# TARGET T0193 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0193.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.004 0.017 0.028 0.160 0.781 2 K 0.015 0.019 0.027 0.038 0.176 0.725 3 V 0.020 0.019 0.006 0.040 0.192 0.724 4 P 0.007 0.004 0.003 0.087 0.094 0.805 5 E 0.001 0.001 0.005 0.947 0.019 0.029 6 A 0.001 0.001 0.006 0.973 0.014 0.006 7 A 0.001 0.001 0.010 0.975 0.011 0.002 8 I 0.002 0.001 0.021 0.951 0.018 0.008 9 S 0.002 0.001 0.042 0.913 0.028 0.015 10 R 0.001 0.001 0.055 0.847 0.043 0.053 11 L 0.001 0.001 0.021 0.809 0.042 0.125 12 I 0.002 0.002 0.052 0.812 0.041 0.092 13 T 0.002 0.001 0.059 0.890 0.023 0.025 14 Y 0.003 0.002 0.043 0.919 0.019 0.014 15 L 0.003 0.001 0.010 0.962 0.014 0.010 16 R 0.002 0.001 0.005 0.973 0.011 0.010 17 I 0.002 0.001 0.002 0.981 0.006 0.008 18 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.004 19 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.003 20 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.007 0.004 21 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.008 0.004 22 E 0.001 0.001 0.016 0.954 0.019 0.010 23 A 0.001 0.001 0.022 0.934 0.030 0.014 24 Q 0.001 0.001 0.022 0.787 0.077 0.112 25 G 0.004 0.001 0.004 0.027 0.138 0.826 26 V 0.040 0.003 0.006 0.009 0.136 0.806 27 H 0.265 0.015 0.009 0.014 0.190 0.506 28 R 0.385 0.081 0.012 0.020 0.161 0.342 29 T 0.350 0.038 0.006 0.018 0.092 0.496 30 S 0.204 0.020 0.004 0.022 0.062 0.688 31 S 0.018 0.002 0.020 0.840 0.052 0.068 32 E 0.003 0.001 0.015 0.944 0.032 0.006 33 Q 0.002 0.001 0.009 0.955 0.029 0.004 34 L 0.002 0.001 0.007 0.970 0.019 0.002 35 G 0.001 0.001 0.005 0.973 0.017 0.002 36 E 0.002 0.001 0.009 0.961 0.024 0.004 37 L 0.001 0.001 0.008 0.947 0.027 0.016 38 A 0.002 0.001 0.009 0.881 0.032 0.076 39 Q 0.003 0.002 0.001 0.034 0.055 0.905 40 V 0.007 0.015 0.001 0.007 0.044 0.927 41 T 0.007 0.003 0.001 0.008 0.027 0.954 42 A 0.001 0.001 0.020 0.960 0.008 0.011 43 F 0.001 0.001 0.024 0.964 0.009 0.002 44 Q 0.001 0.001 0.028 0.960 0.009 0.002 45 V 0.002 0.001 0.007 0.981 0.005 0.004 46 R 0.005 0.001 0.008 0.971 0.011 0.004 47 K 0.004 0.001 0.007 0.963 0.017 0.008 48 D 0.006 0.001 0.007 0.930 0.033 0.022 49 L 0.003 0.001 0.026 0.928 0.030 0.012 50 S 0.007 0.002 0.069 0.808 0.083 0.032 51 Y 0.013 0.006 0.137 0.648 0.149 0.048 52 F 0.091 0.070 0.084 0.272 0.309 0.174 53 G 0.039 0.015 0.071 0.140 0.566 0.169 54 S 0.016 0.007 0.089 0.075 0.727 0.086 55 Y 0.049 0.014 0.051 0.037 0.744 0.106 56 G 0.044 0.005 0.021 0.011 0.752 0.167 57 T 0.251 0.023 0.013 0.009 0.389 0.314 58 R 0.545 0.057 0.010 0.007 0.143 0.238 59 G 0.403 0.013 0.014 0.006 0.207 0.358 60 V 0.406 0.017 0.013 0.009 0.219 0.337 61 G 0.355 0.023 0.010 0.017 0.189 0.406 62 Y 0.393 0.067 0.008 0.030 0.125 0.377 63 T 0.240 0.056 0.004 0.066 0.086 0.547 64 V 0.002 0.001 0.008 0.964 0.014 0.011 65 P 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.001 66 V 0.001 0.001 0.004 0.988 0.007 0.001 67 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 68 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 69 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.003 70 