# TARGET T0191 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0191.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 175 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 I 0.031 0.031 0.005 0.015 0.006 0.018 0.894 3 N 0.063 0.025 0.010 0.019 0.224 0.061 0.597 4 A 0.096 0.011 0.032 0.037 0.221 0.148 0.455 5 K 0.154 0.014 0.032 0.020 0.198 0.107 0.475 6 T 0.268 0.013 0.039 0.024 0.195 0.067 0.394 7 K 0.568 0.017 0.018 0.017 0.129 0.023 0.227 8 V 0.777 0.017 0.015 0.021 0.042 0.011 0.117 9 I 0.851 0.009 0.008 0.020 0.012 0.011 0.089 10 G 0.863 0.005 0.008 0.027 0.018 0.032 0.048 11 L 0.844 0.010 0.008 0.023 0.018 0.049 0.047 12 I 0.665 0.011 0.008 0.020 0.058 0.079 0.159 13 G 0.347 0.013 0.007 0.014 0.274 0.066 0.280 14 H 0.175 0.022 0.012 0.015 0.306 0.055 0.414 15 P 0.116 0.035 0.072 0.029 0.186 0.156 0.407 16 V 0.062 0.034 0.292 0.086 0.125 0.221 0.179 17 E 0.045 0.012 0.275 0.079 0.173 0.272 0.145 18 H 0.034 0.012 0.218 0.093 0.128 0.348 0.166 19 S 0.054 0.046 0.062 0.048 0.219 0.204 0.369 20 F 0.027 0.039 0.023 0.026 0.438 0.114 0.334 21 S 0.025 0.012 0.005 0.065 0.389 0.016 0.488 22 P 0.002 0.001 0.061 0.879 0.011 0.025 0.022 23 I 0.002 0.002 0.050 0.896 0.006 0.035 0.009 24 M 0.002 0.001 0.031 0.930 0.004 0.024 0.007 25 H 0.001 0.001 0.007 0.969 0.005 0.008 0.010 26 N 0.002 0.001 0.003 0.976 0.003 0.008 0.008 27 A 0.002 0.001 0.002 0.981 0.004 0.007 0.005 28 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.004 0.003 29 F 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.006 0.003 30 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.002 0.019 0.002 31 D 0.001 0.001 0.005 0.908 0.004 0.078 0.004 32 K 0.001 0.001 0.004 0.414 0.020 0.548 0.012 33 G 0.004 0.003 0.005 0.055 0.099 0.652 0.183 34 L 0.027 0.012 0.005 0.018 0.142 0.024 0.771 35 N 0.143 0.013 0.024 0.025 0.183 0.045 0.566 36 Y 0.446 0.023 0.076 0.061 0.073 0.060 0.261 37 V 0.690 0.011 0.041 0.056 0.051 0.032 0.119 38 Y 0.776 0.008 0.021 0.048 0.033 0.018 0.096 39 V 0.643 0.013 0.026 0.076 0.037 0.022 0.183 40 A 0.386 0.012 0.055 0.100 0.072 0.064 0.311 41 F 0.265 0.008 0.086 0.103 0.117 0.083 0.338 42 D 0.236 0.022 0.066 0.082 0.181 0.068 0.345 43 V 0.132 0.045 0.042 0.063 0.186 0.034 0.498 44 L 0.040 0.009 0.016 0.032 0.066 0.021 0.815 45 P 0.003 0.002 0.267 0.454 0.037 0.156 0.081 46 E 0.002 0.001 0.196 0.507 0.059 0.197 0.037 47 N 0.002 0.003 0.135 0.640 0.048 0.092 0.080 48 L 0.002 0.003 0.009 0.908 0.018 0.014 0.045 49 K 0.001 0.001 0.003 0.975 0.005 0.009 0.007 50 Y 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.003 51 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.002 52 I 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.005 0.001 53 D 0.003 0.001 0.002 0.974 0.002 0.016 0.002 54 G 0.004 0.001 0.005 0.942 0.003 0.040 0.005 55 A 0.009 0.001 0.011 0.910 0.010 0.042 0.017 56 