# TARGET T0193 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0193.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.005 0.043 0.043 0.073 0.079 0.738 2 K 0.035 0.033 0.050 0.086 0.088 0.179 0.528 3 V 0.036 0.069 0.007 0.071 0.344 0.039 0.433 4 P 0.026 0.008 0.002 0.060 0.062 0.021 0.821 5 E 0.001 0.001 0.041 0.920 0.007 0.026 0.006 6 A 0.001 0.001 0.065 0.909 0.004 0.018 0.003 7 A 0.001 0.001 0.142 0.829 0.002 0.023 0.003 8 I 0.001 0.001 0.038 0.935 0.004 0.016 0.005 9 S 0.003 0.001 0.035 0.867 0.007 0.074 0.012 10 R 0.001 0.001 0.017 0.880 0.013 0.072 0.016 11 L 0.002 0.002 0.005 0.850 0.035 0.018 0.088 12 I 0.001 0.001 0.006 0.969 0.005 0.015 0.005 13 T 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.015 0.002 14 Y 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 17 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.001 19 E 0.001 0.001 0.002 0.979 0.002 0.014 0.002 20 E 0.001 0.001 0.002 0.969 0.003 0.020 0.005 21 L 0.002 0.001 0.004 0.955 0.008 0.018 0.012 22 E 0.004 0.003 0.013 0.901 0.011 0.049 0.019 23 A 0.006 0.002 0.037 0.709 0.032 0.173 0.041 24 Q 0.001 0.001 0.014 0.175 0.038 0.762 0.010 25 G 0.002 0.001 0.006 0.017 0.061 0.857 0.058 26 V 0.075 0.008 0.003 0.009 0.128 0.026 0.751 27 H 0.376 0.018 0.005 0.004 0.132 0.015 0.449 28 R 0.678 0.039 0.007 0.005 0.037 0.009 0.226 29 T 0.645 0.043 0.003 0.003 0.043 0.006 0.257 30 S 0.381 0.016 0.001 0.005 0.100 0.005 0.493 31 S 0.015 0.003 0.052 0.764 0.047 0.030 0.090 32 E 0.001 0.001 0.043 0.932 0.007 0.014 0.004 33 Q 0.001 0.001 0.028 0.951 0.004 0.014 0.003 34 L 0.001 0.001 0.011 0.973 0.004 0.006 0.006 35 G 0.001 0.001 0.016 0.960 0.004 0.015 0.004 36 E 0.001 0.001 0.020 0.933 0.003 0.041 0.002 37 L 0.001 0.001 0.029 0.858 0.007 0.103 0.003 38 A 0.003 0.001 0.019 0.450 0.070 0.433 0.024 39 Q 0.004 0.008 0.013 0.038 0.074 0.653 0.210 40 V 0.017 0.058 0.003 0.013 0.304 0.015 0.590 41 T 0.021 0.008 0.002 0.006 0.037 0.005 0.922 42 A 0.001 0.001 0.180 0.754 0.009 0.050 0.006 43 F 0.001 0.001 0.080 0.894 0.005 0.019 0.002 44 Q 0.001 0.001 0.084 0.899 0.002 0.011 0.003 45 V 0.001 0.001 0.015 0.969 0.001 0.010 0.002 46 R 0.003 0.001 0.009 0.961 0.003 0.018 0.005 47 K 0.002 0.001 0.015 0.955 0.003 0.020 0.003 48 D 0.002 0.001 0.019 0.926 0.007 0.036 0.010 49 L 0.002 0.001 0.041 0.892 0.005 0.049 0.009 50 S 0.002 0.001 0.088 0.775 0.010 0.115 0.010 51 Y 0.002 0.001 0.097 0.675 0.024 0.185 0.017 52 F 0.005 0.005 0.130 0.669 0.033 0.129 0.029 53 G 0.008 0.011 0.204 0.488 0.051 0.179 0.058 54 S 0.011 0.006 0.148 0.322 0.055 0.400 0.058 55 Y 0.016 0.008 0.100 0.181 0.097 0.546 0.052 56 G 0.041 0.023 0.032 0.057 0.231 0.401 0.216 57 T 0.044 0.012 0.012 0.009 0.339 0.096 0.489 58 R 0.126 0.026 0.033 0.018 0.299 0.221 0.279 59 G 0.244 0.029 0.032 0.012 0.129 0.196 0.358 60 V 0.376 0.030 0.028 0.016 0.102 0.107 0.342 61 G 0.408 0.013 0.010 0.020 0.179 0.079 0.291 62 Y 0.387 0.056 0.006 0.024 0.142 0.017 0.368 63 T 0.265 0.089 0.002 0.034 0.053 0.007 0.549 64 V 0.007 0.001 0.021 0.925 0.008 0.012 0.025 65 P 0.001 0.001 0.016 0.963 0.004 0.012 0.003 66 V 0.001 0.001 0.021 0.961 0.001 0.015 0.001 67 L 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.009 0.001 68 K 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.006 0.001 69 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.008 0.001 70 E 0.001 0.001 0.003 0.979 0.001 0.015 0.001 71 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.011 0.003 72 R 0.001 0.001 0.017 0.964 0.002 0.015 0.002 