# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 K 0.011 0.017 0.001 0.001 0.004 0.005 0.963 3 K 0.014 0.001 0.001 0.001 0.379 0.002 0.604 4 P 0.383 0.003 0.001 0.002 0.106 0.005 0.500 5 A 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 6 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 8 I 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.053 9 F 0.354 0.001 0.003 0.002 0.136 0.018 0.486 10 G 0.071 0.003 0.007 0.002 0.558 0.071 0.288 11 G 0.058 0.021 0.014 0.002 0.466 0.139 0.301 12 E 0.107 0.018 0.027 0.003 0.350 0.094 0.401 13 T 0.182 0.017 0.028 0.002 0.223 0.067 0.481 14 V 0.577 0.024 0.019 0.002 0.101 0.048 0.229 15 V 0.854 0.009 0.005 0.002 0.038 0.011 0.080 16 H 0.917 0.015 0.001 0.001 0.008 0.002 0.055 17 V 0.845 0.024 0.001 0.001 0.007 0.004 0.119 18 K 0.690 0.015 0.006 0.001 0.078 0.043 0.166 19 G 0.275 0.024 0.020 0.003 0.335 0.169 0.174 20 N 0.087 0.027 0.023 0.003 0.338 0.206 0.315 21 G 0.081 0.047 0.021 0.004 0.329 0.153 0.364 22 I 0.032 0.037 0.020 0.005 0.254 0.211 0.441 23 G 0.011 0.015 0.017 0.019 0.410 0.327 0.200 24 G 0.013 0.014 0.013 0.054 0.298 0.103 0.505 25 R 0.006 0.006 0.041 0.473 0.134 0.189 0.152 26 N 0.010 0.005 0.016 0.743 0.044 0.094 0.087 27 Q 0.006 0.003 0.009 0.921 0.013 0.025 0.023 28 E 0.008 0.001 0.003 0.956 0.008 0.010 0.015 29 L 0.010 0.001 0.004 0.958 0.004 0.012 0.010 30 A 0.003 0.001 0.004 0.983 0.002 0.006 0.003 31 L 0.003 0.001 0.002 0.985 0.002 0.005 0.003 32 S 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.005 0.002 33 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.003 34 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.003 0.005 0.004 35 I 0.001 0.001 0.007 0.960 0.004 0.025 0.003 36 A 0.001 0.001 0.015 0.895 0.003 0.081 0.005 37 L 0.001 0.003 0.027 0.790 0.021 0.126 0.031 38 E 0.001 0.001 0.021 0.458 0.026 0.468 0.023 39 G 0.002 0.002 0.026 0.179 0.053 0.665 0.073 40 I 0.006 0.010 0.034 0.034 0.194 0.065 0.656 41 E 0.014 0.008 0.050 0.026 0.241 0.394 0.267 42 G 0.041 0.003 0.029 0.011 0.203 0.564 0.149 43 V 0.446 0.013 0.009 0.011 0.092 0.026 0.404 44 I 0.842 0.008 0.002 0.005 0.018 0.004 0.121 45 L 0.957 0.004 0.003 0.004 0.005 0.002 0.024 46 C 0.955 0.004 0.005 0.004 0.004 0.002 0.026 47 S 0.894 0.003 0.010 0.004 0.011 0.006 0.071 48 A 0.715 0.011 0.031 0.009 0.046 0.037 0.150 49 G 0.391 0.019 0.044 0.011 0.129 0.109 0.297 50 T 0.213 0.024 0.042 0.006 0.246 0.133 0.337 51 D 0.097 0.030 0.035 0.004 0.304 0.238 0.292 52 G 0.062 0.081 0.035 0.004 0.263 0.137 0.420 53 T 0.046 0.123 0.024 0.002 0.267 0.055 0.483 54 D 0.021 0.018 0.021 0.002 0.419 0.225 0.295 55 G 0.010 0.017 0.043 0.003 0.329 0.276 0.322 56 P 0.009 0.043 0.140 0.009 0.245 0.136 0.418 57 T 0.024 0.016 0.153 0.012 0.274 0.246 0.275 58 D 0.051 0.027 0.183 0.015 0.321 0.263 0.140 59 A 0.194 