# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.034 0.016 0.006 0.008 0.204 0.733 2 V 0.055 0.059 0.009 0.017 0.277 0.584 3 P 0.025 0.023 0.024 0.053 0.471 0.404 4 D 0.007 0.009 0.045 0.216 0.439 0.284 5 E 0.005 0.004 0.029 0.534 0.300 0.128 6 N 0.003 0.005 0.017 0.559 0.222 0.194 7 T 0.003 0.006 0.005 0.878 0.042 0.066 8 I 0.001 0.001 0.001 0.983 0.006 0.008 9 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 10 T 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 11 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 13 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.003 17 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.006 0.005 18 V 0.001 0.001 0.016 0.961 0.014 0.007 19 D 0.001 0.001 0.057 0.881 0.041 0.021 20 Q 0.001 0.001 0.069 0.281 0.320 0.328 21 L 0.001 0.003 0.007 0.016 0.260 0.712 22 N 0.002 0.005 0.005 0.007 0.544 0.438 23 E 0.003 0.003 0.253 0.032 0.661 0.048 24 N 0.013 0.001 0.192 0.013 0.734 0.047 25 D 0.115 0.001 0.274 0.013 0.521 0.076 26 T 0.831 0.003 0.003 0.001 0.033 0.129 27 V 0.969 0.004 0.001 0.001 0.005 0.021 28 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 29 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 30 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 32 S 0.721 0.014 0.002 0.004 0.077 0.181 33 G 0.097 0.013 0.015 0.015 0.316 0.544 34 G 0.010 0.003 0.080 0.015 0.414 0.478 35 G 0.005 0.003 0.656 0.021 0.257 0.058 36 S 0.005 0.003 0.757 0.029 0.179 0.026 37 S 0.014 0.005 0.732 0.034 0.189 0.027 38 L 0.055 0.006 0.396 0.052 0.379 0.113 39 F 0.080 0.009 0.113 0.039 0.406 0.353 40 E 0.151 0.120 0.035 0.031 0.299 0.365 41 L 0.140 0.092 0.010 0.016 0.292 0.450 42 P 0.131 0.099 0.007 0.008 0.596 0.159 43 L 0.053 0.024 0.021 0.006 0.836 0.060 44 E 0.012 0.001 0.013 0.003 0.911 0.059 45 G 0.033 0.007 0.011 0.002 0.815 0.132 46 V 0.185 0.240 0.003 0.003 0.249 0.320 47 S 0.090 0.048 0.001 0.008 0.081 0.772 48 L 0.004 0.001 0.028 0.901 0.036 0.030 49 E 0.001 0.001 0.021 0.951 0.021 0.005 50 E 0.001 0.001 0.019 0.961 0.015 0.004 51 I 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 53 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 54 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 55 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 56 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 58 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 59 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.006 0.002 60 K 0.001 0.001 0.007 0.976 0.011 0.005 61 S 0.001 0.001 0.006 0.906 0.032 0.056 62 G 0.001 0.001 0.001 0.022 0.069 0.907 63 A 0.003 0.006 0.001 0.004 0.082 0.904 64 S 0.010 0.003 0.001 0.009 0.067 0.909 65 I 0.027 0.005 0.082 0.693 0.079 0.115 66 E 0.029 0.002 0.076 0.829 0.034 0.030 67 E 0.011 0.001 0.019 0.953 0.007 0.009 68 I 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 69 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 70 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 71 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 73 K 0.001 0.001 0.009 0.976 0.009 0.004 74 H 0.002 0.001 0.010 0.966 0.013 0.008 75 L 0.010 0.002 0.048 0.881 0.044 0.014 76 S 0.011 0.001 0.082 0.731 0.128 0.047 77 Q 0.011 0.003 0.092 0.641 0.166 0.087 