# TARGET T0191 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0191.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 188 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 I 0.083 0.123 0.083 0.079 0.125 0.077 0.108 0.093 0.074 0.099 0.055 2 G 0.055 0.117 0.158 0.225 0.108 0.086 0.035 0.056 0.043 0.074 0.043 3 Y 0.146 0.105 0.036 0.029 0.170 0.044 0.064 0.105 0.070 0.155 0.077 4 N 0.105 0.130 0.077 0.038 0.175 0.017 0.023 0.132 0.087 0.145 0.072 5 T 0.022 0.083 0.038 0.018 0.051 0.015 0.028 0.428 0.186 0.106 0.026 6 D 0.032 0.035 0.024 0.019 0.036 0.013 0.025 0.620 0.124 0.050 0.020 7 G 0.007 0.012 0.008 0.005 0.009 0.004 0.009 0.723 0.175 0.042 0.007 8 I 0.004 0.012 0.006 0.003 0.009 0.002 0.012 0.841 0.103 0.007 0.002 9 G 0.001 0.008 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.921 0.055 0.004 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.044 0.003 0.001 11 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.060 0.002 0.001 12 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.038 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.946 0.047 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.854 0.127 0.012 0.001 15 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.773 0.186 0.006 0.001 16 E 0.002 0.009 0.002 0.002 0.006 0.005 0.171 0.659 0.116 0.026 0.001 17 E 0.020 0.267 0.152 0.018 0.088 0.045 0.135 0.106 0.069 0.086 0.013 18 I 0.217 0.038 0.012 0.010 0.069 0.006 0.011 0.046 0.060 0.278 0.252 19 G 0.035 0.191 0.056 0.038 0.102 0.054 0.052 0.130 0.211 0.103 0.028 20 R 0.156 0.117 0.030 0.014 0.172 0.012 0.020 0.081 0.144 0.161 0.094 21 V 0.106 0.056 0.035 0.014 0.114 0.011 0.007 0.060 0.200 0.290 0.107 22 K 0.004 0.019 0.019 0.079 0.011 0.126 0.400 0.200 0.129 0.013 0.002 23 D 0.032 0.017 0.018 0.023 0.020 0.007 0.008 0.028 0.096 0.646 0.106 24 K 0.068 0.410 0.034 0.007 0.394 0.011 0.015 0.015 0.014 0.019 0.013 25 N 0.395 0.010 0.001 0.002 0.503 0.001 0.003 0.004 0.003 0.010 0.068 26 I 0.115 0.085 0.002 0.002 0.782 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 27 V 0.149 0.023 0.001 0.001 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 28 I 0.417 0.017 0.002 0.001 0.447 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.107 29 Y 0.091 0.034 0.007 0.034 0.087 0.069 0.161 0.057 0.055 0.275 0.130 30 G 0.106 0.175 0.164 0.132 0.136 0.039 0.027 0.020 0.014 0.088 0.099 31 A 0.024 0.049 0.036 0.123 0.031 0.117 0.030 0.091 0.163 0.284 0.052 32 G 0.002 0.070 0.209 0.303 0.008 0.099 0.079 0.141 0.051 0.033 0.006 33 G 0.002 0.006 0.009 0.004 0.003 0.003 0.010 0.626 0.211 0.118 0.008 34 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.810 0.179 0.005 0.001 35 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.090 0.001 0.001 36 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.964 0.034 0.001 0.001 37 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.027 0.001 0.001 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.077 0.002 0.001 40 