# TARGET T0188 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0188.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.967 2 I 0.728 0.007 0.002 0.004 0.017 0.007 0.234 3 I 0.897 0.009 0.001 0.002 0.008 0.002 0.081 4 A 0.887 0.002 0.001 0.002 0.007 0.001 0.100 5 I 0.881 0.008 0.001 0.002 0.014 0.001 0.093 6 P 0.747 0.013 0.001 0.002 0.015 0.003 0.220 7 V 0.374 0.017 0.006 0.004 0.066 0.030 0.503 8 S 0.146 0.019 0.023 0.013 0.267 0.175 0.358 9 E 0.027 0.014 0.041 0.016 0.371 0.332 0.200 10 N 0.023 0.012 0.058 0.020 0.363 0.306 0.218 11 R 0.032 0.017 0.052 0.019 0.341 0.288 0.250 12 G 0.049 0.033 0.043 0.019 0.234 0.240 0.382 13 K 0.057 0.032 0.075 0.035 0.179 0.316 0.306 14 D 0.050 0.016 0.066 0.021 0.291 0.312 0.245 15 S 0.080 0.028 0.055 0.031 0.346 0.099 0.361 16 P 0.182 0.061 0.073 0.084 0.140 0.132 0.329 17 I 0.296 0.080 0.069 0.085 0.074 0.096 0.300 18 S 0.246 0.058 0.096 0.085 0.085 0.074 0.357 19 E 0.153 0.016 0.158 0.169 0.141 0.156 0.206 20 H 0.151 0.023 0.165 0.133 0.139 0.203 0.187 21 F 0.170 0.068 0.151 0.075 0.098 0.174 0.264 22 G 0.161 0.019 0.070 0.039 0.176 0.229 0.306 23 R 0.123 0.061 0.043 0.017 0.217 0.306 0.232 24 A 0.112 0.017 0.006 0.002 0.248 0.025 0.590 25 P 0.059 0.003 0.004 0.001 0.495 0.104 0.334 26 Y 0.650 0.005 0.004 0.001 0.187 0.060 0.093 27 F 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 28 A 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 29 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 31 K 0.945 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.049 32 V 0.584 0.006 0.001 0.001 0.026 0.012 0.370 33 K 0.182 0.007 0.011 0.001 0.237 0.331 0.230 34 N 0.020 0.001 0.012 0.002 0.317 0.613 0.035 35 N 0.053 0.003 0.011 0.002 0.438 0.367 0.126 36 A 0.388 0.017 0.006 0.002 0.124 0.039 0.424 37 I 0.897 0.022 0.001 0.001 0.009 0.004 0.068 38 A 0.939 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.046 39 D 0.923 0.003 0.003 0.001 0.009 0.002 0.058 40 I 0.897 0.004 0.006 0.004 0.016 0.006 0.066 41 S 0.900 0.005 0.009 0.006 0.017 0.005 0.057 42 V 0.866 0.008 0.010 0.010 0.015 0.007 0.084 43 E 0.756 0.015 0.009 0.015 0.041 0.017 0.147 44 E 0.549 0.014 0.011 0.021 0.133 0.038 0.234 45 N 0.215 0.021 0.012 0.025 0.196 0.035 0.496 46 P 0.078 0.020 0.040 0.041 0.161 0.088 0.572 47 L 0.034 0.012 0.232 0.124 0.137 0.257 0.204 48 A 0.017 0.009 0.296 0.135 0.121 0.256 0.166 49 Q 0.013 0.014 0.259 0.139 0.161 0.214 0.200 50 D 0.010 0.013 0.128 0.135 0.212 0.253 0.250 51 H 0.007 0.008 0.083 0.074 0.191 0.377 0.260 52 V 0.016 0.009 0.075 0.086 0.236 0.254 0.324 53 H 0.033 0.012 0.051 0.090 0.172 0.215 0.426 54 G 0.048 0.019 0.052 0.194 0.187 0.089 0.411 55 A 0.070 0.056 0.036 0.312 0.107 0.044 0.375 56 V 0.014 0.005 0.035 0.834 0.023 0.023 0.066 57 P 0.013 0.001 0.027 0.901 0.007 0.014 0.036 58 N 0.021 0.001 0.023 0.913 0.006 0.011 0.025 59 F 0.017 0.001 0.010 0.945 0.005 0.010 0.013 60 V 0.013 0.001 0.007 0.954 0.005 0.011 0.009 61 K 0.006 0.002 0.016 0.928 0.005 0.034 0.009 62 E 0.007 0.001 0.025 0.838 0.011 0.097 0.020 63 K 