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 72 R 0.001 0.001 0.007 0.976 0.014 0.002 73 H 0.001 0.001 0.013 0.948 0.030 0.008 74 I 0.001 0.001 0.016 0.904 0.050 0.029 75 L 0.002 0.005 0.015 0.815 0.060 0.103 76 G 0.008 0.004 0.006 0.026 0.226 0.730 77 L 0.045 0.008 0.026 0.021 0.396 0.504 78 N 0.123 0.018 0.045 0.012 0.518 0.283 79 R 0.198 0.023 0.087 0.024 0.487 0.181 80 K 0.356 0.024 0.045 0.013 0.315 0.247 81 W 0.491 0.011 0.018 0.017 0.258 0.204 82 G 0.652 0.004 0.004 0.008 0.114 0.219 83 L 0.939 0.005 0.001 0.003 0.010 0.043 84 C 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 85 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 86 V 0.961 0.002 0.001 0.002 0.009 0.026 87 G 0.652 0.013 0.002 0.006 0.063 0.264 88 M 0.157 0.006 0.026 0.127 0.270 0.415 89 G 0.015 0.003 0.059 0.297 0.319 0.307 90 R 0.002 0.002 0.047 0.862 0.064 0.024 91 L 0.001 0.001 0.015 0.974 0.009 0.002 92 G 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 93 S 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 94 A 0.003 0.001 0.012 0.979 0.005 0.001 95 L 0.014 0.004 0.009 0.966 0.006 0.001 96 A 0.024 0.001 0.014 0.938 0.015 0.008 97 D 0.062 0.002 0.014 0.760 0.077 0.086 98 Y 0.087 0.008 0.050 0.441 0.185 0.228 99 P 0.171 0.020 0.050 0.282 0.267 0.210 100 G 0.231 0.034 0.101 0.118 0.374 0.141 101 F 0.177 0.024 0.082 0.092 0.449 0.176 102 G 0.062 0.009 0.066 0.046 0.747 0.070 103 E 0.018 0.004 0.066 0.032 0.810 0.071 104 S 0.059 0.003 0.022 0.007 0.734 0.175 105 F 0.667 0.005 0.003 0.004 0.173 0.148 106 E 0.942 0.003 0.001 0.001 0.009 0.045 107 L 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 108 R 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 109 G 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 110 F 0.927 0.002 0.002 0.002 0.025 0.042 111 F 0.841 0.007 0.002 0.002 0.064 0.083 112 D 0.634 0.024 0.007 0.005 0.214 0.117 113 V 0.306 0.087 0.018 0.011 0.345 0.234 114 D 0.084 0.027 0.009 0.005 0.779 0.095 115 P 0.013 0.002 0.140 0.010 0.805 0.030 116 E 0.048 0.005 0.123 0.008 0.777 0.039 117 K 0.161 0.039 0.141 0.013 0.621 0.024 118 V 0.365 0.021 0.028 0.014 0.296 0.275 119 G 0.569 0.028 0.018 0.014 0.221 0.151 120 R 0.685 0.039 0.011 0.012 0.156 0.098 121 P 0.590 0.052 0.008 0.020 0.226 0.104 122 V 0.204 0.013 0.018 0.016 0.700 0.049 123 R 0.047 0.001 0.011 0.008 0.890 0.043 124 G 0.066 0.006 0.009 0.004 0.852 0.063 125 G 0.474 0.041 0.003 0.003 0.286 0.192 126 V 0.764 0.013 0.002 0.003 0.049 0.170 127 I 0.887 0.015 0.002 0.002 0.021 0.073 128 E 0.762 0.045 0.002 0.006 0.039 0.146 129 H 0.334 0.016 0.009 0.032 0.102 0.507 130 V 0.019 0.001 0.260 0.455 0.137 0.128 131 D 0.004 0.001 0.370 0.538 0.064 0.024 132 L 0.002 0.001 0.365 0.584 0.043 0.006 133 L 0.004 0.001 0.090 0.858 0.036 0.012 134 P 0.008 0.001 0.089 0.854 0.038 0.010 135 Q 0.007 0.002 0.080 0.809 0.082 0.022 136 R 0.008 0.002 0.084 0.658 0.171 0.077 137 V 0.021 0.021 0.045 0.500 0.268 0.147 138 P 0.035 0.015 0.073 0.237 0.543 0.096 139 G 0.014 0.003 0.050 0.103 0.647 0.183 140 R 0.016 0.001 0.022 0.008 0.601 0.351 141 I 0.170 0.002 0.008 0.006 0.434 0.380 142 E 0.680 0.005 0.002 0.002 0.081 