# TARGET T0189 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0189.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 188 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.003 0.001 0.002 0.139 0.779 2 V 0.534 0.011 0.001 0.002 0.031 0.422 3 L 0.940 0.002 0.001 0.001 0.004 0.053 4 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 5 V 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 6 T 0.817 0.003 0.001 0.002 0.023 0.153 7 L 0.301 0.004 0.010 0.003 0.136 0.545 8 N 0.225 0.006 0.054 0.008 0.384 0.323 9 P 0.184 0.017 0.146 0.018 0.387 0.249 10 A 0.371 0.041 0.124 0.019 0.289 0.156 11 L 0.565 0.005 0.043 0.013 0.245 0.130 12 D 0.660 0.004 0.021 0.013 0.149 0.153 13 R 0.807 0.016 0.009 0.016 0.077 0.076 14 E 0.903 0.005 0.004 0.011 0.038 0.039 15 I 0.913 0.004 0.002 0.007 0.029 0.045 16 F 0.801 0.010 0.004 0.013 0.072 0.099 17 I 0.440 0.027 0.025 0.021 0.278 0.209 18 E 0.149 0.005 0.039 0.021 0.515 0.271 19 D 0.100 0.021 0.045 0.015 0.542 0.277 20 F 0.119 0.074 0.017 0.013 0.390 0.386 21 Q 0.074 0.032 0.016 0.018 0.583 0.276 22 V 0.030 0.013 0.079 0.047 0.678 0.153 23 N 0.022 0.010 0.092 0.043 0.728 0.106 24 R 0.097 0.013 0.086 0.063 0.608 0.134 25 L 0.304 0.035 0.027 0.055 0.249 0.330 26 Y 0.435 0.062 0.014 0.057 0.135 0.298 27 R 0.353 0.024 0.022 0.078 0.151 0.373 28 I 0.186 0.013 0.100 0.137 0.247 0.317 29 N 0.182 0.020 0.156 0.123 0.258 0.262 30 D 0.138 0.010 0.103 0.098 0.269 0.382 31 L 0.130 0.037 0.044 0.091 0.244 0.454 32 S 0.068 0.005 0.026 0.070 0.150 0.682 33 K 0.175 0.015 0.056 0.158 0.158 0.438 34 T 0.315 0.020 0.046 0.144 0.126 0.350 35 Q 0.547 0.017 0.034 0.090 0.096 0.215 36 M 0.615 0.034 0.019 0.080 0.077 0.174 37 S 0.360 0.033 0.019 0.119 0.241 0.228 38 P 0.112 0.015 0.018 0.121 0.350 0.383 39 G 0.025 0.007 0.011 0.128 0.377 0.451 40 G 0.018 0.019 0.018 0.250 0.305 0.391 41 K 0.006 0.010 0.007 0.667 0.079 0.232 42 G 0.001 0.001 0.003 0.973 0.008 0.013 43 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 44 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 45 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 46 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 47 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 50 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 51 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 52 L 0.001 0.001 0.005 0.911 0.026 0.057 53 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.070 0.921 54 V 0.026 0.005 0.001 0.003 0.139 0.826 55 P 0.166 0.004 0.003 0.001 0.132 0.694 56 S 0.794 0.004 0.010 0.003 0.058 0.131 57 V 0.959 0.003 0.004 0.001 0.010 0.022 58 A 0.977 0.001 0.002 0.001 0.006 0.013 59 T 0.955 0.001 0.003 0.002 0.011 0.028 60 G 0.910 0.003 0.003 0.003 0.022 0.059 61 F 0.806 0.013 0.004 0.005 0.077 0.094 62 V 0.442 0.019 0.005 0.004 0.225 0.306 63 G 0.073 0.010 0.011 0.007 