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.885 0.109 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.880 0.059 0.003 0.001 42 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.128 0.565 0.250 0.042 0.003 43 A 0.014 0.023 0.005 0.013 0.017 0.022 0.068 0.475 0.201 0.148 0.015 44 K 0.002 0.215 0.184 0.072 0.024 0.114 0.240 0.088 0.050 0.010 0.001 45 D 0.067 0.007 0.009 0.011 0.013 0.009 0.011 0.024 0.102 0.480 0.268 46 N 0.079 0.425 0.017 0.001 0.453 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.014 47 N 0.271 0.011 0.001 0.011 0.444 0.020 0.059 0.027 0.020 0.056 0.080 48 I 0.170 0.070 0.002 0.001 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 49 I 0.150 0.039 0.003 0.001 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 50 I 0.410 0.034 0.002 0.001 0.465 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.078 51 A 0.067 0.076 0.017 0.064 0.141 0.111 0.222 0.045 0.025 0.141 0.090 52 N 0.215 0.167 0.047 0.008 0.380 0.004 0.005 0.009 0.007 0.038 0.120 53 R 0.045 0.124 0.049 0.026 0.131 0.055 0.044 0.166 0.137 0.166 0.057 54 T 0.079 0.502 0.223 0.005 0.141 0.001 0.002 0.010 0.004 0.013 0.019 55 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.661 0.300 0.021 0.002 56 E 0.001 0.006 0.003 0.002 0.002 0.003 0.010 0.903 0.065 0.004 0.001 57 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.878 0.081 0.032 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.050 0.004 0.001 59 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.043 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.038 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.057 0.005 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.875 0.110 0.008 0.001 63 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.874 0.092 0.004 0.001 64 E 0.002 0.003 0.003 0.002 0.003 0.005 0.051 0.786 0.103 0.042 0.002 65 I 0.023 0.156 0.042 0.006 0.072 0.009 0.033 0.398 0.158 0.087 0.016 66 A 0.024 0.034 0.018 0.016 0.021 0.016 0.046 0.404 0.220 0.164 0.037 67 E 0.014 0.047 0.027 0.017 0.032 0.029 0.103 0.448 0.149 0.122 0.013 68 K 0.043 0.177 0.074 0.037 0.110 0.039 0.089 0.201 0.094 0.109 0.027 69 L 0.097 0.125 0.087 0.054 0.113 0.029 0.040 0.106 0.077 0.182 0.088 70 N 0.094 0.156 0.074 0.033 0.162 0.019 0.033 0.132 0.099 0.138 0.059 71 K 0.140 0.152 0.048 0.018 0.248 0.016 0.034 0.130 0.084 0.079 0.051 72 K 0.108 0.141 0.041 0.020 0.224 0.028 0.053 0.168 0.096 0.085 0.038 73 F 0.182 0.107 0.038 0.018 0.292 0.014 0.028 0.107 0.064 0.088 0.062 74 G 0.151 0.175 0.043 0.022 0.328 0.023 0.027 0.093 0.055 0.044 0.039 75 E 0.125 0.185 0.071 0.012 0.368 0.009 0.018 0.084 0.042 0.042 0.044 76 E 0.192 0.143 0.047 0.008 0.241 0.007 0.014 0.093 0.066 0.094 0.094 77 V 0.044 0.291 0.107 0.037 0.172 0.055 0.065 0.127 0.048 0.032 0.023 78 K 0.138 0.335 0.153 0.012 0.184 0.003 0.004 0.039 0.022 0.051 0.059 79 F 0.012 0.019 0.008 0.004 0.028 0.006 0.008 0.486 0.363 0.057 0.008 80 S 0.004 0.021 0.008 0.007 0.008 0.012 0.026 0.745 0.145 0.018 0.004 81 G 0.007 0.022 0.009 0.003 