# TARGET T0194 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0194.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 43 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.002 0.020 0.002 0.002 0.971 2 A 0.104 0.028 0.016 0.297 0.005 0.037 0.514 3 N 0.104 0.020 0.032 0.294 0.143 0.064 0.344 4 A 0.071 0.007 0.074 0.332 0.106 0.087 0.323 5 P 0.037 0.007 0.112 0.410 0.089 0.148 0.198 6 K 0.019 0.007 0.127 0.253 0.102 0.354 0.137 7 G 0.022 0.006 0.058 0.096 0.147 0.462 0.210 8 V 0.032 0.040 0.030 0.044 0.227 0.140 0.488 9 K 0.040 0.062 0.008 0.019 0.285 0.024 0.562 10 F 0.036 0.034 0.017 0.017 0.142 0.058 0.696 11 S 0.045 0.032 0.045 0.018 0.178 0.129 0.553 12 T 0.072 0.057 0.077 0.029 0.186 0.179 0.400 13 S 0.058 0.030 0.032 0.031 0.270 0.086 0.493 14 Q 0.026 0.011 0.008 0.021 0.462 0.040 0.431 15 T 0.016 0.035 0.004 0.015 0.209 0.022 0.699 16 T 0.010 0.034 0.002 0.028 0.068 0.009 0.849 17 E 0.001 0.001 0.025 0.870 0.027 0.037 0.039 18 E 0.001 0.001 0.021 0.939 0.007 0.027 0.006 19 I 0.001 0.001 0.017 0.960 0.004 0.014 0.004 20 V 0.001 0.001 0.004 0.986 0.002 0.006 0.003 21 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 22 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.016 0.003 24 V 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.014 0.004 25 S 0.001 0.001 0.005 0.973 0.003 0.015 0.003 26 E 0.001 0.001 0.006 0.962 0.004 0.023 0.004 27 L 0.001 0.001 0.014 0.938 0.004 0.034 0.008 28 V 0.004 0.008 0.033 0.837 0.014 0.078 0.026 29 E 0.005 0.001 0.036 0.511 0.039 0.373 0.034 30 Q 0.015 0.004 0.017 0.135 0.124 0.600 0.104 31 Y 0.021 0.002 0.001 0.003 0.158 0.035 0.780 32 D 0.080 0.001 0.001 0.001 0.559 0.010 0.350 33 L 0.928 0.002 0.001 0.001 0.033 0.001 0.034 34 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 35 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 36 G 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 I 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 38 P 0.809 0.001 0.003 0.002 0.032 0.004 0.148 39 I 0.495 0.015 0.022 0.013 0.075 0.024 0.356 40 D 0.195 0.027 0.057 0.021 0.132 0.062 0.507 41 K 0.029 0.005 0.222 0.103 0.166 0.336 0.139 42 E 0.010 0.006 0.139 0.136 0.207 0.418 0.084 43 I 0.017 0.007 0.064 0.525 0.108 0.157 0.123 44 S 0.023 0.004 0.010 0.710 0.067 0.058 0.129 45 A 0.020 0.003 0.009 0.814 0.044 0.030 0.080 46 S 0.011 0.002 0.005 0.923 0.013 0.015 0.033 47 Y 0.002 0.001 0.002 0.976 0.005 0.006 0.008 48 A 0.002 0.001 0.002 0.981 0.005 0.006 0.005 49 N 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.007 0.005 50 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 51 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.003 52 L 0.001 0.001 0.002 0.975 0.003 0.017 0.003 53 V 0.001 0.001 0.005 0.954 0.004 0.027 0.009 54 E 0.002 0.001 0.013 0.915 0.007 0.051 0.010 55 K 0.003 0.001 0.027 0.780 0.012 0.155 0.022 56 D 0.006 0.003 0.044 0.604 0.048 0.232 0.063 57 Y 0.031 0.015 0.050 0.337 0.128 0.160 0.279 58 A 0.061 0.008 0.053 0.102 0.135 0.226 0.416 59 S 0.069 0.008 