# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 29 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.160 0.157 0.061 0.019 0.272 0.012 0.027 0.072 0.069 0.094 0.057 2 K 0.045 0.187 0.299 0.110 0.109 0.036 0.059 0.053 0.032 0.054 0.016 3 K 0.026 0.356 0.274 0.047 0.093 0.025 0.058 0.071 0.026 0.014 0.009 4 P 0.189 0.201 0.024 0.004 0.511 0.003 0.006 0.017 0.008 0.009 0.028 5 A 0.173 0.069 0.004 0.003 0.702 0.003 0.008 0.014 0.003 0.004 0.017 6 A 0.192 0.058 0.002 0.001 0.732 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 7 L 0.337 0.053 0.003 0.001 0.566 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 8 I 0.392 0.021 0.008 0.011 0.148 0.023 0.015 0.016 0.019 0.082 0.266 9 F 0.031 0.182 0.228 0.304 0.068 0.052 0.036 0.022 0.024 0.035 0.018 10 G 0.025 0.109 0.081 0.252 0.046 0.073 0.061 0.042 0.064 0.194 0.053 11 G 0.048 0.074 0.084 0.161 0.072 0.076 0.058 0.034 0.090 0.213 0.090 12 E 0.108 0.247 0.152 0.038 0.233 0.022 0.044 0.038 0.061 0.036 0.022 13 T 0.210 0.199 0.043 0.011 0.356 0.013 0.023 0.030 0.035 0.033 0.045 14 V 0.235 0.085 0.009 0.006 0.529 0.004 0.006 0.009 0.012 0.035 0.070 15 V 0.201 0.069 0.004 0.001 0.686 0.001 0.002 0.004 0.002 0.008 0.021 16 H 0.214 0.094 0.012 0.001 0.646 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.025 17 V 0.352 0.090 0.013 0.007 0.403 0.004 0.004 0.012 0.007 0.015 0.092 18 K 0.087 0.151 0.085 0.096 0.131 0.045 0.050 0.051 0.055 0.168 0.081 19 G 0.071 0.169 0.146 0.122 0.137 0.069 0.074 0.065 0.053 0.058 0.035 20 N 0.062 0.081 0.100 0.156 0.075 0.055 0.049 0.035 0.043 0.234 0.109 21 G 0.026 0.112 0.219 0.325 0.054 0.061 0.019 0.027 0.023 0.092 0.041 22 I 0.040 0.099 0.125 0.128 0.071 0.128 0.120 0.138 0.058 0.073 0.021 23 G 0.054 0.043 0.057 0.111 0.055 0.122 0.114 0.081 0.051 0.234 0.076 24 G 0.050 0.073 0.205 0.266 0.088 0.063 0.023 0.075 0.034 0.075 0.047 25 R 0.088 0.175 0.086 0.025 0.130 0.040 0.049 0.204 0.077 0.072 0.054 26 N 0.104 0.084 0.040 0.021 0.123 0.020 0.030 0.363 0.113 0.061 0.040 27 Q 0.010 0.019 0.012 0.004 0.016 0.005 0.014 0.657 0.181 0.074 0.008 28 E 0.007 0.020 0.005 0.001 0.013 0.001 0.007 0.815 0.110 0.016 0.005 29 L 0.003 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 0.899 0.069 0.006 0.002 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.918 0.073 0.002 0.001 31 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.917 0.074 0.001 0.001 32 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.041 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.900 0.091 0.004 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.858 0.134 0.003 0.001 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.856 0.112 0.002 0.001 36 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.675 0.208 0.060 0.003 37 L 0.024 0.014 0.001 0.001 0.026 0.003 0.021 0.483 0.322 0.090 0.015 38 E 0.005 0.044 0.014 0.008 0.020 0.030 0.093 0.456 0.300 0.026 