# TARGET T0190 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0190.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 2 Q 0.010 0.015 0.011 0.009 0.011 0.074 0.870 3 Q 0.009 0.013 0.024 0.017 0.352 0.130 0.455 4 N 0.015 0.009 0.018 0.021 0.279 0.067 0.591 5 I 0.086 0.023 0.037 0.053 0.165 0.142 0.494 6 L 0.313 0.033 0.034 0.032 0.129 0.063 0.397 7 S 0.546 0.030 0.011 0.013 0.079 0.010 0.311 8 V 0.837 0.004 0.004 0.013 0.031 0.006 0.105 9 H 0.918 0.005 0.003 0.015 0.013 0.009 0.037 10 I 0.923 0.003 0.002 0.021 0.006 0.005 0.040 11 L 0.857 0.007 0.004 0.038 0.022 0.008 0.066 12 N 0.664 0.013 0.008 0.049 0.028 0.014 0.223 13 Q 0.433 0.008 0.035 0.066 0.065 0.172 0.221 14 Q 0.240 0.018 0.031 0.085 0.119 0.379 0.129 15 T 0.089 0.009 0.034 0.039 0.209 0.548 0.073 16 G 0.051 0.003 0.014 0.006 0.326 0.346 0.254 17 K 0.287 0.059 0.010 0.005 0.185 0.040 0.415 18 P 0.321 0.102 0.012 0.006 0.073 0.036 0.449 19 A 0.138 0.013 0.033 0.005 0.161 0.063 0.587 20 A 0.065 0.017 0.066 0.005 0.245 0.443 0.158 21 D 0.089 0.012 0.026 0.002 0.110 0.388 0.372 22 V 0.092 0.003 0.001 0.001 0.042 0.002 0.860 23 T 0.811 0.004 0.001 0.001 0.024 0.001 0.159 24 V 0.951 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 25 T 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 26 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 27 E 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 28 K 0.878 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.103 29 K 0.501 0.007 0.005 0.002 0.061 0.023 0.400 30 A 0.114 0.004 0.023 0.005 0.167 0.349 0.337 31 D 0.009 0.002 0.017 0.002 0.164 0.755 0.051 32 N 0.034 0.005 0.019 0.005 0.360 0.318 0.258 33 G 0.257 0.021 0.008 0.011 0.204 0.053 0.446 34 W 0.582 0.028 0.009 0.023 0.064 0.028 0.265 35 L 0.721 0.023 0.012 0.019 0.036 0.014 0.176 36 Q 0.669 0.031 0.027 0.025 0.044 0.025 0.180 37 L 0.702 0.010 0.033 0.021 0.059 0.043 0.132 38 N 0.681 0.007 0.044 0.016 0.060 0.064 0.129 39 T 0.631 0.012 0.031 0.016 0.082 0.059 0.170 40 A 0.652 0.010 0.008 0.006 0.110 0.020 0.194 41 K 0.675 0.047 0.006 0.003 0.070 0.013 0.186 42 T 0.389 0.313 0.004 0.004 0.044 0.011 0.236 43 D 0.053 0.012 0.009 0.002 0.040 0.059 0.824 44 K 0.006 0.003 0.010 0.002 0.068 0.880 0.031 45 D 0.006 0.012 0.015 0.006 0.191 0.721 0.048 46 G 0.017 0.010 0.004 0.006 0.697 0.057 0.208 47 R 0.086 0.097 0.006 0.012 0.138 0.061 0.598 48 I 0.176 0.347 0.013 0.013 0.053 0.033 0.365 49 K 0.111 0.056 0.074 0.024 0.144 0.088 0.503 50 A 0.084 0.018 0.106 0.036 0.255 0.150 0.350 51 L 0.084 0.052 0.126 0.063 0.130 0.156 0.391 52 W 0.064 0.049 0.033 0.032 0.215 0.044 0.562 53 P 0.065 0.028 0.032 0.037 0.126 0.061 0.652 54 E 0.017 0.007 0.351 0.165 0.087 0.250 0.124 55 Q 0.023 0.005 0.433 0.120 0.090 0.242 0.088 56 T 0.067 0.019 0.368 0.094 0.101 0.189 0.162 57 A 0.190 0.022 0.050 0.063 0.214 0.065 0.396 