78 V 0.032 0.012 0.027 0.279 0.289 0.361 79 K 0.016 0.012 0.010 0.092 0.307 0.563 80 G 0.005 0.002 0.050 0.466 0.232 0.244 81 G 0.003 0.001 0.090 0.729 0.121 0.056 82 R 0.004 0.002 0.107 0.818 0.057 0.013 83 F 0.004 0.001 0.072 0.876 0.035 0.013 84 A 0.003 0.001 0.047 0.905 0.034 0.010 85 E 0.003 0.001 0.063 0.870 0.054 0.009 86 R 0.004 0.002 0.072 0.799 0.104 0.019 87 V 0.015 0.008 0.051 0.716 0.151 0.058 88 F 0.040 0.016 0.082 0.466 0.262 0.134 89 P 0.077 0.007 0.064 0.106 0.460 0.286 90 A 0.137 0.002 0.043 0.031 0.377 0.409 91 K 0.497 0.007 0.029 0.008 0.164 0.294 92 V 0.877 0.004 0.003 0.002 0.034 0.080 93 V 0.929 0.001 0.001 0.001 0.014 0.054 94 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 95 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 96 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 97 L 0.955 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 98 S 0.869 0.005 0.001 0.001 0.022 0.103 99 D 0.582 0.024 0.002 0.003 0.125 0.264 100 V 0.244 0.059 0.004 0.003 0.540 0.151 101 L 0.113 0.007 0.005 0.003 0.726 0.147 102 G 0.042 0.007 0.006 0.002 0.834 0.109 103 D 0.110 0.137 0.002 0.001 0.550 0.199 104 R 0.063 0.030 0.009 0.013 0.394 0.490 105 L 0.014 0.004 0.558 0.112 0.240 0.073 106 D 0.037 0.004 0.648 0.072 0.189 0.049 107 V 0.159 0.017 0.582 0.068 0.136 0.039 108 I 0.467 0.014 0.094 0.052 0.138 0.235 109 A 0.647 0.029 0.032 0.038 0.114 0.140 110 S 0.554 0.012 0.024 0.036 0.140 0.234 111 G 0.268 0.008 0.030 0.029 0.340 0.325 112 P 0.187 0.023 0.037 0.029 0.418 0.307 113 A 0.244 0.028 0.033 0.017 0.412 0.266 114 W 0.159 0.054 0.022 0.012 0.484 0.268 115 P 0.092 0.043 0.015 0.007 0.497 0.345 116 D 0.028 0.009 0.017 0.006 0.795 0.146 117 S 0.015 0.006 0.058 0.014 0.806 0.100 118 S 0.021 0.035 0.057 0.016 0.676 0.195 119 T 0.033 0.027 0.041 0.039 0.560 0.298 120 S 0.003 0.002 0.122 0.639 0.162 0.072 121 E 0.001 0.002 0.088 0.787 0.095 0.028 122 D 0.001 0.001 0.061 0.877 0.041 0.019 123 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.004 0.003 124 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 125 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 126 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 127 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 128 E 0.001 0.001 0.004 0.984 0.009 0.003 129 K 0.001 0.001 0.004 0.968 0.015 0.013 130 Y 0.001 0.001 0.004 0.908 0.023 0.063 131 G 0.002 0.001 0.003 0.073 0.091 0.831 132 I 0.011 0.004 0.005 0.053 0.141 0.786 133 E 0.043 0.018 0.005 0.043 0.150 0.741 134 T 0.036 0.016 0.003 0.051 0.096 0.798 135 S 0.040 0.004 0.013 0.247 0.130 0.565 136 E 0.011 0.001 0.043 0.809 0.056 0.080 137 S 0.013 0.001 0.043 0.902 0.025 0.016 138 V 0.011 0.001 0.033 0.932 0.016 0.007 139 K 0.009 0.001 0.016 0.961 0.007 0.006 140 R 0.009 0.001 0.016 0.960 0.009 0.004 141 A 0.006 0.001 0.012 0.963 0.012 0.008 142 I 0.010 0.001 0.009 0.949 0.019 0.012 143 L 0.009 0.001 0.008 0.904 0.041 0.038 144 Q 0.011 0.001 0.009 0.602 0.147 0.231 145 E 0.011 0.005 0.015 0.205 0.318 0.446 146 T 0.030 0.009 0.029 0.228 0.358 0.346 147 P 0.031 0.015 0.087 0.246 0.363 0.257 148 K 0.016 0.010 0.073 0.181 0.250 0.470 149 H 0.009 0.004 0.039 0.139 0.147 0.662 150 L 0.001 0.002 0.004 0.024 0.042 0.928