K 0.016 0.003 0.029 0.843 0.020 0.064 0.025 57 A 0.023 0.003 0.067 0.565 0.078 0.177 0.089 58 L 0.003 0.001 0.030 0.111 0.061 0.777 0.017 59 G 0.004 0.001 0.015 0.014 0.055 0.873 0.038 60 I 0.112 0.030 0.014 0.011 0.096 0.069 0.667 61 V 0.270 0.036 0.024 0.014 0.135 0.168 0.353 62 G 0.363 0.011 0.031 0.015 0.185 0.166 0.229 63 F 0.598 0.016 0.015 0.019 0.060 0.028 0.265 64 N 0.787 0.017 0.006 0.015 0.033 0.020 0.121 65 V 0.696 0.020 0.009 0.027 0.029 0.028 0.191 66 T 0.508 0.021 0.014 0.062 0.092 0.043 0.258 67 I 0.259 0.016 0.031 0.238 0.147 0.061 0.249 68 P 0.122 0.016 0.067 0.308 0.102 0.156 0.227 69 H 0.063 0.017 0.063 0.403 0.100 0.162 0.193 70 K 0.025 0.004 0.040 0.707 0.062 0.040 0.121 71 I 0.008 0.001 0.038 0.890 0.012 0.033 0.017 72 E 0.005 0.002 0.062 0.855 0.012 0.050 0.014 73 I 0.005 0.002 0.054 0.857 0.012 0.050 0.021 74 M 0.004 0.001 0.049 0.872 0.018 0.038 0.019 75 K 0.006 0.001 0.058 0.790 0.023 0.103 0.019 76 Y 0.002 0.001 0.084 0.765 0.024 0.095 0.030 77 L 0.003 0.004 0.147 0.637 0.039 0.116 0.053 78 D 0.003 0.001 0.187 0.489 0.030 0.260 0.030 79 E 0.003 0.004 0.147 0.480 0.030 0.294 0.043 80 I 0.004 0.014 0.022 0.429 0.269 0.081 0.181 81 D 0.006 0.005 0.004 0.371 0.078 0.024 0.513 82 K 0.001 0.001 0.007 0.975 0.003 0.009 0.005 83 D 0.001 0.001 0.005 0.979 0.003 0.010 0.003 84 A 0.001 0.001 0.005 0.983 0.003 0.006 0.002 85 Q 0.001 0.001 0.009 0.969 0.003 0.013 0.005 86 L 0.005 0.001 0.020 0.855 0.008 0.102 0.008 87 I 0.004 0.002 0.035 0.405 0.016 0.526 0.011 88 G 0.013 0.004 0.021 0.114 0.077 0.723 0.048 89 A 0.107 0.018 0.030 0.054 0.132 0.155 0.504 90 V 0.320 0.014 0.038 0.024 0.190 0.067 0.346 91 N 0.505 0.005 0.030 0.013 0.126 0.055 0.267 92 T 0.725 0.011 0.012 0.007 0.041 0.013 0.192 93 I 0.827 0.013 0.006 0.004 0.024 0.009 0.116 94 K 0.858 0.029 0.002 0.002 0.019 0.007 0.082 95 I 0.458 0.011 0.008 0.003 0.026 0.029 0.465 96 E 0.115 0.004 0.016 0.003 0.120 0.671 0.071 97 D 0.024 0.002 0.011 0.001 0.100 0.847 0.015 98 G 0.146 0.004 0.012 0.002 0.378 0.278 0.180 99 K 0.593 0.043 0.004 0.001 0.059 0.028 0.272 100 A 0.826 0.063 0.002 0.001 0.016 0.012 0.079 101 I 0.725 0.016 0.008 0.005 0.050 0.044 0.153 102 G 0.601 0.008 0.009 0.007 0.109 0.050 0.217 103 Y 0.416 0.010 0.017 0.031 0.165 0.103 0.259 104 N 0.284 0.022 0.018 0.087 0.173 0.075 0.341 105 T 0.186 0.042 0.014 0.172 0.147 0.044 0.394 106 D 0.064 0.012 0.013 0.522 0.103 0.057 0.228 107 G 0.015 0.002 0.005 0.905 0.017 0.021 0.035 108 I 0.002 0.001 0.002 0.978 0.006 0.006 0.005 109 G 0.001 0.001 0.002 0.984 0.003 0.005 0.004 110 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 111 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 112 M 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 113 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.002 114 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.003 