0.014 0.023 0.491 0.120 0.274 60 K 0.200 0.004 0.004 0.004 0.289 0.065 0.435 61 F 0.781 0.007 0.001 0.002 0.012 0.002 0.196 62 H 0.958 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.031 63 V 0.945 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 64 L 0.895 0.005 0.001 0.002 0.014 0.005 0.078 65 D 0.502 0.011 0.002 0.007 0.072 0.011 0.396 66 A 0.044 0.006 0.065 0.068 0.142 0.136 0.539 67 R 0.017 0.003 0.122 0.162 0.367 0.248 0.081 68 A 0.014 0.007 0.263 0.363 0.109 0.174 0.070 69 V 0.006 0.013 0.094 0.624 0.072 0.083 0.107 70 E 0.005 0.003 0.029 0.783 0.040 0.080 0.060 71 M 0.002 0.001 0.018 0.867 0.032 0.055 0.026 72 I 0.001 0.001 0.010 0.935 0.010 0.030 0.014 73 I 0.001 0.001 0.003 0.973 0.005 0.012 0.007 74 D 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.007 0.003 75 W 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.003 76 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 77 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 78 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 79 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 80 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 81 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 82 G 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 83 W 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 84 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.014 0.004 85 N 0.001 0.001 0.008 0.882 0.005 0.098 0.005 86 T 0.001 0.001 0.011 0.284 0.026 0.667 0.012 87 N 0.001 0.001 0.010 0.044 0.079 0.762 0.103 88 P 0.004 0.010 0.036 0.046 0.159 0.202 0.544 89 Y 0.010 0.031 0.039 0.040 0.282 0.088 0.510 90 S 0.005 0.013 0.013 0.061 0.179 0.026 0.702 91 R 0.001 0.001 0.027 0.923 0.015 0.018 0.017 92 E 0.001 0.001 0.014 0.969 0.003 0.012 0.002 93 G 0.001 0.001 0.013 0.973 0.001 0.010 0.002 94 L 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 95 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 96 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 97 F 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.017 0.002 98 V 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.012 0.004 99 E 0.001 0.001 0.009 0.967 0.002 0.018 0.002 100 Q 0.001 0.001 0.007 0.941 0.005 0.043 0.003 101 Y 0.002 0.001 0.012 0.914 0.007 0.053 0.011 102 R 0.008 0.004 0.034 0.799 0.024 0.099 0.032 103 K 0.016 0.001 0.075 0.461 0.065 0.333 0.049 104 K 0.033 0.002 0.052 0.197 0.164 0.466 0.086 105 T 0.181 0.007 0.011 0.040 0.185 0.098 0.478 106 A 0.555 0.003 0.004 0.013 0.139 0.020 0.266 107 A 0.951 0.003 0.002 0.004 0.012 0.004 0.024 108 V 0.980 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 109 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 110 F 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 111 V 0.728 0.004 0.007 0.008 0.027 0.014 0.211 112 T 0.293 0.014 0.021 0.022 0.318 0.075 0.258 113 D 0.118 0.035 0.014 0.042 0.276 0.063 0.453 114 T 0.010 0.006 0.097 0.684 0.047 0.060 0.096 115 K 0.003 0.001 0.073 0.811 0.029 0.069 0.014 116 P 0.005 0.001 