0.002 0.001 0.021 0.295 0.057 0.612 0.012 64 G 0.002 0.002 0.004 0.007 0.024 0.919 0.041 65 A 0.035 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 0.927 66 E 0.356 0.001 0.001 0.001 0.470 0.001 0.172 67 L 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 70 V 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 71 R 0.379 0.003 0.013 0.009 0.217 0.026 0.354 72 G 0.106 0.006 0.063 0.027 0.342 0.098 0.358 73 I 0.036 0.046 0.091 0.052 0.279 0.092 0.404 74 G 0.029 0.012 0.021 0.050 0.234 0.035 0.619 75 R 0.004 0.002 0.124 0.501 0.096 0.221 0.051 76 R 0.004 0.009 0.057 0.688 0.049 0.148 0.046 77 A 0.001 0.001 0.020 0.958 0.004 0.010 0.007 78 I 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.002 0.001 79 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 80 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 81 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 82 E 0.001 0.001 0.007 0.978 0.001 0.011 0.002 83 A 0.002 0.001 0.020 0.895 0.007 0.072 0.003 84 M 0.001 0.001 0.014 0.180 0.008 0.795 0.001 85 G 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.980 0.010 86 V 0.035 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.946 87 K 0.664 0.003 0.001 0.001 0.051 0.002 0.280 88 V 0.943 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.045 89 I 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 90 K 0.948 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.042 91 G 0.628 0.005 0.002 0.001 0.035 0.007 0.322 92 A 0.113 0.003 0.011 0.003 0.260 0.236 0.374 93 S 0.015 0.002 0.024 0.007 0.259 0.580 0.114 94 G 0.044 0.029 0.014 0.014 0.428 0.077 0.395 95 T 0.068 0.093 0.003 0.031 0.111 0.009 0.685 96 V 0.002 0.001 0.011 0.963 0.009 0.005 0.011 97 E 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.007 0.004 98 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 0.001 101 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 102 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.006 0.004 103 Y 0.001 0.001 0.004 0.975 0.003 0.012 0.005 104 L 0.001 0.001 0.006 0.914 0.004 0.068 0.005 105 S 0.001 0.001 0.004 0.471 0.009 0.509 0.006 106 G 0.004 0.001 0.003 0.216 0.180 0.421 0.175 107 Q 0.026 0.029 0.004 0.055 0.157 0.047 0.682 108 L 0.112 0.046 0.029 0.097 0.113 0.035 0.569 109 K 0.116 0.022 0.091 0.093 0.095 0.080 0.503 110 D 0.122 0.018 0.170 0.141 0.119 0.143 0.286 111 S 0.131 0.018 0.090 0.129 0.150 0.147 0.335 112 D 0.118 0.043 0.044 0.079 0.206 0.097 0.414 113 Y 0.080 0.021 0.044 0.077 0.238 0.081 0.459 114 E 0.060 0.021 0.055 0.076 0.137 0.198 0.453 115 V 0.053 0.038 0.076 0.090 0.176 0.236 0.331 116 H 0.044 0.032 0.056 0.083 0.304 0.186 0.295 117 D 0.038 0.029 0.053 0.093 0.206 0.270 0.310 118 H 0.040 0.019 0.057 0.067 0.225 0.259 0.333 119 H 0.048 0.029 0.040 0.054 0.254 0.203 0.372 120 H 0.068 0.036 0.040 0.058 0.209 0.142 0.446 121 H 0.074 0.023 0.042 0.052 0.254 0.136 0.419 122 E 0.071 0.032 0.037 0.050 0.207 0.130 0.473 123 H 0.051 0.040 0.020 0.039 0.025 0.088 0.737 124 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.995