# TARGET T0191 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0191.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.006 0.003 0.010 0.176 0.789 2 I 0.065 0.074 0.005 0.022 0.200 0.633 3 N 0.054 0.028 0.003 0.010 0.209 0.696 4 A 0.068 0.021 0.014 0.041 0.384 0.471 5 K 0.125 0.013 0.012 0.020 0.362 0.469 6 T 0.312 0.008 0.021 0.024 0.257 0.378 7 K 0.659 0.022 0.015 0.018 0.116 0.169 8 V 0.819 0.012 0.008 0.012 0.060 0.088 9 I 0.864 0.004 0.006 0.016 0.039 0.072 10 G 0.891 0.003 0.004 0.014 0.027 0.061 11 L 0.910 0.009 0.002 0.012 0.027 0.039 12 I 0.801 0.008 0.005 0.026 0.070 0.089 13 G 0.417 0.018 0.014 0.029 0.242 0.279 14 H 0.183 0.021 0.010 0.012 0.376 0.399 15 P 0.079 0.020 0.029 0.013 0.544 0.314 16 V 0.071 0.041 0.061 0.026 0.590 0.211 17 E 0.091 0.026 0.073 0.032 0.509 0.269 18 H 0.072 0.033 0.059 0.038 0.582 0.216 19 S 0.051 0.025 0.026 0.049 0.526 0.323 20 F 0.026 0.026 0.029 0.078 0.447 0.395 21 S 0.011 0.008 0.008 0.042 0.337 0.595 22 P 0.012 0.006 0.037 0.320 0.251 0.376 23 I 0.019 0.014 0.041 0.626 0.161 0.139 24 M 0.020 0.009 0.037 0.802 0.070 0.062 25 H 0.011 0.003 0.020 0.899 0.042 0.024 26 N 0.002 0.001 0.011 0.941 0.035 0.011 27 A 0.002 0.001 0.003 0.974 0.017 0.005 28 A 0.001 0.001 0.003 0.971 0.020 0.004 29 F 0.002 0.001 0.004 0.974 0.015 0.004 30 K 0.002 0.001 0.010 0.967 0.016 0.005 31 D 0.001 0.001 0.008 0.973 0.012 0.006 32 K 0.002 0.001 0.009 0.874 0.034 0.079 33 G 0.004 0.001 0.002 0.016 0.077 0.900 34 L 0.022 0.006 0.004 0.009 0.138 0.821 35 N 0.080 0.010 0.013 0.012 0.200 0.685 36 Y 0.275 0.025 0.089 0.037 0.274 0.299 37 V 0.498 0.013 0.074 0.060 0.165 0.189 38 Y 0.571 0.009 0.064 0.079 0.125 0.152 39 V 0.477 0.016 0.044 0.091 0.165 0.208 40 A 0.354 0.010 0.059 0.102 0.214 0.260 41 F 0.249 0.009 0.059 0.146 0.237 0.300 42 D 0.252 0.016 0.053 0.088 0.226 0.366 43 V 0.116 0.033 0.040 0.097 0.275 0.439 44 L 0.044 0.013 0.018 0.090 0.216 0.620 45 P 0.009 0.002 0.228 0.454 0.206 0.101 46 E 0.003 0.001 0.205 0.576 0.143 0.071 47 N 0.002 0.001 0.162 0.716 0.069 0.050 48 L 0.001 0.001 0.012 0.963 0.011 0.012 49 K 0.001 0.001 0.003 0.980 0.010 0.006 50 Y 0.001 0.001 0.003 0.981 0.008 0.007 51 V 0.001 0.001 0.003 0.980 0.009 0.007 52 I 0.001 0.001 0.003 0.974 0.014 0.008 53 D 0.002 0.001 0.002 0.980 0.011 0.006 54 G 0.002 0.001 0.003 0.976 0.012 0.007 55 A 0.002 0.001 0.006 0.963 0.017 0.011 56 K 0.002 0.001 0.019 0.919 0.038 0.021 57 A 0.004 0.001 0.022 0.851 0.082 0.040 58 L 0.007 0.001 0.027 0.555 0.214 0.196 59 G 0.010 0.001 0.004 0.015 0.246 0.724 60 I 0.100 0.013 0.006 0.005 0.317 0.559 61 V 0.286 0.012 0.008 0.004 0.255 0.436 62 G 0.534 0.008 0.014 0.005 0.217 0.222 63 F 0.758 0.009 0.007 0.004 0.091 0.131 64 N 0.777 0.013 0.004 0.004 0.066 0.137 65 V 0.726 0.014 0.003 0.008 0.069 0.180 66 T 0.578 0.012 0.003 0.020 0.082 0.306 67 I 0.313 0.014 0.010 0.147 0.224 0.291 68 P 0.055 0.005 0.039 0.443 0.280 0.178 69 H 0.044 0.005 0.071 0.599 0.163 0.118 70 K 0.029 0.002 0.068 0.813 0.055 0.033 71 I 0.021 0.002 0.059 0.868 0.027 0.023 72 