0.010 0.004 115 E 0.001 0.001 0.008 0.953 0.004 0.031 0.004 116 E 0.001 0.001 0.012 0.844 0.007 0.130 0.005 117 E 0.002 0.002 0.025 0.498 0.049 0.382 0.041 118 I 0.009 0.004 0.032 0.109 0.100 0.547 0.198 119 G 0.041 0.012 0.028 0.051 0.170 0.085 0.612 120 R 0.054 0.038 0.034 0.028 0.076 0.057 0.714 121 V 0.038 0.009 0.280 0.053 0.104 0.176 0.340 122 K 0.009 0.003 0.214 0.021 0.090 0.632 0.030 123 D 0.016 0.002 0.129 0.006 0.091 0.720 0.035 124 K 0.147 0.004 0.005 0.002 0.142 0.029 0.671 125 N 0.662 0.004 0.001 0.001 0.125 0.004 0.204 126 I 0.984 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 127 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 128 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 129 Y 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 130 G 0.388 0.005 0.002 0.002 0.078 0.010 0.516 131 A 0.056 0.004 0.005 0.016 0.331 0.019 0.569 132 G 0.005 0.005 0.049 0.352 0.293 0.091 0.206 133 G 0.001 0.001 0.035 0.846 0.038 0.064 0.016 134 A 0.001 0.001 0.010 0.949 0.008 0.023 0.010 135 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.005 0.007 0.005 136 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.005 0.003 137 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.003 138 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 139 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 140 F 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 141 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 142 L 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.009 0.003 143 A 0.001 0.001 0.011 0.929 0.004 0.052 0.003 144 K 0.001 0.001 0.019 0.727 0.009 0.237 0.007 145 D 0.001 0.001 0.013 0.245 0.052 0.649 0.039 146 N 0.005 0.001 0.005 0.012 0.215 0.485 0.277 147 N 0.108 0.003 0.002 0.002 0.164 0.021 0.700 148 I 0.731 0.019 0.001 0.001 0.017 0.003 0.228 149 I 0.945 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.042 150 I 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 151 A 0.918 0.002 0.001 0.001 0.010 0.004 0.063 152 N 0.670 0.006 0.003 0.003 0.109 0.011 0.199 153 R 0.083 0.008 0.004 0.005 0.257 0.013 0.630 154 T 0.023 0.007 0.002 0.008 0.214 0.011 0.735 155 V 0.001 0.001 0.070 0.824 0.036 0.048 0.020 156 E 0.001 0.001 0.049 0.878 0.020 0.042 0.010 157 K 0.001 0.001 0.052 0.893 0.008 0.035 0.010 158 A 0.001 0.001 0.009 0.960 0.008 0.014 0.009 159 E 0.001 0.001 0.007 0.959 0.007 0.019 0.007 160 A 0.001 0.001 0.008 0.945 0.004 0.035 0.006 161 L 0.001 0.001 0.006 0.941 0.008 0.030 0.014 162 A 0.001 0.001 0.014 0.931 0.009 0.029 0.016 163 K 0.001 0.001 0.018 0.878 0.009 0.082 0.012 164 E 0.001 0.001 0.019 0.836 0.011 0.115 0.017 165 I 0.001 0.005 0.024 0.680 0.080 0.132 0.079 166 A 0.003 0.005 0.046 0.442 0.068 0.309 0.127 167 E 0.008 0.010 0.080 0.383 0.100 0.216 0.204 168 K 0.008 0.005 0.078 0.307 0.142 0.238 0.221 169 L 0.025 0.006 