0.510 0.390 64 G 0.015 0.005 0.141 0.082 0.666 0.091 65 Y 0.005 0.003 0.174 0.282 0.482 0.054 66 M 0.003 0.008 0.146 0.440 0.367 0.036 67 G 0.002 0.001 0.034 0.793 0.113 0.058 68 K 0.002 0.001 0.018 0.920 0.035 0.024 69 I 0.003 0.004 0.031 0.932 0.022 0.008 70 L 0.008 0.002 0.014 0.948 0.013 0.015 71 V 0.011 0.001 0.015 0.953 0.012 0.008 72 E 0.002 0.001 0.017 0.963 0.011 0.007 73 E 0.001 0.001 0.013 0.979 0.004 0.002 74 L 0.001 0.001 0.017 0.966 0.011 0.005 75 R 0.001 0.001 0.022 0.960 0.013 0.005 76 K 0.001 0.001 0.018 0.844 0.082 0.053 77 I 0.001 0.001 0.022 0.543 0.199 0.234 78 S 0.004 0.012 0.116 0.241 0.480 0.147 79 K 0.005 0.009 0.174 0.135 0.529 0.148 80 L 0.010 0.004 0.098 0.036 0.513 0.338 81 I 0.031 0.030 0.026 0.014 0.510 0.390 82 T 0.043 0.015 0.014 0.008 0.270 0.651 83 T 0.111 0.025 0.152 0.029 0.419 0.263 84 N 0.167 0.003 0.167 0.030 0.437 0.197 85 F 0.535 0.009 0.090 0.026 0.213 0.127 86 V 0.873 0.010 0.005 0.006 0.039 0.065 87 Y 0.892 0.009 0.003 0.006 0.027 0.062 88 V 0.824 0.014 0.005 0.008 0.056 0.094 89 E 0.537 0.010 0.013 0.010 0.279 0.149 90 G 0.117 0.006 0.023 0.012 0.633 0.208 91 E 0.072 0.009 0.020 0.007 0.702 0.190 92 T 0.142 0.042 0.022 0.006 0.553 0.235 93 R 0.215 0.018 0.012 0.004 0.324 0.427 94 E 0.516 0.022 0.008 0.004 0.197 0.253 95 N 0.666 0.007 0.004 0.002 0.106 0.215 96 I 0.917 0.004 0.001 0.001 0.021 0.057 97 E 0.980 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 98 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 99 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 100 D 0.980 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 101 E 0.954 0.004 0.001 0.001 0.019 0.023 102 K 0.606 0.013 0.004 0.001 0.322 0.053 103 N 0.049 0.003 0.032 0.005 0.876 0.034 104 K 0.017 0.002 0.049 0.006 0.899 0.026 105 T 0.101 0.010 0.042 0.009 0.777 0.060 106 I 0.517 0.012 0.007 0.006 0.163 0.294 107 T 0.881 0.012 0.002 0.002 0.024 0.079 108 A 0.942 0.004 0.001 0.002 0.015 0.036 109 I 0.950 0.003 0.001 0.002 0.016 0.027 110 N 0.904 0.006 0.002 0.005 0.028 0.054 111 F 0.737 0.012 0.005 0.012 0.080 0.154 112 P 0.273 0.015 0.008 0.018 0.231 0.455 113 G 0.037 0.009 0.016 0.025 0.403 0.508 114 P 0.015 0.008 0.061 0.084 0.466 0.367 115 D 0.009 0.009 0.124 0.179 0.433 0.247 116 V 0.010 0.012 0.208 0.314 0.340 0.116 117 T 0.009 0.004 0.184 0.364 0.322 0.117 118 D 0.013 0.008 0.161 0.406 0.285 0.128 119 M 0.014 0.018 0.111 0.426 0.265 0.165 120 D 0.018 0.015 0.038 0.331 0.210 0.388 121 V 0.007 0.003 0.093 0.676 0.129 0.093 122 N 0.004 0.002 0.091 0.746 0.092 0.065 123 H 0.001 0.001 0.111 0.815 0.053 0.019 124 F 0.001 0.001 0.075 0.842 0.057 0.024 125 L 0.001 0.001 0.055 0.835 0.075 0.034 126 R 0.001 0.001 0.038 0.808 0.088 0.063 127 R 0.002 0.002 0.028 0.620 0.129 0.219 128 Y 0.002 0.003 0.018 0.632 0.123 0.221 129 K 0.002 0.002 0.051 0.809 0.101 0.035 