# TARGET T0188 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0188.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 38 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.183 0.160 0.020 0.005 0.567 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 0.038 2 I 0.180 0.095 0.011 0.003 0.678 0.005 0.005 0.004 0.001 0.004 0.014 3 I 0.253 0.065 0.005 0.001 0.657 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 4 A 0.333 0.061 0.007 0.003 0.534 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 0.048 5 I 0.057 0.366 0.089 0.002 0.471 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 6 P 0.187 0.282 0.049 0.002 0.417 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.048 7 V 0.118 0.197 0.101 0.031 0.216 0.061 0.083 0.085 0.034 0.033 0.041 8 S 0.052 0.100 0.094 0.149 0.067 0.090 0.097 0.129 0.100 0.086 0.036 9 E 0.026 0.283 0.206 0.145 0.078 0.040 0.042 0.056 0.042 0.064 0.017 10 N 0.038 0.056 0.058 0.082 0.045 0.053 0.047 0.079 0.086 0.334 0.122 11 R 0.030 0.200 0.159 0.129 0.072 0.070 0.096 0.086 0.054 0.079 0.024 12 G 0.043 0.104 0.180 0.208 0.066 0.067 0.033 0.053 0.041 0.129 0.078 13 K 0.093 0.134 0.070 0.040 0.143 0.048 0.056 0.149 0.146 0.082 0.040 14 D 0.080 0.078 0.060 0.046 0.087 0.032 0.037 0.089 0.142 0.243 0.104 15 S 0.080 0.167 0.116 0.044 0.179 0.014 0.029 0.093 0.099 0.130 0.048 16 P 0.098 0.237 0.121 0.011 0.235 0.008 0.028 0.115 0.073 0.051 0.023 17 I 0.132 0.272 0.099 0.014 0.263 0.014 0.022 0.064 0.031 0.045 0.046 18 S 0.105 0.229 0.089 0.023 0.296 0.015 0.037 0.092 0.046 0.040 0.029 19 E 0.056 0.074 0.046 0.033 0.061 0.045 0.114 0.254 0.186 0.093 0.038 20 H 0.081 0.107 0.064 0.034 0.138 0.048 0.142 0.201 0.079 0.069 0.036 21 F 0.064 0.107 0.044 0.088 0.084 0.066 0.050 0.085 0.103 0.236 0.073 22 G 0.028 0.124 0.164 0.267 0.065 0.069 0.042 0.060 0.055 0.099 0.028 23 R 0.123 0.100 0.057 0.014 0.120 0.007 0.017 0.048 0.104 0.290 0.121 24 A 0.140 0.353 0.083 0.010 0.278 0.005 0.005 0.017 0.025 0.034 0.049 25 P 0.036 0.059 0.030 0.039 0.090 0.137 0.263 0.165 0.111 0.056 0.015 26 Y 0.289 0.107 0.036 0.011 0.425 0.003 0.006 0.011 0.012 0.051 0.049 27 F 0.242 0.092 0.005 0.002 0.639 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 28 A 0.100 0.100 0.007 0.001 0.780 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 29 F 0.581 0.010 0.001 0.001 0.351 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 30 V 0.132 0.157 0.015 0.007 0.610 0.017 0.012 0.005 0.002 0.013 0.030 31 K 0.166 0.179 0.015 0.001 0.618 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 32 V 0.368 0.108 0.036 0.009 0.189 0.014 0.015 0.059 0.031 0.037 0.133 33 K 0.011 0.041 0.152 0.370 0.020 0.210 0.094 0.064 0.024 0.010 0.005 34 N 0.005 0.109 0.086 0.457 0.014 0.107 0.070 0.078 0.053 0.019 0.003 35 N 0.006 0.024 0.050 0.072 0.008 0.026 0.022 0.063 0.107 0.547 0.074 36 A 0.067 0.414 0.083 0.005 0.289 0.004 0.009 0.022 0.031 0.053 0.024 37 I 0.547 0.038 0.004 0.001 0.335 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.068 38 A 0.089 0.237 0.058 0.041 0.279 0.133 0.113 0.022 0.008 0.008 0.013 39 D 0.535 0.055 0.009 0.004 0.295 0.001 0.001 0.004 0.006 0.016 