# TARGET T0187 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0187.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 G 0.010 0.014 0.005 0.007 0.136 0.017 0.811 2 P 0.033 0.023 0.009 0.015 0.058 0.062 0.800 3 A 0.087 0.154 0.022 0.021 0.157 0.093 0.468 4 W 0.041 0.044 0.027 0.027 0.239 0.080 0.542 5 P 0.015 0.030 0.022 0.020 0.349 0.087 0.476 6 D 0.008 0.025 0.010 0.021 0.209 0.031 0.696 7 S 0.003 0.009 0.110 0.172 0.143 0.357 0.205 8 S 0.002 0.008 0.084 0.120 0.221 0.354 0.210 9 T 0.003 0.011 0.080 0.193 0.189 0.110 0.413 10 S 0.001 0.002 0.076 0.745 0.036 0.074 0.066 11 E 0.002 0.003 0.057 0.749 0.043 0.091 0.055 12 D 0.001 0.009 0.015 0.833 0.031 0.052 0.059 13 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.004 0.005 14 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 18 E 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.021 0.001 19 K 0.001 0.001 0.004 0.883 0.003 0.106 0.003 20 Y 0.001 0.001 0.019 0.457 0.017 0.490 0.016 21 G 0.001 0.003 0.016 0.044 0.055 0.829 0.052 22 I 0.005 0.007 0.031 0.025 0.165 0.093 0.675 23 E 0.016 0.041 0.052 0.018 0.151 0.059 0.663 24 T 0.020 0.027 0.006 0.011 0.166 0.010 0.761 25 S 0.014 0.005 0.002 0.009 0.021 0.005 0.943 26 E 0.004 0.002 0.145 0.675 0.030 0.105 0.039 27 S 0.007 0.003 0.151 0.695 0.026 0.089 0.029 28 V 0.009 0.002 0.164 0.769 0.015 0.025 0.017 29 K 0.035 0.003 0.078 0.815 0.013 0.024 0.034 30 R 0.078 0.005 0.125 0.657 0.017 0.077 0.040 31 A 0.085 0.006 0.123 0.619 0.027 0.103 0.037 32 I 0.091 0.015 0.069 0.554 0.060 0.133 0.078 33 L 0.107 0.011 0.039 0.319 0.112 0.133 0.280 34 Q 0.070 0.012 0.020 0.120 0.157 0.098 0.523 35 E 0.061 0.023 0.036 0.080 0.169 0.148 0.484 36 T 0.037 0.016 0.046 0.045 0.237 0.197 0.421 37 P 0.025 0.009 0.088 0.044 0.209 0.138 0.487 38 K 0.027 0.005 0.149 0.081 0.170 0.406 0.162 39 H 0.048 0.017 0.156 0.065 0.154 0.321 0.240 40 L 0.072 0.026 0.137 0.040 0.168 0.091 0.465 41 S 0.104 0.019 0.142 0.042 0.151 0.314 0.229 42 N 0.159 0.013 0.129 0.027 0.144 0.330 0.198 43 V 0.445 0.016 0.019 0.008 0.099 0.032 0.381 44 E 0.723 0.006 0.004 0.004 0.069 0.013 0.181 45 I 0.925 0.005 0.002 0.003 0.015 0.005 0.045 46 H 0.967 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.021 47 L 0.972 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.019 48 I 0.937 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.048 49 G 0.714 0.010 0.005 0.009 0.054 0.014 0.194 50 N 0.179 0.010 0.015 0.025 0.175 0.050 0.547 51 V 0.027 0.005 0.052 0.217 0.268 0.091 0.340 52 Q 0.005 0.004 0.046 0.683 0.096 0.067 0.100 53 K 0.003 0.002 0.021 0.871 0.031 0.043 0.030 54 V 0.001 0.001 0.008 0.938 0.009 0.025 0.018 55 C 0.001 0.001 0.001 0.973 0.010 0.008 0.006 56 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.006 0.005 0.005 57 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.003 58 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.003 59 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 60 S 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.002 61 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.003 62 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.004 0.004 63 K 0.001 0.001 0.003 0.973 0.002 0.018 0.003 64 E 0.001 0.001 0.009 0.855 0.007 0.119 0.008 65 K 0.001 0.001 0.005 0.223 0.015 0.753 0.004 66 G 0.001 0.001 0.002 0.009 0.016 0.936 0.036 67 F 0.020 0.002 0.001 0.001 0.044 0.003 0.929 68 N 0.282 0.003 0.001 0.001 0.318 0.005 0.391 69 A 0.905 0.017 0.001 0.001 0.008 0.002 0.067 70 E 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 71 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 72 I 0.918 0.002 0.001 0.002 0.007 0.003 0.066 73 T 0.422 0.006 0.024 0.023 0.185 0.042 0.299 74 T 0.122 0.003 0.093 0.084 0.281 0.113 0.306 75 S 0.069 0.020 0.183 0.142 