# TARGET T0194 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0194.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.006 0.036 0.580 0.113 0.218 2 A 0.055 0.008 0.033 0.714 0.077 0.113 3 N 0.041 0.006 0.037 0.743 0.080 0.093 4 A 0.030 0.004 0.050 0.731 0.091 0.094 5 P 0.027 0.004 0.073 0.673 0.131 0.092 6 K 0.016 0.003 0.086 0.579 0.178 0.139 7 G 0.020 0.004 0.025 0.110 0.313 0.528 8 V 0.047 0.014 0.016 0.036 0.233 0.655 9 K 0.090 0.027 0.010 0.023 0.196 0.655 10 F 0.100 0.033 0.016 0.028 0.233 0.590 11 S 0.106 0.031 0.023 0.024 0.369 0.447 12 T 0.110 0.020 0.031 0.023 0.413 0.404 13 S 0.098 0.017 0.020 0.019 0.383 0.463 14 Q 0.094 0.037 0.010 0.021 0.264 0.574 15 T 0.057 0.040 0.009 0.035 0.190 0.669 16 T 0.025 0.024 0.006 0.046 0.119 0.781 17 E 0.004 0.001 0.017 0.826 0.058 0.093 18 E 0.001 0.001 0.014 0.916 0.038 0.031 19 I 0.001 0.001 0.016 0.964 0.014 0.004 20 V 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 21 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 22 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 23 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 24 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.004 25 S 0.001 0.001 0.005 0.980 0.010 0.005 26 E 0.001 0.001 0.011 0.933 0.037 0.018 27 L 0.001 0.001 0.019 0.874 0.061 0.045 28 V 0.001 0.001 0.097 0.790 0.086 0.025 29 E 0.001 0.001 0.129 0.653 0.165 0.051 30 Q 0.004 0.004 0.114 0.244 0.394 0.239 31 Y 0.008 0.003 0.027 0.015 0.579 0.367 32 D 0.023 0.001 0.008 0.003 0.470 0.495 33 L 0.753 0.006 0.002 0.001 0.108 0.130 34 I 0.985 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 35 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 36 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 38 P 0.825 0.003 0.002 0.001 0.043 0.126 39 I 0.452 0.007 0.020 0.003 0.217 0.301 40 D 0.132 0.008 0.143 0.012 0.544 0.160 41 K 0.019 0.002 0.288 0.034 0.546 0.111 42 E 0.031 0.010 0.223 0.078 0.502 0.156 43 I 0.047 0.011 0.065 0.191 0.471 0.214 44 S 0.052 0.008 0.029 0.275 0.249 0.387 45 A 0.066 0.017 0.035 0.551 0.148 0.185 46 S 0.030 0.004 0.028 0.845 0.045 0.048 47 Y 0.013 0.001 0.019 0.922 0.021 0.023 48 A 0.007 0.002 0.016 0.938 0.014 0.023 49 N 0.006 0.001 0.011 0.958 0.009 0.015 50 W 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 51 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 52 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.003 53 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.007 0.003 54 E 0.002 0.001 0.007 0.976 0.011 0.003 55 K 0.002 0.001 0.011 0.937 0.036 0.013 56 D 0.005 0.002 0.019 0.851 0.076 0.046 57 Y 0.015 0.033 0.040 0.443 0.267 0.201 58 A 0.013 0.003 0.020 0.071 0.509 0.384 59 S 0.035 0.002 0.006 0.016 0.449 0.490 60 K 0.273 0.006 0.003 0.004 0.252 0.462 61 F 0.937 0.003 0.001 0.001 0.013 0.046 62 H 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 63 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 64 L 0.916 0.002 0.001 0.003 0.016 0.062 65 D 0.586 0.009 0.002 0.006 0.074 0.322 66 A 0.143 0.006 0.020 0.043 0.345 0.443 67 R 0.027 0.005 0.105 0.105 0.512 0.246 68 A 0.018 0.008 0.268 0.273 0.350 0.083 69 V 0.022 0.012 0.202 0.438 0.272 0.054 70 E 0.032 0.006 0.120 0.482 0.249 0.112 71 M 0.015 0.004 0.100 0.617 0.175 0.088 72 I 0.010 0.003 0.114 0.685 0.125 0.063 73 I 0.006 0.003 0.039 0.865 0.053 0.035 74 D 0.004 0.001 0.017 0.919 0.029 0.030 75 W 0.004 0.001 0.011 0.950 0.013 0.020 76 L 0.001 0.001 0.005 0.987 0.002 0.004 77 