0.074 40 I 0.289 0.119 0.021 0.030 0.314 0.029 0.015 0.027 0.044 0.031 0.078 41 S 0.132 0.264 0.067 0.008 0.409 0.009 0.018 0.026 0.021 0.020 0.027 42 V 0.465 0.046 0.010 0.004 0.286 0.004 0.008 0.016 0.014 0.031 0.116 43 E 0.081 0.322 0.124 0.057 0.309 0.022 0.015 0.022 0.015 0.015 0.020 44 E 0.146 0.119 0.056 0.042 0.203 0.061 0.083 0.076 0.068 0.068 0.078 45 N 0.175 0.196 0.129 0.025 0.295 0.008 0.009 0.019 0.020 0.052 0.070 46 P 0.079 0.209 0.094 0.051 0.153 0.023 0.038 0.107 0.118 0.079 0.049 47 L 0.058 0.089 0.095 0.061 0.090 0.030 0.042 0.157 0.163 0.173 0.041 48 A 0.042 0.135 0.076 0.046 0.091 0.033 0.074 0.240 0.138 0.094 0.031 49 Q 0.073 0.109 0.105 0.050 0.107 0.041 0.055 0.138 0.074 0.192 0.054 50 D 0.039 0.113 0.075 0.076 0.068 0.069 0.103 0.235 0.103 0.091 0.027 51 H 0.038 0.056 0.086 0.125 0.047 0.063 0.036 0.100 0.059 0.310 0.080 52 V 0.055 0.175 0.090 0.079 0.095 0.058 0.064 0.183 0.078 0.089 0.034 53 H 0.067 0.098 0.100 0.067 0.100 0.033 0.028 0.175 0.078 0.186 0.068 54 G 0.071 0.120 0.049 0.023 0.106 0.019 0.040 0.329 0.123 0.084 0.036 55 A 0.047 0.175 0.083 0.012 0.079 0.005 0.009 0.465 0.061 0.045 0.019 56 V 0.015 0.077 0.020 0.003 0.021 0.004 0.006 0.746 0.082 0.020 0.006 57 P 0.007 0.007 0.003 0.001 0.011 0.001 0.004 0.844 0.108 0.011 0.003 58 N 0.004 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.004 0.886 0.082 0.004 0.001 59 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.909 0.070 0.006 0.001 60 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.862 0.094 0.022 0.002 61 K 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.004 0.028 0.736 0.204 0.012 0.002 62 E 0.011 0.038 0.009 0.012 0.020 0.016 0.059 0.501 0.225 0.101 0.009 63 K 0.002 0.464 0.435 0.018 0.040 0.005 0.007 0.009 0.010 0.007 0.001 64 G 0.119 0.009 0.006 0.004 0.020 0.004 0.012 0.017 0.051 0.334 0.423 65 A 0.174 0.236 0.007 0.001 0.544 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.031 66 E 0.091 0.011 0.001 0.048 0.223 0.123 0.328 0.077 0.020 0.041 0.036 67 L 0.172 0.047 0.002 0.001 0.767 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 68 V 0.178 0.022 0.001 0.001 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 69 I 0.345 0.023 0.002 0.001 0.481 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.137 70 V 0.166 0.094 0.027 0.051 0.167 0.018 0.043 0.024 0.024 0.122 0.263 71 R 0.032 0.156 0.106 0.099 0.086 0.104 0.124 0.070 0.078 0.118 0.026 72 G 0.105 0.115 0.085 0.031 0.139 0.026 0.049 0.095 0.096 0.138 0.122 73 I 0.037 0.086 0.067 0.099 0.066 0.080 0.111 0.137 0.109 0.181 0.028 74 G 0.011 0.134 0.333 0.279 0.028 0.056 0.025 0.054 0.025 0.043 0.012 75 R 0.018 0.082 0.046 0.038 0.037 0.094 0.087 0.385 0.148 0.045 0.019 76 R 0.024 0.061 0.054 0.008 0.035 0.004 0.008 0.548 0.131 0.087 0.040 77 A 0.005 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.739 0.182 0.050 0.005 78 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.895 0.090 0.004 0.001 79 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.942 0.045 0.002 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.032 0.002 0.001 81 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.049 