# TARGET T0192 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0192.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 291 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.196 0.153 0.060 0.020 0.275 0.014 0.013 0.037 0.055 0.099 0.078 2 A 0.084 0.249 0.085 0.032 0.296 0.028 0.039 0.053 0.043 0.068 0.024 3 K 0.350 0.063 0.014 0.006 0.394 0.003 0.007 0.014 0.013 0.052 0.083 4 F 0.173 0.193 0.016 0.006 0.570 0.004 0.002 0.005 0.003 0.009 0.021 5 V 0.129 0.157 0.018 0.001 0.668 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.015 6 I 0.426 0.082 0.009 0.002 0.395 0.002 0.002 0.005 0.003 0.008 0.065 7 R 0.028 0.411 0.216 0.031 0.250 0.023 0.014 0.010 0.005 0.005 0.007 8 P 0.256 0.244 0.087 0.001 0.314 0.001 0.002 0.004 0.005 0.017 0.068 9 A 0.087 0.383 0.157 0.013 0.264 0.011 0.021 0.007 0.007 0.022 0.028 10 T 0.002 0.692 0.273 0.007 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.434 0.542 0.005 0.001 12 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.641 0.309 0.026 0.002 13 D 0.043 0.037 0.008 0.001 0.066 0.001 0.009 0.228 0.105 0.470 0.034 14 C 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.715 0.257 0.011 0.001 15 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.906 0.079 0.001 0.001 16 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.890 0.070 0.033 0.001 17 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.063 0.006 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.047 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.040 0.002 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.931 0.050 0.006 0.001 21 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.891 0.091 0.008 0.001 22 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.847 0.107 0.016 0.001 23 E 0.003 0.010 0.006 0.002 0.010 0.005 0.068 0.784 0.073 0.033 0.004 24 L 0.011 0.018 0.007 0.004 0.016 0.010 0.055 0.622 0.165 0.080 0.011 25 A 0.032 0.060 0.017 0.004 0.061 0.006 0.032 0.526 0.178 0.063 0.022 26 K 0.013 0.031 0.011 0.008 0.025 0.017 0.060 0.579 0.185 0.062 0.009 27 Y 0.031 0.076 0.034 0.013 0.075 0.020 0.082 0.389 0.158 0.105 0.018 28 E 0.070 0.119 0.041 0.013 0.123 0.015 0.051 0.286 0.141 0.103 0.039 29 Y 0.068 0.101 0.049 0.022 0.110 0.024 0.050 0.228 0.136 0.166 0.046 30 M 0.080 0.172 0.064 0.022 0.169 0.017 0.037 0.202 0.101 0.097 0.039 31 E 0.054 0.125 0.067 0.027 0.107 0.026 0.051 0.248 0.145 0.117 0.033 32 E 0.053 0.141 0.079 0.024 0.110 0.020 0.046 0.254 0.133 0.103 0.035 33 Q 0.069 0.141 0.068 0.018 0.126 0.014 0.027 0.253 0.124 0.118 0.043 34 V 0.064 0.164 0.065 0.014 0.125 0.015 0.027 0.281 0.129 0.089 0.028 35 I 0.050 0.167 0.067 0.011 0.120 0.011 0.021 0.376 0.110 0.047 0.020 36 L 0.039 0.066 0.024 0.009 0.057 0.013 0.027 0.530 0.134 0.075 0.028 37 T 0.036 0.127 0.046 0.007 0.078 0.005 0.012 0.535 0.098 0.042 0.014 38 E 0.010 0.021 0.009 0.003 0.017 0.004 0.007 0.767 0.128 0.028 0.006 39 K 0.008 0.014 0.005 0.003 0.014 0.005 0.009 0.830 0.093 0.014 0.005 40 D 0.005 0.013 0.006 0.003 0.010 0.004 0.011 0.834 0.083 0.025 0.005 41 L 0.006 0.011 0.005 0.002 0.010 0.003 0.008 0.820 0.098 0.032 0.004 42 L 0.005 0.014 0.004 0.002 0.010 0.003 0.008 0.813 0.119 0.018 0.003 