58 T 0.309 0.011 0.015 0.022 0.173 0.045 0.426 59 T 0.561 0.027 0.017 0.019 0.102 0.118 0.156 60 G 0.771 0.009 0.008 0.005 0.048 0.054 0.106 61 D 0.889 0.003 0.002 0.001 0.013 0.004 0.088 62 Y 0.947 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.036 63 R 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 64 V 0.976 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 65 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 66 F 0.922 0.008 0.001 0.005 0.011 0.002 0.051 67 K 0.548 0.014 0.001 0.017 0.035 0.007 0.378 68 T 0.090 0.011 0.020 0.359 0.062 0.084 0.373 69 G 0.003 0.001 0.027 0.822 0.048 0.079 0.020 70 D 0.003 0.001 0.025 0.893 0.016 0.053 0.009 71 Y 0.003 0.001 0.010 0.952 0.007 0.013 0.014 72 F 0.005 0.003 0.005 0.959 0.004 0.016 0.008 73 K 0.005 0.001 0.007 0.910 0.006 0.059 0.010 74 K 0.004 0.001 0.014 0.674 0.017 0.281 0.010 75 Q 0.001 0.001 0.003 0.050 0.024 0.916 0.006 76 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.943 0.022 77 L 0.021 0.021 0.002 0.001 0.144 0.010 0.802 78 E 0.036 0.020 0.005 0.001 0.085 0.009 0.846 79 S 0.146 0.028 0.049 0.002 0.200 0.084 0.492 80 F 0.262 0.021 0.048 0.002 0.111 0.133 0.422 81 F 0.276 0.027 0.059 0.001 0.102 0.024 0.510 82 P 0.273 0.025 0.052 0.001 0.116 0.035 0.499 83 E 0.463 0.026 0.028 0.001 0.093 0.057 0.333 84 I 0.628 0.010 0.001 0.001 0.040 0.001 0.319 85 P 0.917 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.062 86 V 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 87 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 89 H 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 90 I 0.773 0.005 0.001 0.001 0.029 0.006 0.185 91 N 0.335 0.012 0.006 0.002 0.223 0.064 0.358 92 K 0.082 0.011 0.022 0.002 0.205 0.104 0.575 93 V 0.008 0.001 0.031 0.003 0.140 0.791 0.027 94 N 0.018 0.005 0.035 0.002 0.146 0.747 0.047 95 E 0.253 0.009 0.017 0.003 0.259 0.078 0.381 96 H 0.541 0.029 0.002 0.001 0.059 0.018 0.350 97 Y 0.795 0.012 0.002 0.001 0.031 0.004 0.156 98 H 0.934 0.005 0.002 0.001 0.009 0.003 0.046 99 V 0.935 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.051 100 P 0.902 0.001 0.003 0.005 0.009 0.004 0.075 101 L 0.912 0.003 0.005 0.008 0.010 0.012 0.051 102 L 0.880 0.005 0.008 0.007 0.027 0.015 0.057 103 L 0.684 0.025 0.012 0.016 0.084 0.015 0.164 104 S 0.244 0.021 0.012 0.006 0.107 0.021 0.589 105 Q 0.039 0.005 0.047 0.008 0.147 0.641 0.114 106 Y 0.025 0.012 0.064 0.015 0.108 0.708 0.068 107 G 0.078 0.021 0.086 0.040 0.235 0.252 0.287 108 Y 0.187 0.020 0.090 0.100 0.143 0.145 0.315 109 S 0.341 0.064 0.065 0.074 0.092 0.100 0.264 110 T 0.304 0.050 0.070 0.094 0.081 0.111 0.289 111 Y 0.297 0.033 0.026 0.088 0.164 0.155 0.236 112 R 0.126 0.017 0.018 0.059 0.168 0.264 0.349 113 G 0.031 0.016 0.007 0.025 0.042 0.139 0.741 114 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.987