0.161 0.094 0.012 0.063 0.135 0.342 60 A 0.278 0.028 0.046 0.018 0.046 0.314 0.269 61 G 0.424 0.008 0.018 0.008 0.231 0.193 0.118 62 G 0.757 0.023 0.007 0.006 0.047 0.019 0.141 63 I 0.809 0.039 0.002 0.003 0.013 0.006 0.129 64 V 0.578 0.077 0.002 0.002 0.051 0.010 0.278 65 D 0.184 0.008 0.002 0.001 0.103 0.015 0.688 66 G 0.010 0.002 0.161 0.186 0.201 0.385 0.054 67 S 0.005 0.012 0.133 0.395 0.184 0.190 0.081 68 T 0.003 0.006 0.064 0.762 0.047 0.037 0.081 69 A 0.001 0.001 0.012 0.960 0.006 0.008 0.014 70 K 0.001 0.001 0.006 0.966 0.003 0.017 0.007 71 T 0.001 0.001 0.005 0.970 0.005 0.015 0.005 72 L 0.001 0.001 0.004 0.961 0.015 0.011 0.007 73 K 0.001 0.001 0.010 0.947 0.007 0.027 0.009 74 A 0.001 0.001 0.030 0.734 0.013 0.208 0.014 75 M 0.001 0.001 0.022 0.124 0.006 0.841 0.007 76 G 0.001 0.003 0.016 0.027 0.034 0.857 0.062 77 E 0.004 0.017 0.006 0.008 0.245 0.015 0.705 78 D 0.010 0.041 0.003 0.011 0.075 0.005 0.856 79 P 0.001 0.002 0.122 0.794 0.016 0.031 0.034 80 Y 0.001 0.001 0.112 0.852 0.006 0.020 0.009 81 Q 0.001 0.001 0.100 0.870 0.004 0.021 0.004 82 Y 0.001 0.001 0.034 0.924 0.005 0.029 0.006 83 L 0.002 0.002 0.061 0.822 0.009 0.090 0.015 84 K 0.002 0.001 0.085 0.492 0.013 0.399 0.009 85 N 0.002 0.001 0.077 0.421 0.062 0.398 0.039 86 N 0.010 0.033 0.065 0.208 0.262 0.131 0.292 87 D 0.019 0.055 0.030 0.127 0.158 0.119 0.492 88 S 0.021 0.011 0.030 0.521 0.060 0.076 0.282 89 Y 0.003 0.001 0.015 0.916 0.017 0.030 0.019 90 N 0.004 0.001 0.017 0.941 0.007 0.023 0.008 91 A 0.003 0.001 0.015 0.951 0.006 0.017 0.007 92 L 0.003 0.001 0.018 0.952 0.004 0.015 0.006 93 K 0.005 0.001 0.030 0.904 0.006 0.049 0.006 94 K 0.003 0.001 0.034 0.815 0.010 0.127 0.011 95 S 0.010 0.013 0.061 0.605 0.042 0.190 0.080 96 G 0.009 0.002 0.107 0.479 0.049 0.286 0.067 97 A 0.014 0.001 0.095 0.402 0.139 0.303 0.045 98 L 0.093 0.009 0.075 0.519 0.067 0.123 0.115 99 L 0.436 0.039 0.018 0.242 0.044 0.058 0.163 100 I 0.410 0.019 0.012 0.126 0.131 0.073 0.230 101 T 0.323 0.043 0.006 0.082 0.165 0.083 0.298 102 G 0.034 0.003 0.009 0.013 0.203 0.049 0.689 103 P 0.004 0.002 0.029 0.008 0.165 0.718 0.074 104 T 0.011 0.013 0.058 0.011 0.156 0.659 0.091 105 G 0.053 0.027 0.058 0.033 0.281 0.101 0.447 106 T 0.136 0.015 0.035 0.063 0.171 0.138 0.440 107 N 0.264 0.040 0.045 0.071 0.132 0.227 0.221 108 V 0.330 0.037 0.040 0.081 0.098 0.114 0.301 109 N 0.402 0.021 0.033 0.063 0.158 0.048 0.275 110 D 0.477 0.011 0.032 0.075 0.108 0.040 0.257 111 L 0.643 0.008 0.029 0.112 0.053 0.028 0.126 112 I 0.704 0.009 0.021 0.152 0.028 0.019 0.067 113 I 0.835 0.003 0.021 0.075 0.015 0.015 0.036 114 G 0.828 0.002 0.023 0.062 0.018 0.017 0.050 115 L 0.813 0.004 0.018 0.039 0.025 0.016 0.085 116 I 0.638 0.030 0.013 0.019 0.003 0.018 0.281 117 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991