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 78 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 79 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 82 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 83 W 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 84 L 0.001 0.001 0.005 0.980 0.007 0.008 85 N 0.001 0.001 0.008 0.945 0.024 0.023 86 T 0.001 0.001 0.017 0.709 0.140 0.133 87 N 0.001 0.001 0.005 0.027 0.390 0.576 88 P 0.003 0.003 0.009 0.014 0.522 0.450 89 Y 0.008 0.033 0.005 0.016 0.550 0.388 90 S 0.005 0.008 0.004 0.021 0.238 0.725 91 R 0.001 0.001 0.037 0.870 0.056 0.036 92 E 0.001 0.001 0.020 0.926 0.037 0.015 93 G 0.001 0.001 0.019 0.960 0.016 0.004 94 L 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 95 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 97 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 98 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 99 E 0.001 0.001 0.005 0.985 0.007 0.003 100 Q 0.001 0.001 0.012 0.940 0.032 0.016 101 Y 0.002 0.001 0.018 0.883 0.058 0.038 102 R 0.006 0.002 0.084 0.770 0.109 0.029 103 K 0.005 0.002 0.110 0.566 0.236 0.082 104 K 0.017 0.001 0.087 0.172 0.396 0.328 105 T 0.095 0.003 0.021 0.030 0.394 0.458 106 A 0.427 0.006 0.008 0.008 0.170 0.381 107 A 0.960 0.002 0.001 0.002 0.009 0.026 108 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 109 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 110 F 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 111 V 0.833 0.003 0.005 0.003 0.049 0.106 112 T 0.398 0.008 0.037 0.013 0.291 0.253 113 D 0.203 0.020 0.060 0.019 0.442 0.256 114 T 0.089 0.014 0.128 0.104 0.490 0.176 115 K 0.073 0.007 0.155 0.147 0.539 0.079 116 P 0.105 0.008 0.144 0.214 0.453 0.077 117 L 0.219 0.018 0.075 0.224 0.353 0.110 118 V 0.357 0.022 0.044 0.185 0.304 0.088 119 A 0.292 0.007 0.031 0.137 0.356 0.177 120 G 0.239 0.006 0.035 0.082 0.430 0.207 121 G 0.311 0.023 0.024 0.036 0.364 0.242 122 R 0.371 0.036 0.018 0.042 0.253 0.280 123 L 0.158 0.013 0.058 0.100 0.457 0.215 124 S 0.030 0.003 0.093 0.217 0.490 0.166 125 N 0.018 0.003 0.137 0.441 0.323 0.077 126 L 0.038 0.005 0.056 0.680 0.161 0.060 127 K 0.039 0.002 0.026 0.861 0.040 0.032 128 S 0.194 0.007 0.026 0.717 0.031 0.024 129 F 0.230 0.006 0.032 0.700 0.019 0.013 130 I 0.109 0.002 0.036 0.815 0.023 0.015 131 I 0.022 0.001 0.059 0.870 0.035 0.013 132 K 0.009 0.001 0.048 0.868 0.049 0.026 133 S 0.007 0.001 0.026 0.883 0.049 0.034 134 L 0.009 0.002 0.012 0.821 0.062 0.095 135 K 0.026 0.003 0.015 0.630 0.083 0.242 136 F 0.109 0.006 0.016 0.724 0.053 0.091 137 H 0.209 0.005 0.020 0.704 0.029 0.033 138 L 0.241 0.003 0.028 0.686 0.018 0.024 139 L 0.292 0.001 0.049 0.629 0.015 0.014 140 I 0.282 0.005 0.053 0.609 0.022 0.029 141 S 0.320 0.004 0.027 0.578 0.023 0.049 142 F 0.494 0.007 0.025 0.330 0.049 0.096 143 L 0.544 0.107 0.005 0.104 0.068 0.172 144 G 0.102 0.021 0.003 0.030 0.816 0.029 145 E 0.006 0.001 0.006 0.047 0.931 0.010 146 N 0.006 0.002 0.003 0.009 0.968 0.011 147 G 0.026 0.008 0.002 0.008 0.912 0.045 148 K 0.156 0.009 0.001 0.011 0.067 0.756 149 L 0.753 0.104 0.001 0.014 0.025 0.103 150 Q 0.730 0.018 0.003 0.031 0.054 0.164 151 F 0.477 0.015 0.015 0.282 0.083 0.128 152 F 0.109 0.005 0.080 0.594 0.120 0.092 153 D 0.102 0.004 0.107 0.545 0.140 0.102 154 K 0.057 0.004 0.116 0.545 0.172 0.107 155 A 0.058 0.008 0.037 0.488 0.201 0.207 156 R 0.051 0.007 0.037 0.531 0.203 0.170 157 S 0.035 0.007 0.022 0.411 0.171 0.353 158 