 18 S 0.933 0.004 0.002 0.005 0.009 0.004 0.043 19 H 0.787 0.006 0.004 0.010 0.028 0.016 0.150 20 N 0.626 0.015 0.006 0.014 0.095 0.035 0.209 21 S 0.330 0.019 0.044 0.057 0.139 0.081 0.330 22 N 0.129 0.020 0.108 0.120 0.180 0.288 0.155 23 S 0.107 0.022 0.155 0.155 0.123 0.293 0.145 24 T 0.055 0.012 0.090 0.090 0.143 0.508 0.101 25 K 0.045 0.008 0.031 0.046 0.150 0.571 0.148 26 T 0.137 0.031 0.015 0.020 0.347 0.077 0.372 27 S 0.227 0.022 0.007 0.007 0.147 0.076 0.513 28 M 0.531 0.013 0.002 0.003 0.151 0.013 0.287 29 N 0.647 0.005 0.001 0.001 0.074 0.006 0.266 30 V 0.885 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.102 31 N 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 32 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 33 Y 0.946 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.048 34 L 0.805 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.167 35 P 0.296 0.010 0.005 0.003 0.055 0.011 0.619 36 K 0.071 0.007 0.024 0.005 0.189 0.131 0.574 37 H 0.049 0.013 0.044 0.013 0.246 0.219 0.416 38 Y 0.018 0.017 0.020 0.010 0.113 0.027 0.795 39 Y 0.036 0.041 0.032 0.022 0.071 0.045 0.753 40 A 0.036 0.019 0.115 0.065 0.166 0.270 0.330 41 Q 0.041 0.015 0.142 0.074 0.162 0.375 0.191 42 D 0.050 0.024 0.115 0.078 0.270 0.196 0.267 43 F 0.039 0.038 0.086 0.072 0.223 0.157 0.385 44 P 0.039 0.017 0.130 0.075 0.149 0.212 0.378 45 R 0.019 0.018 0.144 0.069 0.110 0.507 0.134 46 N 0.015 0.018 0.126 0.048 0.150 0.406 0.236 47 K 0.027 0.046 0.040 0.032 0.271 0.124 0.459 48 R 0.033 0.053 0.015 0.013 0.246 0.135 0.503 49 I 0.046 0.008 0.001 0.002 0.382 0.008 0.553 50 P 0.133 0.002 0.001 0.001 0.206 0.004 0.654 51 T 0.939 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.045 52 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 54 Y 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 55 L 0.921 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.062 56 S 0.474 0.005 0.008 0.003 0.132 0.020 0.359 57 G 0.129 0.015 0.014 0.003 0.341 0.049 0.449 58 L 0.124 0.050 0.031 0.005 0.299 0.082 0.410 59 T 0.081 0.056 0.018 0.006 0.260 0.066 0.512 60 C 0.028 0.031 0.026 0.018 0.407 0.104 0.386 61 T 0.012 0.011 0.016 0.029 0.355 0.067 0.509 62 P 0.002 0.004 0.157 0.451 0.074 0.254 0.057 63 D 0.002 0.002 0.142 0.489 0.054 0.258 0.052 64 N 0.005 0.009 0.150 0.560 0.048 0.154 0.074 65 A 0.011 0.012 0.045 0.712 0.047 0.066 0.107 66 S 0.014 0.009 0.050 0.743 0.037 0.059 0.086 67 E 0.018 0.004 0.039 0.769 0.039 0.063 0.068 68 K 0.010 0.005 0.020 0.761 0.031 0.098 0.075 69 A 0.007 0.004 0.010 0.672 0.044 0.193 0.070 70 F 0.010 0.004 0.008 0.485 0.064 0.317 0.113 71 W 0.010 0.003 0.007 0.826 0.043 0.022 0.089 72 Q 0.018 0.003 0.007 0.914 0.012 0.006 0.040 73 F 0.020 0.001 0.005 0.943 0.008 0.006 0.017 74 Q 0.017 0.001 