73 H 0.001 0.001 0.014 0.950 0.003 0.030 0.002 74 I 0.001 0.001 0.033 0.874 0.004 0.085 0.003 75 L 0.002 0.004 0.021 0.481 0.037 0.438 0.017 76 G 0.005 0.002 0.021 0.077 0.075 0.649 0.171 77 L 0.023 0.014 0.036 0.052 0.259 0.167 0.449 78 N 0.053 0.006 0.023 0.011 0.208 0.094 0.605 79 R 0.095 0.014 0.088 0.036 0.318 0.180 0.268 80 K 0.415 0.037 0.046 0.020 0.104 0.116 0.262 81 W 0.602 0.004 0.003 0.003 0.059 0.006 0.323 82 G 0.781 0.001 0.001 0.002 0.081 0.002 0.131 83 L 0.980 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 84 C 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 85 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 86 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 87 G 0.814 0.003 0.002 0.002 0.017 0.010 0.153 88 M 0.266 0.009 0.018 0.013 0.207 0.075 0.412 89 G 0.033 0.011 0.031 0.035 0.521 0.068 0.302 90 R 0.016 0.008 0.108 0.372 0.233 0.137 0.126 91 L 0.007 0.003 0.053 0.829 0.025 0.058 0.026 92 G 0.008 0.001 0.025 0.921 0.012 0.022 0.012 93 S 0.016 0.001 0.037 0.909 0.011 0.013 0.013 94 A 0.021 0.001 0.049 0.895 0.006 0.016 0.012 95 L 0.028 0.004 0.089 0.827 0.007 0.033 0.014 96 A 0.064 0.003 0.093 0.652 0.019 0.144 0.024 97 D 0.069 0.008 0.068 0.463 0.037 0.299 0.056 98 Y 0.086 0.014 0.054 0.183 0.173 0.119 0.373 99 P 0.085 0.013 0.077 0.118 0.136 0.254 0.317 100 G 0.085 0.010 0.105 0.129 0.170 0.338 0.162 101 F 0.093 0.017 0.109 0.075 0.193 0.247 0.265 102 G 0.082 0.011 0.090 0.058 0.210 0.245 0.304 103 E 0.047 0.006 0.047 0.035 0.285 0.469 0.111 104 S 0.129 0.003 0.014 0.005 0.171 0.447 0.231 105 F 0.693 0.005 0.001 0.001 0.029 0.004 0.268 106 E 0.954 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.034 107 L 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 108 R 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 109 G 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 110 F 0.948 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 111 F 0.922 0.005 0.001 0.001 0.017 0.003 0.051 112 D 0.722 0.004 0.003 0.003 0.033 0.010 0.225 113 V 0.300 0.018 0.005 0.005 0.169 0.034 0.471 114 D 0.159 0.019 0.003 0.003 0.115 0.016 0.685 115 P 0.025 0.003 0.379 0.060 0.092 0.396 0.045 116 E 0.023 0.003 0.391 0.050 0.135 0.336 0.062 117 K 0.042 0.011 0.517 0.073 0.083 0.199 0.074 118 V 0.221 0.017 0.099 0.073 0.120 0.193 0.277 119 G 0.243 0.006 0.033 0.017 0.163 0.207 0.331 120 R 0.709 0.021 0.007 0.010 0.057 0.011 0.185 121 P 0.772 0.018 0.004 0.007 0.017 0.007 0.175 122 V 0.729 0.013 0.014 0.007 0.022 0.027 0.189 123 R 0.083 0.003 0.028 0.006 0.097 0.750 0.033 124 G 0.069 0.002 0.013 0.001 0.185 0.627 0.104 125 G 0.579 0.007 0.001 0.001 0.029 0.001 0.384 126 V 0.838 0.029 0.001 0.001 0.004 0.001 0.128 127 I 0.823 0.018 0.001 0.001 0.008 0.002 0.147 128 E 0.719 0.017 0.003 0.002 0.083 0.020 0.155 129 H 0.306 0.027 0.007 0.012 0.246 0.019 0.383 130 V 0.044 0.005 0.199 0.415 0.090 0.094 0.153 131 D 0.022 0.002 0.247 0.469 0.060 0.157 0.044 132 L 0.018 0.007 0.290 0.518 0.031 0.100 0.036 133 L 0.016 0.013 0.138 0.687 0.026 0.058 0.062 134 P 0.014 0.004 0.121 0.712 0.019 0.086 0.044 135 Q 0.023 0.002 0.097 0.702 0.021 0.105 0.049 136 R 0.017 0.005 0.076 0.732 0.036 0.087 0.048 137 V 0.030 0.022 0.060 0.613 0.057 0.090 0.129 138 P 0.023 0.010 0.119 0.338 0.088 0.224 0.197 139 G 0.011 0.004 0.055 0.146 0.247 0.457 0.080 140 R 0.023 0.004 0.023 0.024 0.117 0.626 0.183 141 I 0.101 0.003 0.001 0.002 0.185 0.009 0.699 142 E 0.557 0.002 0.001 0.001 0.221 0.003 0.215 143 I 0.981 