E 0.013 0.002 0.056 0.908 0.011 0.009 73 I 0.009 0.001 0.028 0.946 0.008 0.008 74 M 0.006 0.001 0.030 0.943 0.013 0.008 75 K 0.003 0.001 0.025 0.942 0.020 0.010 76 Y 0.004 0.001 0.024 0.936 0.023 0.012 77 L 0.009 0.002 0.032 0.904 0.037 0.018 78 D 0.008 0.001 0.066 0.830 0.066 0.028 79 E 0.007 0.002 0.062 0.730 0.101 0.097 80 I 0.007 0.007 0.023 0.434 0.128 0.402 81 D 0.002 0.002 0.006 0.117 0.140 0.734 82 K 0.001 0.001 0.041 0.886 0.046 0.025 83 D 0.001 0.001 0.054 0.868 0.066 0.009 84 A 0.003 0.001 0.075 0.838 0.076 0.008 85 Q 0.008 0.001 0.052 0.833 0.075 0.031 86 L 0.012 0.003 0.042 0.811 0.090 0.043 87 I 0.028 0.005 0.027 0.675 0.147 0.118 88 G 0.056 0.004 0.025 0.286 0.205 0.424 89 A 0.261 0.040 0.030 0.239 0.163 0.267 90 V 0.359 0.007 0.036 0.191 0.144 0.263 91 N 0.408 0.007 0.035 0.112 0.141 0.297 92 T 0.731 0.006 0.016 0.043 0.065 0.138 93 I 0.822 0.012 0.010 0.021 0.056 0.079 94 K 0.855 0.017 0.004 0.014 0.048 0.061 95 I 0.669 0.012 0.008 0.013 0.261 0.036 96 E 0.197 0.007 0.019 0.028 0.677 0.072 97 D 0.043 0.001 0.013 0.012 0.873 0.057 98 G 0.147 0.010 0.015 0.017 0.733 0.078 99 K 0.471 0.048 0.006 0.021 0.184 0.270 100 A 0.591 0.063 0.009 0.025 0.139 0.174 101 I 0.500 0.016 0.014 0.033 0.208 0.228 102 G 0.350 0.027 0.021 0.059 0.317 0.226 103 Y 0.259 0.028 0.021 0.126 0.292 0.276 104 N 0.166 0.016 0.018 0.302 0.219 0.279 105 T 0.065 0.016 0.013 0.414 0.140 0.353 106 D 0.012 0.006 0.014 0.871 0.034 0.064 107 G 0.001 0.001 0.005 0.985 0.005 0.004 108 I 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 109 G 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 111 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 112 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 114 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 115 E 0.001 0.001 0.011 0.973 0.011 0.004 116 E 0.001 0.001 0.019 0.917 0.044 0.020 117 E 0.004 0.002 0.025 0.656 0.132 0.182 118 I 0.010 0.007 0.026 0.060 0.321 0.576 119 G 0.054 0.042 0.030 0.019 0.336 0.519 120 R 0.082 0.022 0.039 0.014 0.518 0.325 121 V 0.015 0.006 0.160 0.017 0.786 0.015 122 K 0.010 0.001 0.132 0.012 0.827 0.018 123 D 0.024 0.002 0.078 0.004 0.869 0.023 124 K 0.341 0.003 0.005 0.002 0.477 0.173 125 N 0.892 0.006 0.001 0.001 0.015 0.087 126 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 127 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 128 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 129 Y 0.942 0.002 0.001 0.001 0.008 0.047 130 G 0.260 0.007 0.002 0.001 0.080 0.650 131 A 0.024 0.006 0.019 0.089 0.278 0.585 132 G 0.001 0.002 0.033 0.280 0.264 0.420 133 G 0.001 0.001 0.017 0.974 0.006 0.002 134 A 0.001 0.001 0.004 0.994 0.002 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 137 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 138 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 139 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 141 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 142 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 143 A 0.001 0.001 