130 M 0.003 0.002 0.069 0.740 0.147 0.038 131 T 0.002 0.001 0.091 0.761 0.115 0.031 132 L 0.004 0.002 0.173 0.712 0.089 0.020 133 S 0.002 0.001 0.187 0.592 0.167 0.051 134 K 0.006 0.001 0.116 0.303 0.336 0.236 135 V 0.025 0.001 0.016 0.025 0.390 0.543 136 D 0.114 0.002 0.005 0.007 0.252 0.619 137 C 0.950 0.003 0.001 0.001 0.012 0.034 138 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 139 V 0.985 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 140 I 0.877 0.002 0.005 0.002 0.023 0.091 141 S 0.377 0.004 0.058 0.006 0.184 0.370 142 G 0.096 0.007 0.126 0.016 0.378 0.378 143 S 0.120 0.041 0.093 0.016 0.367 0.364 144 I 0.098 0.050 0.061 0.016 0.457 0.318 145 P 0.027 0.008 0.088 0.019 0.615 0.243 146 P 0.008 0.002 0.103 0.026 0.661 0.199 147 G 0.006 0.004 0.072 0.025 0.667 0.226 148 V 0.010 0.021 0.020 0.026 0.492 0.431 149 N 0.009 0.011 0.010 0.050 0.225 0.695 150 E 0.002 0.001 0.041 0.792 0.092 0.070 151 G 0.002 0.001 0.034 0.901 0.042 0.021 152 I 0.001 0.001 0.036 0.937 0.019 0.007 153 C 0.001 0.001 0.006 0.982 0.005 0.006 154 N 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 155 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 156 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 157 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.003 158 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 159 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.002 160 A 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.003 161 R 0.001 0.001 0.009 0.973 0.012 0.006 162 E 0.001 0.001 0.012 0.941 0.028 0.018 163 R 0.004 0.001 0.012 0.678 0.101 0.203 164 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.066 0.928 165 V 0.115 0.002 0.001 0.001 0.087 0.794 166 F 0.784 0.012 0.001 0.001 0.035 0.167 167 V 0.945 0.006 0.001 0.001 0.011 0.037 168 F 0.955 0.002 0.001 0.001 0.008 0.033 169 V 0.851 0.017 0.001 0.001 0.023 0.107 170 E 0.377 0.015 0.005 0.007 0.346 0.251 171 Q 0.024 0.003 0.050 0.020 0.617 0.286 172 T 0.011 0.009 0.072 0.029 0.680 0.200 173 P 0.006 0.008 0.159 0.068 0.635 0.124 174 R 0.010 0.012 0.112 0.181 0.326 0.359 175 L 0.010 0.011 0.151 0.379 0.266 0.183 176 L 0.007 0.003 0.128 0.473 0.232 0.156 177 E 0.007 0.005 0.115 0.588 0.181 0.104 178 R 0.007 0.005 0.113 0.644 0.149 0.083 179 I 0.007 0.003 0.080 0.715 0.118 0.077 180 Y 0.004 0.003 0.134 0.638 0.148 0.072 181 E 0.003 0.002 0.125 0.668 0.134 0.067 182 G 0.003 0.002 0.124 0.709 0.114 0.048 183 P 0.004 0.003 0.245 0.543 0.158 0.046 184 E 0.007 0.001 0.190 0.435 0.261 0.106 185 F 0.018 0.002 0.143 0.332 0.275 0.229 186 P 0.051 0.006 0.053 0.182 0.359 0.350 187 N 0.128 0.005 0.039 0.100 0.301 0.426 188 V 0.677 0.009 0.018 0.065 0.106 0.125 189 V 0.826 0.012 0.008 0.049 0.038 0.068 190 K 0.777 0.007 0.007 0.069 0.052 0.088 191 P 0.412 0.009 0.017 0.165 0.117 0.279 192 D 0.114 0.029 0.007 0.138 