0.106 0.770 0.020 0.083 0.014 117 L 0.008 0.002 0.064 0.825 0.018 0.052 0.031 118 V 0.025 0.018 0.047 0.712 0.031 0.109 0.058 119 A 0.016 0.002 0.042 0.352 0.041 0.522 0.025 120 G 0.007 0.001 0.017 0.109 0.041 0.803 0.021 121 G 0.073 0.021 0.011 0.076 0.185 0.189 0.446 122 R 0.173 0.049 0.008 0.025 0.081 0.050 0.613 123 L 0.252 0.035 0.019 0.060 0.106 0.059 0.470 124 S 0.066 0.009 0.029 0.101 0.206 0.201 0.387 125 N 0.018 0.002 0.071 0.574 0.085 0.215 0.034 126 L 0.035 0.004 0.025 0.861 0.013 0.034 0.028 127 K 0.042 0.003 0.006 0.909 0.010 0.009 0.020 128 S 0.067 0.004 0.010 0.887 0.005 0.009 0.017 129 F 0.033 0.002 0.009 0.909 0.006 0.033 0.008 130 I 0.040 0.001 0.015 0.891 0.010 0.034 0.009 131 I 0.038 0.001 0.077 0.776 0.044 0.041 0.024 132 K 0.056 0.001 0.145 0.636 0.050 0.074 0.039 133 S 0.039 0.004 0.331 0.440 0.017 0.100 0.069 134 L 0.045 0.015 0.182 0.235 0.054 0.395 0.073 135 K 0.043 0.017 0.075 0.172 0.041 0.439 0.212 136 F 0.037 0.012 0.015 0.122 0.144 0.021 0.650 137 H 0.159 0.015 0.022 0.382 0.028 0.013 0.382 138 L 0.076 0.007 0.069 0.695 0.024 0.042 0.088 139 L 0.109 0.007 0.150 0.585 0.033 0.065 0.051 140 I 0.117 0.002 0.272 0.458 0.037 0.051 0.062 141 S 0.177 0.002 0.245 0.436 0.031 0.055 0.054 142 F 0.133 0.007 0.190 0.381 0.064 0.157 0.068 143 L 0.302 0.043 0.033 0.091 0.234 0.098 0.199 144 G 0.087 0.014 0.018 0.010 0.087 0.072 0.712 145 E 0.048 0.009 0.039 0.022 0.138 0.609 0.134 146 N 0.015 0.001 0.029 0.016 0.110 0.794 0.036 147 G 0.111 0.003 0.017 0.021 0.433 0.153 0.262 148 K 0.471 0.020 0.003 0.018 0.070 0.017 0.400 149 L 0.751 0.067 0.001 0.018 0.018 0.005 0.140 150 Q 0.627 0.017 0.003 0.046 0.023 0.008 0.275 151 F 0.400 0.015 0.035 0.218 0.042 0.034 0.257 152 F 0.213 0.011 0.057 0.407 0.079 0.072 0.161 153 D 0.109 0.005 0.104 0.475 0.077 0.060 0.170 154 K 0.069 0.006 0.072 0.564 0.070 0.050 0.168 155 A 0.046 0.015 0.039 0.574 0.078 0.080 0.168 156 R 0.015 0.003 0.031 0.584 0.078 0.227 0.062 157 S 0.005 0.004 0.018 0.488 0.086 0.301 0.098 158 A 0.003 0.004 0.010 0.648 0.085 0.056 0.195 159 H 0.001 0.001 0.007 0.916 0.019 0.025 0.031 160 D 0.001 0.001 0.006 0.950 0.010 0.022 0.011 161 A 0.001 0.001 0.004 0.969 0.003 0.016 0.007 162 H 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.003 163 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 166 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 167 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 168 F 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.002 169 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.014 0.004 170 K 0.001 0.001 0.006 0.940 0.005 0.042 0.006 171 K 0.002 0.001 0.009 0.866 0.014 0.091 0.017 172 Q 0.004 0.003 0.013 0.820 0.032 0.073 0.054 173 L 0.008 0.006 0.027 0.734 0.051 0.092 0.082 174 L 0.012 0.003 0.041 0.610 0.060 0.165 0.109 175 K 0.012 0.004 0.061 0.446 0.096 0.287 0.095 176 H 0.013 0.004 0.049 0.249 0.168 0.378 0.139 177 S 0.014 0.007 0.048 0.121 0.162 0.436 0.212 178 A 0.030 0.013 0.038 0.072 0.272 0.257 0.319 179 