0.004 0.959 0.003 0.006 0.010 75 A 0.008 0.001 0.008 0.961 0.005 0.012 0.006 76 D 0.007 0.001 0.017 0.930 0.005 0.035 0.005 77 K 0.007 0.001 0.030 0.702 0.015 0.228 0.016 78 Y 0.006 0.001 0.009 0.115 0.067 0.772 0.030 79 G 0.032 0.001 0.002 0.004 0.228 0.535 0.199 80 F 0.391 0.009 0.001 0.001 0.030 0.004 0.564 81 A 0.957 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 82 I 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 83 V 0.954 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 84 F 0.665 0.003 0.001 0.001 0.021 0.002 0.309 85 P 0.171 0.006 0.012 0.002 0.204 0.075 0.530 86 D 0.052 0.014 0.026 0.003 0.384 0.159 0.362 87 T 0.040 0.063 0.033 0.006 0.448 0.092 0.317 88 S 0.020 0.042 0.016 0.005 0.169 0.036 0.712 89 P 0.009 0.011 0.074 0.012 0.134 0.601 0.160 90 R 0.006 0.011 0.068 0.015 0.141 0.623 0.136 91 G 0.013 0.025 0.098 0.023 0.294 0.214 0.333 92 D 0.030 0.018 0.090 0.048 0.272 0.214 0.327 93 E 0.069 0.097 0.124 0.078 0.134 0.180 0.319 94 V 0.064 0.082 0.113 0.071 0.138 0.101 0.431 95 A 0.061 0.025 0.113 0.068 0.125 0.373 0.236 96 N 0.033 0.025 0.109 0.060 0.207 0.328 0.237 97 D 0.040 0.033 0.085 0.042 0.289 0.091 0.421 98 P 0.048 0.020 0.106 0.038 0.131 0.224 0.433 99 E 0.033 0.012 0.203 0.045 0.155 0.221 0.331 100 G 0.031 0.013 0.308 0.063 0.181 0.159 0.244 101 S 0.071 0.010 0.268 0.069 0.141 0.221 0.219 102 W 0.096 0.052 0.183 0.068 0.227 0.131 0.242 103 D 0.098 0.084 0.086 0.038 0.112 0.073 0.508 104 F 0.089 0.017 0.081 0.042 0.100 0.477 0.194 105 G 0.100 0.016 0.061 0.023 0.155 0.536 0.109 106 Q 0.136 0.025 0.040 0.011 0.240 0.265 0.283 107 G 0.234 0.048 0.028 0.004 0.159 0.179 0.347 108 A 0.475 0.038 0.019 0.003 0.094 0.074 0.297 109 G 0.628 0.011 0.018 0.004 0.100 0.069 0.170 110 F 0.835 0.021 0.006 0.004 0.029 0.015 0.091 111 Y 0.859 0.023 0.003 0.003 0.017 0.009 0.087 112 L 0.733 0.038 0.004 0.004 0.041 0.012 0.169 113 N 0.449 0.036 0.010 0.006 0.074 0.034 0.392 114 A 0.096 0.011 0.054 0.023 0.150 0.402 0.265 115 T 0.049 0.014 0.055 0.024 0.198 0.490 0.170 116 Q 0.056 0.028 0.033 0.029 0.470 0.112 0.273 117 E 0.053 0.032 0.017 0.051 0.312 0.042 0.493 118 P 0.050 0.037 0.053 0.150 0.114 0.165 0.431 119 Y 0.036 0.027 0.122 0.148 0.100 0.287 0.280 120 A 0.028 0.019 0.215 0.155 0.184 0.197 0.202 121 Q 0.009 0.004 0.129 0.126 0.113 0.539 0.080 122 H 0.009 0.003 0.055 0.047 0.115 0.610 0.161 123 Y 0.026 0.015 0.018 0.057 0.184 0.067 0.634 124 Q 0.079 0.046 0.014 0.160 0.133 0.072 0.495 125 M 0.034 0.006 0.039 0.739 0.042 0.052 0.088 126 Y 0.040 0.005 0.019 0.846 0.021 0.018 0.052 127 D 0.027 0.002 0.012 0.916 0.011 0.011 0.021 128 Y 0.022 0.002 0.011 0.931 0.006 0.018 0.011 129 I 0.007 0.001 0.011 0.952 0.003 0.021 0.006 130 H 0.003 0.001 0.008 0.968 0.004 0.012 0.004 131 K 0.002 