0.005 0.978 0.012 0.004 144 K 0.001 0.001 0.010 0.907 0.048 0.035 145 D 0.002 0.001 0.013 0.704 0.121 0.160 146 N 0.003 0.001 0.001 0.009 0.176 0.809 147 N 0.087 0.002 0.004 0.004 0.220 0.683 148 I 0.817 0.005 0.001 0.003 0.056 0.119 149 I 0.952 0.005 0.001 0.001 0.015 0.026 150 I 0.971 0.004 0.001 0.001 0.009 0.016 151 A 0.943 0.002 0.001 0.001 0.017 0.037 152 N 0.745 0.009 0.003 0.002 0.092 0.148 153 R 0.186 0.026 0.004 0.005 0.269 0.510 154 T 0.046 0.011 0.001 0.008 0.146 0.788 155 V 0.001 0.001 0.040 0.870 0.065 0.023 156 E 0.001 0.001 0.020 0.940 0.031 0.008 157 K 0.001 0.001 0.020 0.966 0.011 0.002 158 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 159 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 160 A 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.003 161 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.009 0.004 162 A 0.001 0.001 0.007 0.970 0.015 0.007 163 K 0.002 0.001 0.007 0.938 0.031 0.022 164 E 0.002 0.001 0.009 0.871 0.055 0.063 165 I 0.005 0.005 0.013 0.764 0.092 0.121 166 A 0.004 0.003 0.050 0.509 0.248 0.186 167 E 0.004 0.002 0.070 0.470 0.286 0.168 168 K 0.006 0.003 0.076 0.404 0.296 0.215 169 L 0.013 0.006 0.043 0.263 0.337 0.337 170 N 0.026 0.006 0.049 0.245 0.337 0.337 171 K 0.057 0.008 0.064 0.268 0.335 0.268 172 K 0.112 0.010 0.071 0.299 0.276 0.232 173 F 0.188 0.019 0.065 0.243 0.219 0.266 174 G 0.249 0.009 0.044 0.163 0.176 0.359 175 E 0.408 0.007 0.026 0.137 0.119 0.302 176 E 0.628 0.019 0.015 0.100 0.056 0.182 177 V 0.489 0.050 0.009 0.081 0.072 0.299 178 K 0.201 0.009 0.012 0.092 0.112 0.575 179 F 0.022 0.002 0.170 0.276 0.249 0.282 180 S 0.004 0.002 0.246 0.292 0.227 0.228 181 G 0.003 0.001 0.266 0.424 0.177 0.128 182 L 0.002 0.002 0.072 0.744 0.107 0.072 183 D 0.002 0.002 0.098 0.739 0.131 0.028 184 V 0.001 0.002 0.128 0.651 0.184 0.034 185 D 0.002 0.001 0.152 0.507 0.278 0.059 186 L 0.002 0.003 0.348 0.395 0.223 0.029 187 D 0.005 0.002 0.236 0.287 0.369 0.101 188 G 0.017 0.002 0.230 0.137 0.358 0.255 189 V 0.089 0.008 0.036 0.027 0.382 0.458 190 D 0.210 0.002 0.014 0.011 0.257 0.507 191 I 0.924 0.002 0.001 0.003 0.019 0.051 192 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 193 I 0.987 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 194 N 0.945 0.001 0.001 0.001 0.008 0.045 195 A 0.756 0.005 0.002 0.001 0.036 0.200 196 T 0.440 0.028 0.006 0.004 0.129 0.394 197 P 0.212 0.032 0.010 0.004 0.426 0.316 198 I 0.082 0.024 0.039 0.008 0.575 0.272 199 G 0.029 0.008 0.057 0.009 0.702 0.196 200 M 0.055 0.024 0.060 0.016 0.672 0.173 201 Y 0.055 0.046 0.023 0.021 0.423 0.432 202 P 0.057 0.068 0.030 0.037 0.392 0.417 203 N 0.041 0.030 0.030 0.029 0.553 0.317 204 I 0.025 0.013 0.098 0.083 0.606 0.175 205 D 0.019 0.008 0.096 0.096 0.590 0.192 206 V 0.027 0.018 0.082 0.115 0.524 0.233 207 E 0.037 0.022 0.046 0.138 0.308 0.448 208 P 0.037 0.014 0.040 0.195 0.230 0.484 209 I 0.039 0.017 0.060 0.301 0.211 0.371 210 V 0.030 0.014 0.045 0.425 0.174 0.311 211 K 0.027 0.006 0.043 0.505 0.157 0.263 212 A 0.011 0.003 