0.155 0.245 0.187 76 L 0.080 0.027 0.074 0.309 0.169 0.160 0.182 77 D 0.091 0.015 0.025 0.402 0.102 0.130 0.235 78 C 0.083 0.011 0.016 0.503 0.138 0.102 0.146 79 E 0.073 0.017 0.015 0.672 0.044 0.039 0.139 80 A 0.004 0.001 0.014 0.951 0.008 0.012 0.011 81 R 0.002 0.001 0.008 0.967 0.007 0.011 0.005 82 E 0.001 0.001 0.006 0.970 0.003 0.016 0.004 83 A 0.001 0.001 0.002 0.978 0.002 0.015 0.003 84 G 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 85 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 86 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 87 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 90 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 91 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 92 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 93 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 94 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.008 0.005 95 K 0.001 0.001 0.004 0.960 0.003 0.027 0.004 96 F 0.002 0.001 0.009 0.787 0.009 0.182 0.009 97 K 0.001 0.002 0.007 0.214 0.037 0.724 0.016 98 D 0.001 0.003 0.005 0.012 0.111 0.770 0.099 99 R 0.010 0.033 0.003 0.002 0.160 0.023 0.770 100 P 0.014 0.082 0.006 0.001 0.092 0.060 0.745 101 L 0.015 0.056 0.014 0.001 0.287 0.134 0.494 102 K 0.012 0.024 0.004 0.001 0.459 0.045 0.454 103 K 0.013 0.001 0.001 0.001 0.704 0.009 0.271 104 P 0.308 0.007 0.001 0.001 0.147 0.009 0.527 105 A 0.949 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 106 A 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 107 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 108 I 0.937 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.052 109 F 0.503 0.002 0.002 0.001 0.079 0.014 0.398 110 G 0.161 0.005 0.007 0.001 0.470 0.075 0.281 111 G 0.098 0.019 0.013 0.002 0.452 0.139 0.278 112 E 0.125 0.016 0.025 0.002 0.351 0.095 0.386 113 T 0.190 0.017 0.029 0.002 0.226 0.070 0.466 114 V 0.576 0.026 0.019 0.002 0.098 0.048 0.231 115 V 0.852 0.009 0.005 0.002 0.040 0.011 0.081 116 H 0.917 0.015 0.001 0.001 0.008 0.002 0.055 117 V 0.847 0.023 0.002 0.001 0.007 0.004 0.117 118 K 0.707 0.015 0.006 0.001 0.073 0.044 0.154 119 G 0.295 0.023 0.021 0.003 0.313 0.178 0.166 120 N 0.090 0.025 0.023 0.003 0.338 0.221 0.299 121 G 0.085 0.046 0.021 0.004 0.327 0.157 0.361 122 I 0.035 0.037 0.020 0.005 0.251 0.219 0.432 123 G 0.013 0.015 0.018 0.019 0.399 0.339 0.198 124 G 0.016 0.015 0.013 0.054 0.294 0.107 0.502 125 R 0.007 0.006 0.040 0.470 0.135 0.181 0.160 126 N 0.012 0.006 0.016 0.741 0.045 0.090 0.091 127 Q 0.007 0.003 0.009 0.922 0.013 0.024 0.023 128 E 0.008 0.001 0.003 0.956 0.008 0.009 0.015 129 L 0.009 0.001 0.004 0.961 0.004 0.011 0.010 130 A 0.002 0.001 0.003 0.985 0.002 0.005 0.003 131 L 0.003 0.001 0.002 0.987 0.002 0.005 0.002 132 S 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.004 0.002 133 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.002 134 A 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.005 0.003 135 I 0.001 0.001 0.007 0.964 0.004 0.022 0.003 136 A 0.001 0.001 0.013 0.906 0.003 0.072 0.005 137 L 0.001 0.003 0.027 0.798 0.018 0.121 0.032 138 E 0.001 0.001 0.021 0.448 0.023 0.486 0.019 139 G 0.002 0.002 0.026 0.165 0.045 0.700 0.059 140 I 0.008 0.011 0.033 0.032 0.190 0.065 0.662 141 E 0.016 0.007 0.044 0.021 0.224 0.444 0.245 142 G 0.033 0.002 0.027 0.011 0.191 0.619 0.116 143 V 0.443 0.019 0.014 0.020 0.084 0.035 0.384 144 I 0.794 0.011 0.005 0.010 0.012 0.005 0.163 145 L 0.913 0.007 0.006 0.012 0.008 0.004 0.050 146 C 0.855 0.008 0.012 0.018 0.013 0.007 0.087 147 S 0.648 0.008 0.012 0.029 0.058 0.025 0.220 148 A 0.317 0.008 0.008 0.024 0.149 0.088 0.405 149 G 0.044 0.008 0.004 0.007 0.016 0.066 0.855 150 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998