# TARGET T0190 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0190.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.010 0.005 0.030 0.026 0.375 0.554 2 Q 0.018 0.019 0.044 0.028 0.374 0.517 3 Q 0.040 0.024 0.037 0.025 0.359 0.515 4 N 0.103 0.046 0.015 0.015 0.300 0.521 5 I 0.121 0.013 0.010 0.013 0.212 0.631 6 L 0.472 0.023 0.011 0.021 0.140 0.333 7 S 0.828 0.009 0.005 0.011 0.044 0.103 8 V 0.939 0.002 0.002 0.011 0.012 0.034 9 H 0.945 0.002 0.003 0.016 0.012 0.022 10 I 0.919 0.005 0.003 0.020 0.017 0.037 11 L 0.838 0.004 0.010 0.038 0.051 0.059 12 N 0.717 0.008 0.016 0.033 0.108 0.117 13 Q 0.419 0.019 0.052 0.066 0.328 0.116 14 Q 0.196 0.014 0.030 0.031 0.664 0.064 15 T 0.111 0.006 0.009 0.013 0.757 0.105 16 G 0.091 0.020 0.006 0.005 0.704 0.173 17 K 0.257 0.081 0.006 0.004 0.454 0.198 18 P 0.224 0.048 0.021 0.008 0.320 0.380 19 A 0.097 0.023 0.168 0.010 0.619 0.083 20 A 0.100 0.015 0.146 0.008 0.639 0.092 21 D 0.180 0.004 0.038 0.002 0.595 0.181 22 V 0.727 0.008 0.003 0.001 0.141 0.120 23 T 0.944 0.007 0.001 0.001 0.011 0.037 24 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 25 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 26 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 27 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 28 K 0.970 0.003 0.001 0.001 0.007 0.019 29 K 0.814 0.010 0.001 0.001 0.151 0.024 30 A 0.214 0.005 0.006 0.003 0.704 0.068 31 D 0.049 0.002 0.005 0.002 0.916 0.026 32 N 0.056 0.007 0.011 0.005 0.886 0.036 33 G 0.505 0.019 0.005 0.011 0.196 0.265 34 W 0.842 0.021 0.004 0.008 0.049 0.075 35 L 0.883 0.003 0.002 0.007 0.022 0.083 36 Q 0.921 0.011 0.004 0.004 0.019 0.041 37 L 0.819 0.010 0.013 0.007 0.058 0.092 38 N 0.744 0.001 0.024 0.009 0.096 0.126 39 T 0.698 0.010 0.028 0.009 0.107 0.148 40 A 0.759 0.015 0.009 0.005 0.083 0.129 41 K 0.820 0.009 0.006 0.002 0.069 0.093 42 T 0.749 0.087 0.003 0.002 0.065 0.093 43 D 0.135 0.046 0.005 0.003 0.788 0.022 44 K 0.011 0.001 0.017 0.012 0.943 0.016 45 D 0.009 0.001 0.007 0.003 0.965 0.016 46 G 0.085 0.042 0.005 0.005 0.823 0.039 47 R 0.242 0.118 0.001 0.009 0.090 0.540 48 I 0.369 0.258 0.008 0.016 0.112 0.237 49 K 0.209 0.027 0.047 0.019 0.484 0.215 50 A 0.104 0.014 0.069 0.023 0.592 0.197 51 L 0.048 0.013 0.079 0.039 0.615 0.206 52 W 0.103 0.043 0.057 0.037 0.549 0.211 53 P 0.100 0.019 0.054 0.037 0.503 0.287 54 E 0.033 0.006 0.240 0.069 0.529 0.122 55 Q 0.043 0.008 0.230 0.054 0.523 0.142 56 T 0.085 0.017 0.172 0.037 0.480 0.210 57 A 0.148 0.021 0.042 0.022 0.372 0.395 58 T 0.233 0.030 0.012 0.012 0.252 0.462 59 T 0.368 0.011 0.009 0.010 0.206 0.396 60 G 0.479 0.005 0.005 0.006 0.170 0.336 61 D 0.787 0.009 0.002 0.002 0.062 0.138 62 Y 0.950 0.002 0.001 0.001 0.008 0.040 63 R 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 64 V 0.972 0.002 0.001 0.001 0.003 0.021 65 V 0.937 0.002 0.001 0.002 0.010 0.049 66 F 0.784 0.004 0.002 0.004 0.039 0.168 67 K 0.438 0.015 0.002 0.012 0.072 0.461 68 T 0.080 0.007 0.010 0.439 0.170 0.294 69 G 0.005 0.001 0.016 0.851 0.099 0.030 70 D 0.005 0.001 0.013 0.887 0.082 0.012 71 Y 0.004 0.001 0.009 0.943 0.040 0.004 72 F 0.003 0.001 0.007 0.962 0.022 0.005 73 K 0.002 0.001 0.018 0.949 0.024 0.007 74 K 0.001 0.001 0.021 0.921 0.035 0.022 75 Q 0.002 0.001 0.018 0.744 0.075 0.159 76 N 0.002 0.001 0.002 0.009 0.094 0.892 77 L 0.007 0.004 0.002 0.003 0.111 0.872 78 E 0.036 0.027 0.005 0.004 0.243 0.684 79 S 0.083 0.015 0.008 0.005 0.255 0.634 80 F 0.264 0.030 0.030 0.006 0.207 0.463 81 F 0.383 0.025 0.065 0.004 0.239 0.284 82 P 0.412 0.017 0.069 0.003 0.199 0.299 83 E 0.344 0.005 0.023 0.002 0.173 0.452 84 I 0.730 0.004 0.004 0.001 0.068 0.193 85 P 0.952 0.004 0.001 0.001 0.010 0.033 86 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 87 E 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 88 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 89 H 0.945 0.001 0.001 0.001 0.021 0.031 90 I 0.801 0.008 0.004 0.001 0.090 0.095 91 N 0.522 0.028 0.013 0.001 0.287 0.149 92 K 0.069 0.016 0.027 0.003 0.848 0.037 93 V 0.012 0.001 0.050 0.008 0.903 0.026 94 N 0.011 0.003 0.030 0.004 0.930 0.020 95 E 0.089 0.015 0.015 0.010 0.776 0.096 96 H 0.547 0.013 0.002 0.003 0.141 0.293 97 Y 0.941 0.009 0.001 0.001 0.018 0.031 98 H 0.930 0.008 0.001 0.001 0.024 0.036 99 V 0.942 0.002 0.001 0.001 0.017 0.037 100 P 0.939 0.001 0.005 0.001 0.017 0.037 101 L 0.889 0.002 0.008 0.002 0.033 0.065 102 L 0.888 0.020 0.006 0.003 0.038 0.046 103 L 0.668 0.017 0.010 0.005 0.088 0.212 104 S 0.247 0.014 0.024 0.004 0.299 0.411 105 Q 0.105 0.017 0.269 0.011 0.406 0.192 106 Y 0.091 0.010 0.370 0.017 0.412 0.101 107 G 0.093 0.039 0.351 0.021 0.412 0.085 108 Y 0.122 0.034 0.192 0.029 0.451 0.172 109 S 0.128 0.019 0.113 0.050 0.457 0.231 110 T 0.139 0.017 0.058 0.061 0.492 0.232 111 Y 0.126 0.027 0.056 0.064 0.406 0.322 112 R 0.063 0.029 0.028 0.045 0.258 0.578 113 G 0.026 0.012 0.012 0.038 0.186 0.725 114 S 0.001 0.004 0.001 0.005 0.035 0.953