# TARGET T0190 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0190.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 36 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.103 0.146 0.105 0.057 0.166 0.044 0.062 0.086 0.078 0.099 0.053 2 Q 0.076 0.108 0.061 0.041 0.134 0.032 0.049 0.154 0.142 0.146 0.057 3 Q 0.069 0.096 0.091 0.088 0.083 0.062 0.084 0.082 0.094 0.202 0.048 4 N 0.022 0.222 0.314 0.160 0.072 0.035 0.028 0.052 0.041 0.038 0.017 5 I 0.095 0.172 0.059 0.010 0.173 0.015 0.048 0.179 0.136 0.072 0.041 6 L 0.112 0.136 0.047 0.010 0.231 0.009 0.018 0.110 0.119 0.157 0.051 7 S 0.193 0.129 0.038 0.012 0.300 0.008 0.021 0.125 0.042 0.058 0.075 8 V 0.154 0.127 0.025 0.019 0.275 0.041 0.056 0.182 0.055 0.035 0.031 9 H 0.160 0.143 0.028 0.009 0.444 0.004 0.011 0.112 0.031 0.025 0.033 10 I 0.258 0.044 0.006 0.004 0.346 0.008 0.021 0.224 0.035 0.018 0.037 11 L 0.114 0.168 0.027 0.012 0.339 0.014 0.029 0.182 0.042 0.037 0.036 12 N 0.229 0.071 0.018 0.005 0.370 0.008 0.026 0.152 0.046 0.022 0.053 13 Q 0.074 0.050 0.019 0.013 0.076 0.015 0.050 0.320 0.236 0.108 0.040 14 Q 0.036 0.043 0.019 0.042 0.046 0.097 0.321 0.205 0.086 0.087 0.019 15 T 0.040 0.239 0.082 0.073 0.087 0.059 0.136 0.099 0.069 0.094 0.022 16 G 0.047 0.052 0.098 0.240 0.037 0.034 0.014 0.035 0.059 0.272 0.111 17 K 0.029 0.291 0.323 0.096 0.084 0.023 0.031 0.057 0.038 0.016 0.011 18 P 0.077 0.229 0.113 0.027 0.133 0.026 0.075 0.090 0.099 0.085 0.046 19 A 0.132 0.131 0.153 0.040 0.174 0.021 0.020 0.061 0.094 0.107 0.066 20 A 0.015 0.110 0.062 0.044 0.060 0.163 0.289 0.106 0.094 0.050 0.006 21 D 0.238 0.017 0.009 0.005 0.097 0.002 0.002 0.004 0.021 0.308 0.298 22 V 0.099 0.298 0.018 0.002 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 23 T 0.313 0.030 0.002 0.001 0.625 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 24 V 0.348 0.061 0.002 0.001 0.567 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 25 T 0.165 0.081 0.004 0.001 0.735 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 26 L 0.536 0.017 0.001 0.001 0.390 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 27 E 0.142 0.241 0.030 0.004 0.547 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 28 K 0.199 0.195 0.023 0.002 0.535 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.036 29 K 0.158 0.228 0.295 0.063 0.126 0.023 0.013 0.023 0.011 0.011 0.048 30 A 0.011 0.030 0.064 0.194 0.017 0.207 0.151 0.182 0.116 0.022 0.006 31 D 0.017 0.294 0.241 0.200 0.053 0.033 0.038 0.048 0.027 0.037 0.011 32 N 0.030 0.057 0.034 0.030 0.042 0.021 0.016 0.041 0.059 0.546 0.124 33 G 0.086 0.298 0.101 0.033 0.246 0.026 0.040 0.051 0.038 0.049 0.032 34 W 0.367 0.090 0.026 0.010 0.258 0.005 0.007 0.016 0.020 0.065 0.136 35 L 0.036 0.485 0.238 0.023 0.172 0.009 0.011 0.011 0.005 0.004 0.005 36 Q 0.417 0.098 0.017 0.002 0.395 0.002 0.003 0.015 0.006 0.005 0.040 37 L 0.202 0.143 0.061 0.047 