# TARGET T0188 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0188.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.001 0.001 0.003 0.108 0.827 2 I 0.499 0.023 0.001 0.005 0.026 0.445 3 I 0.845 0.011 0.001 0.003 0.009 0.131 4 A 0.901 0.001 0.001 0.004 0.011 0.081 5 I 0.895 0.006 0.001 0.002 0.009 0.087 6 P 0.687 0.010 0.003 0.006 0.058 0.236 7 V 0.346 0.021 0.006 0.006 0.178 0.443 8 S 0.098 0.009 0.015 0.007 0.387 0.485 9 E 0.042 0.021 0.026 0.009 0.544 0.359 10 N 0.030 0.022 0.037 0.028 0.554 0.329 11 R 0.024 0.028 0.067 0.044 0.553 0.283 12 G 0.033 0.027 0.032 0.032 0.673 0.203 13 K 0.047 0.043 0.052 0.052 0.605 0.202 14 D 0.061 0.022 0.047 0.058 0.577 0.235 15 S 0.156 0.040 0.036 0.039 0.548 0.181 16 P 0.195 0.077 0.032 0.086 0.382 0.229 17 I 0.139 0.047 0.046 0.086 0.397 0.284 18 S 0.109 0.024 0.135 0.088 0.467 0.177 19 E 0.104 0.009 0.288 0.103 0.362 0.134 20 H 0.128 0.018 0.279 0.072 0.399 0.105 21 F 0.126 0.022 0.294 0.066 0.390 0.101 22 G 0.133 0.019 0.106 0.036 0.502 0.205 23 R 0.066 0.031 0.114 0.023 0.493 0.273 24 A 0.078 0.038 0.036 0.008 0.687 0.153 25 P 0.091 0.002 0.028 0.005 0.594 0.280 26 Y 0.504 0.006 0.021 0.004 0.324 0.141 27 F 0.944 0.003 0.001 0.001 0.032 0.019 28 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 29 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 30 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 31 K 0.979 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 32 V 0.876 0.003 0.001 0.001 0.091 0.028 33 K 0.299 0.009 0.010 0.004 0.623 0.055 34 N 0.037 0.002 0.025 0.007 0.898 0.032 35 N 0.054 0.003 0.028 0.009 0.855 0.051 36 A 0.549 0.011 0.006 0.005 0.215 0.214 37 I 0.911 0.007 0.001 0.001 0.021 0.059 38 A 0.947 0.002 0.001 0.001 0.010 0.040 39 D 0.954 0.006 0.001 0.001 0.011 0.027 40 I 0.891 0.002 0.002 0.003 0.031 0.070 41 S 0.862 0.002 0.002 0.004 0.035 0.095 42 V 0.815 0.013 0.004 0.006 0.051 0.111 43 E 0.674 0.034 0.005 0.009 0.125 0.153 44 E 0.512 0.025 0.006 0.009 0.195 0.253 45 N 0.143 0.014 0.008 0.010 0.399 0.425 46 P 0.079 0.026 0.038 0.030 0.521 0.307 47 L 0.034 0.024 0.169 0.100 0.494 0.178 48 A 0.016 0.012 0.298 0.120 0.446 0.107 49 Q 0.013 0.014 0.181 0.146 0.524 0.123 50 D 0.009 0.008 0.090 0.196 0.503 0.195 51 H 0.008 0.008 0.038 0.106 0.546 0.293 52 V 0.012 0.012 0.041 0.087 0.532 0.316 53 H 0.023 0.014 0.028 0.106 0.344 0.486 54 G 0.057 0.020 0.036 0.296 0.238 0.352 55 A 0.068 0.023 0.013 0.321 0.088 0.486 56 V 0.013 0.002 0.006 0.923 0.015 0.040 57 P 0.004 0.001 0.005 0.977 0.008 0.006 58 N 0.003 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 59 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 60 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 61 K 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.001 