0.013 0.002 0.015 0.621 0.147 0.155 0.008 82 L 0.004 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.004 0.770 0.170 0.032 0.004 83 D 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.789 0.179 0.006 0.001 84 V 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.038 0.771 0.156 0.019 0.002 85 D 0.008 0.007 0.003 0.002 0.009 0.004 0.036 0.584 0.244 0.097 0.007 86 L 0.038 0.028 0.003 0.002 0.052 0.003 0.009 0.369 0.367 0.109 0.021 87 D 0.002 0.016 0.016 0.013 0.010 0.032 0.071 0.468 0.343 0.028 0.001 88 G 0.045 0.009 0.005 0.002 0.024 0.003 0.023 0.083 0.161 0.575 0.069 89 V 0.295 0.145 0.005 0.001 0.437 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.094 90 D 0.019 0.008 0.002 0.027 0.049 0.172 0.543 0.122 0.028 0.022 0.008 91 I 0.178 0.054 0.002 0.001 0.751 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 92 I 0.221 0.015 0.001 0.002 0.751 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 93 I 0.252 0.032 0.002 0.001 0.622 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.077 94 N 0.241 0.060 0.008 0.007 0.345 0.003 0.012 0.008 0.006 0.050 0.261 95 A 0.155 0.046 0.017 0.025 0.174 0.023 0.031 0.017 0.033 0.357 0.121 96 T 0.042 0.273 0.267 0.113 0.145 0.025 0.028 0.025 0.022 0.038 0.021 97 P 0.058 0.219 0.209 0.119 0.119 0.042 0.034 0.059 0.046 0.060 0.034 98 I 0.031 0.095 0.078 0.076 0.059 0.087 0.167 0.173 0.128 0.081 0.026 99 G 0.035 0.062 0.120 0.104 0.051 0.060 0.047 0.077 0.097 0.279 0.068 100 M 0.065 0.170 0.176 0.061 0.125 0.029 0.040 0.099 0.086 0.108 0.040 101 Y 0.040 0.238 0.336 0.040 0.117 0.018 0.030 0.069 0.042 0.048 0.021 102 P 0.057 0.227 0.115 0.025 0.147 0.029 0.063 0.148 0.083 0.076 0.031 103 N 0.100 0.137 0.107 0.027 0.175 0.021 0.033 0.124 0.088 0.134 0.054 104 I 0.031 0.139 0.084 0.056 0.064 0.046 0.080 0.226 0.139 0.107 0.027 105 D 0.038 0.107 0.078 0.041 0.083 0.029 0.037 0.175 0.122 0.239 0.051 106 V 0.068 0.130 0.067 0.025 0.108 0.015 0.029 0.171 0.126 0.195 0.066 107 E 0.062 0.258 0.144 0.027 0.144 0.014 0.030 0.144 0.082 0.069 0.025 108 P 0.028 0.353 0.209 0.016 0.108 0.008 0.020 0.142 0.067 0.035 0.014 109 I 0.127 0.232 0.081 0.006 0.200 0.006 0.020 0.164 0.067 0.056 0.040 110 V 0.057 0.330 0.144 0.014 0.147 0.018 0.026 0.160 0.046 0.035 0.024 111 K 0.091 0.316 0.105 0.009 0.190 0.006 0.008 0.141 0.058 0.042 0.034 112 A 0.018 0.017 0.006 0.005 0.033 0.005 0.007 0.392 0.466 0.044 0.007 113 E 0.006 0.017 0.007 0.004 0.013 0.008 0.039 0.582 0.290 0.032 0.004 114 K 0.026 0.031 0.007 0.005 0.041 0.010 0.066 0.318 0.194 0.283 0.019 115 L 0.107 0.093 0.039 0.023 0.131 0.027 0.043 0.172 0.111 0.178 0.076 116 R 0.046 0.115 0.114 0.099 0.095 0.065 0.062 0.156 0.112 0.100 0.037 117 E 0.040 0.115 0.094 0.066 0.076 0.034 0.060 0.159 0.161 0.164 0.032 118 D 0.057 0.144 0.076 0.042 0.109 0.022 0.072 0.119 0.118 0.193 0.047 119 M 0.150 0.209 0.034 0.009 0.434 0.008 0.024 0.036 0.026 0.041 0.030 120 V 0.263 0.069 0.004 0.001 0.617 0.001 0.002 0.006 0.002 0.006 0.028 121 V 0.341 0.041 0.004 0.003 