A 0.010 0.002 0.009 0.875 0.040 0.065 159 H 0.002 0.001 0.004 0.960 0.017 0.017 160 D 0.001 0.001 0.003 0.975 0.009 0.012 161 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.004 162 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 163 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 166 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 167 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 168 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 169 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 170 K 0.001 0.001 0.006 0.983 0.008 0.003 171 K 0.001 0.001 0.006 0.935 0.037 0.022 172 Q 0.001 0.001 0.009 0.746 0.113 0.131 173 L 0.005 0.011 0.025 0.652 0.177 0.129 174 L 0.012 0.014 0.061 0.453 0.314 0.146 175 K 0.010 0.003 0.098 0.379 0.354 0.155 176 H 0.010 0.004 0.091 0.174 0.505 0.215 177 S 0.026 0.008 0.045 0.092 0.559 0.271 178 A 0.038 0.013 0.042 0.064 0.615 0.228 179 K 0.049 0.007 0.022 0.026 0.545 0.351 180 L 0.207 0.013 0.024 0.017 0.435 0.305 181 K 0.499 0.016 0.020 0.018 0.234 0.213 182 R 0.707 0.009 0.013 0.016 0.111 0.144 183 G 0.879 0.006 0.004 0.009 0.039 0.063 184 A 0.933 0.002 0.002 0.007 0.014 0.043 185 F 0.965 0.001 0.001 0.005 0.007 0.021 186 L 0.970 0.001 0.001 0.007 0.007 0.014 187 T 0.947 0.002 0.002 0.007 0.015 0.025 188 T 0.865 0.004 0.005 0.012 0.051 0.062 189 V 0.578 0.010 0.012 0.022 0.194 0.184 190 F 0.142 0.013 0.016 0.036 0.433 0.358 191 D 0.030 0.007 0.018 0.067 0.488 0.390 192 E 0.006 0.002 0.052 0.538 0.305 0.098 193 Q 0.005 0.001 0.030 0.759 0.161 0.043 194 T 0.005 0.002 0.026 0.804 0.119 0.044 195 N 0.007 0.002 0.008 0.892 0.049 0.043 196 T 0.006 0.001 0.004 0.936 0.029 0.024 197 N 0.004 0.001 0.003 0.934 0.028 0.030 198 L 0.002 0.001 0.003 0.951 0.013 0.030 199 V 0.001 0.001 0.002 0.976 0.007 0.013 200 Q 0.001 0.001 0.002 0.984 0.007 0.006 201 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.005 202 F 0.001 0.001 0.004 0.975 0.011 0.009 203 D 0.001 0.001 0.011 0.957 0.021 0.010 204 K 0.001 0.001 0.011 0.901 0.053 0.034 205 L 0.002 0.001 0.014 0.705 0.125 0.154 206 L 0.006 0.007 0.018 0.331 0.238 0.400 207 D 0.015 0.009 0.040 0.113 0.372 0.451 208 H 0.035 0.007 0.058 0.068 0.410 0.422 209 S 0.084 0.013 0.085 0.062 0.413 0.344 210 I 0.195 0.014 0.051 0.057 0.285 0.398 211 N 0.345 0.008 0.029 0.050 0.176 0.392 212 I 0.515 0.011 0.019 0.057 0.114 0.284 213 E 0.704 0.011 0.011 0.049 0.066 0.159 214 Q 0.777 0.012 0.010 0.041 0.050 0.109 215 S 0.694 0.008 0.009 0.035 0.079 0.176 216 L 0.528 0.021 0.009 0.038 0.128 0.276 217 L 0.261 0.020 0.007 0.085 0.163 0.464 218 S 0.193 0.007 0.013 0.178 0.232 0.376 219 P 0.247 0.009 0.037 0.275 0.226 0.206 220 V 0.392 0.013 0.045 0.340 0.129 0.082 221 I 0.609 0.007 0.056 0.222 0.075 0.030 222 C 0.646 0.009 0.070 0.172 0.063 0.041 223 T 0.563 0.010 0.083 0.171 0.099 0.074 224 H 0.563 0.018 0.052 0.108 0.138 0.122 225 T 0.422 0.025 0.012 0.033 0.214 0.294 226 G 0.125 0.017 0.003 0.004 0.805 0.046 227 L 0.019 0.002 0.013 0.005 0.942 0.019 228 N 0.049 0.002 0.012 0.003 0.914 0.021 229 S 0.590 0.005 0.006 0.003 0.370 0.026 230 Y 0.939 0.005 0.001 0.001 0.011 0.042 231 V 0.989 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 232 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 233 V 0.976 0.001 0.001 0.003 0.004 0.016 234 L 0.941 0.002 0.002 0.007 0.010 0.039 235 Q 0.849 0.007 0.003 0.014 0.020 0.107 236 G 0.378 0.014 0.006 0.022 0.059 0.522 237 E 0.005 0.002 0.001 0.002 0.022 0.968