0.008 0.001 82 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.785 0.194 0.003 0.001 83 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.868 0.068 0.003 0.001 84 M 0.001 0.603 0.383 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 G 0.078 0.006 0.004 0.007 0.014 0.003 0.005 0.005 0.006 0.395 0.477 86 V 0.133 0.356 0.023 0.001 0.442 0.002 0.002 0.005 0.004 0.008 0.024 87 K 0.062 0.260 0.030 0.013 0.587 0.007 0.008 0.010 0.004 0.006 0.013 88 V 0.545 0.023 0.003 0.001 0.391 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.025 89 I 0.086 0.178 0.020 0.016 0.591 0.023 0.030 0.019 0.007 0.012 0.018 90 K 0.206 0.124 0.028 0.002 0.491 0.001 0.004 0.004 0.003 0.027 0.109 91 G 0.086 0.356 0.222 0.021 0.232 0.006 0.006 0.006 0.006 0.028 0.031 92 A 0.032 0.205 0.142 0.093 0.097 0.124 0.171 0.061 0.036 0.027 0.012 93 S 0.048 0.124 0.071 0.068 0.060 0.091 0.133 0.066 0.070 0.197 0.072 94 G 0.018 0.157 0.194 0.176 0.058 0.064 0.032 0.051 0.049 0.159 0.041 95 T 0.013 0.598 0.273 0.002 0.053 0.001 0.001 0.030 0.010 0.012 0.006 96 V 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.764 0.198 0.021 0.003 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.048 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.002 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.037 0.004 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.055 0.004 0.001 101 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.046 0.002 0.001 102 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.950 0.036 0.004 0.001 103 Y 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.027 0.799 0.133 0.020 0.005 104 L 0.002 0.007 0.005 0.003 0.004 0.008 0.053 0.734 0.137 0.045 0.002 105 S 0.002 0.548 0.130 0.062 0.018 0.021 0.054 0.096 0.015 0.049 0.004 106 G 0.021 0.062 0.069 0.013 0.027 0.004 0.002 0.012 0.008 0.548 0.234 107 Q 0.075 0.360 0.095 0.012 0.156 0.014 0.038 0.119 0.047 0.047 0.035 108 L 0.183 0.252 0.058 0.006 0.344 0.005 0.006 0.059 0.028 0.025 0.035 109 K 0.040 0.225 0.092 0.072 0.131 0.068 0.104 0.167 0.062 0.023 0.015 110 D 0.203 0.111 0.039 0.009 0.286 0.007 0.014 0.110 0.101 0.072 0.049 111 S 0.084 0.147 0.063 0.021 0.255 0.019 0.039 0.170 0.106 0.063 0.032 112 D 0.192 0.093 0.030 0.012 0.245 0.020 0.045 0.066 0.056 0.171 0.071 113 Y 0.100 0.313 0.159 0.028 0.273 0.007 0.007 0.037 0.025 0.023 0.026 114 E 0.102 0.162 0.079 0.028 0.173 0.028 0.057 0.182 0.089 0.054 0.047 115 V 0.108 0.166 0.099 0.045 0.200 0.032 0.050 0.100 0.061 0.089 0.050 116 H 0.081 0.148 0.093 0.086 0.133 0.041 0.051 0.103 0.075 0.135 0.055 117 D 0.079 0.130 0.147 0.109 0.122 0.048 0.043 0.089 0.060 0.116 0.056 118 H 0.056 0.139 0.106 0.091 0.100 0.051 0.060 0.129 0.087 0.127 0.053 119 H 0.058 0.088 0.132 0.139 0.085 0.055 0.044 0.093 0.068 0.166 0.072 120 H 0.069 0.137 0.087 0.076 0.118 0.063 0.077 0.132 0.086 0.108 0.046 121 H 0.072 0.099 0.093 0.080 0.114 0.044 0.042 0.108 0.086 0.181 0.083 122 E 0.086 0.107 0.079 0.053 0.140 0.042 0.048 0.144 0.114 0.130 0.057 123 H 0.102 0.105 0.061 0.031 0.151 0.028 0.044 0.157 0.110 0.144 0.065 124 H 0.087 0.118 0.073 0.028 0.155 0.016 0.028 0.142 0.111 0.181 0.060