0.279 0.063 0.043 0.047 0.026 0.028 0.060 38 N 0.215 0.135 0.067 0.030 0.338 0.048 0.024 0.030 0.022 0.045 0.044 39 T 0.239 0.180 0.040 0.026 0.307 0.019 0.015 0.029 0.030 0.048 0.068 40 A 0.126 0.253 0.092 0.028 0.299 0.012 0.014 0.031 0.020 0.061 0.065 41 K 0.271 0.174 0.042 0.007 0.295 0.010 0.012 0.017 0.010 0.048 0.114 42 T 0.019 0.568 0.115 0.032 0.240 0.004 0.002 0.004 0.002 0.007 0.007 43 D 0.017 0.158 0.649 0.083 0.014 0.013 0.008 0.025 0.020 0.006 0.006 44 K 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.021 0.067 0.544 0.337 0.011 0.001 45 D 0.001 0.715 0.225 0.023 0.018 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 46 G 0.010 0.025 0.019 0.017 0.018 0.006 0.004 0.009 0.016 0.620 0.256 47 R 0.065 0.451 0.081 0.002 0.284 0.006 0.016 0.037 0.019 0.023 0.017 48 I 0.228 0.222 0.072 0.007 0.300 0.003 0.007 0.020 0.021 0.034 0.086 49 K 0.024 0.256 0.152 0.095 0.103 0.085 0.110 0.086 0.069 0.013 0.007 50 A 0.077 0.133 0.076 0.021 0.147 0.014 0.035 0.148 0.205 0.093 0.050 51 L 0.079 0.089 0.034 0.006 0.176 0.008 0.038 0.087 0.078 0.341 0.064 52 W 0.129 0.325 0.156 0.013 0.193 0.010 0.020 0.038 0.021 0.054 0.041 53 P 0.021 0.381 0.271 0.045 0.068 0.017 0.015 0.084 0.055 0.032 0.011 54 E 0.023 0.057 0.023 0.015 0.062 0.005 0.014 0.344 0.384 0.059 0.015 55 Q 0.009 0.023 0.016 0.007 0.015 0.009 0.025 0.386 0.350 0.144 0.016 56 T 0.017 0.041 0.012 0.006 0.040 0.011 0.088 0.321 0.190 0.254 0.019 57 A 0.232 0.111 0.031 0.007 0.184 0.009 0.014 0.085 0.069 0.162 0.097 58 T 0.041 0.160 0.163 0.080 0.136 0.085 0.102 0.133 0.053 0.030 0.018 59 T 0.097 0.093 0.046 0.037 0.117 0.047 0.106 0.114 0.088 0.194 0.062 60 G 0.051 0.164 0.187 0.146 0.126 0.020 0.017 0.021 0.021 0.203 0.042 61 D 0.306 0.103 0.009 0.003 0.505 0.004 0.008 0.006 0.003 0.013 0.040 62 Y 0.180 0.122 0.013 0.005 0.652 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 63 R 0.221 0.092 0.006 0.001 0.663 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 64 V 0.259 0.059 0.002 0.001 0.655 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 65 V 0.432 0.039 0.004 0.002 0.400 0.007 0.011 0.007 0.004 0.008 0.087 66 F 0.125 0.277 0.056 0.021 0.433 0.020 0.013 0.015 0.007 0.006 0.028 67 K 0.374 0.024 0.008 0.015 0.115 0.015 0.013 0.035 0.024 0.084 0.294 68 T 0.019 0.186 0.359 0.223 0.030 0.016 0.004 0.042 0.045 0.063 0.013 69 G 0.005 0.083 0.057 0.037 0.018 0.009 0.019 0.539 0.205 0.023 0.004 70 D 0.003 0.007 0.005 0.002 0.005 0.003 0.036 0.804 0.124 0.009 0.001 71 Y 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.843 0.115 0.017 0.002 72 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.867 0.094 0.018 0.003 73 K 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.054 0.714 0.211 0.005 0.001 74 K 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.007 0.132 0.734 0.104 0.009 0.001 75 Q 0.001 0.756 0.216 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 