62 E 0.001 0.001 0.004 0.978 0.011 0.007 63 K 0.002 0.002 0.006 0.788 0.053 0.149 64 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.057 0.939 65 A 0.018 0.001 0.001 0.001 0.090 0.890 66 E 0.287 0.005 0.001 0.001 0.065 0.642 67 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 68 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 69 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 V 0.908 0.002 0.006 0.001 0.020 0.063 71 R 0.348 0.002 0.031 0.002 0.250 0.366 72 G 0.103 0.016 0.066 0.008 0.458 0.351 73 I 0.058 0.070 0.035 0.006 0.344 0.487 74 G 0.010 0.009 0.011 0.012 0.352 0.606 75 R 0.001 0.001 0.203 0.387 0.302 0.106 76 R 0.001 0.001 0.100 0.689 0.175 0.035 77 A 0.001 0.001 0.015 0.964 0.019 0.002 78 I 0.001 0.001 0.004 0.974 0.017 0.004 79 A 0.001 0.001 0.003 0.979 0.014 0.003 80 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.008 0.001 81 F 0.001 0.001 0.007 0.980 0.011 0.001 82 E 0.001 0.001 0.011 0.974 0.012 0.003 83 A 0.001 0.001 0.010 0.960 0.017 0.012 84 M 0.003 0.001 0.006 0.847 0.032 0.111 85 G 0.007 0.001 0.001 0.004 0.042 0.947 86 V 0.110 0.002 0.001 0.002 0.042 0.845 87 K 0.783 0.003 0.001 0.001 0.020 0.193 88 V 0.956 0.005 0.001 0.001 0.004 0.033 89 I 0.949 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 90 K 0.904 0.006 0.001 0.001 0.016 0.072 91 G 0.542 0.017 0.010 0.003 0.187 0.240 92 A 0.079 0.003 0.007 0.003 0.464 0.443 93 S 0.037 0.003 0.008 0.005 0.509 0.438 94 G 0.120 0.075 0.008 0.009 0.375 0.413 95 T 0.270 0.101 0.006 0.045 0.127 0.452 96 V 0.004 0.001 0.017 0.956 0.017 0.006 97 E 0.001 0.001 0.008 0.984 0.006 0.001 98 E 0.001 0.001 0.007 0.982 0.009 0.001 99 V 0.001 0.001 0.002 0.985 0.008 0.004 100 V 0.002 0.001 0.001 0.985 0.007 0.004 101 N 0.003 0.001 0.003 0.964 0.023 0.005 102 Q 0.001 0.001 0.003 0.958 0.027 0.011 103 Y 0.001 0.001 0.005 0.946 0.026 0.021 104 L 0.001 0.001 0.008 0.871 0.062 0.057 105 S 0.002 0.001 0.008 0.498 0.171 0.321 106 G 0.012 0.003 0.009 0.061 0.232 0.682 107 Q 0.051 0.017 0.014 0.052 0.267 0.598 108 L 0.098 0.019 0.047 0.085 0.282 0.469 109 K 0.062 0.012 0.138 0.094 0.334 0.361 110 D 0.085 0.010 0.286 0.129 0.273 0.218 111 S 0.123 0.012 0.182 0.124 0.277 0.282 112 D 0.125 0.038 0.055 0.067 0.298 0.417 113 Y 0.113 0.041 0.031 0.054 0.408 0.354 114 E 0.081 0.028 0.033 0.045 0.436 0.377 115 V 0.036 0.029 0.044 0.041 0.584 0.266 116 H 0.028 0.024 0.060 0.037 0.585 0.266 117 D 0.029 0.024 0.063 0.034 0.537 0.313 118 H 0.025 0.023 0.072 0.030 0.546 0.304 119 H 0.024 0.024 0.078 0.026 0.505 0.344 120 H 0.042 0.031 0.092 0.028 0.440 0.368 121 H 0.054 0.035 0.093 0.037 0.343 0.438 122 E 0.088 0.063 0.037 0.034 0.231 0.547 123 H 0.073 0.034 0.012 0.037 0.153 0.691 124 H 0.002 0.006 0.001 0.007 0.030 0.954