0.003 39 G 0.089 0.011 0.004 0.004 0.025 0.004 0.010 0.080 0.119 0.547 0.106 40 I 0.172 0.141 0.045 0.019 0.279 0.016 0.012 0.036 0.060 0.146 0.074 41 E 0.014 0.030 0.017 0.116 0.025 0.190 0.302 0.168 0.101 0.029 0.008 42 G 0.054 0.020 0.019 0.024 0.036 0.005 0.005 0.028 0.069 0.611 0.129 43 V 0.217 0.208 0.014 0.003 0.489 0.002 0.002 0.006 0.006 0.017 0.036 44 I 0.231 0.054 0.021 0.044 0.404 0.054 0.063 0.039 0.021 0.024 0.045 45 L 0.295 0.102 0.011 0.004 0.523 0.001 0.002 0.010 0.004 0.008 0.039 46 C 0.281 0.073 0.010 0.008 0.527 0.012 0.014 0.012 0.004 0.013 0.046 47 S 0.178 0.178 0.060 0.012 0.454 0.006 0.004 0.012 0.008 0.029 0.060 48 A 0.108 0.192 0.039 0.058 0.241 0.036 0.060 0.068 0.053 0.074 0.071 49 G 0.139 0.105 0.054 0.027 0.125 0.015 0.019 0.025 0.054 0.304 0.133 50 T 0.128 0.139 0.114 0.058 0.153 0.042 0.042 0.083 0.089 0.083 0.070 51 D 0.022 0.165 0.189 0.200 0.058 0.098 0.113 0.049 0.033 0.053 0.020 52 G 0.026 0.080 0.143 0.224 0.044 0.075 0.030 0.043 0.059 0.206 0.070 53 T 0.139 0.122 0.097 0.044 0.165 0.045 0.047 0.078 0.063 0.137 0.062 54 D 0.055 0.237 0.182 0.081 0.142 0.040 0.061 0.046 0.038 0.084 0.033 55 G 0.028 0.089 0.174 0.337 0.049 0.048 0.025 0.051 0.051 0.105 0.043 56 P 0.090 0.113 0.058 0.026 0.147 0.030 0.073 0.174 0.154 0.095 0.040 57 T 0.055 0.297 0.157 0.030 0.166 0.021 0.043 0.085 0.069 0.052 0.024 58 D 0.113 0.096 0.051 0.022 0.152 0.023 0.069 0.157 0.123 0.136 0.058 59 A 0.180 0.121 0.094 0.034 0.153 0.035 0.036 0.087 0.068 0.103 0.089 60 A 0.089 0.195 0.052 0.052 0.190 0.064 0.080 0.080 0.061 0.078 0.057 61 G 0.097 0.104 0.076 0.045 0.203 0.016 0.016 0.040 0.071 0.259 0.073 62 G 0.123 0.276 0.089 0.031 0.319 0.021 0.024 0.035 0.027 0.027 0.028 63 I 0.151 0.246 0.037 0.003 0.428 0.003 0.010 0.020 0.013 0.026 0.063 64 V 0.097 0.328 0.198 0.028 0.187 0.010 0.009 0.007 0.007 0.061 0.067 65 D 0.010 0.475 0.392 0.020 0.094 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 66 G 0.003 0.016 0.008 0.012 0.009 0.027 0.053 0.511 0.331 0.024 0.005 67 S 0.004 0.005 0.003 0.001 0.007 0.005 0.041 0.698 0.157 0.071 0.007 68 T 0.006 0.045 0.011 0.001 0.006 0.001 0.005 0.675 0.130 0.114 0.006 69 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.875 0.097 0.012 0.001 70 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.935 0.054 0.001 0.001 71 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.065 0.003 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.914 0.070 0.009 0.001 73 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.822 0.147 0.008 0.003 74 A 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.025 0.800 0.131 0.029 0.001 75 M 0.002 0.534 0.294 0.011 0.040 0.008 0.020 0.054 0.024 0.012 0.001 76 G 0.168 0.022 0.010 0.005 0.031 0.002 0.007 0.028 0.024 0.460 0.241 77 E 0.032 0.356 0.138 0.016 0.139 0.045 0.035 0.068 0.045 0.081 0.046 78 D 0.145 0.302 0.070 0.004 0.363 0.001 0.001 0.046 