43 E 0.005 0.014 0.005 0.004 0.011 0.007 0.025 0.765 0.126 0.034 0.005 44 D 0.014 0.020 0.010 0.005 0.022 0.008 0.034 0.673 0.142 0.059 0.013 45 G 0.019 0.024 0.009 0.006 0.030 0.010 0.040 0.552 0.195 0.097 0.016 46 F 0.025 0.065 0.019 0.015 0.051 0.021 0.062 0.394 0.190 0.135 0.023 47 G 0.038 0.074 0.035 0.022 0.076 0.021 0.080 0.334 0.138 0.154 0.029 48 E 0.047 0.078 0.037 0.024 0.076 0.040 0.123 0.276 0.133 0.134 0.031 49 H 0.089 0.149 0.124 0.054 0.169 0.031 0.035 0.109 0.072 0.117 0.051 50 P 0.059 0.123 0.061 0.043 0.110 0.039 0.090 0.222 0.139 0.082 0.030 51 F 0.089 0.085 0.051 0.022 0.126 0.020 0.041 0.122 0.126 0.251 0.067 52 Y 0.119 0.199 0.048 0.020 0.249 0.022 0.040 0.107 0.080 0.077 0.039 53 H 0.272 0.070 0.015 0.011 0.307 0.012 0.025 0.076 0.045 0.085 0.081 54 C 0.204 0.163 0.024 0.012 0.478 0.008 0.010 0.036 0.015 0.023 0.029 55 L 0.303 0.085 0.012 0.003 0.525 0.004 0.004 0.020 0.006 0.007 0.033 56 V 0.311 0.105 0.026 0.011 0.388 0.010 0.009 0.024 0.011 0.023 0.081 57 A 0.154 0.228 0.086 0.029 0.315 0.012 0.015 0.053 0.026 0.034 0.049 58 E 0.100 0.209 0.093 0.033 0.208 0.030 0.047 0.125 0.063 0.055 0.038 59 V 0.157 0.147 0.083 0.033 0.245 0.021 0.033 0.094 0.053 0.071 0.064 60 P 0.080 0.222 0.092 0.036 0.177 0.024 0.041 0.141 0.085 0.070 0.030 61 K 0.091 0.157 0.077 0.030 0.174 0.025 0.039 0.185 0.116 0.072 0.035 62 E 0.151 0.140 0.045 0.012 0.248 0.015 0.026 0.160 0.089 0.066 0.047 63 H 0.165 0.139 0.043 0.010 0.277 0.012 0.021 0.130 0.064 0.077 0.062 64 W 0.179 0.179 0.067 0.009 0.268 0.009 0.013 0.102 0.043 0.066 0.066 65 T 0.086 0.280 0.052 0.012 0.327 0.014 0.021 0.109 0.042 0.037 0.020 66 P 0.092 0.147 0.124 0.044 0.100 0.037 0.058 0.269 0.070 0.033 0.026 67 E 0.013 0.027 0.087 0.113 0.021 0.173 0.141 0.258 0.089 0.068 0.010 68 G 0.016 0.261 0.107 0.319 0.051 0.046 0.049 0.060 0.038 0.038 0.015 69 H 0.023 0.028 0.025 0.022 0.023 0.007 0.010 0.024 0.040 0.629 0.168 70 S 0.006 0.661 0.192 0.002 0.127 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 71 I 0.648 0.019 0.001 0.001 0.282 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 72 V 0.039 0.059 0.015 0.121 0.105 0.411 0.212 0.013 0.003 0.009 0.014 73 G 0.174 0.197 0.032 0.008 0.554 0.003 0.002 0.004 0.002 0.006 0.017 74 F 0.454 0.035 0.004 0.002 0.442 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.051 75 A 0.263 0.123 0.014 0.008 0.524 0.011 0.005 0.004 0.002 0.004 0.042 76 M 0.309 0.078 0.011 0.001 0.517 0.001 0.003 0.005 0.003 0.008 0.064 77 Y 0.290 0.115 0.028 0.020 0.354 0.017 0.017 0.016 0.015 0.035 0.095 78 Y 0.139 0.225 0.088 0.031 0.364 0.018 0.015 0.023 0.022 0.031 0.044 79 F 0.170 0.136 0.051 0.026 0.234 0.028 0.047 0.085 0.078 0.079 0.065 80 T 0.135 0.193 0.099 0.031 0.274 0.015 0.037 0.062 0.047 0.066 0.043 81 Y 0.058 0.176 0.098 0.056 0.116 0.038 0.049 0.107 0.131 0.128 0.043 82 D 0.095 0.202 0.101 0.028 0.221 0.020 0.039 0.090 0.086 0.074 0.043 83 P 0.062 0.129 0.062 0.016 0.131 0.018 0.044 0.206 0.211 0.093 0.028 84 W 0.054 0.054 0.037 0.022 0.069 0.044 0.121 0.268 0.169 0.125 0.036 85 I 0.089 0.095 0.070 0.058 0.120 0.059 0.086 0.130 0.093 0.149 0.052 86 G 0.075 0.158 0.081 0.080 0.130 0.057 0.052 0.110 