0.001 0.007 0.959 0.006 0.021 0.004 132 E 0.001 0.001 0.008 0.935 0.007 0.038 0.009 133 L 0.001 0.003 0.007 0.926 0.008 0.031 0.025 134 P 0.001 0.001 0.011 0.970 0.003 0.014 0.001 135 Q 0.001 0.001 0.014 0.966 0.004 0.014 0.002 136 T 0.001 0.001 0.025 0.947 0.003 0.021 0.004 137 L 0.002 0.005 0.016 0.917 0.005 0.046 0.010 138 D 0.004 0.001 0.038 0.749 0.012 0.183 0.015 139 S 0.006 0.001 0.045 0.613 0.025 0.283 0.028 140 H 0.013 0.008 0.051 0.512 0.098 0.162 0.156 141 F 0.050 0.032 0.027 0.266 0.208 0.066 0.351 142 N 0.060 0.012 0.029 0.111 0.129 0.104 0.554 143 K 0.049 0.028 0.054 0.150 0.171 0.182 0.367 144 N 0.043 0.010 0.052 0.132 0.192 0.195 0.377 145 G 0.047 0.006 0.047 0.142 0.214 0.237 0.307 146 D 0.050 0.008 0.076 0.272 0.183 0.133 0.278 147 V 0.081 0.015 0.102 0.372 0.134 0.094 0.202 148 K 0.137 0.014 0.099 0.413 0.071 0.068 0.198 149 L 0.243 0.025 0.093 0.344 0.054 0.061 0.181 150 D 0.285 0.014 0.070 0.284 0.075 0.092 0.180 151 F 0.254 0.018 0.060 0.195 0.087 0.134 0.252 152 L 0.238 0.021 0.070 0.063 0.069 0.106 0.434 153 D 0.117 0.007 0.108 0.049 0.106 0.188 0.425 154 N 0.219 0.008 0.103 0.035 0.144 0.275 0.216 155 V 0.489 0.034 0.017 0.013 0.079 0.035 0.333 156 A 0.723 0.013 0.005 0.007 0.051 0.031 0.170 157 I 0.810 0.027 0.004 0.007 0.033 0.023 0.095 158 T 0.676 0.013 0.007 0.011 0.062 0.049 0.183 159 G 0.360 0.011 0.021 0.023 0.225 0.118 0.242 160 H 0.218 0.019 0.050 0.035 0.249 0.152 0.277 161 S 0.076 0.028 0.078 0.049 0.190 0.298 0.281 162 M 0.034 0.029 0.051 0.153 0.244 0.294 0.195 163 G 0.015 0.009 0.029 0.251 0.237 0.234 0.225 164 G 0.003 0.002 0.012 0.828 0.035 0.089 0.032 165 Y 0.001 0.001 0.005 0.957 0.004 0.024 0.007 166 G 0.002 0.001 0.004 0.974 0.004 0.011 0.005 167 A 0.004 0.001 0.003 0.982 0.002 0.005 0.003 168 I 0.005 0.001 0.002 0.985 0.002 0.003 0.002 169 C 0.004 0.001 0.003 0.987 0.001 0.003 0.002 170 G 0.004 0.001 0.004 0.984 0.001 0.006 0.001 171 Y 0.004 0.001 0.008 0.964 0.001 0.021 0.002 172 L 0.004 0.001 0.011 0.890 0.005 0.085 0.005 173 K 0.006 0.002 0.013 0.652 0.039 0.252 0.036 174 G 0.013 0.003 0.024 0.153 0.233 0.391 0.181 175 Y 0.018 0.008 0.021 0.046 0.244 0.378 0.285 176 S 0.027 0.019 0.019 0.016 0.108 0.110 0.701 177 G 0.013 0.005 0.240 0.068 0.110 0.297 0.266 178 K 0.027 0.006 0.243 0.049 0.074 0.516 0.084 179 R 0.089 0.016 0.283 0.052 0.110 0.301 0.149 180 Y 0.504 0.027 0.025 0.020 0.049 0.097 0.279 181 K 0.707 0.011 0.009 0.012 0.050 0.026 0.184 182 S 0.870 0.014 0.009 0.012 0.026 0.013 0.056 183 C 0.826 0.008 0.013 0.022 0.021 0.016 0.093 184 S 0.793 0.006 0.015 0.023 0.027 0.026 0.110 185 A 0.643 0.007 0.025 0.035 0.055 0.088 0.146 186 F 0.509 0.031 0.025 0.046 0.073 0.081 0.236 187 A 0.294 0.013 0.057 0.041 0.126 0.051 0.417 188 P 0.259 0.024 0.103 0.030 