0.189 0.635 0.114 0.048 213 E 0.011 0.004 0.226 0.541 0.159 0.060 214 K 0.008 0.002 0.225 0.521 0.168 0.076 215 L 0.010 0.006 0.108 0.496 0.222 0.157 216 R 0.010 0.007 0.040 0.177 0.432 0.334 217 E 0.017 0.005 0.026 0.035 0.449 0.469 218 D 0.046 0.002 0.009 0.003 0.429 0.511 219 M 0.417 0.003 0.006 0.002 0.229 0.343 220 V 0.964 0.003 0.001 0.001 0.007 0.025 221 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 222 M 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 223 D 0.945 0.003 0.001 0.002 0.010 0.040 224 L 0.677 0.004 0.007 0.005 0.083 0.224 225 I 0.319 0.026 0.009 0.011 0.344 0.291 226 Y 0.073 0.035 0.013 0.011 0.435 0.433 227 N 0.017 0.019 0.009 0.007 0.767 0.180 228 P 0.007 0.004 0.058 0.020 0.789 0.121 229 L 0.006 0.006 0.049 0.030 0.754 0.154 230 E 0.009 0.010 0.053 0.140 0.604 0.183 231 T 0.012 0.006 0.018 0.268 0.287 0.409 232 V 0.012 0.007 0.038 0.620 0.147 0.176 233 L 0.016 0.007 0.039 0.750 0.089 0.099 234 L 0.008 0.002 0.044 0.823 0.074 0.048 235 K 0.005 0.001 0.030 0.865 0.058 0.041 236 E 0.002 0.001 0.035 0.931 0.022 0.009 237 A 0.003 0.001 0.054 0.908 0.029 0.005 238 K 0.002 0.001 0.095 0.858 0.037 0.008 239 K 0.004 0.001 0.062 0.831 0.077 0.026 240 V 0.007 0.001 0.043 0.663 0.128 0.158 241 N 0.017 0.002 0.004 0.025 0.164 0.788 242 A 0.216 0.010 0.008 0.010 0.201 0.554 243 K 0.762 0.033 0.006 0.005 0.080 0.114 244 T 0.739 0.031 0.010 0.010 0.177 0.033 245 I 0.433 0.004 0.018 0.040 0.445 0.061 246 N 0.058 0.002 0.016 0.074 0.810 0.040 247 G 0.023 0.005 0.053 0.459 0.444 0.016 248 L 0.033 0.005 0.035 0.767 0.127 0.034 249 G 0.050 0.006 0.052 0.764 0.086 0.042 250 M 0.140 0.010 0.035 0.698 0.047 0.070 251 L 0.301 0.018 0.015 0.606 0.017 0.043 252 I 0.187 0.001 0.008 0.781 0.008 0.015 253 Y 0.093 0.001 0.007 0.884 0.008 0.008 254 Q 0.043 0.001 0.006 0.921 0.016 0.013 255 G 0.022 0.001 0.003 0.942 0.012 0.019 256 A 0.005 0.001 0.005 0.973 0.009 0.009 257 V 0.003 0.001 0.007 0.968 0.014 0.008 258 A 0.002 0.001 0.003 0.979 0.008 0.009 259 F 0.007 0.002 0.003 0.970 0.011 0.007 260 K 0.009 0.001 0.004 0.964 0.015 0.007 261 I 0.012 0.001 0.009 0.930 0.030 0.018 262 W 0.013 0.001 0.007 0.882 0.047 0.049 263 T 0.012 0.005 0.010 0.741 0.078 0.155 264 G 0.013 0.003 0.002 0.045 0.138 0.799 265 V 0.008 0.004 0.002 0.013 0.082 0.891 266 E 0.023 0.012 0.003 0.022 0.088 0.852 267 P 0.026 0.014 0.004 0.075 0.114 0.767 268 N 0.013 0.008 0.010 0.190 0.124 0.655 269 I 0.005 0.001 0.045 0.807 0.053 0.089 270 E 0.008 0.001 0.049 0.850 0.042 0.050 271 V 0.004 0.001 0.056 0.889 0.027 0.022 272 M 0.008 0.002 0.031 0.902 0.022 0.036 273 K 0.006 0.001 0.015 0.938 0.018 0.022 274 N 0.002 0.001 0.014 0.948 0.019 0.017 275 A 0.001 0.001 0.019 0.961 0.013 0.007 276 I 0.001 0.001 0.017 0.948 0.023 0.012 277 I 0.001 0.001 0.038 0.934 0.022 0.006 278 D 0.001 0.001 0.039 0.905 0.044 0.012 279 K 0.001 0.001 0.042 0.869 0.050 0.038 280 I 0.004 0.009 0.031 0.684 0.071 0.200 281 T 0.005 0.006 0.021 0.391 0.090 0.488 282 K 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.982