0.096 0.114 0.047 87 K 0.051 0.053 0.047 0.059 0.075 0.086 0.122 0.163 0.111 0.197 0.036 88 L 0.208 0.141 0.045 0.024 0.276 0.009 0.017 0.032 0.039 0.118 0.091 89 L 0.224 0.180 0.053 0.034 0.396 0.008 0.007 0.009 0.008 0.025 0.056 90 Y 0.092 0.374 0.064 0.003 0.434 0.003 0.006 0.006 0.002 0.006 0.010 91 L 0.636 0.012 0.001 0.001 0.245 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.098 92 E 0.013 0.040 0.014 0.112 0.047 0.540 0.189 0.025 0.008 0.007 0.003 93 D 0.349 0.063 0.005 0.001 0.477 0.001 0.002 0.008 0.007 0.019 0.068 94 F 0.308 0.068 0.006 0.009 0.463 0.023 0.006 0.009 0.010 0.018 0.079 95 F 0.315 0.068 0.011 0.001 0.501 0.001 0.002 0.003 0.002 0.017 0.080 96 V 0.105 0.378 0.165 0.011 0.228 0.003 0.002 0.003 0.003 0.037 0.065 97 M 0.015 0.556 0.275 0.021 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 98 S 0.004 0.003 0.001 0.002 0.011 0.002 0.013 0.413 0.538 0.010 0.002 99 D 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.008 0.136 0.650 0.161 0.031 0.001 100 Y 0.015 0.009 0.003 0.004 0.013 0.016 0.133 0.424 0.104 0.253 0.025 101 R 0.014 0.074 0.036 0.027 0.024 0.049 0.106 0.469 0.129 0.061 0.013 102 G 0.030 0.034 0.033 0.038 0.036 0.030 0.071 0.204 0.106 0.371 0.048 103 F 0.007 0.357 0.303 0.099 0.031 0.038 0.057 0.066 0.010 0.025 0.007 104 G 0.020 0.076 0.082 0.121 0.027 0.072 0.059 0.239 0.042 0.188 0.073 105 I 0.020 0.069 0.030 0.003 0.023 0.001 0.009 0.658 0.139 0.030 0.017 106 G 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.882 0.084 0.014 0.002 107 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.930 0.059 0.001 0.001 108 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.045 0.002 0.001 109 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.045 0.006 0.001 110 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.056 0.004 0.001 111 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.947 0.037 0.002 0.001 112 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.965 0.025 0.004 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.071 0.009 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.937 0.055 0.002 0.001 115 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.038 0.004 0.001 116 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.902 0.075 0.008 0.001 117 A 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.873 0.089 0.015 0.006 118 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.712 0.231 0.016 0.001 119 R 0.006 0.061 0.015 0.009 0.017 0.010 0.096 0.595 0.136 0.052 0.005 120 C 0.002 0.611 0.315 0.006 0.034 0.003 0.004 0.005 0.006 0.012 0.001 121 R 0.082 0.009 0.006 0.006 0.015 0.002 0.005 0.007 0.014 0.444 0.410 122 C 0.228 0.221 0.020 0.002 0.407 0.002 0.002 0.005 0.010 0.028 0.076 123 S 0.033 0.093 0.026 0.115 0.151 0.214 0.228 0.064 0.032 0.033 0.013 124 S 0.435 0.039 0.005 0.001 0.466 0.001 0.002 0.004 0.003 0.012 0.033 125 M 0.237 0.071 0.003 0.004 0.656 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.019 126 H 0.271 0.042 0.005 0.001 0.638 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 127 F 0.281 0.098 0.008 0.004 0.547 0.004 0.004 0.004 0.002 0.005 0.045 128 L 0.386 0.055 0.007 0.003 0.443 0.003 0.004 0.006 0.003 