76 N 0.071 0.006 0.003 0.011 0.011 0.002 0.001 0.002 0.007 0.379 0.507 77 L 0.062 0.461 0.182 0.010 0.213 0.004 0.006 0.012 0.016 0.015 0.020 78 E 0.049 0.386 0.210 0.048 0.154 0.016 0.014 0.036 0.036 0.019 0.032 79 S 0.101 0.211 0.092 0.011 0.160 0.024 0.074 0.113 0.137 0.043 0.034 80 F 0.126 0.081 0.033 0.011 0.141 0.007 0.011 0.043 0.122 0.326 0.100 81 F 0.085 0.259 0.112 0.024 0.297 0.010 0.017 0.046 0.063 0.059 0.029 82 P 0.051 0.078 0.042 0.014 0.119 0.025 0.150 0.272 0.181 0.059 0.009 83 E 0.221 0.061 0.016 0.009 0.170 0.007 0.027 0.034 0.060 0.239 0.157 84 I 0.070 0.378 0.029 0.003 0.506 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 85 P 0.306 0.041 0.003 0.001 0.612 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.026 86 V 0.284 0.057 0.002 0.001 0.629 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 87 E 0.442 0.011 0.001 0.002 0.412 0.005 0.006 0.002 0.001 0.009 0.108 88 F 0.169 0.202 0.023 0.007 0.538 0.004 0.003 0.003 0.002 0.012 0.036 89 H 0.256 0.146 0.031 0.005 0.444 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.094 90 I 0.247 0.094 0.034 0.030 0.302 0.028 0.022 0.040 0.044 0.064 0.095 91 N 0.041 0.240 0.164 0.115 0.092 0.034 0.051 0.106 0.073 0.060 0.023 92 K 0.075 0.075 0.083 0.063 0.079 0.059 0.055 0.163 0.146 0.144 0.059 93 V 0.010 0.051 0.041 0.071 0.023 0.112 0.173 0.271 0.189 0.049 0.008 94 N 0.021 0.042 0.045 0.074 0.030 0.042 0.044 0.074 0.109 0.447 0.071 95 E 0.121 0.207 0.082 0.024 0.265 0.019 0.026 0.059 0.064 0.087 0.047 96 H 0.201 0.158 0.048 0.016 0.368 0.014 0.024 0.038 0.034 0.040 0.057 97 Y 0.250 0.117 0.017 0.005 0.446 0.003 0.009 0.022 0.019 0.043 0.070 98 H 0.228 0.156 0.034 0.012 0.404 0.010 0.016 0.038 0.016 0.044 0.043 99 V 0.174 0.197 0.069 0.012 0.436 0.007 0.009 0.039 0.014 0.012 0.031 100 P 0.305 0.096 0.024 0.015 0.348 0.017 0.021 0.080 0.028 0.012 0.053 101 L 0.124 0.178 0.049 0.023 0.355 0.022 0.038 0.109 0.044 0.028 0.030 102 L 0.260 0.113 0.014 0.002 0.375 0.004 0.021 0.094 0.029 0.033 0.055 103 L 0.116 0.165 0.049 0.045 0.200 0.057 0.066 0.070 0.052 0.120 0.060 104 S 0.058 0.318 0.316 0.059 0.165 0.011 0.010 0.023 0.016 0.011 0.014 105 Q 0.020 0.025 0.022 0.021 0.021 0.037 0.108 0.342 0.346 0.044 0.014 106 Y 0.029 0.155 0.121 0.049 0.077 0.025 0.069 0.113 0.134 0.182 0.045 107 G 0.075 0.118 0.085 0.109 0.126 0.060 0.056 0.083 0.096 0.116 0.076 108 Y 0.109 0.149 0.041 0.016 0.214 0.020 0.042 0.107 0.114 0.124 0.065 109 S 0.145 0.074 0.026 0.010 0.225 0.011 0.048 0.129 0.139 0.122 0.072 110 T 0.113 0.111 0.064 0.045 0.182 0.034 0.044 0.110 0.120 0.132 0.045 111 Y 0.135 0.136 0.085 0.036 0.220 0.029 0.066 0.119 0.060 0.054 0.061 112 R 0.051 0.111 0.074 0.045 0.086 0.052 0.099 0.196 0.136 0.110 0.041 113 G 0.039 0.108 0.129 0.127 0.083 0.059 0.047 0.096 0.090 0.169 0.052 114 S 0.074 0.189 0.144 0.041 0.150 0.028 0.047 0.149 0.094 0.054 0.029