# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.012 0.006 0.001 0.002 0.015 0.005 0.960 2 V 0.057 0.043 0.002 0.011 0.021 0.013 0.853 3 P 0.018 0.025 0.005 0.031 0.200 0.038 0.684 4 D 0.010 0.009 0.003 0.117 0.262 0.043 0.555 5 E 0.001 0.001 0.010 0.902 0.021 0.049 0.017 6 N 0.001 0.001 0.009 0.926 0.013 0.037 0.014 7 T 0.001 0.001 0.004 0.969 0.008 0.011 0.008 8 I 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.004 0.004 9 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.005 0.003 10 T 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.002 11 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.005 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 13 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 15 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 16 E 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.019 0.001 17 L 0.001 0.001 0.007 0.934 0.002 0.055 0.002 18 V 0.001 0.003 0.044 0.853 0.012 0.066 0.021 19 D 0.001 0.001 0.160 0.543 0.017 0.263 0.015 20 Q 0.002 0.001 0.109 0.308 0.034 0.519 0.027 21 L 0.005 0.015 0.026 0.080 0.309 0.086 0.479 22 N 0.007 0.014 0.014 0.005 0.072 0.034 0.854 23 E 0.004 0.004 0.197 0.013 0.086 0.666 0.030 24 N 0.004 0.001 0.129 0.002 0.039 0.806 0.019 25 D 0.170 0.003 0.018 0.001 0.186 0.025 0.596 26 T 0.858 0.004 0.001 0.001 0.037 0.002 0.098 27 V 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 28 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 29 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 31 L 0.787 0.004 0.002 0.001 0.028 0.004 0.174 32 S 0.344 0.012 0.007 0.003 0.173 0.020 0.439 33 G 0.091 0.016 0.029 0.006 0.299 0.073 0.488 34 G 0.037 0.012 0.121 0.021 0.307 0.354 0.147 35 G 0.046 0.014 0.220 0.061 0.191 0.290 0.178 36 S 0.055 0.013 0.281 0.128 0.127 0.182 0.214 37 S 0.104 0.014 0.235 0.172 0.081 0.280 0.114 38 L 0.199 0.036 0.160 0.158 0.081 0.236 0.131 39 F 0.317 0.029 0.056 0.083 0.149 0.058 0.308 40 E 0.438 0.057 0.015 0.026 0.072 0.030 0.360 41 L 0.308 0.074 0.014 0.021 0.064 0.031 0.489 42 P 0.109 0.028 0.050 0.028 0.109 0.119 0.557 43 L 0.020 0.017 0.167 0.031 0.228 0.282 0.255 44 E 0.004 0.002 0.118 0.016 0.153 0.625 0.083 45 G 0.006 0.004 0.054 0.005 0.140 0.600 0.192 46 V 0.010 0.048 0.002 0.002 0.229 0.009 0.700 47 S 0.006 0.027 0.001 0.004 0.063 0.002 0.898 48 L 0.001 0.001 0.015 0.942 0.015 0.019 0.009 49 E 0.001 0.001 0.016 0.945 0.007 0.026 0.005 50 E 0.001 0.001 0.013 0.966 0.003 0.013 0.005 51 I 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.007 0.004 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.010 0.004 53 K 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.004 54 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.003 0.007 55 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 56 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 57 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 58 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 59 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 60 K 0.001 0.001 0.009 0.951 0.003 0.035 0.002 61 S 0.001 0.001 0.006 0.411 0.005 0.577 0.001 62 G 0.001 0.001 0.003 0.031 0.014 0.936 0.016 63 A 0.010 0.013 0.001 0.027 0.100 0.013 0.835 64 S 0.057 0.010 0.001 0.052 0.094 0.007 0.779 65 I 0.004 0.001 0.004 0.969 0.006 0.006 0.010 66 E 0.002 0.001 0.002 0.984 0.003 0.006 0.003 67 E 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.006 0.002 68 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 69 N 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 70 T 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 71 V 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.001 72 R 0.001 0.001 0.005 0.984 0.002 0.007 0.002 73 K 0.001 0.001 0.006 0.976 0.001 0.014 0.001 74 H 