0.112 0.600 193 L 0.005 0.002 0.005 0.898 0.027 0.064 194 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 195 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 196 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 197 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 198 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 199 S 0.001 0.001 0.002 0.984 0.010 0.004 200 F 0.001 0.001 0.002 0.975 0.013 0.009 201 L 0.001 0.002 0.003 0.942 0.016 0.036 202 G 0.001 0.001 0.004 0.097 0.113 0.785 203 V 0.009 0.005 0.022 0.045 0.230 0.689 204 D 0.037 0.023 0.024 0.033 0.293 0.590 205 L 0.021 0.018 0.047 0.061 0.477 0.375 206 K 0.007 0.006 0.028 0.043 0.408 0.507 207 T 0.007 0.005 0.037 0.098 0.486 0.367 208 F 0.002 0.001 0.165 0.512 0.251 0.069 209 D 0.003 0.003 0.107 0.581 0.188 0.119 210 D 0.003 0.003 0.096 0.727 0.085 0.085 211 Y 0.001 0.001 0.007 0.969 0.007 0.017 212 V 0.001 0.001 0.003 0.977 0.010 0.010 213 K 0.001 0.001 0.003 0.983 0.007 0.006 214 L 0.001 0.001 0.003 0.987 0.006 0.003 215 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.009 0.003 216 E 0.001 0.001 0.003 0.982 0.011 0.004 217 K 0.001 0.001 0.004 0.982 0.010 0.004 218 L 0.001 0.001 0.009 0.970 0.014 0.007 219 A 0.001 0.001 0.065 0.895 0.031 0.009 220 E 0.001 0.001 0.073 0.824 0.076 0.026 221 K 0.005 0.005 0.080 0.547 0.217 0.147 222 S 0.011 0.003 0.009 0.015 0.388 0.573 223 Q 0.028 0.001 0.005 0.001 0.391 0.573 224 V 0.710 0.010 0.002 0.001 0.122 0.155 225 S 0.976 0.003 0.001 0.001 0.008 0.013 226 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 227 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 228 S 0.954 0.004 0.001 0.001 0.009 0.033 229 Y 0.567 0.007 0.004 0.001 0.124 0.297 230 E 0.109 0.010 0.010 0.001 0.633 0.237 231 V 0.023 0.010 0.059 0.001 0.819 0.088 232 K 0.046 0.008 0.053 0.001 0.821 0.070 233 N 0.164 0.003 0.031 0.001 0.719 0.083 234 D 0.710 0.014 0.005 0.001 0.133 0.138 235 I 0.930 0.012 0.002 0.001 0.025 0.031 236 V 0.966 0.003 0.002 0.001 0.016 0.013 237 A 0.966 0.004 0.001 0.001 0.014 0.015 238 T 0.738 0.012 0.003 0.001 0.219 0.026 239 R 0.070 0.002 0.023 0.006 0.870 0.029 240 E 0.033 0.001 0.016 0.005 0.908 0.037 241 G 0.287 0.015 0.016 0.007 0.611 0.064 242 V 0.757 0.017 0.001 0.003 0.055 0.166 243 W 0.929 0.008 0.001 0.002 0.012 0.049 244 L 0.902 0.008 0.001 0.002 0.019 0.069 245 I 0.699 0.016 0.002 0.003 0.071 0.209 246 R 0.264 0.004 0.003 0.003 0.151 0.575 247 S 0.177 0.014 0.006 0.004 0.187 0.612 248 K 0.138 0.019 0.005 0.005 0.181 0.651 249 E 0.172 0.009 0.005 0.007 0.107 0.700 250 E 0.355 0.018 0.013 0.015 0.086 0.513 251 I 0.465 0.007 0.012 0.017 0.070 0.428 252 D 0.702 0.008 0.013 0.018 0.053 0.205 253 T 0.732 0.015 0.009 0.021 0.046 0.178 254 S 0.719 0.017 0.012 0.022 0.063 0.167 255 H 0.556 0.015 0.019 0.022 0.114 0.275 256 L 0.281 0.020 0.029 0.064 