0.229 143 I 0.983 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 144 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 145 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 146 L 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 147 T 0.863 0.004 0.001 0.001 0.023 0.109 148 V 0.357 0.020 0.001 0.003 0.117 0.503 149 P 0.055 0.009 0.001 0.008 0.188 0.739 150 R 0.004 0.001 0.031 0.651 0.209 0.104 151 E 0.002 0.001 0.034 0.782 0.161 0.021 152 A 0.002 0.002 0.029 0.846 0.106 0.015 153 A 0.002 0.002 0.008 0.920 0.039 0.029 154 Q 0.002 0.001 0.003 0.970 0.014 0.011 155 K 0.001 0.001 0.002 0.975 0.009 0.012 156 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 157 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 159 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 161 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 162 A 0.001 0.001 0.006 0.974 0.014 0.006 163 A 0.001 0.001 0.009 0.864 0.047 0.079 164 G 0.003 0.001 0.001 0.008 0.110 0.876 165 I 0.068 0.002 0.001 0.002 0.124 0.804 166 K 0.584 0.005 0.002 0.001 0.091 0.317 167 G 0.965 0.002 0.001 0.001 0.007 0.025 168 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 169 L 0.976 0.002 0.001 0.001 0.004 0.018 170 N 0.902 0.003 0.001 0.001 0.018 0.076 171 F 0.650 0.003 0.001 0.001 0.061 0.285 172 A 0.620 0.004 0.001 0.001 0.070 0.305 173 P 0.750 0.006 0.001 0.001 0.039 0.203 174 V 0.911 0.002 0.002 0.001 0.027 0.058 175 V 0.932 0.006 0.002 0.001 0.021 0.039 176 L 0.863 0.002 0.002 0.001 0.040 0.092 177 E 0.776 0.007 0.001 0.001 0.094 0.120 178 V 0.643 0.031 0.001 0.001 0.107 0.217 179 P 0.297 0.011 0.004 0.002 0.483 0.203 180 K 0.094 0.009 0.012 0.004 0.731 0.151 181 E 0.127 0.003 0.011 0.003 0.629 0.227 182 V 0.642 0.006 0.006 0.006 0.226 0.114 183 A 0.855 0.006 0.001 0.006 0.029 0.103 184 V 0.924 0.009 0.001 0.004 0.026 0.035 185 E 0.815 0.002 0.003 0.007 0.104 0.069 186 N 0.699 0.008 0.003 0.009 0.154 0.126 187 V 0.654 0.032 0.001 0.008 0.135 0.169 188 D 0.330 0.029 0.003 0.029 0.170 0.439 189 F 0.056 0.010 0.042 0.431 0.194 0.267 190 L 0.020 0.006 0.058 0.603 0.136 0.178 191 A 0.002 0.001 0.033 0.936 0.019 0.010 192 G 0.002 0.001 0.015 0.966 0.011 0.006 193 L 0.002 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 194 T 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 195 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 196 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 197 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 198 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 199 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 200 I 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.006 201 L 0.001 0.002 0.005 0.739 0.059 0.195 202 N 0.001 0.001 0.007 0.273 0.131 0.587 203 P 0.001 0.001 0.030 0.760 0.100 0.108 204 K 0.004 0.002 0.047 0.804 0.103 0.041 205 W 0.006 0.003 0.049 0.854 0.065 0.024 206 R 0.012 0.003 0.056 0.845 0.058 0.026 207 E 0.018 0.002 0.080 0.796 0.074 0.031 208 E 0.013 0.003 0.084 0.767 0.075 0.057 209 M 0.013 0.011 0.055 0.703 0.071 0.147 210 M 0.011 0.010 0.035 0.556 0.073 0.315 211 G 0.001 0.001 0.003 0.030 0.047 0.919