0.010 0.081 129 V 0.213 0.210 0.051 0.015 0.387 0.009 0.007 0.025 0.010 0.018 0.055 130 A 0.125 0.235 0.071 0.022 0.307 0.016 0.025 0.075 0.038 0.035 0.051 131 E 0.060 0.089 0.058 0.045 0.082 0.054 0.081 0.291 0.159 0.048 0.033 132 W 0.025 0.045 0.040 0.052 0.034 0.061 0.136 0.315 0.128 0.137 0.027 133 N 0.103 0.127 0.059 0.022 0.116 0.014 0.015 0.202 0.113 0.154 0.077 134 E 0.010 0.049 0.026 0.013 0.023 0.019 0.015 0.566 0.229 0.037 0.011 135 P 0.005 0.018 0.007 0.001 0.009 0.001 0.006 0.837 0.093 0.019 0.004 136 S 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.815 0.141 0.031 0.001 137 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.899 0.085 0.003 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.946 0.044 0.001 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.040 0.002 0.001 140 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.055 0.005 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.834 0.146 0.003 0.001 142 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.096 0.855 0.036 0.003 0.001 143 R 0.002 0.499 0.431 0.008 0.040 0.002 0.002 0.005 0.003 0.007 0.001 144 G 0.134 0.025 0.020 0.044 0.032 0.012 0.011 0.028 0.015 0.316 0.362 145 A 0.190 0.260 0.044 0.004 0.342 0.003 0.004 0.031 0.021 0.040 0.061 146 S 0.028 0.536 0.112 0.022 0.221 0.015 0.014 0.031 0.009 0.005 0.007 147 D 0.593 0.034 0.006 0.001 0.280 0.002 0.004 0.021 0.007 0.006 0.047 148 L 0.038 0.142 0.047 0.171 0.113 0.210 0.110 0.090 0.036 0.026 0.016 149 S 0.131 0.179 0.135 0.038 0.206 0.010 0.012 0.062 0.033 0.089 0.104 150 S 0.159 0.143 0.061 0.015 0.162 0.021 0.037 0.109 0.095 0.130 0.070 151 E 0.093 0.363 0.142 0.032 0.227 0.009 0.011 0.041 0.032 0.026 0.027 152 E 0.037 0.058 0.034 0.053 0.052 0.088 0.176 0.266 0.170 0.046 0.020 153 G 0.070 0.080 0.067 0.038 0.100 0.019 0.040 0.135 0.130 0.260 0.063 154 W 0.139 0.171 0.053 0.022 0.229 0.018 0.025 0.091 0.078 0.090 0.084 155 R 0.115 0.166 0.098 0.034 0.238 0.025 0.041 0.099 0.070 0.066 0.050 156 L 0.081 0.184 0.071 0.041 0.164 0.043 0.062 0.127 0.093 0.097 0.038 157 F 0.064 0.127 0.070 0.044 0.132 0.036 0.062 0.111 0.099 0.195 0.061 158 K 0.064 0.177 0.121 0.051 0.101 0.024 0.028 0.080 0.080 0.196 0.077 159 I 0.032 0.325 0.153 0.024 0.125 0.020 0.034 0.133 0.059 0.071 0.024 160 D 0.068 0.328 0.187 0.010 0.091 0.003 0.005 0.140 0.053 0.079 0.037 161 K 0.004 0.008 0.004 0.002 0.008 0.002 0.003 0.765 0.182 0.019 0.003 162 E 0.001 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.918 0.056 0.003 0.001 163 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.914 0.058 0.015 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.075 0.009 0.001 165 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.897 0.084 0.003 0.001 166 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.021 0.891 0.065 0.014 0.001 167 M 0.005 0.006 0.005 0.003 0.007 0.004 0.034 0.772 0.102 0.057 0.005 168 A 0.011 0.040 0.009 0.006 0.022 0.008 0.034 0.595 0.161 0.105 0.011 169 T 0.011 0.089 0.035 0.012 0.039 0.023 0.069 0.515 0.131 0.066 0.009 170 E 0.032 0.046 0.048 0.016 0.050 0.016 0.063 0.392 0.136 0.157 0.044 171 E 0.059 0.094 0.047 0.016 0.097 0.027 0.081 0.333 0.115 0.090 0.041