0.011 0.007 0.050 79 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.571 0.402 0.016 0.001 80 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.851 0.141 0.002 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.895 0.075 0.009 0.001 82 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.822 0.113 0.039 0.002 83 L 0.014 0.007 0.002 0.003 0.012 0.003 0.016 0.588 0.216 0.112 0.027 84 K 0.002 0.022 0.008 0.007 0.009 0.025 0.148 0.590 0.149 0.038 0.001 85 N 0.023 0.082 0.028 0.013 0.040 0.016 0.144 0.284 0.090 0.252 0.028 86 N 0.060 0.251 0.100 0.019 0.141 0.028 0.039 0.064 0.045 0.176 0.077 87 D 0.193 0.109 0.033 0.008 0.233 0.003 0.008 0.146 0.063 0.075 0.129 88 S 0.012 0.083 0.043 0.004 0.022 0.004 0.004 0.555 0.193 0.070 0.010 89 Y 0.003 0.006 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.853 0.109 0.009 0.002 90 N 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.907 0.072 0.004 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.904 0.083 0.008 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.874 0.113 0.006 0.001 93 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.823 0.134 0.003 0.001 94 K 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.009 0.083 0.629 0.169 0.090 0.004 95 S 0.060 0.240 0.070 0.020 0.140 0.007 0.014 0.124 0.133 0.140 0.052 96 G 0.014 0.040 0.031 0.063 0.017 0.061 0.078 0.278 0.231 0.166 0.022 97 A 0.016 0.051 0.040 0.045 0.037 0.030 0.041 0.234 0.197 0.285 0.025 98 L 0.131 0.103 0.016 0.010 0.289 0.014 0.050 0.157 0.100 0.092 0.038 99 L 0.196 0.097 0.018 0.008 0.343 0.008 0.024 0.046 0.045 0.121 0.095 100 I 0.181 0.196 0.107 0.034 0.363 0.010 0.009 0.020 0.008 0.027 0.046 101 T 0.059 0.168 0.110 0.103 0.154 0.035 0.049 0.041 0.045 0.179 0.056 102 G 0.018 0.119 0.322 0.262 0.054 0.055 0.059 0.045 0.030 0.026 0.010 103 P 0.033 0.074 0.069 0.043 0.054 0.082 0.164 0.215 0.141 0.097 0.028 104 T 0.038 0.195 0.098 0.048 0.108 0.097 0.183 0.093 0.063 0.054 0.023 105 G 0.057 0.024 0.032 0.081 0.045 0.046 0.029 0.032 0.062 0.440 0.151 106 T 0.049 0.311 0.264 0.058 0.142 0.019 0.023 0.033 0.027 0.047 0.027 107 N 0.094 0.260 0.201 0.038 0.174 0.013 0.014 0.031 0.029 0.079 0.066 108 V 0.056 0.066 0.042 0.025 0.103 0.034 0.072 0.255 0.257 0.069 0.022 109 N 0.034 0.095 0.057 0.027 0.064 0.026 0.062 0.281 0.175 0.150 0.029 110 D 0.154 0.089 0.013 0.004 0.221 0.007 0.033 0.144 0.095 0.181 0.058 111 L 0.240 0.117 0.009 0.002 0.492 0.003 0.008 0.055 0.020 0.021 0.032 112 I 0.161 0.090 0.010 0.010 0.468 0.020 0.042 0.146 0.019 0.010 0.024 113 I 0.295 0.036 0.003 0.003 0.596 0.002 0.003 0.022 0.003 0.006 0.032 114 G 0.185 0.046 0.003 0.002 0.709 0.003 0.009 0.021 0.002 0.003 0.016 115 L 0.168 0.070 0.006 0.001 0.708 0.001 0.003 0.018 0.003 0.003 0.019 116 I 0.347 0.042 0.005 0.001 0.440 0.003 0.008 0.029 0.006 0.020 0.098 117 V 0.148 0.103 0.028 0.020 0.279 0.032 0.059 0.119 0.044 0.111 0.057