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 144 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 145 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 146 L 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 147 T 0.716 0.002 0.001 0.001 0.034 0.002 0.245 148 V 0.328 0.047 0.003 0.001 0.161 0.007 0.453 149 P 0.054 0.010 0.002 0.003 0.127 0.008 0.796 150 R 0.003 0.002 0.142 0.598 0.093 0.087 0.076 151 E 0.001 0.001 0.059 0.837 0.042 0.050 0.010 152 A 0.001 0.001 0.058 0.895 0.007 0.032 0.007 153 A 0.001 0.001 0.011 0.958 0.006 0.015 0.009 154 Q 0.001 0.001 0.005 0.962 0.006 0.023 0.004 155 K 0.001 0.001 0.003 0.969 0.006 0.016 0.005 156 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.004 157 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.005 158 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 159 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 161 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 162 A 0.001 0.001 0.005 0.946 0.002 0.045 0.002 163 A 0.001 0.001 0.007 0.469 0.009 0.510 0.004 164 G 0.001 0.002 0.003 0.025 0.015 0.909 0.045 165 I 0.013 0.001 0.001 0.002 0.038 0.005 0.940 166 K 0.179 0.001 0.002 0.003 0.648 0.005 0.162 167 G 0.926 0.028 0.002 0.003 0.005 0.002 0.034 168 I 0.975 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.016 169 L 0.974 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.015 170 N 0.703 0.002 0.004 0.006 0.039 0.018 0.228 171 F 0.218 0.005 0.004 0.008 0.325 0.028 0.412 172 A 0.103 0.006 0.006 0.007 0.303 0.026 0.548 173 P 0.200 0.041 0.017 0.007 0.192 0.058 0.485 174 V 0.521 0.023 0.013 0.012 0.107 0.041 0.283 175 V 0.706 0.049 0.008 0.006 0.028 0.016 0.187 176 L 0.537 0.011 0.006 0.003 0.034 0.029 0.380 177 E 0.468 0.037 0.009 0.002 0.172 0.067 0.244 178 V 0.161 0.133 0.005 0.003 0.164 0.012 0.522 179 P 0.041 0.005 0.011 0.001 0.120 0.068 0.754 180 K 0.011 0.005 0.014 0.001 0.163 0.757 0.049 181 E 0.072 0.017 0.017 0.001 0.177 0.541 0.175 182 V 0.261 0.005 0.001 0.001 0.055 0.003 0.674 183 A 0.904 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.064 184 V 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 185 E 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.018 186 N 0.919 0.004 0.001 0.001 0.012 0.002 0.060 187 V 0.643 0.005 0.008 0.009 0.086 0.019 0.230 188 D 0.289 0.018 0.017 0.038 0.113 0.039 0.486 189 F 0.039 0.004 0.069 0.203 0.134 0.121 0.430 190 L 0.011 0.007 0.057 0.336 0.126 0.168 0.295 191 A 0.011 0.003 0.040 0.509 0.171 0.199 0.067 192 G 0.011 0.003 0.021 0.745 0.048 0.106 0.066 193 L 0.009 0.004 0.006 0.887 0.031 0.031 0.032 194 T 0.007 0.001 0.003 0.964 0.006 0.008 0.011 195 R 0.007 0.001 0.002 0.980 0.003 0.005 0.003 196 L 0.005 0.001 0.002 0.989 0.001 0.002 0.001 197 S 0.004 0.001 0.002 0.988 0.001 0.003 0.001 198 F 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.011 0.001 199 A 0.002 0.001 0.007 0.939 0.002 0.048 0.002 200 I 0.004 0.001 0.011 0.782 0.019 0.173 0.010 201 L 0.008 0.004 0.012 0.537 0.124 0.240 0.075 202 N 0.006 0.004 0.008 0.184 0.227 0.057 0.514 203 P 0.001 0.002 0.087 0.757 0.032 0.090 0.031 204 K 0.003 0.003 0.109 0.762 0.022 0.080 0.021 205 W 0.004 0.002 0.118 0.789 0.016 0.035 0.036 206 R 0.009 0.003 0.062 0.831 0.016 0.035 0.044 207 E 0.023 0.002 0.077 0.754 0.025 0.082 0.038 208 E 0.017 0.003 0.078 0.712 0.039 0.110 0.041 209 M 0.023 0.011 0.035 0.558 0.120 0.151 0.102 210 M 0.026 0.013 0.017 0.266 0.017 0.330 0.331 211 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.986