0.159 0.129 0.297 189 I 0.242 0.024 0.118 0.025 0.173 0.151 0.267 190 V 0.133 0.080 0.023 0.014 0.316 0.036 0.398 191 N 0.057 0.038 0.009 0.011 0.125 0.024 0.736 192 P 0.020 0.008 0.206 0.105 0.090 0.226 0.344 193 S 0.009 0.005 0.215 0.106 0.103 0.427 0.134 194 N 0.005 0.008 0.221 0.136 0.143 0.327 0.159 195 V 0.008 0.011 0.030 0.159 0.308 0.043 0.441 196 P 0.006 0.010 0.040 0.421 0.097 0.157 0.269 197 W 0.007 0.010 0.055 0.522 0.043 0.267 0.096 198 G 0.005 0.005 0.068 0.680 0.022 0.163 0.057 199 Q 0.003 0.002 0.035 0.865 0.030 0.031 0.033 200 K 0.005 0.001 0.036 0.902 0.010 0.026 0.021 201 A 0.002 0.002 0.027 0.882 0.014 0.053 0.019 202 F 0.003 0.002 0.023 0.899 0.010 0.043 0.021 203 K 0.003 0.001 0.059 0.869 0.012 0.045 0.012 204 G 0.003 0.001 0.055 0.851 0.012 0.066 0.011 205 Y 0.002 0.003 0.055 0.821 0.015 0.088 0.016 206 L 0.009 0.015 0.024 0.565 0.085 0.234 0.069 207 G 0.009 0.006 0.026 0.216 0.146 0.313 0.284 208 E 0.011 0.013 0.046 0.238 0.203 0.148 0.341 209 E 0.010 0.011 0.079 0.245 0.118 0.115 0.423 210 K 0.004 0.004 0.130 0.521 0.084 0.136 0.121 211 A 0.003 0.002 0.136 0.585 0.059 0.157 0.058 212 Q 0.003 0.003 0.125 0.590 0.052 0.145 0.082 213 W 0.003 0.003 0.182 0.539 0.042 0.144 0.087 214 E 0.005 0.002 0.213 0.522 0.041 0.166 0.051 215 A 0.013 0.003 0.165 0.515 0.052 0.159 0.092 216 Y 0.012 0.010 0.055 0.517 0.158 0.081 0.168 217 D 0.021 0.015 0.018 0.415 0.096 0.070 0.365 218 P 0.003 0.002 0.026 0.873 0.015 0.052 0.030 219 C 0.003 0.001 0.021 0.918 0.009 0.035 0.014 220 L 0.004 0.001 0.029 0.912 0.010 0.030 0.014 221 L 0.007 0.002 0.019 0.912 0.012 0.029 0.020 222 I 0.010 0.004 0.035 0.848 0.016 0.054 0.033 223 K 0.014 0.003 0.054 0.722 0.026 0.143 0.039 224 N 0.012 0.004 0.054 0.586 0.057 0.207 0.080 225 I 0.014 0.012 0.070 0.340 0.130 0.215 0.219 226 R 0.013 0.012 0.070 0.151 0.147 0.321 0.287 227 H 0.014 0.008 0.080 0.070 0.164 0.174 0.490 228 V 0.017 0.008 0.124 0.073 0.190 0.348 0.240 229 G 0.031 0.008 0.094 0.041 0.209 0.346 0.271 230 D 0.054 0.019 0.093 0.031 0.276 0.096 0.431 231 D 0.151 0.022 0.081 0.024 0.144 0.127 0.451 232 R 0.349 0.004 0.027 0.016 0.117 0.055 0.432 233 I 0.796 0.011 0.009 0.011 0.045 0.009 0.119 234 L 0.926 0.009 0.003 0.006 0.004 0.003 0.050 235 I 0.942 0.004 0.003 0.007 0.006 0.003 0.035 236 H 0.880 0.007 0.003 0.009 0.013 0.004 0.084 237 V 0.530 0.007 0.006 0.010 0.038 0.022 0.386 238 G 0.234 0.020 0.021 0.037 0.196 0.103 0.388 239 D 0.090 0.016 0.072 0.088 0.250 0.162 0.322 240 S 0.029 0.012 0.138 0.151 0.220 0.183 0.267 241 D 0.021 0.012 0.131 0.243 0.152 0.182 0.259 242 P 0.013 0.007 0.151 0.408 0.096 0.216 0.109 243 F 0.014 0.010 0.120 0.462 0.093 0.201 0.099 244 L 0.011 0.008 0.190 0.463 0.080 0.121 0.126 245 E 0.008 0.005 0.395 0.300 0.040 0.168 0.084 