# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.022 0.013 0.005 0.006 0.128 0.827 2 K 0.052 0.043 0.007 0.004 0.106 0.788 3 K 0.120 0.010 0.009 0.003 0.162 0.695 4 P 0.389 0.002 0.014 0.004 0.133 0.458 5 A 0.930 0.004 0.002 0.001 0.020 0.042 6 A 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 7 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 8 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 9 F 0.934 0.002 0.001 0.001 0.023 0.041 10 G 0.330 0.002 0.006 0.001 0.490 0.171 11 G 0.075 0.004 0.015 0.003 0.752 0.150 12 E 0.246 0.016 0.010 0.004 0.508 0.216 13 T 0.726 0.012 0.004 0.003 0.124 0.130 14 V 0.856 0.003 0.001 0.003 0.019 0.119 15 V 0.965 0.004 0.001 0.002 0.007 0.022 16 H 0.957 0.005 0.001 0.003 0.011 0.024 17 V 0.867 0.005 0.003 0.007 0.045 0.073 18 K 0.600 0.009 0.010 0.014 0.115 0.252 19 G 0.214 0.013 0.027 0.024 0.261 0.461 20 N 0.087 0.007 0.012 0.008 0.346 0.540 21 G 0.040 0.017 0.022 0.007 0.337 0.577 22 I 0.035 0.019 0.026 0.014 0.410 0.496 23 G 0.021 0.017 0.019 0.037 0.361 0.545 24 G 0.005 0.011 0.012 0.367 0.221 0.384 25 R 0.006 0.007 0.008 0.774 0.104 0.101 26 N 0.005 0.007 0.003 0.928 0.022 0.036 27 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 33 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 34 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.007 0.006 35 I 0.001 0.001 0.012 0.964 0.015 0.007 36 A 0.001 0.001 0.023 0.941 0.023 0.012 37 L 0.002 0.001 0.036 0.909 0.036 0.016 38 E 0.002 0.004 0.051 0.851 0.055 0.037 39 G 0.005 0.006 0.029 0.257 0.341 0.361 40 I 0.009 0.010 0.035 0.021 0.820 0.106 41 E 0.008 0.002 0.019 0.005 0.842 0.125 42 G 0.047 0.001 0.024 0.003 0.820 0.106 43 V 0.626 0.008 0.005 0.001 0.266 0.094 44 I 0.896 0.006 0.002 0.001 0.035 0.061 45 L 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 46 C 0.959 0.001 0.001 0.001 0.012 0.027 47 S 0.925 0.008 0.001 0.001 0.020 0.045 48 A 0.746 0.009 0.005 0.003 0.080 0.157 49 G 0.432 0.017 0.021 0.005 0.368 0.157 50 T 0.178 0.021 0.059 0.013 0.543 0.186 51 D 0.129 0.036 0.073 0.012 0.535 0.216 52 G 0.137 0.010 0.023 0.009 0.537 0.285 53 T 0.133 0.030 0.016 0.009 0.345 0.466 54 D 0.175 0.071 0.019 0.015 0.356 0.364 55 G 0.113 0.031 0.042 0.043 0.452 0.320 56 P 0.080 0.053 0.074 0.049 0.483 0.261 57 T 0.038 0.010 0.283 0.090 0.471 0.107 58 D 0.039 0.008 0.366 0.087 0.378 0.122 59 A 0.053 0.014 0.379 0.112 0.345 0.097 60 A 0.128 0.015 0.190 0.088 0.368 0.211 61 G 0.262 0.011 0.076 0.038 0.283 0.330 62 G 0.520 0.018 0.034 0.023 0.174 0.231 63 I 0.671 0.041 0.018 0.014 0.116 0.140 64 V 0.530 0.053 0.009 0.013 0.135 0.260 65 D 0.196 0.018 0.010 0.026 0.329 0.422 66 G 0.014 0.002 0.134 0.439 0.338 0.074 67 S 0.005 0.002 0.124 0.689 0.155 0.024 68 T 0.002 0.002 0.053 0.875 0.059 0.009 69 A 0.001 0.001 0.016 0.971 0.010 0.002 70 K 0.001 0.001 0.007 0.983 0.008 0.002 71 T 0.001 0.001 0.008 0.983 0.007 0.001 72 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.008 0.002 73 K 0.001 0.001 0.015 0.968 0.014 0.003 74 A 0.001 0.001 0.020 0.945 0.025 0.009 75 M 0.001 0.001 0.021 0.795 0.079 0.104 76 G 0.002 0.001 0.003 0.045 0.114 0.835 77 E 0.011 0.009 0.003 0.034 0.142 0.802 78 D 0.023 0.012 0.003 0.037 0.119 0.806 79 P 0.006 0.001 0.057 0.858 0.047 0.032 80 Y 0.007 0.001 0.106 0.844 0.035 0.008 81 Q 0.004 0.001 0.095 0.856 0.039 0.005 82 Y 0.002 0.001 0.038 0.922 0.027 0.009 83 L 0.003 0.002 0.023 0.917 0.042 0.013 84 K 0.002 0.001 0.023 0.904 0.051 0.020 85 N 0.002 0.001 0.010 0.757 0.106 0.124 86 N 0.002 0.005 0.008 0.268 0.201 0.516 87 D 0.003 0.009 0.003 0.149 0.092 0.744 88 S 0.001 0.001 0.008 0.915 0.034 0.041 89 Y 0.001 0.001 0.008 0.972 0.016 0.004 90 N 0.001 0.001 0.013 0.973 0.012 0.002 91 A 0.001 0.001 0.016 0.967 0.015 0.001 92 L 0.001 0.001 0.014 0.958 0.023 0.004 93 K 0.001 0.001 0.022 0.933 0.037 0.007 94 K 0.004 0.001 0.018 0.797 0.117 0.063 95 S 0.012 0.006 0.022 0.488 0.242 0.230 96 G 0.011 0.003 0.018 0.041 0.345 0.582 97 A 0.158 0.007 0.035 0.049 0.334 0.418 98 L 0.782 0.011 0.009 0.015 0.090 0.092 99 L 0.877 0.016 0.003 0.008 0.036 0.060 100 I 0.860 0.008 0.002 0.005 0.057 0.067 101 T 0.637 0.018 0.004 0.006 0.126 0.208 102 G 0.160 0.010 0.009 0.008 0.460 0.354 103 P 0.120 0.014 0.013 0.006 0.616 0.231 104 T 0.080 0.042 0.016 0.008 0.541 0.314 105 G 0.047 0.043 0.033 0.015 0.645 0.217 106 T 0.092 0.024 0.027 0.011 0.563 0.283 107 N 0.139 0.049 0.024 0.014 0.456 0.318 108 V 0.195 0.039 0.028 0.034 0.490 0.214 109 N 0.286 0.006 0.013 0.034 0.345 0.316 110 D 0.710 0.004 0.013 0.024 0.135 0.113 111 L 0.911 0.006 0.005 0.007 0.038 0.032 112 I 0.952 0.005 0.003 0.003 0.014 0.023 113 I 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 114 G 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 115 L 0.960 0.003 0.001 0.001 0.003 0.034 116 I 0.882 0.007 0.001 0.001 0.006 0.103 117 V 0.026 0.002 0.001 0.001 0.008 0.963