K 0.046 0.005 0.021 0.021 0.177 0.363 0.367 180 L 0.150 0.016 0.026 0.015 0.178 0.066 0.549 181 K 0.464 0.030 0.030 0.014 0.097 0.037 0.330 182 R 0.678 0.011 0.014 0.004 0.048 0.015 0.230 183 G 0.834 0.005 0.005 0.002 0.025 0.003 0.128 184 A 0.958 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 185 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 186 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 187 T 0.965 0.003 0.001 0.002 0.004 0.002 0.023 188 T 0.841 0.008 0.004 0.004 0.020 0.008 0.115 189 V 0.383 0.013 0.016 0.014 0.121 0.066 0.387 190 F 0.082 0.015 0.038 0.025 0.339 0.158 0.343 191 D 0.025 0.007 0.035 0.041 0.326 0.127 0.440 192 E 0.008 0.005 0.079 0.341 0.204 0.124 0.239 193 Q 0.003 0.003 0.062 0.684 0.084 0.097 0.067 194 T 0.002 0.002 0.034 0.801 0.037 0.069 0.055 195 N 0.001 0.001 0.008 0.924 0.018 0.020 0.029 196 T 0.001 0.001 0.002 0.961 0.009 0.013 0.013 197 N 0.001 0.001 0.001 0.968 0.005 0.015 0.010 198 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.011 0.008 199 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.008 0.005 200 Q 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.012 0.003 201 E 0.001 0.001 0.001 0.974 0.004 0.015 0.006 202 F 0.001 0.001 0.003 0.961 0.005 0.019 0.009 203 D 0.001 0.001 0.010 0.923 0.008 0.045 0.012 204 K 0.001 0.001 0.018 0.756 0.014 0.194 0.015 205 L 0.002 0.001 0.020 0.520 0.053 0.341 0.062 206 L 0.007 0.008 0.032 0.299 0.153 0.227 0.274 207 D 0.019 0.007 0.056 0.116 0.221 0.192 0.389 208 H 0.046 0.013 0.083 0.087 0.216 0.202 0.353 209 S 0.103 0.015 0.083 0.090 0.167 0.158 0.384 210 I 0.228 0.015 0.062 0.115 0.153 0.093 0.334 211 N 0.376 0.017 0.049 0.098 0.096 0.060 0.305 212 I 0.528 0.016 0.036 0.091 0.064 0.039 0.226 213 E 0.567 0.011 0.025 0.106 0.058 0.034 0.198 214 Q 0.625 0.023 0.032 0.088 0.041 0.034 0.158 215 S 0.599 0.010 0.020 0.058 0.060 0.055 0.197 216 L 0.518 0.022 0.024 0.046 0.097 0.083 0.209 217 L 0.312 0.029 0.013 0.076 0.145 0.062 0.363 218 S 0.095 0.006 0.009 0.109 0.267 0.052 0.462 219 P 0.200 0.009 0.016 0.181 0.205 0.077 0.313 220 V 0.487 0.010 0.007 0.317 0.047 0.038 0.094 221 I 0.412 0.003 0.004 0.508 0.021 0.010 0.042 222 C 0.665 0.002 0.005 0.290 0.003 0.008 0.026 223 T 0.605 0.002 0.011 0.294 0.007 0.050 0.032 224 H 0.459 0.004 0.012 0.301 0.051 0.105 0.068 225 T 0.221 0.032 0.023 0.356 0.053 0.148 0.167 226 G 0.055 0.005 0.016 0.013 0.183 0.041 0.687 227 L 0.005 0.002 0.058 0.009 0.074 0.835 0.016 228 N 0.012 0.003 0.025 0.002 0.055 0.887 0.017 229 S 0.296 0.006 0.008 0.006 0.055 0.021 0.609 230 Y 0.841 0.002 0.002 0.003 0.070 0.011 0.071 231 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 232 I 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 233 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 234 L 0.932 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.056 235 Q 0.723 0.007 0.001 0.003 0.027 0.005 0.234 236 G 0.253 0.008 0.003 0.004 0.003 0.020 0.711 237 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999