246 E 0.008 0.002 0.371 0.197 0.042 0.314 0.065 247 H 0.010 0.010 0.288 0.136 0.077 0.356 0.123 248 L 0.012 0.040 0.018 0.028 0.393 0.035 0.474 249 K 0.007 0.005 0.003 0.010 0.037 0.011 0.927 250 P 0.002 0.002 0.092 0.690 0.033 0.074 0.108 251 E 0.002 0.001 0.069 0.821 0.021 0.055 0.030 252 L 0.002 0.001 0.038 0.889 0.019 0.022 0.030 253 L 0.001 0.001 0.005 0.965 0.008 0.009 0.012 254 L 0.002 0.001 0.005 0.961 0.005 0.016 0.010 255 E 0.002 0.001 0.004 0.963 0.005 0.019 0.007 256 A 0.002 0.001 0.005 0.952 0.007 0.022 0.011 257 V 0.007 0.004 0.008 0.923 0.009 0.030 0.020 258 K 0.004 0.001 0.011 0.877 0.010 0.075 0.021 259 A 0.006 0.002 0.021 0.721 0.026 0.180 0.044 260 T 0.007 0.006 0.041 0.420 0.090 0.318 0.117 261 S 0.012 0.011 0.073 0.166 0.115 0.428 0.195 262 W 0.010 0.008 0.044 0.052 0.241 0.422 0.223 263 Q 0.016 0.005 0.020 0.010 0.213 0.526 0.210 264 D 0.086 0.006 0.002 0.003 0.367 0.016 0.518 265 Y 0.382 0.018 0.002 0.001 0.071 0.012 0.514 266 V 0.887 0.008 0.001 0.001 0.009 0.003 0.091 267 E 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.026 268 I 0.962 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 269 K 0.925 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.062 270 K 0.723 0.019 0.002 0.001 0.038 0.008 0.209 271 V 0.300 0.011 0.004 0.001 0.159 0.037 0.488 272 H 0.035 0.006 0.011 0.002 0.438 0.405 0.103 273 G 0.032 0.008 0.015 0.003 0.339 0.436 0.167 274 F 0.087 0.020 0.073 0.031 0.257 0.152 0.381 275 D 0.159 0.038 0.055 0.069 0.201 0.142 0.336 276 H 0.171 0.022 0.084 0.207 0.136 0.153 0.227 277 S 0.245 0.016 0.051 0.352 0.059 0.079 0.198 278 Y 0.230 0.005 0.024 0.557 0.035 0.063 0.086 279 Y 0.237 0.005 0.021 0.636 0.020 0.038 0.043 280 F 0.183 0.010 0.030 0.709 0.015 0.023 0.030 281 V 0.121 0.004 0.049 0.757 0.014 0.025 0.029 282 S 0.087 0.002 0.053 0.790 0.014 0.027 0.028 283 T 0.040 0.004 0.055 0.772 0.026 0.078 0.026 284 F 0.015 0.005 0.027 0.782 0.035 0.091 0.045 285 V 0.003 0.001 0.014 0.916 0.012 0.023 0.032 286 P 0.001 0.001 0.006 0.980 0.003 0.011 0.001 287 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.010 0.001 288 H 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.007 0.001 289 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 290 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 291 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 292 H 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.008 0.001 293 A 0.001 0.001 0.010 0.978 0.001 0.011 0.001 294 R 0.001 0.001 0.013 0.941 0.003 0.042 0.001 295 N 0.001 0.001 0.031 0.858 0.006 0.098 0.006 296 L 0.001 0.006 0.070 0.623 0.043 0.198 0.059 297 G 0.004 0.002 0.102 0.359 0.040 0.417 0.075 298 L 0.007 0.005 0.099 0.228 0.006 0.275 0.380 299 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994