0.546 0.008 0.006 0.005 0.001 0.004 0.039 122 M 0.234 0.120 0.020 0.008 0.554 0.006 0.003 0.005 0.002 0.008 0.040 123 D 0.346 0.080 0.017 0.008 0.408 0.008 0.008 0.012 0.008 0.015 0.090 124 L 0.189 0.168 0.030 0.013 0.435 0.008 0.009 0.025 0.024 0.037 0.061 125 I 0.245 0.106 0.025 0.008 0.382 0.009 0.030 0.038 0.023 0.056 0.078 126 Y 0.087 0.263 0.131 0.044 0.265 0.023 0.029 0.028 0.023 0.069 0.037 127 N 0.070 0.346 0.211 0.029 0.231 0.006 0.009 0.030 0.026 0.019 0.021 128 P 0.039 0.119 0.059 0.019 0.069 0.052 0.117 0.181 0.189 0.122 0.035 129 L 0.100 0.285 0.107 0.011 0.283 0.007 0.024 0.056 0.033 0.058 0.035 130 E 0.103 0.185 0.061 0.013 0.129 0.017 0.028 0.156 0.120 0.129 0.058 131 T 0.021 0.277 0.179 0.038 0.089 0.028 0.020 0.243 0.070 0.022 0.011 132 V 0.021 0.030 0.008 0.002 0.026 0.002 0.005 0.773 0.105 0.017 0.012 133 L 0.005 0.010 0.009 0.001 0.003 0.002 0.003 0.814 0.111 0.037 0.003 134 L 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.875 0.098 0.009 0.001 135 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.919 0.062 0.002 0.001 136 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.911 0.068 0.009 0.001 137 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.904 0.069 0.013 0.002 138 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.794 0.179 0.007 0.001 139 K 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.031 0.811 0.119 0.022 0.001 140 V 0.001 0.625 0.324 0.007 0.029 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 141 N 0.065 0.010 0.006 0.008 0.017 0.003 0.003 0.015 0.016 0.458 0.399 142 A 0.133 0.261 0.053 0.008 0.311 0.007 0.008 0.058 0.051 0.062 0.048 143 K 0.113 0.202 0.030 0.011 0.432 0.011 0.030 0.089 0.037 0.018 0.027 144 T 0.345 0.097 0.026 0.009 0.304 0.015 0.020 0.052 0.028 0.042 0.064 145 I 0.087 0.084 0.059 0.133 0.151 0.117 0.063 0.078 0.050 0.123 0.056 146 N 0.028 0.104 0.166 0.263 0.055 0.071 0.081 0.120 0.043 0.044 0.022 147 G 0.019 0.065 0.122 0.063 0.025 0.017 0.012 0.118 0.088 0.410 0.061 148 L 0.054 0.064 0.010 0.007 0.102 0.009 0.020 0.481 0.205 0.030 0.018 149 G 0.008 0.010 0.010 0.015 0.009 0.011 0.029 0.703 0.142 0.055 0.009 150 M 0.004 0.026 0.010 0.003 0.012 0.002 0.016 0.839 0.064 0.021 0.003 151 L 0.013 0.008 0.002 0.002 0.009 0.002 0.004 0.905 0.044 0.006 0.004 152 I 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.922 0.047 0.004 0.002 153 Y 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.007 0.917 0.048 0.008 0.003 154 Q 0.005 0.014 0.006 0.003 0.008 0.002 0.008 0.886 0.055 0.010 0.004 155 G 0.002 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.006 0.871 0.086 0.019 0.002 156 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.011 0.797 0.160 0.015 0.001 157 V 0.004 0.014 0.004 0.003 0.008 0.006 0.050 0.776 0.121 0.013 0.003 158 A 0.009 0.014 0.009 0.005 0.016 0.014 0.076 0.546 0.153 0.147 0.012 159 F 0.063 0.070 0.024 0.007 0.095 0.010 0.033 0.392 0.140 0.116 0.052 160 K 0.031 0.065 0.031 0.017 0.062 0.026 0.059 0.429 0.181 0.079 0.020