0.187 0.419 257 L 0.088 0.050 0.015 0.072 0.272 0.503 258 G 0.015 0.019 0.005 0.111 0.321 0.529 259 A 0.004 0.006 0.004 0.692 0.134 0.161 260 G 0.001 0.002 0.002 0.866 0.051 0.078 261 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 262 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 263 Y 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 264 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 265 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 266 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 267 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 268 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 269 Y 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 270 Y 0.001 0.001 0.005 0.988 0.006 0.001 271 F 0.001 0.001 0.015 0.955 0.025 0.004 272 I 0.001 0.001 0.029 0.895 0.061 0.014 273 K 0.001 0.002 0.073 0.667 0.225 0.033 274 H 0.001 0.001 0.054 0.305 0.485 0.153 275 G 0.002 0.001 0.012 0.013 0.415 0.556 276 A 0.026 0.019 0.003 0.004 0.339 0.608 277 N 0.026 0.017 0.002 0.007 0.124 0.824 278 F 0.004 0.001 0.036 0.883 0.056 0.020 279 L 0.002 0.001 0.034 0.929 0.031 0.004 280 E 0.001 0.001 0.028 0.940 0.026 0.004 281 M 0.002 0.001 0.013 0.960 0.016 0.010 282 A 0.002 0.001 0.005 0.963 0.016 0.014 283 K 0.002 0.001 0.006 0.956 0.021 0.013 284 F 0.003 0.001 0.005 0.946 0.021 0.025 285 G 0.004 0.002 0.006 0.933 0.021 0.034 286 F 0.007 0.002 0.008 0.939 0.019 0.026 287 A 0.009 0.001 0.008 0.943 0.019 0.021 288 S 0.021 0.001 0.012 0.932 0.017 0.016 289 A 0.035 0.002 0.018 0.892 0.022 0.031 290 L 0.055 0.001 0.024 0.868 0.023 0.028 291 A 0.098 0.004 0.024 0.820 0.024 0.030 292 A 0.212 0.004 0.019 0.678 0.036 0.051 293 T 0.435 0.008 0.014 0.406 0.050 0.086 294 R 0.396 0.019 0.013 0.255 0.117 0.199 295 R 0.218 0.026 0.020 0.132 0.448 0.155 296 K 0.074 0.008 0.031 0.092 0.633 0.163 297 E 0.038 0.008 0.026 0.022 0.783 0.124 298 K 0.080 0.025 0.035 0.019 0.692 0.149 299 Y 0.117 0.033 0.017 0.018 0.374 0.442 300 M 0.068 0.024 0.008 0.011 0.241 0.649 301 P 0.019 0.023 0.002 0.009 0.140 0.806 302 D 0.009 0.008 0.002 0.023 0.061 0.899 303 L 0.001 0.001 0.018 0.902 0.031 0.048 304 E 0.001 0.001 0.024 0.918 0.039 0.018 305 A 0.001 0.001 0.032 0.926 0.034 0.007 306 I 0.001 0.001 0.009 0.962 0.019 0.008 307 K 0.001 0.001 0.013 0.959 0.023 0.004 308 K 0.001 0.001 0.021 0.906 0.058 0.012 309 E 0.002 0.001 0.023 0.869 0.070 0.036 310 Y 0.003 0.006 0.168 0.671 0.111 0.040 311 D 0.007 0.002 0.198 0.499 0.169 0.125 312 H 0.054 0.002 0.119 0.248 0.229 0.349 313 F 0.420 0.007 0.016 0.053 0.133 0.371 314 T 0.746 0.006 0.004 0.014 0.040 0.190 315 V 0.933 0.002 0.001 0.003 0.007 0.054 316 E 0.907 0.001 0.001 0.003 0.011 0.077 317 R 0.818 0.005 0.002 0.002 0.016 0.158 318 V 0.414 0.010 0.001 0.001 0.024 0.550 319 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.973