0.001 0.001 0.009 0.945 0.003 0.040 0.003 75 L 0.001 0.001 0.033 0.902 0.003 0.054 0.007 76 S 0.001 0.001 0.067 0.745 0.010 0.173 0.005 77 Q 0.001 0.001 0.066 0.548 0.022 0.354 0.009 78 V 0.004 0.010 0.045 0.434 0.144 0.232 0.130 79 K 0.015 0.019 0.022 0.257 0.099 0.363 0.224 80 G 0.035 0.007 0.032 0.278 0.146 0.327 0.175 81 G 0.063 0.005 0.041 0.633 0.082 0.045 0.131 82 R 0.033 0.004 0.064 0.839 0.014 0.020 0.026 83 F 0.025 0.002 0.061 0.875 0.005 0.020 0.012 84 A 0.015 0.001 0.138 0.785 0.006 0.034 0.021 85 E 0.012 0.001 0.127 0.771 0.010 0.070 0.009 86 R 0.010 0.001 0.143 0.648 0.012 0.173 0.013 87 V 0.022 0.011 0.102 0.560 0.095 0.137 0.075 88 F 0.040 0.008 0.095 0.246 0.134 0.300 0.177 89 P 0.055 0.016 0.074 0.115 0.112 0.418 0.209 90 A 0.166 0.009 0.012 0.021 0.150 0.056 0.587 91 K 0.261 0.003 0.002 0.002 0.353 0.029 0.352 92 V 0.877 0.010 0.001 0.001 0.029 0.004 0.078 93 V 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 94 A 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 95 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 96 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 97 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 98 S 0.861 0.004 0.001 0.001 0.018 0.002 0.113 99 D 0.519 0.012 0.007 0.003 0.075 0.019 0.366 100 V 0.233 0.018 0.027 0.005 0.202 0.123 0.392 101 L 0.082 0.026 0.043 0.007 0.310 0.255 0.277 102 G 0.035 0.013 0.023 0.002 0.395 0.265 0.267 103 D 0.028 0.021 0.009 0.002 0.530 0.074 0.336 104 R 0.053 0.055 0.015 0.011 0.238 0.033 0.594 105 L 0.017 0.005 0.435 0.255 0.064 0.150 0.074 106 D 0.029 0.004 0.522 0.174 0.049 0.185 0.037 107 V 0.061 0.010 0.485 0.214 0.041 0.108 0.080 108 I 0.235 0.094 0.129 0.169 0.047 0.105 0.220 109 A 0.216 0.026 0.036 0.073 0.144 0.136 0.369 110 S 0.243 0.045 0.019 0.034 0.207 0.107 0.344 111 G 0.084 0.052 0.028 0.046 0.200 0.048 0.542 112 P 0.080 0.026 0.047 0.038 0.178 0.105 0.526 113 A 0.095 0.086 0.047 0.035 0.166 0.131 0.440 114 W 0.029 0.039 0.046 0.032 0.236 0.129 0.490 115 P 0.009 0.017 0.020 0.017 0.392 0.100 0.445 116 D 0.005 0.020 0.011 0.014 0.270 0.040 0.640 117 S 0.002 0.008 0.116 0.166 0.195 0.352 0.161 118 S 0.002 0.010 0.117 0.159 0.235 0.267 0.209 119 T 0.003 0.010 0.101 0.262 0.142 0.099 0.383 120 S 0.001 0.002 0.078 0.779 0.028 0.065 0.047 121 E 0.001 0.002 0.049 0.802 0.031 0.077 0.038 122 D 0.001 0.005 0.013 0.857 0.025 0.051 0.048 123 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.005 0.005 124 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 125 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 126 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 128 E 0.001 0.001 0.002 0.977 0.001 0.019 0.001 129 K 0.001 0.001 0.004 0.896 0.003 0.094 0.003 130 Y 0.001 0.001 0.019 0.540 0.017 0.407 0.015 131 G 0.001 0.002 0.024 0.069 0.051 0.811 0.042 132 I 0.005 0.006 0.054 0.048 0.184 0.145 0.558 133 E 0.013 0.034 0.085 0.030 0.184 0.093 0.562 134 T 0.022 0.027 0.009 0.017 0.239 0.014 0.673 135 S 0.010 0.005 0.002 0.013 0.022 0.005 0.942 136 E 0.001 0.001 0.070 0.840 0.015 0.057 0.016 137 S 0.001 0.001 0.040 0.902 0.010 0.037 0.009 138 V 0.001 0.001 0.022 0.964 0.004 0.006 0.003 139 K 0.002 0.001 0.008 0.980 0.002 0.003 0.005 140 R 0.004 0.001 0.018 0.955 0.003 0.014 0.005 141 A 0.003 0.001 0.024 0.937 0.003 0.029 0.003 142 I 0.003 0.003 0.018 0.903 0.009 0.057 0.008 143 L 0.003 0.003 0.011 0.773 0.024 0.159 0.029 144 Q 0.004 0.001 0.011 0.462 0.138 0.215 0.169 145 E 0.009 0.007 0.041 0.294 0.148 0.141 0.360 146 T 0.016 0.018 0.096 0.299 0.126 0.069 0.376 147 P 0.019 0.008 0.166 0.315 0.112 0.141 0.239 148 K 0.032 0.004 0.088 0.208 0.110 0.356 0.202 149 H 0.025 0.017 0.052 0.141 0.006 0.225 0.535 150 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999