0.048 0.202 0.157 0.276 0.286 170 N 0.038 0.008 0.056 0.132 0.134 0.106 0.528 171 K 0.101 0.021 0.104 0.152 0.134 0.133 0.356 172 K 0.138 0.015 0.087 0.159 0.161 0.160 0.280 173 F 0.234 0.020 0.053 0.133 0.067 0.135 0.357 174 G 0.097 0.005 0.008 0.032 0.023 0.010 0.824 175 E 0.364 0.021 0.015 0.066 0.037 0.027 0.469 176 E 0.447 0.032 0.017 0.073 0.082 0.034 0.315 177 V 0.304 0.020 0.024 0.057 0.088 0.038 0.469 178 K 0.130 0.016 0.018 0.049 0.099 0.028 0.659 179 F 0.028 0.006 0.159 0.321 0.094 0.121 0.271 180 S 0.015 0.005 0.200 0.304 0.145 0.207 0.125 181 G 0.011 0.012 0.195 0.406 0.102 0.110 0.164 182 L 0.004 0.008 0.141 0.608 0.046 0.050 0.142 183 D 0.003 0.002 0.097 0.777 0.020 0.055 0.047 184 V 0.002 0.001 0.062 0.853 0.010 0.052 0.021 185 D 0.001 0.002 0.050 0.871 0.009 0.046 0.021 186 L 0.002 0.003 0.109 0.691 0.015 0.108 0.072 187 D 0.002 0.001 0.105 0.384 0.023 0.473 0.012 188 G 0.009 0.008 0.089 0.154 0.080 0.607 0.053 189 V 0.025 0.002 0.001 0.003 0.075 0.009 0.885 190 D 0.105 0.001 0.001 0.001 0.723 0.003 0.168 191 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 192 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 193 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 194 N 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 195 A 0.466 0.002 0.001 0.001 0.080 0.003 0.447 196 T 0.123 0.009 0.005 0.002 0.274 0.009 0.578 197 P 0.046 0.030 0.046 0.006 0.207 0.060 0.605 198 I 0.036 0.022 0.092 0.013 0.179 0.353 0.306 199 G 0.037 0.015 0.074 0.015 0.224 0.359 0.276 200 M 0.037 0.024 0.046 0.022 0.292 0.083 0.496 201 Y 0.070 0.048 0.044 0.039 0.198 0.096 0.505 202 P 0.070 0.048 0.051 0.049 0.180 0.128 0.476 203 N 0.032 0.022 0.050 0.040 0.115 0.116 0.625 204 I 0.020 0.012 0.118 0.084 0.157 0.321 0.288 205 D 0.016 0.005 0.128 0.087 0.184 0.381 0.199 206 V 0.027 0.012 0.142 0.132 0.202 0.206 0.279 207 E 0.042 0.030 0.089 0.156 0.126 0.110 0.447 208 P 0.054 0.016 0.057 0.184 0.120 0.075 0.494 209 I 0.089 0.019 0.082 0.274 0.079 0.096 0.360 210 V 0.086 0.031 0.058 0.242 0.092 0.045 0.445 211 K 0.066 0.017 0.082 0.230 0.037 0.043 0.525 212 A 0.015 0.003 0.343 0.460 0.018 0.094 0.066 213 E 0.022 0.002 0.364 0.423 0.030 0.101 0.057 214 K 0.024 0.005 0.313 0.445 0.044 0.103 0.067 215 L 0.047 0.016 0.110 0.401 0.116 0.122 0.187 216 R 0.057 0.009 0.087 0.158 0.134 0.192 0.363 217 E 0.059 0.010 0.073 0.054 0.292 0.279 0.233 218 D 0.063 0.004 0.041 0.013 0.248 0.362 0.268 219 M 0.193 0.003 0.008 0.003 0.283 0.055 0.455 220 V 0.862 0.007 0.002 0.002 0.038 0.003 0.086 221 V 0.970 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 222 M 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 223 D 0.956 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.033 224 L 0.853 0.005 0.003 0.003 0.019 0.012 0.105 225 I 0.588 0.005 0.006 0.006 0.093 0.032 0.269 226 Y 0.268 0.028 0.008 0.007 0.290 0.027 0.373 227 N 0.092 0.026 0.007 0.008 0.204 0.023 0.640 228 P 0.041 0.011 0.053 0.043 0.210 0.222 0.420 229 L 0.015 0.013 0.065 0.079 0.166 0.281 0.379 230 E 0.009 0.006 0.061 0.197 0.150 0.102 0.475 231 T 0.006 0.004 0.020 0.469 0.081 0.047 0.373 232 V 0.004 0.006 0.035 0.798 0.021 0.063 0.073 233 L 0.002 0.002 0.018 0.902 0.010 0.034 0.031 234 L 0.001 0.001 0.007 0.973 0.004 0.007 0.008 235 K 0.001 0.001 0.004 0.986 0.002 0.005 0.003 236 E 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 237 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.001 238 K 0.001 0.001 0.009 0.970 0.001 0.018 0.002 239 K 0.001 0.001 0.013 0.887 0.005 0.092 0.003 240 V 0.001 0.001 0.016 0.337 0.013 0.627 0.006 241 N 0.002 0.002 0.005 0.020 0.047 0.873 0.051 242 A 0.068 0.006 0.007 0.010 0.080 0.026 0.803 243 K 0.529 0.052 0.012 0.014 0.068 0.009 0.315 244 T 0.544 0.024 0.018 0.020 0.032 0.017 0.345 245 I 0.325 0.012 0.032 0.038 0.114 0.079 0.400 246 N 0.078 0.006 0.027 0.061 0.295 0.365 0.169 247 G 0.057 0.005 0.018 0.142 0.277 0.290 0.211 248 L 0.015 0.002 0.017 0.866 0.029 0.028 0.045 249 G 0.024 0.003 0.010 0.919 0.015 0.011 0.019 250 M 0.027 0.002 0.011 0.932 0.006 0.009 0.013 251 L 0.014 0.001 0.014 0.940 0.006 0.014 0.012 252 I 0.009 0.001 0.006 0.954 0.007 0.015 0.009 253 Y 0.004 0.001 0.004 0.958 0.007 0.019 0.006 254 Q 0.003 0.001 0.004 0.951 0.005 0.027 0.011 255 G 0.003 0.001 0.003 0.949 0.005 0.026 0.012 256 A 0.003 0.001 0.003 0.961 0.008 0.012 0.012 257 V 0.003 0.001 0.003 0.972 0.004 0.012 0.006 258 A 0.002 0.001 0.003 0.967 0.003 0.020 0.004 259 F 0.004 0.001 0.004 0.969 0.005 0.011 0.007 260 K 0.004 0.001 0.010 0.965 0.004 0.012 0.005 261 I 0.003 0.001 0.014 0.944 0.006 0.030 0.004 262 W 0.002 0.001 0.013 0.919 0.006 0.053 0.006 263 T 0.003 0.002 0.016 0.629 0.036 0.294 0.019 264 G 0.007 0.002 0.018 0.126 0.233 0.401 0.213 265 V 0.027 0.011 0.020 0.045 0.275 0.083 0.540 266 E 0.052 0.058 0.013 0.034 0.203 0.029 0.612 267 P 0.028 0.027 0.013 0.034 0.162 0.039 0.697 268 N 0.007 0.007 0.006 0.030 0.096 0.038 0.816 269 I 0.001 0.001 0.026 0.871 0.025 0.028 0.048 270 E 0.001 0.001 0.010 0.965 0.005 0.014 0.006 271 V 0.001 0.001 0.008 0.973 0.003 0.012 0.004 272 M 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.007 0.004 273 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.003 0.002 274 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 275 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 276 I 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.009 0.003 277 I 0.001 0.001 0.003 0.962 0.004 0.026 0.004 278 D 0.001 0.001 0.004 0.925 0.006 0.059 0.005 279 K 0.002 0.001 0.010 0.826 0.019 0.113 0.029 280 I 0.014 0.009 0.016 0.579 0.109 0.116 0.157 281 T 0.021 0.015 0.033 0.337 0.006 0.207 0.381 282 K 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.988